《衡山医院》电视剧是由董志强执导，秦俊杰、孙铱、涂松岩、孙爽、刘子赫、奚美娟领衔主演的谍战剧。该剧以民国时期的衡山医院为背景，讲述了以共产党和国民党为首的多方势力的较量角逐，上演了一场二十世纪30年代大上海的风云故事。出身贫苦的马天明浪迹在上海滩，遭陷害卷入一场灭门惨案，逃亡过程中意外顶替了留洋医生蔡里昆的身份藏身于衡山医院。红色商人朱天德手里掌握着一大笔秘密的红色资金，却在躲避敌人追捕时突发急病昏迷，住在衡山医院。国民党特务，日本军部，上海青帮等各方势力都对这笔巨款虎视眈眈。因伤也住进衡山医院的蔡里昆本人正是苏区派来接应朱天德的特派员，他让马天明维持假身份，两人结成同盟，与各方恶势力周旋。在险象环生的斗智斗勇中，原本一心为财的马天明被革命者蔡里昆的高风亮节所打动，真正成长为一个深晓民族大义的革命战士，最终战胜了恶徒，完成了组织交予的任务，同时也为自己洗清了冤屈。
第18集：马天明放火烧小洋楼
梅司令要求医院配备套房大床，但是衡山医院设施规格相同，天明故意找梅司令的副官搭讪，跟他提及小洋楼的事情。果然梅司令不顾陈正源的解释和阻拦，非要占楼为己用，甚至在陶成凯面前自诩是军界前辈，从而和李全发生冲突。
两伙人持枪对持之际，苏院长带人及时出现，最终在她的调停下，总算平息了这场恶战。梅司令在临走前撂下狠话，倘若朱天德没有搬出去，他会一把火烧了小洋楼。马天明将此事告知蔡里昆，认为可以趁机转移朱天德。
正当苏院长责备陈正源招惹梅司令，怎料小洋楼突然失火，众人匆忙赶去投入救火，马天明涉险将朱天德救了出来，随着对方被送往急救室，他也逐渐昏倒。李全怀疑梅司令，可是陶成凯却认为这一切太过巧合，因此怀疑是他们故意借着梅司令的话，暗中放火转移病人，如此就能洗脱嫌疑，还会制造军阀与国民党之间的争端。
自从小洋楼被烧得无法住人，梅司令也不再计较病房的问题，陈正源接他去体检，恰巧在出门时遇到陶成凯，现场气氛再度陷入焦灼。马天明见状躲了起来，之后便劝说陶成凯不要跟梅司令计较，现在当务之急是要给朱天德找一个合适的病房。
马天明推荐住院部顶楼的房间，因为那里空间够大，关键是隔壁病房没人住，比较安静适合休养。陶成凯略有迟疑，便让马天明带他先去看下病房环境，结果发现了天花板上的通风管道。
此时管道里传出异响引起了陶成凯的注意，马天明紧张不已，连忙找了个借口糊弄过去。幸好陶成凯考虑再三，还是决定要把朱天德留在衡山医院里治疗，马天明暂时松了口气。由于蔡里昆手臂受伤，马天明代替他为朱天德治疗。
与此同时，薛宁主动找到牛二，逼他说出之前与武探目的交易内容，奈何牛二太过狡猾，始终不肯配合，还没等他把话说完，突然中枪身亡。薛宁追了出去，可惜未见可疑人的踪影，反倒是在牛二房间里发现了一个纸袋，里面装着苏院长丢失的两万块钱。
从牛二家离开后，薛宁亲自前往医院，并且拿出章娜娜的照片向白茱莉求证，从而得知珠珠的真实身份。马天明见薛宁让白茱莉发誓和阿财的死无关，刚想将杀人罪揽在自己身上，没想到白茱莉竟主动承认，可她从不后悔，至少保证了章娜娜的安全，也让这个孩子得到幸福。
白茱莉准备跟薛宁去自首，却不见薛宁踪影，他临走前托护士带话，让白茱莉照顾好章娜娜。薛宁扮成搬家工混进白家，看到章娜娜深得白文成夫妇的疼爱，对此很是欣慰，同时叮嘱章娜娜要在白家好好生活，自己会尽快抓住凶手。
丁四爷没有将马天亮灭口，而是让手下给他频繁注射吗啡，导致其染上毒瘾，最终成为任人摆布的傀儡。原本马天明和薛宁约定好时间见面，可他在下班时遇到鬼面人，并被对方强行带走，就连阿力也在车里。
第19集：苏院长掌握重要秘密
马家兄弟被绑在丁四爷的宅邸里，丁四爷拿出章娜娜的照片，威胁马天明说出这个孩子的下落。马天明回想起章娜娜在白家看到自己的情景，基本可以判定她的真实身份，索性便故作不知，但是为了保住两个弟弟，不得已说出朱天德掌握五百万神秘资金以及陶成凯在衡山医院的事情，假意要用这笔钱换他们活命。
丁四爷早已对此事有所耳闻，认定马天明绝对不是胡编乱造，愿意给他一个月时间弄到钱，前提是要让马天亮留下来当人质，否则一律免谈。马天明和阿力被放了出来，忽然想起要与薛宁见面的事情，奈何赶去约定地点时，对方早已离开。
第二天早上，马天明主动向薛宁坦白，承认自己假冒蔡里昆的事实，本来想解释缘由，岂料薛宁竟强行押着他去见苏院长，并且拿出之前在牛二住处找到的两万块钱。马天明以为薛宁是要拆穿自己，正当他支支吾吾考虑该如何开口，没想到薛宁主动替他说话，谎称牛二派孤儿偷走善款，如果不是马天明提供的线索，他也没办法查到真相。
善款之事暂且告一段落，薛宁陪着马天明去找白茱莉，表示丁四爷到处寻找章娜娜，所以她留在章家并不安全，应该及时送出上海。然而白茱莉果断拒绝，坚持要把章娜娜留下来照顾，并未听从薛宁的安排。
由于陶成凯在处理小洋楼过程中出现失误，导致他被处长问责，上峰勒令他撤出衡山医院，并让力行社接手。眼见事已成定局，李全心有不甘，他和陶成凯起了争执，结果被对方开枪打伤，索性跑去投靠曲如森，实则是演了一出苦肉计潜伏进力行社。
此事过后，陶成凯找到了马天明，声称自己短时间内都不会出现在衡山医院，但是朱天德依然会由马天明负责治疗。马天明佯装惊慌，表示现在没有党务调查处的保护，担心共产党会对他不利。
医生协会要进行信息登记，苏院长从抽屉里拿出几个信封，先是见到了马天明戴着学士帽的黑白照片，紧接发现还有一张毕业合影，与导师一同合影的蔡里昆竟是韩城本人。苏院长明知现在的“韩城”和“蔡里昆”都名不副实，可她还是将假资料交给陈正源，替两人隐瞒身份。
会议上，苏院长当众批评陈正源招惹了梅司令，搞得医院乌烟瘴气。陈正源气不过，于是指责马天明把公车当成私车用，苏院长认为现在医院发生太多事情，他们应该重新整顿纪律，所以决定明天找个专职司机。
