新版《寻秦记》初期的故事比较容易，主角们需要吃喝，几乎什么事都没做。
自从赵倩公主领了盒饭之后，项少龙回家途中飞船却发生爆炸，星云改名为琴清，赵盘也回赵国做了城守，这时候剧情稍微正经了些。不过观众们纳闷的是嬴政迟迟没有回秦国，他还能成为秦始皇吗？
后来的剧情比较紧凑，为了给项少龙、星云和赵盘三大主角铺路，配角们都是挨个领盒饭。
赵穆处心积虑对付乌家堡，不惜谋杀赵国王后，然后嫁祸给乌应元。赵王昏庸无能，听信了赵穆的谗言，赵穆随后带重兵踏平吴家堡。乌堡主真是可怜，又是晕倒又是吐血，最后还中了一箭。乌应元卒。
老版《寻秦记》中，乌廷芳最后与项少龙在一起，是一个好结局，新版完全不同。连晋和乌廷芳本来已经成亲，但连晋一直对项少龙心怀忿恨，他认为乌廷芳真正喜欢的仍然是项少龙，因爱生恨，竟然在一片花海中夺去了乌廷芳的贞洁。乌廷芳卒。
看剧的时候，一直以为连晋后面会变成嫪毐，新版又一次出乎意料。连晋和项少龙决战，项少龙原本打不过连晋，多亏了星云在一旁用言语让连晋分神，项少龙趁机用一招漂亮的“燕返”击杀连晋。连晋卒。
荆俊和尘音是赵盘身边的两个忠仆，无论赵盘境遇如何，他们都誓死追随。为了掩护赵盘逃回秦国，荆俊跟随疑兵吸引李原，用自己的生命拖延时间，没想到看似不着调的荆俊会有这种举动。尘音随着赵盘回到秦国，赵盘变成秦始皇嬴政，尘音却引剑自刎，死得莫名其妙。荆俊尘音卒。
赵穆和赵雅这一对儿虽是反派，但别有一番魅力，也是许多小伙伴追剧的动力。两人的感情的确深厚，堪称模范夫妻了。大结局中，赵穆和赵雅在赵国已无立足之地，想要逃到秦国。在战国名将李牧的眼皮子底下，两人骑着一匹马开溜，李牧将军一记优美的“丘比特之箭”，直接拿下双杀。赵穆赵雅卒。
配角们都挂了，主角们也没有表演的舞台了。这时候直接是一段噼里啪啦的旁白，嬴政横扫六国统一天下，成为了千古一帝秦始皇。唯一跟老版类似的是，项少龙和星云也有一个儿子，后来也改名叫做项羽。
这脑洞大开的剧情，你是否有话要说？
