少年康熙帝凭借高超的智慧和胆识，掌握了除膜拜、赵刚之外人类最高的权力。
同时，他以惊人的毅力研习传统儒学和帝王之道，涵养了一双慧眼和满腹才学。康熙帝终于能以真正的帝王身份，放眼中华的无限江山，构想着他的清平治世和强盛帝国。
什么才是少年天子最关注的国事呢？通过数年的听政和学习，他清醒地意识到在大清王朝中亟待解决的难题。于是，他在宫里的柱子上写下三大事——三藩、河务和漕运，日夜提醒自己励精图治，慎终如始。其中，三藩又是所有大事的重中之重。
三藩之乱
吴三桂等人不似宋朝开国的功臣，而是类似唐朝藩镇的割据势力。——康熙帝
三藩是清帝开国之初的三位汉人藩王，他们分别是平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠。从名号上就可以看出，这三位王爷是掌控西南地区的割据势力了，他们都是明末降清的大将。
崇祯十七年（1644年），崇祯帝自缢殉国，国中尚有李自成的大顺势力，张献忠的大西势力，以及明朝宗室和文武大臣南渡后建立的南明。清欲入关统一中国，须借助这些降将的力量，因而清廷对他们大加封赏，表示恩宠。
崇德元年（1636年），皇太极称帝，封归顺的孔有德、耿仲明（其子耿继茂、其孙耿精忠继任）、尚可喜为王，首开先例。崇祯十七年（1644年），吴三桂引清兵入关后，亦被封王。
四王随清军南下，平定各方反清的势力，立下军功，享受高官厚禄。最终由吴三桂、尚可喜、耿精忠分别驻守大清边境云南、广东、福建，制霸一方。时日久了，三王拥兵自重，权势日张，渐成尾大不掉之势。
首先是军事上的压力和威胁。史料记载，耿、尚二人“丁口各二万”，吴三桂因为四方征战，收各路精兵为己用，总计五万余。三藩强大的兵力，不仅是国家统一的隐患，其巨额军饷更成为财政的重大负担。仅云南一省的俸饷一年就高达九百余万钱，出现了“天下财赋，半耗于三藩”的局面。
在政治上，三藩的权力凌驾于朝廷和地方的各级官员之上。清初，朝廷设十八省，每个省设一巡抚，二、三个省设一总督，负责当地的军事、政务等一切事务，边陲的藩地是例外。以吴三桂为例，他总管云贵两省的大小事务，朝廷内外的各部门官员不得掣肘、不得干预。到康熙二年（1663年），吴三桂甚至请旨，在云贵督抚的授命诏书上写下“听王节制”四字。他还操控委派官员的大权，经常选拔部下亲信到他省任职，称为“西选”，有“西选之官遍天下”之说。
在经济上，吴三桂更是极尽搜刮之能事：踞南明皇帝的五华山旧宫为藩府，增饰奢华；尽括前朝沐氏庄园七百顷为藩庄；假藉修筑城渠为名大肆敛财，任意圈占土地，恢复明末各种苛捐杂税。
同时，吴三桂还和西藏、蒙古开通互市，岁收良马无数；他的儿子吴应熊以驸马身份在朝廷为质，随时向他传递京师消息。十余年来，吴三桂日夜操练兵马，在全国大力培植心腹，可见其野心勃勃。其他两王虽然不如吴三桂实力雄厚，也同样垄断军政大权，以横行地方，其影响远甚于鳌拜在朝中擅权。
因此，少年康熙帝视三藩为大清江山的最大隐患。在三藩王贪婪敛财擅政的同时，康熙帝也在思索着撤藩大计。
弄假成真
朕年轻时，认为三藩权势日益扩大，不可不撤。——康熙帝
自秦始皇废分封、设郡县以来，历朝历代的君臣都把藩王割据势力，当作大一统帝业的威胁，也有了汉武帝推恩、宋太祖杯酒释兵权等免除藩镇兵祸的举措。清廷在不得已的情况下，设立了三位藩王，虽然他们曾为清朝的统一作出贡献，但是当他们对国家构成威胁时，撤藩就势在必行了。
早在辅政时期，朝廷就开始针对以吴三桂为首的三王，逐步削藩。康熙二年（1663年），康熙帝收缴了吴三桂在顺治年间，为征讨云贵而得赐的大将军印；随后，下诏削减藩兵，裁减粮饷百余万；严禁王公、督抚等官员或者奸商，恃藩王之权势攫取暴利；责令督抚及相关官员掌管云贵地区一应事务。