马天明打算推荐蔡里昆当司机，可以利用这个身份随便进出医院，因此他找机会让蔡里昆在苏院长面前展露修车手艺。苏院长没有放在心上，而是让马天明负责面试司机，老吴想为儿子谋得这份肥差，故意将应聘者打发走，殊不知正中马天明的圈套，最终苏院长答应让蔡里昆试用司机。
第20集：白文成惨遭枪击身亡
白文成夫妇为章娜娜重新布置家里，此时已焕然一新，显得格外温馨。白茱莉在章娜娜的绘画作品里看到两幅图，分别是一座豪华的房子，以及小女孩躲在窗帘后面偷窥外面的三个人，令她不由想起章家灭门惨案的事情。
正因如此，白茱莉忽然明白章娜娜为何惧怕马天明，意识到事情有些不对劲，亲自去找马天明问个清楚。面对白茱莉的质疑，马天明内心很是不爽，他拒不承认曾经去过章家，而是觉得章娜娜以为自己和凶手长得很像，或者是受到重大刺激导致记忆错乱。
尽管白茱莉怀疑马天明拥有双重人格，也就意味着他在法国巴黎是受人尊敬的医生，可是来到上海便是穷凶恶极的杀人犯。马天明对此深感无奈，一再否认自己有双重人格，希望能得到白茱莉的信任。
武探目得知章娜娜出现在白家公馆，于是便将这个消息卖给丁四爷。白茱莉答应母亲会回家吃饭，所以带着马天明买了许多礼物，奈何白家已准备好晚宴，白文成对此满怀期待，于是带着章娜娜开车去接他们，没想到半路竟遇到丁四爷的手下。
这伙人不仅抢走了章娜娜，甚至朝白成文连开几枪，尽管白成文被送往医院抢救，可他还是无力回天，最终死在手术台上。白茱莉闻悉父亲去世的噩耗，顿时悲痛不已，她后悔让白文成牵连其中，同样想尽快找出凶手，所以便寻求马天明的帮助。
薛宁得知章娜娜被人劫走，认为事情和武探目有关，警告他不要再为钱害人。武探目想从背后偷袭薛宁不成，反而摔倒被自己手里的玻璃瓶扎死。事后，薛宁迅速组织人手扫荡了丁四爷的工厂，依然没有找到章娜娜，但此时章娜娜和马天亮关在一起，她看着马天亮毒瘾发作，在地上打滚大叫，整个人缩进被窝里。
马天明准备去找朱茉莉坦白所有实情，不料竟撞见她在宿舍内割腕自杀，于是便破门而入。幸好蔡里昆对白茱莉及时抢救，这才令她捡回一条命，马天明守在床边，实在想不通为何要想不开。林静珊认为白茱莉适合风花雪月，现在上海时局只会越来越乱，所以劝马天明带白茱莉远走高飞，继续蹚浑水只会丢了性命。
如今蔡里昆已成为苏院长的司机，他可以利用职务之便，经常出入朱天德的病房，同时发现他手指敲击的频率很像摩斯密码。老吴被曲如森收买，于是在病房外面偷听，随时跟他汇报情况。曲如森瞅准时机溜进朱天德的病房，却见他毫无醒来的迹象。
通过这段时间的观察，蔡里昆认为朱天明是向他们传递某种信息，所以要尽快跟外面的同志接头，至于马天明则继续留意朱天德的手指。老吴偷听到谈话，立马向曲如森告密，从而获得一笔报酬。马天明找到了田楚君，继而将上级指示带回去。
第21集：马天明和蔡里昆闹翻
曲如森进入朱天德的病房查探，恰巧被林静珊撞见，于是她将此事告知马天明。蔡里昆开车送苏院长外出办事，主动向苏院长借英文版的《基督山伯爵》，继而对照书内容破解密出四位密码，及时传递给田楚君。由于花旗银行密码至少应该有十位数字，所以目前还缺少六位，田楚君担心暴露，便决定废弃春来茶行，另寻其他联络点，通知蔡里昆近期留意报刊广告。
白茱莉已逐渐醒来，只不过目前还处于颓靡状态，林静珊劝她好好生活，毕竟还有许多人在关心。白茱莉好奇林静珊是否想过寻思，林静珊想到自己被中村要求切腹，表示曾经离死亡如此近，可是贸然寻思只会惩罚别人，并不能彻底解脱。
马天明和蔡里昆遭绑架，幕后主谋正是曲如森，甚至当场拆穿两人的身份，逼迫他们交出密码。尽管蔡里昆坚决不从，可是马天明为能保命，干脆跟蔡如森谈好条件，假意带他去车库，没想到真在一个盒子里找到笔记本，上面隐约出现数字。
正当曲如森出尔反尔，打算要杀马天明灭口，结果阿力突然从背后刺死曲如森。此事过后，阿力跟着马天明回到病房，刚想给蔡里昆松绑，怎料马天明居然出声阻止，质问蔡里昆为何明知道密码还要隐瞒。
因为丁四爷的缘故，阿力和马天明争执起来，甚至用手枪顶着自己的头阻止马天明。然而马天明顾不得想后果，立马给丁四爷打电话，声称自己已经拿到密码，奈何刚说了几句，蔡里昆竟将电话挂断，提醒马天明根本救不了马天亮，因为现在手里只有一半密码。
马天明主动找到鬼面人，请他帮忙处理曲如森的事情，还特地叮嘱要找一个罪大恶极之人当替罪羊。鬼面人将老吴骗到郊外杀死，伪装他与曲如森互殴致死的假象，薛宁接到报警来到现场，一眼就看出破绽。
没过多久，警察查到老吴和曲如森都是衡山医院的人，薛宁意识到情况不对劲，立马让人篡改了现场侦查记录，随即前往医院。苏院长得知此事深感震惊，实在不相信老吴会枪杀曲如森，薛宁坦言曲如森是在衡山医院遇害，之后才转移到外地，至于其中细节不便于透露。
阿力懊悔自己没能阻止马天明拿密码救马天亮，于是亲自去向蔡里昆道歉，但是蔡里昆表示理解，也讲述起自己的经历。通过这件事情，阿力深刻了解到共产党人的伟大，便提出要加入共产党，并且愿意遵守共产党的纪律。
私底下，李全与陶成凯见面，从而汇报了曲如森的死讯，也让党务调查处再次赢得主动权，两方上级领导为此斗得如火如荼。小吴被巡捕房和力行社轮番审讯，实在想不通老吴为何要杀害曲如森，他顶多在薛宁的提醒下，想起老吴最近手气很好，应该是有人给他拿钱。
因为已经解决了曲如森，蔡里昆暂且不用担心暴露，他照常去病房探望朱天德，希望对方继续给自己传递密码。马天明故意跟李全打听曲如森的事情，李全倒是没有起疑，而是提醒他别问太多。
第22集：薛宁用烟土换章娜娜
如今曲如森已死，李全也回到了党务调查处，蔡里昆试图让朱天德继续敲出余下的密码，结果毫无任何进展。正当蔡里昆准备离开时，险些被李全发现，幸好马天明及时出现遮掩，同时对蔡里昆有了怀疑。
两人为这件事吵得不可开交，蔡里昆认为马天明不信任自己，那就没有合作的必要，然而马天明也警告蔡里昆私下继续去见朱天德，他会让对方再也进不了病房。最终，蔡里昆只好妥协，并且提醒马天明接下来的行动务必小心，因为曲如森的死已让国民党特务更有警觉。
