本文对我们在X档案电视剧集中知道和未知的事做一个回顾，同时对于可能恢复的X档案故事给予一定关注（如X档案的第二部电影）。
这部系列剧终结篇宣称解释了大量政府的阴谋。然而事实是几乎没有解释什么，如果这部终结篇中的任何事都是最新的。以前情节中没有发现的事仍然没有揭示谜底。而且，在对Mulder审判过程中的简短的对话片断所提供的解释仍然留下了太多疑问没有说明。
仔细回顾X档案以前神秘理论情节中所提供的图片比终结篇给我们提供的更完整。也许我的这种观点并不权威，但至少把他们结合在一起是这样。
这是我对X档案中外星人/阴谋论完整性的解释：
被称之为黑油（Black Oil）的病毒，出现于几百万年前的地球。它可能已经进化了。很可能是通过流星或别的手段来到地球。有人认为它是行走于地球的第一个智能生物。这种病毒以类似于油的自然形式呈现，能进入异种生物体内并控制他们的身体。因此，这种病毒被认为肯定存在着感觉能力。
另一类外星人，他们类似于人，也是很久以前到达地球，大约在35,000年前。显而易见黑油控制着部分或所有这种类型的外星人。他们中的一部分离开了地球，很可能是在这种病毒控制下离开的。而另一部分留在了地球，生存于各种秘密的地下位置，以休眠方式处于待激活状态。大量的黑油也积蓄在地下。这可能是因为在那时没有足够的人类维持黑油的殖民计划。
在数个世纪中，黑油外星人偶尔会绑架人类，充当实施行动的宿主，像X迷所熟知的“赏金杀手”。例如大约在公元1300年，实质上除了几个老人外，外星人捕获了整个Anasazi人,那几个老人躲在含有磁铁矿的印弟安村庄中。显然外星人不能在那种地方生存。
现在，殖民军队的外星人主体力量正在返回，可能已经获得了增强。他们的高层代表与影子政府结盟合作达数十年。他们的目标就是控制整个人类的身体，产生一种奴隶。外星人所代表的力量可能类似于我们通常所说的“Grey Aliens”，这是在黑油病毒控制之下的形式。
美国情报机构首次了解这种外星人是在1947年的罗斯韦尔（Roswell），首次殖民计划是在1973。全世界许多国家政府的强权人物都意识到没有办法阻止外星殖民。作为缓兵之计他们成立了一个自己的组织并与外星人高层缔结盟约，协助外星人殖民计划，作为交换，外星人不会让这个联盟成员或家属被黑油感染。
通过外星人得到给影子政府的工具是一个计划——创造人类与外星人的杂合体，并且对黑油病毒具有免疫能力。一旦这种基因杂合人试验成功，影子政府成员将接受此基因治疗成为变种人。他们使用代码名为“纯种控制”（Purity Control）即此计划。在二战时从事人体实验不道德研究的德国及日本科学家被雇佣继续纯种控件工程项目。发展克隆技术及利用绑架者的基因材料是这项工程的全部。绑架者被通过他们身上的天花疫苗伤疤来识别跟踪。
由于某种原因，外星人不能或者不愿亲自管理DNA的研发工作。他们给影子政府提供科研信息和方向。监督由赏金杀手进行。对于人类而言很幸运，基因技术要求比二十世纪五十年代人类所掌握的技能要高很多。显然外星殖民者愿意等，也可能是因为有太多不成功的死亡案例。时间表上要求在2012年开始入侵计划，因此也给科技进步提供了充足的时间。
对外星人而言，显然他们缺乏征服地球的足够力量，只能等到2012年他们的殖民部队来到地球。他们与影子政府的合作允许他们控制操纵政府对他们存在的反应，从而抑制阻止殖民的力量。对外星人而言在政治上使用这样聪明的一招非常少见，但是记住他们已经研究占据人类有几千年了。他们很可能非常了解人类的心理。
至少对于某些影子政府而言，与外星人的合作是一种伪装——缓兵之计，这是为应对外星入侵开发出真正有效的防御措施赢得时间。在开发黑油病毒抗体疫苗上投入了大量资源和努力。如果这种疫苗开发成功，不仅保护人体免受黑油病毒入侵，而且也可以驱逐已经寄居人体的病毒。