三藩的权力在一步步缩减，真正的撤藩行动却始于康熙十二年（1673年）初。京城还处在春寒料峭时，一封以尚可喜为名的奏疏自岭南而来，引发了朝廷热议。尚可喜当时年届七旬，他以老病为由，请求康熙帝准许他携领两万多名官兵及老弱百姓，回到家乡辽东颐养天年。他的王爵，就由儿子尚之信袭封。
尚可喜的奏疏，与撤藩之计相合。康熙帝很高兴，召集议政大臣商议，只是反对撤藩者占了多数。康熙帝思索之后，认为：“三藩手握兵权，时间久了恐怕滋生祸患，发生意想不到的事情。”因而，他毅然做出撤藩的决定。
康熙帝在答复尚可喜的诏书中，称赞尚可喜“想要归老辽东，情词恳切，可见其态度恭谦谨慎，能识大体”，同时除了两营由汉人组成的“绿旗兵”留在广东，尚可喜的亲属和部将全部随他迁往辽东。也就是说，康熙帝在广东首次实施撤藩计划。
老迈的尚可喜接受了撤藩的现实，但是康熙帝此举在另外两位藩王那里引起轩然大波。吴三桂和耿精忠为此日夜难安，要他们放弃王爵自然是不舍，但如果不作为，又会招来朝廷的怀疑。特别是吴三桂，早年有人以血书鼓动他谋反，还故意把事情闹得满城风雨，朝廷也对吴三桂的怀疑最深。终于，两藩王快马加鞭，先后寄去了撤藩申请。他们的想法是，康熙帝一定会下诏安抚挽留，他们就能像明朝沐氏家族一样，永镇边陲。
然而他们错了。三藩虽然强大，他们面对的，却是雄才大略的康熙帝。吴三桂上疏前，他的谋士还劝阻他：“皇帝早就想把您撤掉了，只是难以开口。王爷您现在把奏折交上去，马上就会被撤掉。”吴三桂仍然抱着幻想不肯听信。果然，康熙帝接到奏疏后，将计就计，立刻下诏“赞誉”两王的行为，并派官员前去处理撤藩的各项事宜。
可以想像，当吴三桂和耿精忠接到朝廷撤藩的消息，一定是又惊又怒，还有着弄巧成拙的万分懊悔。特别是吴三桂，一边拖延着不肯撤离，一边暗地里谋划着起兵起反。
祸起南藩
吴三桂等人蓄谋已久，不尽早除掉他们，将会酿成大祸。今天撤藩，他们会起反；不撤藩，也会起反，不如争取主动。——康熙帝
在诏书正式下达前，康熙帝还就是否撤藩安排了群臣的商议。只有户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛、兵部尚书明珠等少数官员赞成撤藩，大多数官员畏惧三藩声势，保持了沉默。其实，无论大臣们赞成与否，康熙帝和他们都有个共识，那就是藩王很有可能因此而起反。只是少年康熙帝决定放手一搏，一举拔除三藩这个毒瘤。
随即而来的，便是清朝历史上长达八年的平叛历程。康熙十二年十二月二十一日，又是年关将近的时候，原本被派往云南的官员，星夜兼程赶回京城，只为向康熙帝汇报一个重要的消息：吴三桂反了！
详细情况是这样的，吴三桂在九月接到撤藩旨意，十一月底，他就调集手下藩兵，杀死拒绝反清的云南巡抚朱国治，扣留宣旨使臣。吴三桂自封“天下都招讨兵马大元帅”，颁布冠冕堂皇的《反清檄文》，为自己当年的降清行为狡辩。于是，他打着反清复明的旗号，起兵起反。
不到一月，吴三桂的军队就占据贵州全境。他致书耿、尚二人一同谋反，并联合广西的孙延龄、台湾的明郑等反清势力，一时间叛军声势嚣张浩大，直指四川与湖南等地。
而朝廷里也是一片混乱，大臣们纷纷要求惩处主张撤藩的官员，以平息叛乱，正如西汉时期汉景帝杀晁错，以平息七国之乱一样。康熙帝却没有向叛军妥协，他说：“难道因为吴三桂反叛，就把过错推卸给大臣吗？”
这种敢于担当的帝王气度，救了一心谏主的忠臣，也鼓舞了文武群臣同仇敌忾的信心。康熙帝决定出兵平叛，肃清宇内。从康熙十三年到十五年（1674—1676年），平叛处于防守阶段。康熙帝希望将战场集中在云南、贵州、湖南、湖北等地，于是加派军队进驻要地，以阻遏叛军的进攻。
起初战局很不乐观，四川的官兵投降吴三桂，导致四川失守，进而危及陕西、湖北。在两湖，吴军又攻陷常德、澧州、衡州、岳州、长沙等地。同时，耿精忠起兵，踞福建叛乱，进而攻占浙江南部。一时间，清朝接连丢失云、贵、桂、蜀、湘、闽六省以及浙赣大部，半壁江山落入吴三桂之手。康熙帝却从容不迫，继续加派兵马南下驰援，在江南、广东一带与叛军相持。