由于曲如森的事情导致衡山医院声誉受损，董事会问责苏院长，决定暂停孤儿院的筹建。苏院长主动去找苏院长，希望他能给自己一个说法，但是薛宁则表示小吴被特务调查处抓走，他对此无能为力。
回去途中，苏院长心事重重，蔡里昆见状提议她找陶成凯要人。苏院长别无他法，只好同意让马天明先去试试，或许陶成凯会给马天明几分薄面。之后的日子里，马天明安排阿力接替老吴当锅炉工，并且住在蔡里昆对面，但是蔡里昆却觉得马天明是想要监视自己。
阿力已经决定加入共产党，马天明得知此事，狠狠打了他一巴掌。陶成凯将薛宁约出来喝咖啡，想要劝说他加入党务调查处。薛宁委婉拒绝，恳请陶成凯告知小吴的下落，从而得知力行社的地址。除此之外，陶成凯也把朱天德事情说给薛宁，希望他能保持衡山医院的安宁。
薛宁带人突袭力行社的地盘，成功救出小吴。阿力将此事告知蔡里昆，顺便缓和他与马天明之间的关系。日本人承诺扶持丁四爷做上海滩的老大，前提是要帮他们做鸦片生意，随着马天明的毒瘾越来越严重，马天明跪求丁四爷让他带弟弟去戒毒，结果遭到丁四爷的拒绝。
马天亮趁丁四爷等人不注意，主动跟马天亮透露章娜娜的所在地，以及丁四爷会在明晚十点去共荣码头卸货，里面全是他走私贩卖的鸦片。马天明第一时间将消息告诉了薛宁，让他想办法营救章娜娜。
当天晚上，丁四爷的鸦片刚到达码头不久，便见薛宁带着巡警赶来，当场扣押工人和所有鸦片。丁四爷邀约薛宁见面，想让他把鸦片还给自己，薛宁要以章娜娜作为交换，最终逼迫丁四爷答应。
因为章娜娜从始至终都在担心白文成，所以薛宁主动带她去见白茱莉。看着章娜娜完好无损地站在面前，白茱莉总算落下心头大石，并且有些难过，两人约定以后再也不分开。马天明得知薛宁用十吨烟土换回章娜娜，顿时有些震惊，继而向他表达了感谢。薛宁觉得马天明是个好孩子，只不过跟着马天明毫无前途，其实马天明很清楚薛宁是嘴硬心软，已经用实际行动帮助了兄弟，现在打算要跟白茱莉坦白真相。
第23集：白茱莉决定离开上海
经过再三考虑，马天明下定决心坦白过去，他在白茱莉面前，毫不掩饰地谈起曾经的梦想，可惜终究还是被现实打败，尤其是背负着杀人犯的罪名。尽管白茱莉没那么快适应马天明的身份，可他还是很感谢对方照顾，反倒是薛宁并不看好这段感情，因为马天明对于白茱莉就像是一个过客，他的江湖不在医院而是市井。
白茱莉解开了章娜娜对马天明的误解，承诺会迟早抓住真凶。苏院长带着白茱莉和章娜娜去祭拜白文成，并且表示他故意隐瞒肝癌晚期的事情，无非是不想让家里人担心，甚至在私底下关照白茱莉曾帮助过的人。
苏院长为了让白茱莉安心静养，索性安排她去香港玛丽学校进修，远离这个伤心之地。林静珊知道马天明内心不舍，好奇他为何不做挽留，但是马天明觉得自己没有资格，或许选择放手才能成全对方的幸福。
临别前夕，蔡里昆来找白茱莉聊天，他认为回忆可以帮助自己检视过去，也有可能会妨碍自己展望未来，与其沉浸在过去的痛苦之中，倒不如彻底释怀，至少要给活着的人带来希望，如果要彻底忘记一些事，首先要先学会去面对。
第二天早上，白茱莉收拾好东西，准备带着章娜娜悄悄离开医院，没想到苏院长和同事们早已等在外面，唯独马天明躲起来不敢露面，亲眼目睹大家合影留念。蔡里昆开车送白茱莉去码头，白茱莉告诉蔡里昆，已经知道了他的身份，既敬重他是蔡医生，也敬重他是共产党。
章娜娜从噩梦中醒来，叫嚷着不想去香港，因为她还记挂着大毛他们，蔡里昆也劝白茱莉别走。马天明火急火燎地追去码头，怎料码头已经停止检票。正当他颇感失落，没想到章娜娜竟出现在身后，原来白茱莉根本没有走，而是决定留下来。
当天晚上，阿力在蔡里昆的带领下庄严宣誓，正式加入共产党。随着西安事变爆发，社会各界都在观望蒋介石和国民党的态度，陶成凯依然让人盯紧朱天德，奈何朱天德的病情始终毫无进展。
蔡里昆继续给朱天德治疗，阿力跟他提及西安事变，期待国共能够合作，以后也方便蔡里昆自由出入。马天明斥责阿力不懂乱说，现在国共联合抗日，打走日本人还不知道是什么情况。
丁四爷得知马天明利用青帮处理曲如森，当时还有一个司机在现场，于是便通知马天明将蔡里昆灭口。马天明则是帮蔡里昆说话，声称他就是个贪财的小人，毕竟现在衡山医院出了太多事情，如果司机再遇害必然会引起注意。
马天明保证自己会盯好蔡里昆，绝不会让消息泄露出去，丁四爷考虑马天明说的话也有道理，暂且答应他的提议。回去途中，阿力非常气愤马天明出卖蔡里昆的行为，结果这对兄弟俩又闹得各种不愉快。
第24集：日本人做实验引危机
阿力在蔡里昆的教导和发展下，终于宣誓入党，并且很快学会了摩斯密码，而他所接受的第一个任务，便是去邮局发电报。线人因为牛二和武探目相继惨死，担心自己人身安全，薛宁简单安慰几句，花钱将他打发走。
中村查到现在市面上流露出许多鸦片，并且有不少人吸食过量鸦片致死。丁四爷坚持否认此事与自己有关，事实上，中村也毫不在意，他只想通过丁四爷的渠道走私贩卖海洛因。丁四爷认为贩卖海洛风险太大，陷入犹豫。马天明躲在门边偷听两人谈话，内心已打好小算盘。随即去找丁四爷，表示自己有办法降低烟土毒性。
马天明继续照顾朱天德，结果给他翻身时，意外碰掉呼吸管，导致朱天德性命垂危。幸好白茱莉听到警报，及时赶来给朱天德抢救，这才转危为安。白茱莉忍不住嗔责马天明，甚至向苏院长申请要与他共同治疗朱天德。
陶成凯找到薛宁，主动提及最近鸦片致死事件，因为此事牵涉甚广，便想劝说薛宁暂且放下以往恩怨，与他联手调查日本人贩毒，毕竟在民族大义面前，大家应该一致对外。当天夜里，马天明梦见他要带弟弟离开被丁四爷发现，最终两人死于枪下。
恰巧此时，苏院长突然跑来通知马天明外出急诊，起初马天明还找各种理由拒绝，但是看情况似乎很紧急，实在推脱不了。蔡里昆以司机身份送马天明去指定地点，结果发现车子越开越偏僻，很快便来到郊外。