然而外星人还有一个秘密计划。就是通过人体来孕育外星人（Grey aliens），这个过程将导致人类种族灭绝，因为这个过程将杀死宿主人体。Greys，用于杂交试验的外星DNA来源。显然这比智能病毒更可怕。这可能是因为 Greys 拥有不被人类所掌握的力量，比如能够变形、强大的精神念力。许多人类被绑架做试验有些人被释放，另一些人被带到外星人的秘密基地，比如埋藏于南极冰下的飞船当中，转交给殖民者。影子政府可能认为这些被绑架者将被感染充当入侵部队，但事实是他们被作为宿主感染以孵化更多的外星人（Grey aliens），等孵化时间正好时才把他们冷冻。
玉米和蜜蜂是这个计划的另一个组成部分，尽管他们的准确角色还不清楚。影子政府可能告诉外量殖民者携带病毒的蜜蜂可以感染人类，或者蜜蜂可以在传播花粉时将病毒植入其中。影子政府可能希望玉米（或者处理过的玉米油）能用于向世界各地传播病毒免疫疫苗。注意到蜜蜂对玉米授粉是令人感兴趣的；这个精心设计的骗局可能是影子政府用以误导外星殖民者。
影子政府最初是作为一个情报运作、管理纯种控制的一个秘密地下联盟开始的。然而经过了很多年，它的力量和影响越来越强大，渗透于国际间各个方面。在1990年，他们停止让成员行动对任何一个政府负责。他们只服从自己内部结构的命令链。Conrad Strugholdt，一个德国工业家，离开他的祖国去了北非，成为公认的领袖。
烟鬼是影子政府成员之一，他宁愿阻碍入侵也不愿意投降外星殖民者，这是有可能的。虽然他的动机仍不明朗，但是他的行动能被解释，他与影子政府中打击外星殖民者的成员一起合作并且削弱乐意与外星殖民者合作的成员力量。
为了避免曝光，影子政府使用假情报的方式，利用政府机构做掩护隐藏他们的工作。他们也不时利用外量殖民者的人，如赏金杀手。直接使用他们是很危险的。他们能帮助阻止泄露和威胁，但是他们也可能发现影子政府正在致力于疫苗研究的秘密。如果一旦被外星人所知道，将会加速殖民的进程并且导致影子政府所有成员的死亡。
对于影子政府而言，结局将证明这是否正确。他们的秘密代表着他们唯一的希望，当这个星球被突然来袭是一个避免被奴役的希望。
在二十世纪九十年代几个新的因素使情况更危急：
1. 一种新种族的外星开始活跃，准备与黑油的殖民计划抗争。他们是谁以及他们的计划我们知道的更少。作为黑油的敌人，他们非常残忍，经常宁可杀死人类也不允许他们被赏金杀手带走。影子政府与这些外星人也联系过这是有可能的，但是他们一直都没有意识到他们是各自独立一种（一种可能性是这一种外星人也是由Greys构成，但是他们没有被黑油病毒控制）。
2. 探员 Mulder与Scully一起整理X-档案，这对影子政府造成了压力，因为这可能危及纯种控制研究的曝光。
3. 影子政府成员震惊于外星人在人体内孵化的事实。在对外星人计划承诺实施了多年后，组织成员开始怀疑他们被外星人欺骗了。
4. 俄国人研制出了一种不稳定的疫苗在对抗病毒上有些效果，但似乎影子下令没有成功的再生产。
5. 研究所付出的努力最终得到了回报，第一个人与外星人的杂合体 Cassandra Spender。
Cassandra的研究成功触发了一系列的事件。影子政府知道外星殖民者准备提前行动，而联盟成员只得接受失败。按照很多年前的协议，他们的成员及家属聚集于机场大棚内等待殖民者带走“保护”他们。然而来的外星人却是叛军，他们宁可杀死所有人也不让他们处于黑油权力之下。
入侵没有立即开始，黑油外星人也许是不想也许是不愿意立即着手地球的攻击。这可能是因为南极的太空船被毁坏后，他们极度缺乏资源。这也可能解释为什么他们仍然在他们发现它的地方抽取黑油。这也可能是因为2012年是入侵殖民军队的太空飞船到达的日期，到那时才会发生入侵。他们可能认为自己目前人数太少胜算不大。