《重启之极海听雷第二季》王胖子利用古方破解了11仓库特工，以为毒素解除了，但又发生了大面积死亡，11仓库找到了王胖子问责。
贰京被王盟识破身份，不再伪装，直接进入十一仓诬赖王胖子是奸细，要把他抓起来，谎称吴二白被人打伤，吴邪被人杀死。幸亏白昊天机灵，假借王胖子杀死许多十一仓员工不放人。刘丧听音绘制出地图在死当区找到江源，他承认自己贪财才会与人里应外合办了许多坏事。中间他一直试图逃跑，结果被张起灵误杀。白昊天从王盟那里获得贰京真实身份后，赶紧和王胖子去找吴邪。而此时贰京也正带领人马兵分两路，去找吴邪。
贰京设置圈套，故意让另一对人马攻击自己，引诱张起灵来帮助自己从而将其杀死，亏得张起灵武艺高强，躲过一劫。刘丧已经听出贰京心中有鬼，吴邪也早已有怀疑，就故意把刘丧支开。贰京手下对刘丧拳打脚踢，幸亏王胖子和白昊天赶到，才将其救出。
贰京带着吴邪一路前行，路上发现一口棺材，里边沼气爆炸，贰京假装保护吴邪，自己被青铜片所伤中毒，并且自断一条胳膊以切断毒素传染全身，这一过程让吴邪百思不得其解，还有些小感动。
王胖子在路上设置暗语告诉吴邪行动计划，被他否定，然后根据情况他又制定新计划，通过暗语传出。王盟逃跑后按照吴邪提前交代的去找黑眼镜，俩人配合去救吴二白，因为对方人手众多，黑眼镜通过易容术化作吴二白留了下来。
吴邪带领贰京去拿最后一批青铜碎片的时候，要被灭口，他就把青铜碎片与炸弹绑在一起挂在身上，让贰京不敢下手。他们发现一块牛皮布，掀开后发现一个密室，里边挂满了乱摆动的钟表。吴邪联想到吴二白当时在地宫受到电磁干扰，推断出墙壁有问题，打开后发现青铜壁，被人提前动了手脚。跟在身后的贰京拿着刀准备斩草除根，被无邪识破，并戳穿他奸计。
面对亲人的背叛吴邪心中充满了痛苦，贰京开始道出其中缘由。在他小的时候，家里突然闯进一伙强盗，杀了全家人，自己被首领带回去养大。长大后他发现雷城可以满足自己所有遗憾，便开始一心听雷寻找雷城，没想到被南海王戏耍。
他便想通过吴家人帮助自己拿到听雷神器并取得宝物，于是给吴邪发短信假冒吴三省，吴二白识破他诡计，不让吴邪参与。哪知半路杀出个焦老板也来抢夺宝物，把吴邪卷了进来。吴邪杀了焦老板，也算是为自己清除了一道障碍。贰京还承认自己在青铜片上抹毒药，只有自己能解，交换条件就是吴邪交出身上的最后一批碎片。
见到解药后贰京反悔承诺，上去抢夺青铜片，仍要杀人灭口。眼看贰京手下赶来，吴邪一抖机灵，把炸弹丢入贰京衣服口袋中，带领王胖子等人逃跑。贰京以为自己就此要结束生命，停了半天没见动静，拿出来却发现是个打火机。
众人安全后，王胖子突然倒地，发现是青铜片中毒。吴邪就和大伙儿商量，采用麻雀袭扰的方式骚扰看守解毒药的人。几番较量，那些人已经精疲力尽，吴邪顺利拿到解药救了王胖子。
贰京进入南海王宫庙欣喜若狂，本以为毒素能牵制住吴邪，结果被他轻而易举搞定。现在他准备拿出最后一张王牌，就是利用吴二白来要挟吴邪。正当他要杀死吴二白的时候，吴二白突然从轮椅上站了起来，并撕下面具，原来这是吴邪让黑眼镜假扮吴二白。黑眼镜不敌众人，逃跑。
贰京穿上南海王王服，开始举行盛大仪式，并且播放名为“财富”的磁带。雷声震震，墙壁崩裂，蹦出磷光，吴邪推断里边一定死了许多人，刘丧还听到许多惨厉的叫声，同时毒雾散发出来。
吴邪回想三叔留下的话，放下既无烦恼，一切烦恼皆为贪婪引起，开始明白贪婪的人皆无好下场，焦老板就是最好的例子。当时南海王找到了替代青铜的材料，但是这些材料有剧毒。平时这些毒气被包裹起来，当雷声响起，就会把毒气震荡出来。
现场的人被毒气熏得痛苦不堪，贰京也中毒至深，开始出现幻觉，他感觉自己已经获得宝物，到处金光闪闪。黑眼镜发现引起雷声的装置可以持续一个月，也就是说这些毒雾要散发一个月，那样的话死当区就会充满毒雾，不能再进人。
白昊天带队去关闭死当区的入口，顺便把解药扔了出去。吴邪带队去关闭听雷装置，他换上名为“净化”的磁带，雷声开始变化，中毒的人像得了狂犬病一样相互攻击。此时贰京像是金刚附体，死死掐住吴邪的脖子，张起灵拿刀刺穿他脖子都无济于事，反而被其打伤。眼见贰京拔出刀要刺杀吴邪，雷声突然停止，毒气停止散发，贰京也瞬间倒地，同时攻击白昊天等人的虫雾也跟着消失，危险彻底解除。
神器自毁，从十一仓出去后，吴邪把它交给了研究所。吴二白手术非常成功，不久就能恢复行走和说话。霍道夫帮助吴邪打理吴山居，气得王盟大哭，他感觉自己被抛弃了一样。哪知吴邪给了他百分之十的股权作为回报，从此他成了股东，把他感动地哭得更厉害了。
霍道夫继续自己的所长，向医院申请了实验室，开始潜心研究青铜片毒素。黑眼镜去拜祭楚楚，解雨臣向他透露楚楚并未死，让他欣喜不已。王胖子为了飘飘女儿小梅上学，当起了她的监护人，也成为她真正的父亲，父女俩人相处融洽。曾经冷清的吴山居现在开始热闹起来，吴邪和王胖子、张起灵、白昊天、霍道夫、黑眼镜等人经常把酒言欢，过起了幸福的生活。