隔离区戒备森严，所有人穿着防护服，在陶成凯的介绍下，马天明得知日本人在东北以净化水为由建立了实验室，但是他们发现经常有中国犯人被送到里面，而且还是有去无回。为了调查清楚真相，国民党中尉主动请缨伪装成普通老百姓的身份混入实验室，却不想发现对方在做细菌实验。
后来中尉从实验室逃走，没想到刚回上海就发高烧，现在各地全家都将赶来。蔡里昆认为中尉属于传染性细菌引起发烧，应该是日本人在为细菌战做准备，他们必须要尽快拿到血清才能进入研究，否则上海三百万的老百姓危在旦夕。
马天明不想沾染这些事情，要是他们研究不出来治疗办法该如何，但是蔡里昆却反问他如果感染者是阿力、小四、白茱莉和章娜娜，他是否还会这么想。陶成凯回来之后，表示自己知道“蔡里昆”有参与传染性疾病的经验，所以才会将他找来，现在专家因为天气原因飞机延误，只能靠蔡里昆帮忙。
蔡里昆突然要代替马天明进入隔离区检测病人情况，再由马天明通过电话进行远程指导。面对陶成凯的质疑，蔡里昆解释自己曾在一个种植园工作过，有注射和实验的基础。马天明也保证蔡里昆有那个能力，陶成凯只好同意。
临分别之前，蔡里昆坦言自己倘若进去没能出来，就要拜托马天明继续完成朱天德和那笔资金的任务。马天明紧紧抱住蔡里昆，叮嘱他要平安回来，哪怕是为了远在国外的妻儿。
第25集：蔡里昆在隔离区留下
详细检查之后，蔡里昆发现少尉的病情远比想象严重，至少发热时间已超过二十个小时。马天明质问陶成凯故意隐瞒此事，但是陶成凯根本毫不知情，他只知道少尉是从昨晚开始发烧，起初都以为是肺炎导致，结果错过了最佳时间。
由于少尉经抢救无效死亡，蔡里昆打电话通知马天明，让他提醒陶成凯赶紧焚毁少尉接触过的东西，包括所有相关接触之人都要隔离。正当马天明准备派人去接蔡里昆出来，没想到蔡里昆已经决定将细菌接种到自己身上，从中找出解决方法。
马天明无法阻止蔡里昆的解决，对此感到十分难过，只能眼睁睁看着他继续呆在隔离区。陶成凯好奇“韩城”的真实身份，马天明对此有所隐瞒，反而怒怼陶成凯有时间研究蔡里昆，倒不如赶紧催促专家早点抵达上海。
蔡里昆注射细菌后，最多能给专家争取三天时间，继而投入到血清的研制工作当中。马天明回到医院，便将蔡里昆的事情告诉了阿力，包括接下来的任务，等他们问出密码，再由阿力向组织汇报。马天明坐在陪护床旁自言自语，因为他知道蔡里昆暂时无法回来，自己也不知道能待多久，所以便希望朱天德赶紧把另一半密码说出来。
随着专家团抵达上海，他们提供的意见与蔡里昆推断一致，足以证明少尉患上感染性极强的炭疽杆菌。陶成凯组织专家们开会，马天明打电话给蔡里昆，从而得知蔡里昆开始出现流感症状，虽然试图从血液样本中提取毒株进行培养，但是结果不尽如人意。专家没有想到细菌破坏性这么大，也令马天明更加担心。
与此同时，日本人对国民党潜入实验室的事情非常重视，中村得知马天明出急诊，猜测可能与东北实验室逃出的病人有关，便让林静珊继续调查。林静珊向马天明试探病人的身份，马天明敷衍了事。
当天晚上，马天明和阿力来到病房，发现蔡里昆敲出完整密码，两人立马记录下来，没想到刚走出大门就被陶成凯拦住。陶成凯早已知道蔡里昆和马天明的身份，所以他让马天明交出密码。然而陶成凯刚把密码拿到手里，怎料黑衣人的出现，直接打伤李全抢走密码。
林静珊趁乱潜入病房给朱天德注射药物，令其当场丧命，随即回到车上跟黑衣人汇合，所谓黑衣人正是中村。马天明和陶成凯听到报警冲上去，发现朱天德已经死亡。马天明极力想要抢救朱天德，陶成凯怀疑是他杀死了朱天德。
面对陶成凯的质疑，马天明是有嘴也说不清，陶成凯分析杀人凶手和黑衣人同时作案，应该是同伙，而且凶手一定是医院内部人员，要求排查医院所有人。马天明认为如此会打草惊蛇，于是提议对外谎称朱天德还没有死，这样凶手就会前来验证，他们就可以顺藤摸瓜找出真凶。
第26集：朱茉莉险些破坏计划
如今朱天德已死，当务之急是要找回密码，顺便借助陶成凯的势力。白茱莉要去给朱天德看病，结果被马天明拦在门外，态度强硬地接受有关于朱天德的后续护理和治疗。白茱莉认为马天明就是冒牌医生，所以不肯把病人交给他，而是主动去找苏院长。
刚巧苏院长在接待陶成凯，得知他已指定马天明作为朱天德专属医生。陶成凯坚持要用马天明，以封闭式治疗为理由，打断了白茱莉的抗议。最终，苏院长只好宣布以后没有马天明的允许，任何人不许进入朱天德的病房。
待陶成凯走后，苏院长让白茱莉尊重别人的意见，还要学会相信马天明，因为他已经与衡山医院合为一体。开会之时，苏院长再次强调大家不能随意进出朱天德病房，白茱莉强压着内心的不满，林静珊看出异样，主动过去关心询问，但是没能问出有用信息，反倒是从小天口中了解到马天明给朱天德用药。
经过一段时间，蔡里昆的情况已有所好转，从他感染肺炭疽至今超过30个小时，但是流感症状陆续减轻，完全与少尉发病的状况相反。然而马天明还未开心多久，蔡里昆身上的病菌发生了变异，甚至出现高烧疼痛以及呼吸困难症状，就连培养减毒疫苗的办法也彻底失败，因此专家们断定他之前症状缓和只是一种假象，依然没有脱离危险。
中村来到日本领事馆，提出当面将密码交给总领事，可却被告知总领事回去述职，同时掌握了丁四爷利用鸦片牟取暴利的证据。原本中村事先跟林静珊聊起资金的处理权，可他现在不得不认同将密码交出去。
马天明熬制了新的烟土，不仅毒性降低很多，就连味道也和之前毫无差别，利润反倒提高三倍。丁四爷见状对此很是满意，打算要给马天明奖赏。与此同时，白茱莉不断在朱天德病房外徘徊，她担心马天明不懂治疗，刚要进去却被阻止。
马天明答应会给朱天德抽血，实则是把自己的血抽了出来，并且谎称蔡里昆要在病人家里多逗留几天。白茱莉当场拆穿马天明的谎言，林精神路过时听到二人谈话，于是便觉得谣言想要不攻自破，需要找人亲自去查看，所以她愿意当马天明的证人。
