PCR是聚合酶链反应的简称,这是一种非常强大的扩增技术,可以检测非常低的DNA水平。它的核心是能大幅增加少量DNA的酶。因此,这项技术广泛用于检测鱼虾的各种疾病,但这项技术真的完美吗?今天笔者将和大家一起扒手。
约翰尤斯
首先,PCR技术检测虾疾病的优点,哪里?
PCR具有高灵敏度和特异性。假设的生物(通常是细菌或病毒)被确认后,可以对DNA进行测序,确认引物序列是该生物的唯一象征。这个核苷酸序列是构成引物的碱基,引物是反应的模板,将大象生物的DNA样本和引物混合在一起,将引物与同一个DNA家族(4个碱基,DNA的组成)结合在一起即可。可以使用PCR检查病原体是否存在。
使用PCR技术,可以发现非常低水平的病原体水平,量化生物体水平的变化,从而确认疾病的整个感染过程。然而,一些伪善理论已经渗透到社会的方方面面,包括水产养殖业。PCR被广泛滥用,但很少人能正确理解其工作原理。这可能会误导误报、假阳性、假阴性甚至养殖户采取错误的应对措施,造成不必要的损失!
因此笔者分享了PCR监测对虾疾病过程中可能出现的错误,仅供养殖户参考。
约翰尤斯
二、为什么第一次PCR检查结果是阳性,第二次PCR检查结果是阴性?
特定序列(引物序列)是科学家根据特定生物的特征制作的。人们期望引物序列是独特的,但如果它不是唯一的,引物序列可以与其他生物体DNA相互反应。很多科学家正在研究特定生物的独特基因,但为了最大限度地减少失误,正在尽一切努力。但是,一些病原体(如虾皮下和造血组织坏死病毒(IHNV)的引物序列)的引物序列并不确定,如虾皮下和造血组织坏死病毒(IHNV)的引物序列。
众所周知,虾可以将病毒DNA片段整合到基因中,引物序列必须与感染的DNA序列对抗,而不是与宿主基因组结合。PCR技术的本质是找出某种生物独特的引物序列,而其他生物不应该有这种引物序列。也就是说,有些病毒使用某种引物序列作为检测手段,但后来发现其他病毒也有这种引物序列,以前的一些检测结果可能是错误的。
如果虾感染了IHHNV,我们要确认是什么病毒,我们要确认引物序列与发现的病毒是否一致。否则结果可能是错误的!也就是说,如果进行两次PCR检查,引物序列不同,结果可能会有所不同。
约翰尤斯
第三,PCR测试只适合个人,不能进行小组测试。
PCR技术目前广泛用于集体检查,但经常出现错误的语音结果。因此,PCR技术最适合于能够检测对象、确认病原体携带对象的状态和着急的情况。
性疾病的特定生物体的存在。这一点一个很好的例子是:检查对虾白斑病(WSSV)的病毒的存在。这种疾病的主要传播途径是通过携带病原体进行传播。比如:亲虾携带病毒并传播给仔虾(PLs),然后由仔虾将病毒带入养殖环境当中。对于大多数高毒性病原体,对虾是无法承受的。如果池塘的条件适当,那么病毒繁殖起来,所有需要的是非常少量的病原体。
美国渔业协会出版了一本书,帮助养殖户处理各种可能影响对虾流行疾病问题。他们为PCR取样奠定了统计基础。然而,它们确定,PCR技术不适合用于幼体的检测,因为亲虾一次产的幼体可能有50万或50万个以上。
目前,对幼体进行取样检测,只能随机进行,但是在水产养殖中,我们对技术要求必须100%准确。但根据美国渔业协会的报告中称,用于PCR检测群体,最高准确率为98%。这意味着2%的个体仍然可以携带病原体。因此,在100万尾虾苗中,如果采用PCR技术进行检测,意味着至少2万尾虾苗可能携带病原体。
因此,在这里需要提醒养殖户的是,在虾苗抽样检测当中,抽样就原本就是一种概率性的东西,一批虾苗通过PCR检测合格,并不代表整批虾苗都是健康的。
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四、PCR技术并非合适所以病原体的检测
并非所有病原体都存在于组织当中,因此。如果感染水平非常低,那么对已知病原体目标组织进行采样非常重要。此外,对于一些病原体来说,仅仅取样是不够的。再次以WSSV为例,因此这种病毒在水温超过31°C时复制非常差。
即使,检测人员关注了正确的目标组织,病毒也可能处在休眠状态,发现它就像大海捞针一样。因此,PCR检测必须保证被检测动物处在利于病毒繁殖的条件当中。目前来说,将水温逐渐降低到20°C之间,并且保持几天,是确保PCR正确检测WSSV唯一方法。如果不这样做,那么不能百分之百的说这批虾中没有感染WSSV。事实上,当WSSV病毒处于休眠状态时,有许多检测都不能测出对虾是否感染了WSSV,但是最终对虾出现大量死亡,却是因为感染了WSSV。
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五、单独使用PCR技术,并不能确定SPF亲虾。
不含特定病原体(SPF)的概念非常重要,如果但从字面的意义上说,就是这种批亲虾当中没有某些病原体,生产出来的也是没有携带这些病原体的虾苗。然而,一些亲虾公司所宣称自家的SPF亲虾,大多是在试验室中“造出来的”。要知道,通过PCR检查的亲虾,并不能称为SPF亲虾,要知道PCR技术对于个体是最有效的,并非是群体。而且,SPF亲虾的确定需要一个完整的流程,而不是对一些亲虾进行测试,就可以得出这样的结果。
目前来说,使用正确的育种技术(NBC)、以及PCR检测和对象的历史生长情况上,是确保真正是SPF亲虾的最佳方法。
因此,如果使用得当,PCR检测是一种珍贵的工具,能够获得对于养殖户产生积极帮助的结果。但是如果针对群体检测,或者缺乏检测的一些技能,可能出现相反的检测结果。但这并不意味着PCR检测没有价值,它可以在一定程度上保证生物安全、以及对虾养殖业的可持续性,这主要看我们是如何使用该技术。