001过山车杀人事件：工藤新一和毛利兰去游乐场玩，工藤新一目睹和发现了黑衣组织的地下交易，被两个黑衣人(“琴行”和“伏特加”)强行灌输，变成了孩子。
琴酒与伏特加
002董事长千金绑架事件：告知阿笠博士真实身份，并隐藏身份，化名江户川柯南，借寄宿在毛利小五郎家，准备暗中调查、寻找黑衣组织线索，寻找恢复原形的办法。
阿笠博士
043江户川柯南诱拐事件：新一父母工藤优作、工藤有希子登场，并知晓柯南真实身份。
048-049外交官杀人事件：服部平次登场，柯南因“药酒”意外短暂恢复真身，后又变回柯南。
服部平次
054电玩公司杀人事件：黑衣组织成员“龙舌兰”出现，但“龙舌兰”在交易的时候因拿错箱子而被炸身亡，线索中断。
057-058福尔摩斯迷杀人事件：服部平次破解柯南的真实身份，二人合作破案。
128黑暗组织十亿元抢劫事件：黑衣组织成员宫野明美与宫野志保，想要脱离黑衣组织，后琴酒杀害宫野明美，黑衣组织浮出水面。
宫野明美与宫野志保
129黑暗组织来的女子 大学教授杀人事件：宫野志保（黑衣组织代号：“雪梨”）在姐姐宫野明美遭组织杀害后，因反抗组织而被囚禁，服药变成小孩后，背叛组织逃亡，化名灰原哀，寄宿于阿笠博士家中，转入帝丹小学与柯南同班。
灰原哀
170-171黑暗之中的死角：柯南解决帝丹高中校医新出智明的父亲被杀一案。
新出智明
176-178与黑暗组织再次重逢：黑衣组织元老级成员“皮斯克”出场，灰原哀真实身份被“皮斯克”发现，并暗杀灰原哀未遂，灰原哀被柯南所救，而后“皮斯克”在黑衣组织暗杀政治家的行动中，因办事不力被“琴酒”枪杀。
龙舌兰
同时，黑衣组织重要成员，女影视明星“贝尔摩德”息影并在日本定居。（后“贝尔摩德”打算暗杀并利用帝丹高中校医新出的身份潜入校中（目的是想暗杀灰原哀），但新出被FBI事先暗中救走并保护起来了（假造一场车祸意外），“贝尔摩德”开始假冒新出医生的身份。）
贝尔摩德
192生死一瞬间 新一回来了：FBI搜查官“茱蒂”为追查杀父仇人“贝尔摩德”而来到日本，到日本后化名为“茱蒂·圣提米利翁”到帝丹高中教书（剧集未出现，但被提到过“学校新来的英语老师”）。
226-227五彩传说的水中豪宅：“茱蒂”与柯南相识，并发现柯南非同一般。
茱蒂
230-231神秘乘客：少年侦探团和阿笠博士一行人在公车上遇到茱蒂、新出、赤井秀一。灰原哀感到车上有黑衣组织的成员而变得非常害怕，准备一死了之，被柯南救下。赤井秀一打电话表示正在监视某人。
赤井秀一
253-254总局刑警恋爱物语4：假新出可能发现了柯南分析案情并利用变声器。
258-259来自芝加哥的男人：FBI搜查官（上司）詹姆斯·布莱克与柯南等人结识，詹姆斯也发现柯南不一般。
詹姆斯·布莱克
269-270犯罪的纪念品：高木刑警提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回。赤井秀一监视毛利侦探事务所。
271-272情急之下的应变之道：茱蒂在谈话中提到了FBI，似乎第一次想表明自己的身份。“贝尔摩德”发邮件给“琴酒”，提到了雪莉，并向打了叉的宫野志保照片投飞镖，旁边还有柯南和小兰的照片。
277-278英文老师vs关西名侦探：小五郎案卷的丢失让柯南不安，柯南对茱蒂进一步产生怀疑，服部平次鼓动柯南去茱蒂的公寓试探，但没有收获，最后茱蒂浴室的镜子后面出现柯南和小兰的照片，且照片上的字迹和“贝尔摩德”的一模一样（后续剧情表明，这是茱蒂曾潜入假新出的房间，发现相关的照片后复制的，同时茱蒂也借此知道了“贝尔摩德”的目标是灰原哀）。另外柯南最后说的除茱蒂外的另外两个可疑人物应该是赤井秀一和新出。
289-290光彦森林迷失记：灰原哀提到沼渊己一郎曾是黑衣组织成员。
沼渊己一郎
307-311接触黑色组织：毛利小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中，柯南了解到他就是“龙舌兰”之前接触的对象，但板仓卓已身亡。柯南获得板仓卓的日记，里面提到黑衣组织的庞大计划甚至可能“影响到人类的前途，要使时光倒流”。柯南试图冒充板仓卓与“伏特加”接头，但被“琴酒”识破而失败，险些被抓。
板仓卓
329-330用钱买不到的友情：阿笠博士提到灰原哀的父亲宫野厚司是有名的疯狂科学家，母亲宫野艾莲娜是英国留学生，黑衣组织可能正在从事让死人复活的计划。
宫野厚司与宫野艾莲娜