事实上，林静珊是想以此方式进房间查看朱天德是否还活着，奈何马天明果断拒绝，表示自己根本不在乎别人的看法。回到病房后，马天明颓败地蹲在地上，示意阿力不要出声，直到林静珊彻底离开才松了口气。
由于蔡里昆还在隔离房忙碌着手头上的事情，陶成凯主动打去电话，拆穿他本来就是医生。尽管蔡里昆始终不肯承认，谎称自己的记忆还未恢复，但是陶成凯很想知道究竟是什么样的信仰和力量，才让他义无反顾地用自己做实验。对于陶成凯的疑惑，蔡里昆认为普通市民并非都很懦弱，他们在家国大事上，照样可以义无反顾地牺牲生命。
第27集：丁四爷为求自保杀人
如今蔡里昆情况非常不好，可他依然坚持研究血清。中村收买了谭老板的妻子，暗中给他下毒，没过几天便传出谭老板死讯。丁四爷知道这是日本人的手笔，并且发现日本人在暗中调查自己，于是便让丁老虎关闭广善堂，尽量保护好马天亮。
此事过后，丁四爷主动约见中村，声称丁老虎背着他往烟土掺假，继而让鬼面人将丁老虎灭口。马天亮躲在门外听到谈话内容，立马打电话通知薛宁，至于丁老虎则是慌不择路，他自知已成为丁四爷的替罪羊，现在正遭鬼面人追杀。
薛宁想要阻止这一切，结果在一个岔路口，跟丢了两人。鬼面人向丁四爷汇报情况，表示丁老虎已经逃走。丁四爷提醒鬼面人务必杀死丁老虎，顺便问起丁老虎是否留下什么话，鬼面人想到丁老虎说的事情，还是对丁四爷有所隐瞒，甚至忍不住在内心打了个疑惑。
白茱莉从检验科得知马天明送来的血液根本不是朱天德，于是偷偷溜进病房，结果发现朱天德居然已经死亡。此时马天明去找苏院长，表示自己想要治好朱天德，可是用尽了各种方法都没用。
苏院长跟马天明坦诚相待，表示风险其实有很多种，但是最大的风险就是付出自己的身心，所以这也就是为何医生值得尊敬，因为他们无时无刻都在面临着风险，所以苏院长理解蔡里昆的决定，也安慰马天明不必给自己太大压力。
因为朱天德的死讯，白茱莉第一时间猜测是马天明用药太重才会导致这种结果，马天亮主动向白茱莉坦白，他知道朱天德是死于谋杀，只不过凶手没有找到，他所做的行为，就是为了引出真正的凶手。
马天明想请白茱莉帮忙保密，奈何白茱莉认定是马天明治死了朱天德，而他只是想隐瞒这场医疗事故。最终在这场争执中，马天明选择放弃辩驳，索性让白茱莉验尸。与此同时，蔡里昆出现高烧症状，生命只剩下不到12个小时，防疫局势十分紧张。
日本领事责备中村只拿到一半的密码，中村认定是马天明搞的鬼，叫来林静珊商量对策。林静珊大胆地猜测朱天德并没有死，虽说自己给他注射的吗啡足以致死，但是院方到现在还没有公布他的死讯，而且马天明又全面接管了病房，说不定他们还有机会。
林静珊以测血压为名要进朱天德病房，结果遭到马天明的阻拦。作为唯一知情人的林静珊，还是跟马天亮讲述了一个事实，那便是她在朱天德遇害当晚，曾经过病房，恰巧听到病房内传出枪声。
由于此事关系重大，林静珊自称没有对别人提及过，所以便约马天明今晚八点来宿舍找自己。原本马天明想要拒绝，可在林静珊的一再坚持下，还是答应赴约。阿力认为林静珊两次不请自来，极有可能就是凶手。
而在另一边，白茱莉对朱天德的遗体进行了化验，发现他身体残留着过量吗啡，足以说明马天明并没有说谎。白茱莉要把这件事情告诉薛宁，马天明赶紧阻止，索性向她坦白一切，包括朱天德携带五百万红色资金被敌人追杀，以及蔡里昆的真实身份。
现在蔡里昆为给专家争取研究血清的时间，直接将细菌接种到自己身上，他必须要完成蔡里昆的使命，找出真正杀害朱天德的人，拿到密码将那笔钱取出来。白茱莉对此大为震惊，提出要去见蔡里昆。
第28集：林静珊与马天明谈判
马天明带着白茱莉进入隔离区，两人在病房外看到蔡里昆躺在床上。蔡里昆听到白茱莉的声音非常吃惊，白茱莉让他不用解释，自己都明白。蔡里昆为自己隐瞒了真实身份这么久，于是向白茱莉道歉，他知道白茱莉一定能够理解自己的选择，因为他们都是有信仰的人。不管是作为医生还是革命者，他们的目标都是一致的。挂掉电话后，白茱莉忍不住流出了痛苦的眼泪。
当天晚上，马天明如约来到林静珊的宿舍，并在家里藏好窃听器，便于陶成凯等人窃听。林静珊已准备好烛光晚餐，但马天明毫无心思，而是拿出朱天德的化验报告，证明他是死于过量吗啡，恰巧那天夜里只有林精神进入过朱天德的病房。
林静珊开门见山地表明身份，坦言她是日本特务人员，隶属于日本军部，多年前奉命潜伏在衡山医院。马天明震惊不已，怎么也没有想到林静珊竟属于日本黑龙会。林静珊不以为然，毕竟马天明能够扮成留洋医生潜伏进衡山医院，她也自然可以成为外人眼中的护士长。
对于朱天德的死亡事实，林静珊大方承认，并且让马天明交出密码，想要和她一起远走高飞。马天明谎称密码在蔡里昆手里，而此时蔡里昆已经感染炭疽身在隔离区，他提出让日本人用炭疽血清交换密码。
正当林静珊要与马天明做交易，没想到马天明突然打来留声机邀请她跳舞，实则变相提醒她赶紧逃走，陶成凯正带人在楼下监听。林静珊见状神情复杂，只好先行离开，岂疗走到半途中就看到国民党特务上来，于是赶紧跑向其他出口，并且开着国民党的车扬长而去，恰巧被陶成凯打伤。
正因林静珊掌握着至关重要的保命血清，再加上两人之间多少有点情分，所以马天明没有听从陶成凯的安排，而是留了她一条性命。陶成凯对此十分不解，马天明则表示只有林静珊才能救出蔡里昆，她有足够理由进入隔离区，至少目前不能下杀手，如果他们将细菌的事情传播出去，势必会对日本人在中国的布局产生不良影响。
与此同时，一名记者偷偷闯入隔离区被发现，审问之下才得知他就是日本军方的奸细，是为了追寻从实验室逃走的中国军人。因为有了特务的证词，日本人发起细菌战的情报基本坐实，陶成凯打电话给蔡里昆，将此事告知他，并且询问他为何要冒着暴露的风险选择留下来。
蔡里昆表示自己也不想死，但他是做了一个人应该做的事情。陶成凯对蔡里昆的品德钦佩不已，叮嘱他一定要好好活下去。日本军方就密码的事情进行了研究，最终决定拿出血清救蔡里昆。