这时，吴三桂有议和之心，于十三年四月，放还扣留使臣，希望和清廷一南一北裂土而治。然而康熙帝平三藩之意坚决，或征讨、或招降，但绝不肯以割让领土为代价换取苟安，让父辈辛苦打下的大一统王朝陷入分裂。他听取议政大臣的建议，处死吴应熊及其长子。吴三桂裂土称霸的美梦彻底幻灭，朝野臣民平叛的信念则愈发坚定。
清军的实力，仅能和叛军相持，难以进取，各路兵力分散各处战场，互相之间无法协调配合。而吴三桂屯重兵于岳州，伺机北上或东进。于是，康熙帝在十三年六月开始，又增派五位宗室大将军率兵，分别进驻岳州、浙江、四川（实际仅到陕西）、江南、广东，连同之前已有大将军驻守的荆州，共组成六大战场。每支军队，由贝勒或亲王担任大将军，率领八旗劲旅，兼统帅当地官兵，形成阵容强大的王师。康熙帝的部署，极大地提升了军队的作战和应变能力。
十三年底，陕西提督王辅臣叛乱，占领了甘肃东部和陕西北部。次年，原本进军四川的清军征讨王辅臣，在半年以后取得大捷，西北地区遂定。之后，康熙帝采取剿抚并用的策略，招降耿、尚两军，亦平定福建和广东。这时开始出现转机，进入平定叛乱的第二个阶段——清军反攻的时刻。
八年平藩
康亲王在福建围剿叛贼，虽然屡传捷报，朕也不会真的高兴。吴三桂是贼首，只有攻破岳州、澧州，才真的值得庆贺。——康熙帝
前方将士为了清朝基业舍生忘死，浴血奋战，康熙帝坐镇京城，运筹帷幄，决胜于千里之外。从康熙十六年到二十年（1677—1681年），是清军克敌制胜的阶段。康熙帝认为，吴三桂是最大敌人，他盘踞的湖南也是第一战场，因而非常重视湖南的战局，也把平叛的主力部署在湖南战场。
康熙帝从全局出发，从陕西调精兵征湖南，连续收取茶陵、攸县、安仁、郴州、桂阳等十多个城镇。当时吴三桂在衡州，准备进犯广东，清军的一系列军事胜利，彻底打破了吴三桂的军事计划。
面对节节败退的局势，吴三桂为振奋士气，强行在康熙十七年（1678年）三月，称帝于衡州。然而不过一个月的功夫，他就病逝了，由其孙吴世璠继任。吴三桂的死，让本就涣散的军心到了崩溃的边缘。康熙帝抓住这一战机，命水陆两军夹击，速取岳州，并于康熙十八年（1679年）正式收复。很快，整个湖南尽在清军掌握之中。
之后，康熙帝计划收复蜀地和云贵。在四川一线，康熙帝决定重用汉人将领，率领由汉军组成的绿旗兵作战；满人将士则作为后援，运送粮饷，并随其作战。十月，一路清军收复汉中府，直抵川陕边界的青石关；一路抵达略阳，进取阳平关。在康熙帝周密的部署下，两路大军会师后，于十二月分头进军四川，一路势如破竹大败吴兵。十九年正月，四川大部平定。
接下来，那两路大军直逼云贵。一番激战后，由于满军将领作战不力，吴军再犯四川，令战局出现反复。康熙帝却把握住了机会，认为吴军分散了兵力，势必削弱了云南的防守力量。于是，他调集平定两广的军队一同攻取云贵。
康熙二十年初，吴世璠犹作困兽之斗，欲调四川兵力回援云南。康熙帝急命几路将军，立刻火速进军，并在吴军到来之前拿下云南。同时，康熙帝安排一路汉人军队，采取先定四川再取云南的策略。三月，这支劲旅追剿四川叛军，五月收复泸州等地，七月进入云南武定州，九月抵达昆明，等待着最终的决战。
这时，康熙帝下令攻取云南省城。满汉将士们浴血奋战，激战三日，终于大败吴军。九月二十八日，吴世璠自杀，叛军出城投降。至此，历时八年的平叛战争结束。深夜里，胜利的喜讯传入宫廷，康熙帝欣喜之余，挥笔作《滇平》一诗纪念：
“洱海昆池道路难，捷书夜半到长安。未矜干羽三苗格，乍喜征输六诏宽。
天末远收金马隘，军中新解铁衣寒。回思几载焦劳意，此日方同万国欢。”
叛军既除，撤藩行动也顺利进行。三藩中，吴藩大逆不道，株连九族，残部充作官奴或役夫，耿、尚二王因其归降的举动，有罪者受到惩处，忠义者宽宥，这样，康熙帝将三藩彻底废除，统一了地方建制。