335-336东都显象所的秘密：柯南和灰原哀都被赤井秀一跟踪，由于灰原哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是“贝尔摩德”的目标。赤井秀一对着灰原哀的照片说了一句“真是太像了”。
338-339四台保时捷：灰原哀患感冒，送医途中遇到茱蒂，赤井秀一也跟踪而来，阿笠博士借茱蒂的车将灰原哀送回家，并找新出医生给灰原哀看病，“贝尔摩德”发现灰原哀下落，并在博士家安了窃听器。
340-341隐藏在厕所中的秘密：柯南找到宫野明美所藏、艾莲娜留给灰原哀的录音带，还没怎么听就交给灰原哀，录音中提到了某件令灰原哀震惊的事。“贝尔摩德”找黑衣组织的狙击手“卡尔瓦多斯”来帮忙策划行动。
卡尔瓦多斯
343-344便利商店的陷阱：茱蒂辞去了教师职务，小兰在茱蒂家意外发现镜后的照片。
345满月之夜的两起神秘事件：“贝尔摩德”利用幽灵船活动邀请了毛利小五郎、工藤新一和“琴酒”，试图调开柯南而刺杀灰原哀；茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走灰原哀并试图将“贝尔摩德”引入陷阱，但“贝尔摩德”将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部平次化妆成“工藤新一”赴会，而自己在工藤有希子的帮助下化妆成灰原哀试图和黑衣组织接触；灰原哀不放心柯南，跟踪前往；小兰因想了解茱蒂的真正身份躲在了茱蒂汽车的后备箱里，并在最后关头救了灰原哀。“贝尔摩德”不让“卡尔瓦多斯”向小兰开枪，并叫小兰“Angel”。后“卡尔瓦多斯”自尽。“贝尔摩德”逃脱赤井秀一的追捕，并向组织上其他人隐瞒了柯南和灰原哀的事。柯南听到了“贝尔摩德”给组织Boss“那位先生”发邮件时的按键音。
346-347找寻臀部上的记号：茱蒂设法瞒过了小兰，灰原哀拒绝了FBI的证人保护计划。
361-362帝丹高中校园灵异事件：真正的新出回归。
374-375、385-387、394-396：柯南在一系列案件中发现按键音的旋律，并推出黑衣组织Boss“那位先生”的邮箱地址。
425黑色冲击！组织之魔爪触碰的瞬间：柯南发现水无怜奈为组织成员“基尔”，之后与FBI一起阻止了黑衣组织暗杀土门康辉和毛利小五郎的行动。水无怜奈重伤昏迷，被FBI在医院监控起来。
水无怜奈
429-430无法回头的两人：本堂瑛祐转到小兰所在的班级。
本堂瑛祐
462-465黑暗组织之影：“贝尔摩德”去水无怜奈出事目击者家调查，引起柯南注意；本堂瑛祐在到毛利侦探事务所坐客时，刻意把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起柯南的警觉。黑衣组织加紧搜寻水无怜奈的下落，“琴酒”初次提到了卧底于黑衣组织的人物（即后来的本堂姐弟二人的父亲伊森·本堂）。
伊森·本堂
484-485黑色照片的下落：柯南得到一张本堂瑛祐父亲的照片，本堂瑛祐及水无怜奈的身份逐渐清晰。
491-504红与黑的碰撞：本堂瑛祐总给柯南不好的感觉，他四处寻找自己的姐姐——与水无怜奈长相完全相同的本堂瑛海，怀疑水无怜奈是藏起自己姐姐的坏人。黑衣组织派楠田陆道混入医院调查，在FBI监控下的水无怜奈假装昏迷不醒，在被本堂瑛祐袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈为CIA的卧底，也正是瑛祐的姐姐瑛海，姐弟二人的父亲也是CIA的卧底，4年前为掩护瑛海而身亡。
楠田陆道
水无怜奈答应了柯南与赤井秀一的计划。楠田陆道被FBI发现后驾车逃跑，发觉追踪者是赤井秀一后举枪自杀，引发FBI与黑衣组织激烈的暗战，最后水无怜奈按照计划回到黑衣组织，后为取得组织信任而“枪杀”赤井秀一。
琴酒与赤井秀一
507-508卡拉OK包厢的死角：本堂瑛祐得知柯南身份，之后留学美国。
509红白黄色与侦探团：水无怜奈急报组织派出了厉害的侦探“波本”。
510-511柯南vs双重暗号之谜：冲矢昴登场，冲矢昴在柯南的允许下住进新一家，但灰原哀对冲矢昴产生对黑衣组织的反应。冲矢昴的推理能力很强，是左撇子，爱喝波本酒。
冲矢昴
563-564侦探团vs抢匪团：疑似赤井秀一的“伤疤男”出现，开枪救了柯南。FBI提及赤井秀一爱喝波本酒。
578-581：“伤疤男”再次出现，将在商场发生的案件推理用别人的手机发给毛利小五郎。同时茱蒂在商场收到了“这里很危险，快逃”的提醒。“琴酒”等人赶到，“伤疤男”在被枪瞄准时露出诡异的笑容，同时“贝尔摩德”带来Boss下的撤退命令。