但是日本人要求马天明不能把细菌战的消息泄露出去，所以要对外伪装成中日亲善的事例，宣传是中国医学专家在日本专家的帮助下征服了这种罕见细菌，待事成之后，再将马天明杀掉灭口，嫁祸给中国。军方让中村保证，倘若此事失败，就要切腹谢罪。
第29集：马天明跟日本人合作
待日本军方商榷结束后，林静珊约马天明见面，将此事转述给他，但是马天明实在接受不了叛国的做法，因为这已经侵犯了他的底线。李全让马天明先答应日本人的条件，至少要把血清拿回来，反倒是阿力发现马天明经常跟陶成凯走动频繁，忍不住好奇他的近况。马天明面色凝重地看着阿力，表示蔡里昆目前情况危急，以后恐怕没有人再教阿力如何工作，所以他需要尽快成长为一名战士。
中村带着日本领事去见丁四爷，没想到丁四爷竟先发制人，提前将丁老虎推出来给自己顶包，声称他在烟土里掺假，如今已清理好门户。日本人没办法继续对此事进行追究，于是提醒丁四爷不可再犯同样的错误，中村将林静珊介绍给丁四爷认识，但是丁四爷在回去的路上觉得此人有些眼熟，鬼面人一眼就认出她是衡山医院的护士长。
鬼面人去医院打听林静珊和蔡里昆，得知他们两人都出去，索性便来到朱天德的病房，发现朱天德早已死亡。恰巧薛宁也来医院找马天明和林静珊，当他听闻鬼面人出现过，立马朝朱天德病房跑去，正好看到对方从窗户逃走。
薛宁从苏院长口中得知朱天德早已死亡的事情，至于是否与蔡里昆有关，苏院长表示自己毫不知情，但她知道马天明这么做必然会有难言之隐。白茱莉独自待在蔡里昆之前住过的病房，回想起他说过的那些话难过不已。
马天明为能救出蔡里昆，愿用手里掌握的朱天德密码交换出救蔡里昆的血清，但是蔡里昆得知此事后，情绪非常激动，他表示密码绝不能落入日本人手里，到时候会带来无法预料的后果。
然而日本人绑架了白茱莉，用她威胁马天明参加中日合作研究病毒的新闻发布会，按照日本人写好的稿子对外宣传中日友好。马天明见状情绪激动，咒骂中村和林静珊，结果却被林静珊红着眼眶甩了几耳光。
对于这种情况，马天明已是顾不得太多，他只能答应日本人的条件。李全带日本间谍青木去见记者，准备曝光日本研究细菌武器的事，青木找机会跳下楼梯天井自杀身亡。马天明被中村用枪指着上台，当着所有人的面，昧着良心念完了“中日亲善共荣”的新闻发言稿，被民众大骂“卖国贼、汉奸”。
陶成凯寄希望于美国专家，希望他们拆穿日本人中日亲善的伪善面具，为中国在国际上争取同情，美国专家欣然同意。然而日本专家将炭疽杆菌的资料分享给美国专家，美国专家当即转变立场，对于他们发动细菌战的企图闭口不谈。陶成凯对此生气不已，没想到浙西二人会为了一丁点好处就罔顾人命。
尽管血清已经拿到手，但是蔡里昆的生命也进入了倒计时，他不想浪费东西，所以便将三分之二的血清都用在研究上。马天明得知此事后，情绪几乎崩溃，明明当初为救他付出这么多，为何突然擅自改变用途。
蔡里昆提出要与马天明单独谈谈，他主动聊起两人初遇至今的经历，已从刚开始的疏离到现在很有默契，所以蔡里昆的真实想法，便是与其救活后面临双目失明，脏器衰竭，倒不如捐出遗体用作医学研究。
马天明对此泣不成声，承诺会帮蔡里昆完成任务，如果有一天见到小米粒，会告诉她有个顶天立地的父亲。随着蔡里昆去世，陶成凯等人亲自为他抬棺送行，大家都对这位英雄怀着敬意，马天明更加坚定信念。
第30集：三方人共同对抗外敌
自从蔡里昆去世后，马天明彻底陷入颓靡状态，整日喝得烂醉如泥，甚至在公交车上看到大家拿着报纸，纷纷指责他变成汉奸。鬼面人见马天明下车后蹲在路边痛哭，刚要上前将其灭口，怎料林静珊突然出现将他带走。
因为酒精的缘故，马天明错把林静珊当成白茱莉，直接拦腰抱住挽留对方，直至林静珊开口，这才逐渐恢复清醒。林静珊很担心马天明的安危，提醒他不要在外面闲逛，奈何马天明认为林静珊是中村派来监视自己，根本不领她的情。
正因如此，林静珊回去向白茱莉坦白身份，承认她留在衡山医院是为了得到朱天德的那笔红色资金。眼见白茱莉面露震惊神色，林静珊自嘲苦笑，羡慕她能拥有自己所爱之人，可是白茱莉明知林静珊喜欢马天明，依然责怪她若是真心喜欢一个人，绝不会做出现在的行为。
薛宁想跟马天明了解衡山医院所发生的事情，以及白茱莉的下落，猜测两者之间必然会有联系。马天明不肯告知真相，薛宁恨铁不成钢，希望他不要做出让自己失望的事情，同时表明现在已有人知道朱天德的死讯，此人正是鬼面人二麻。
尽管陶成凯在这次事件结束后受到处长表彰，可他始终认为细菌战并没有彻底结束，他们需要引起足够的重视。处长让陶成凯在汇报的时候，不要过多提起蔡里昆的身份，以免将来陷入被动。
马天明在陶成凯和阿力的陪同下，亲自安葬了蔡里昆，原本拥有属于本名的墓碑，却不得不刻上韩城二字。陶成凯觉得马天明是个人才，所以邀请他加入党务调查处，但是马天明委婉拒绝，表示自己至今想起来都很后怕，实在不想再沾染这些事情。
然而在回程路上，马天明和阿力被鬼面人劫持带到丁四爷面前。丁四爷向马天明询问起朱天德的事情，甚至用马天亮的性命威胁他交出密码。眼看着弟弟遭受毒瘾发作的痛苦，马天亮心疼不已，连忙跪下恳求丁四爷给他些时间，并且承诺会尽快找到密码。丁四爷知道蔡里昆已死，如今的马天明成为唯一线索，若是逼得太紧可能会闹得两败俱伤，所以他愿意再给一次机会，只不过这次如果还没有结果，便会直接下手。
随着朱天德死亡事件被媒体曝光，衡山医院成为了漩涡的中心，门口堵满记者，闹得沸沸扬扬。陈正源以对外公开朱天德被杀一事向苏院长逼宫，让她主动请辞，推荐自己继任院长。两人的对话被陶成凯听到，于是表面看似支持陈正源，实则是为苏院长解决麻烦。
之后的日子里，陈正源还沉浸在不久便高升的喜悦中，丝毫未察觉到危险逼近。儿子石头被人绑走，陈正源去巡捕房找薛宁求助，没想到薛宁竟让他按照程序走，一来二去耽误不少时间。
临近傍晚，陈正源失魂落魄地回到家里，结果刚进门就看到一个渗血的麻袋，误以为是儿子遇害，吓得他当场跌坐在地。家人听到动静跑了出来，陈正源见石头平安无恙，总算松了口气，可接下来的一封信让他恍然大悟，原来自己在争夺院长位置上过于出风头，最终收到警告，于是连夜跟医院请了病假。
陶成凯约见薛宁，感谢他出面阻止记者对外报道消息，同时告知关于蔡里昆的真实身份。薛宁讲起陈正源白天遇到的事情，两人对此心知肚明，只不过陶成凯提醒薛宁注意上海除了国共两党以外，还有一股不容忽视的势力，尽量盯紧日本人在租界的活动，提早做好防范。
第31集：黑帮与日方两败俱伤
苏院长看出马天明的情绪低落，便知他有许多难言之隐，于是主动上前关心安慰。奈何苏院长说得越多，马天明内心越愧疚，相比较蔡里昆的无私伟大，他看起来更像个笑话，只会为了满足私欲且利用医院骗钱。
通过这段时间的接触，马天明发现很多人在面对个人利益和最高原则相冲突的时候，都会毫不犹豫地放弃个人利益，从而选择正确的道路。以前的马天明总觉得自己所做的任何事情是为了两个弟弟，哪怕是做了错事依然心安理得，直到见识了这群为信仰牺牲一切的人，才知道他是多么自私和无耻。
马天明想要成为这种人，可是内心不够强大，以至于产生恐慌。苏院长坚信马天明会达成所愿，也不在乎过去究竟是何身份，因为从此刻开始，马天明内心深处的善良和正义逐渐生根发芽。
正因苏院长不经意说出的话，已令马天明彻底醒悟，他主动去找丁四爷，即便是丁四爷避而不见，依旧持之以恒地守在门外，声称自己已有对策。马天明如愿见到丁四爷，向他提议引蛇出洞，约出盗走后半部分密码的人，只要事先派人在暗处埋伏，除掉对方便可拿到密码。
起初丁四爷对马天明有所怀疑，可是考虑再三，还是决定冒险一试 ，毕竟错过这次机会恐怕五百万就要落在别人手里。眼见丁四爷中了计，马天明主动约出林静珊，让她给中村传话，坦言自己愿用前半部分密码交换白茱莉。
林静珊没料到马天明竟会突然答应，马天明则表示他已厌倦这里的生活，等到白茱莉平安无恙后，便会离开上海远走他乡。临走之前，马天明念在昔日情分，于是叮嘱林静珊不要出现在交易现场。
中村得知此事后，爽快接受了马天明的提议，同时准备在交易结束后将他灭口。林静珊斥责中村的做法太无底线，而中村却不相信马天明会为了女人放弃五百万，这种态度实在是让林静珊反感，真正意识到两人之间的区别。
交易之前，马天明要求和白茱莉通话，以此确认她的安全。白茱莉听到马天明的声音，顿时激动不已，马天明顾不得叙旧，提醒她在双方火并时趁乱逃走，结果电话竟直接被林静珊夺去，白茱莉痛哭流涕，不断嚷嚷自己害怕。
田楚君迟迟未收到蔡里昆的消息，担心他遭遇不测，赶忙派人去衡山医院打听情况，恰巧被阿力看在眼里。当天晚上，阿力来到茶叶铺，总算与田楚君接上头，他向组织汇报了蔡里昆牺牲的经过，以及马天明准备引日本人和丁云峰狗咬狗的计划。
第二天早上，马天明带着中村等人前往交换密码的地方，此处正是一座废弃仓库。阿力给马天明送来密码，中村将密码交给银行工作人员，待确认无误后，准备下杀手，没想到丁四爷带着一帮人赶来，双方刚见面便互相开枪，林静珊惨死鬼面人的枪下。
丁四爷发现对方竟是日本人，恨极了马天明的算计，然而马天明则表示他为拿回密码，不得不出此下策。面对这种情况，丁四爷没办法再反悔，索性朝中村连开几枪。田楚君看到阿力，立马带人跟了上去，反倒是丁四爷通知手下将马天明押来，要当场杀了这对兄弟俩。
第32集：马家兄弟面对生死局
在此之前，马天明已不奢望能够活着回去，可当真正面对生死攸关之际，依然无法抑制源于内心深处的恐惧。丁四爷很享受这种掌控，他要求马天亮从中作出选择，究竟是决定跟哥哥马天明一起上路，还是亲手杀了对方投入城社。
马天明为保护弟弟，决定舍身赴死，他握住马天亮手里的枪对准自己，表示有他相送便死而无憾。马天亮神情冷漠，全程像个毫无感情的傀儡，即便是听着马天明的临终遗言，依旧毫无反应。
直到一声枪响从仓库传出，马天明应声倒地，丁四爷带走马天亮，吩咐鬼面人处理好现场。随着仓库爆炸燃起熊熊大火，原本坐上汽车的白茱莉，突然情绪崩溃，她大声要求阿力停车，甚至想要夺过方向盘。奈何阿力早在之前收到马天明的嘱托，必须要保障白茱莉的安全，否则是前功尽弃。
由于仓库里面的尸体已被大火烧得面目全非，警察只在现场找到中村的佩刀，薛宁发现仓库外停着日本人的车，证实此事牵扯甚广。白茱莉失魂落魄地回到衡山医院，恰巧薛宁也从外面进来，通过白茱莉的讲述，这才得知林静珊的真实身份。本来白茱莉想要询问马天明的消息，可是还未等薛宁开口，立马出言打断，她实在不愿听到噩耗，坚信马天明还活着，毕竟没有消息才是最好的消息。
自从阿力与马天明在仓库分开之后，再也没有收到有关于对方的消息，田楚君安慰他不要气馁，继续寻找马天明的下落，决不可轻易放弃，除非是亲眼见到尸体。日本军方根据时间报告落实中村与林静珊的死讯，同时怀疑到丁四爷的头上，然而丁四爷已有所察觉，连夜收拾行李准备离开上海。
恰巧此时，薛宁来找丁四爷套话，顺便提醒他提防日本人，现在高层还在调查中村的死因，倘若这时候他突然出远门，实在不是明智之举。薛宁离开丁家后，主动约陶成凯见面，推测，断定策划这场惨案的背后之人就是丁四爷。
陶成凯认为丁四爷与日本人常有生意往来，能够让他如此铤而走险地杀人，恐怕是有巨大利益促使。现在马天明不知下落，他作为红色资金密码的知情人，势必会与此事有关，陶成凯分析偷走密码之人就是中村，日本人的势力已逐渐渗透到国内，足以引起国人的重视。
马天明重伤醒来，发现鬼面人从门外进来，询问后才知是他救了自己。但是鬼面人之所以会救马天明，绝非因为动了恻隐之心，而是需要对方的帮助，因为他对丁四爷彻底失望，深知迟早有一天会成为丁家的替死鬼。
因为城社的规矩，鬼面人没办法亲自杀了丁四爷，所以便打算利用马天明。尽管马天明答应会帮鬼面人夺下城社，可薛宁却很快顺藤摸瓜找到鬼面人，直接将他击毙。根据鬼面人遗留的地址，薛宁见到了马天明，从而得知事情的原委。