伤疤赤井
646-647幽灵旅馆的推理对决：自称侦探的世良真纯转到小兰所在的班上，对工藤新一的能力似乎很有兴趣。
世良真纯
648-650侦探事务所挟持事件：柯南发现世良真纯很像一个人，并觉得世良对自己很在意，但认为世良不是坏人。
651柯南vs平次 东西侦探推理对决：FBI搜查官茱蒂和卡迈尔感觉世良很像某个人，詹姆斯则一眼看出世良是女孩子。
656-657博士的视频网站：世良对灰原哀表现出兴趣。世良发现灰原哀住在阿笠博士家，还打听阿笠博士邻居（即冲矢昴）的情况，并对着冲矢的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊”。
667-668婚礼前夕：自称是侦探的安室透登场，在事件解决后主动拜毛利小五郎为师。
安室透
671-674侦探们的夜想曲：安室、世良、冲矢参与从强盗手中救出柯南的行动。之后“贝尔摩德”联络“波本”，认为“波本”已取得毛利一行人充分信任。似乎“波本”就是这三人其中之一。冲矢的一句“不要露出那种表情”让灰原哀相当在意。
675-676一丁点都不原谅：世良表示自己认识一个“从来不笑的人”，在注意到“伤疤男”的存在后，对其相当关注。灰原哀想起冲矢的那句话和曾在黑衣组织卧底的诸星大（即赤井秀一）的用语十分相似，之后灰原哀对冲矢逐渐信任。
冲矢昴与灰原哀
681-683赌上性命的恋爱转播：安室为高木的指导警官伊达航扫墓，暗示安室与伊达曾是朋友。
684-685泡沫 热气与烟：灰原哀感觉冲矢的颈部藏着某个秘密。
690-691工藤优作的未解决事件：冲矢得知柯南真实身份。
699-700逼近灰原秘密的黑影：灰原哀为救步美三人而短暂恢复为宫野志保，结果被世良、安室、冲矢得知志保将搭乘神秘列车。
701-704漆黑的神秘列车：黑衣组织计划在神秘列车上杀死“雪莉”，但被柯南委托怪盗基德假扮所救。 赤井秀一确认为世良的大哥，安室确认是波本。列车停靠后“贝尔摩德”发现“雪莉”未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。
706推理的波本：安室发现柯南使用麻醉针。“贝尔摩德”劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”产生兴趣。
沉睡的小五郎
731-732现场的邻居是前男友：女警宫本由美的前男友将棋高手羽田秀吉表现出很强的记忆推理能力，还知道柯南不一般。
羽田秀吉
734茱蒂的追忆与赏花的陷阱：柯南告诉茱蒂，“伤疤赤井”为“波本”假扮，请她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。“波本”窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。
739：柯南通过与高木警官的对话发现神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其“妻子”为“波本”和“贝尔摩德”假扮。
高木警官与木暮警官
770-771：“波本”到医院调查楠田陆道之死，获取了其死亡车辆中有手枪血迹的情报，提到自己幼年的外号“零”，回忆中出现长发女性。
779-783：“波本”在“贝尔摩德”的帮助下套出楠田在车内开枪自杀的情报，调查后突袭工藤宅，面对冲矢昴说出了赤井假死过程和伪装身份的推理。同时赤井在来叶山路现身，揭晓了“波本”的真名和公安警察卧底身份。冲矢昴确认为赤井秀一易容，并送出“基尔”发来的“朗姆”出动的急报。
792-793：灰原哀透露“朗姆”为组织No.2，一只眼为义眼。
对应集数为动画原版集数，与爱奇艺上“名侦探柯南”集数有差异。
黑衣组织半个世纪前就开始策划某个大计划。
宫野厚司、宫野艾莲娜夫妇进入黑衣组织，参与APTX4869的研究，后“意外死亡”，留下女儿宫野明美与宫野志保。志保到美国留学，后回日本继续研发APTX4869，代号“雪莉”。
黑衣组织杀手“贝尔摩德”杀害了一个一直在调查黑衣组织的FBI探员，并放火烧了他的家。探员年幼的女儿茱蒂·斯泰琳幸免于难，并被她父亲的同事保护起来，长大后加入FBI。
黑羽盗一
女明星莎朗·温亚德（即“贝尔摩德”）和工藤有希子一起向魔术师黑羽盗一学习过易容术并成为好友。
最后，真不知道柯南啥时候能完结。