第33集：三方合作套路丁四爷
根据马天明所了解的信息，鬼面人的确是制造章家灭门惨案的凶手，只不过真正的幕后主谋其实是丁四爷。如今丁四爷已拿到完整密码，马天明决定要赶在他去银行取款之前，先把密码抢回来。为能让薛宁帮助自己，马天明答应他作为两起命案的目击证人，届时亲自出庭作证，让丁四爷受到法律的制裁。
白茱莉对于马天明始终无法释怀，即便是院方提出要为马天明举办葬礼，她也没办法相信所爱之人已死的事实。苏院长即将前往新建医院和孤儿院工作，临走之前向董事会推荐白茱莉担任衡山医院的代理院长，直到找到更加合适的人选。
阿力半夜偷偷来到丁公馆，本来是想杀了丁四爷为马天明报仇，没想到竟被薛宁拦住，从而得知马天明还活着。通过阿里的安排，马天明与田楚君成功会面，两人商讨着如何拿回密码。田楚君知道丁四爷要去香港花旗银行提取五百万，所以事先将情况汇报给香港联络点的同志，就算没办法拿到密码，只要丁四爷取了钱，他们照样可以抢走。
然而马天明此次前来是为接替蔡里昆，继续完成北斗行动，田楚君理解他的想法，于是专门制定计划，想办法联合各方，威逼丁四爷主动交出密码。听到田楚君的话，马天明总算松了口气，他与阿力在回去途中聊起天，阿力表示自己在事情结束后要去延安，看看蔡里昆向往的地方。
马天明让薛宁帮自己约见陶成凯，邀请他一起对付丁四爷，并且铲除日本的整个华北贩毒网。起初陶成凯还有些犹豫，可是薛宁也在一旁劝说，既然党务调查处想要拿到五百万，而他也要缉拿丁四爷归案，倒不如三人达成合作，互惠互利。
成功拉拢陶成凯之后，薛宁从线人口中了解到马天亮和丁四爷的近况，便知丁家加派许多人受保护，应该是对日本人有所忌惮。线人收到薛宁的报酬，帮他将钢笔转交给马天亮，同时告知马天明活着的消息。
马天亮对此激动不已，并且发现了马天明藏在钢笔里的字条，上面写着行动计划。马天明在收到字条的同时，知道钢笔里藏有生化细菌，于是趁丁四爷不注意，偷偷将细菌药剂滴在茶杯里。果然丁四爷毫无防备，很快便出现咳嗽低烧等症状，医生检查过后，认为是他中毒导致，丁四爷怀疑厨师有问题，下令将其沉河。
之后的日子里，薛宁亲自来找丁四爷，向他透露日本人研制病毒杀害国民党军官的事情。丁四爷信以为真，为了保命便主动约见陶成凯，没想到对方也是打着五百万的主意，气得他终止谈判，转身离开。
然而没过多久，薛宁带着逮捕令，率领手下前往丁家府邸进行抓捕，指控他就是杀害老吴和曲如森的凶手。怎料在警车在半路抛锚，薛宁下去检查，等他再回过头，发现丁四爷已被人带走。
大结局：小混混成为共产党人
仅仅过了一天的功夫，丁四爷身体状况急剧下降，当他醒来时，发现陶成凯竟坐在对面，并以主人姿态掌握谈判，开门见山地提出条件。陶成凯要求丁四爷交出密码和整个华东地区的地下贩毒网络，从而换取用于保命的血清，否则用不了多久，他将会口腔长泡，浑身化脓，最终因器官衰竭而死。
丁四爷知道陶成凯所言非虚，不得已答应了对方，随即住进他专门安置的房子里。阿力带着白茱莉去给丁四爷治病，隐晦提及马天明没死的消息，没想到白茱莉却以为他是在安慰自己，表示已经逐渐接受事实。
起初白茱莉并不知道病人身份，可当发现病房里竟是杀父仇人丁四爷，气得她恨不得转身就走。然而丁四爷固然可恨，可他手里不仅是几起命案那么简单，甚至还掌握着贩毒网等重要情报，关系着诸多百姓安危。
在陶成凯的劝说下，白茱莉暂且放下个人恩怨，答应会帮忙治病，但是前提要有助手在旁协助。陶成凯让李全去找助手，白茱莉则为丁四爷注射镇定剂，正当她想要痛下杀手之际，怎料马天明竟从门外进来。
眼见马天明完好无损，白茱莉直接扑过去抱住他，忍不住哭了起来。马天明从丁四爷拐杖里找到密码和贩毒网络的经销商名单，叮嘱白茱莉尽快带去找阿力。尽管白茱莉不愿与马天明分开，可是考虑到事关重大，只能强忍悲伤离开。
李全发现自己被绑，连忙呼喊手下，等他冲进病房时，竟见马天明悠闲地坐在床边，守着昏迷不醒的丁四爷。马天明拒不交代白茱莉等人的下落，而是提出要去见陶成凯，表示自己手里有他感兴趣的东西。
马天明拿出经销商名单交给陶成凯，对于密码之事只字不提。陶成凯通过这段时间的相处，已逐渐了解到马天明的为人，并且被蔡里昆的家国大义所感动，于是便找借口让他离开，不再追究密码的事情。
回去途中，李全实在想不通，为何陶成凯要放过马天明，就算他不是共产党，但至少也帮共产党做了许多事情。然而陶成凯认为有时候不要太关注于旁枝末节，一件事情的成败，有可能就是这些繁琐导致，况且密码已被带走，再继续追究毫无意义，现在手里的名单远比五百万更有价值。
随着丁四爷醒来，也知自己上当受骗，根本没有感染细菌，而是普通的拉肚子。薛宁将断开的拐杖丢在丁四爷面前，代表他精心筹划的阴谋，彻底功亏一篑。本来丁四爷还想辩解，但是马天明根本没有给他机会，薛宁任由马天明一枪击毙了丁四爷，彻底了结过去。
待所有事情结束后，田楚君和阿力将要启程前往延安，马天明加入党组织，继续留在上海为前线伤员采购药品。纵然马天亮已被送往医院强制戒毒，可他需要自己扛过这一关，马天明为弟弟申请了入学机会，鼓励他能戒掉毒瘾，兄弟俩彻底消除隔阂，重归于好。
接下来的日子里，马天明为筹集药品到处奔走，苏院长也会经常帮他采购。马天明在咖啡厅与人谈合作，忽然看到白茱莉出现在人群里，可当追去时，早已不见踪迹。正当马天明心情失落之际，怎料白茱莉竟来到他身边，主动聊起两人的未来，憧憬彼此的新家，马天明激动抱住白茱莉，缠绵拥吻。
三个月后，淞沪会战爆发，中国人民进入了全面抗战时期。马天明作为一名中共地下党员，一直在为前线输送药品，白茱莉出任衡山医院的新任院长，为马天明提供稀缺药品，他们的紧密配合挽救了更多抗日将士的生命，成为苏北游击队抗日斗争胜利的保障。马天亮戒毒成功回到光华大学重拾梦想，田楚君在法国历经百般周折，成功将蔡里昆妻儿从国民党手中营救出来，继而送到莫斯科保护。