1399年8月，燕王朱俊宣誓抗命，打着“清军一方”的旗号，向官兵们骑兵“正难”。
在朱棣将大明王城攻下之后，百姓最关心的就是建文帝朱允文的下落。这位在位短短几年的皇帝，在被自己叔叔赶下王位之后，究竟会落得一个怎样的下场呢？虽然朱棣起兵是打着清君侧的名号，但是，只要是个人都知道，他的目的最终还是王位。
当李景隆将金川门打开之后，却四处都不见朱允文的身影。
到底朱允文去到了哪里？他是不是还活着？当时的情况我们后人无从得知，这在当时，也是众说纷纭，中间的真相如何无人知晓，于是，这也成为了明朝时期的一大谜案之一。
说到朱允文，他本身就是一个宽宏之人，他在位的时候，对外实行宽政，深得百姓的爱戴，所以，在事变发生之后，他的下落也就成为了百姓关心的焦点，无数的百姓都为他的遭遇而叹息不已。
据史料记载，当时在朱棣打开金川门之后，其实朱允文本来是想要亲自出来迎接自己这位叔叔的，但是，想了一下，又叹息道：我有什么理由去见他呢？所以，他跟马皇后最终就在寝宫中自焚而亡了。燕王在得知宫中燃起了大火之后，便急忙叫人前去救火，但是，为时已晚。
之后，宫人们在废墟之中找到了建文帝的遗体，但是遗体早已被烧的面目全非。燕王更是悲戚万分，抱着遗体就开始大哭，说自己无意抢夺皇位，只是为了清除皇上身边的小人，皇上自焚又是何苦呢？不久之后，燕王用皇室之礼来厚葬了朱允文，并且，还让百官都前来祭拜。
朱棣其实本性残忍，在其登位后，他将忠于建文的诸臣剥皮的剥皮，下油锅的下油锅，把他们的女眷罚到教坊司当官妓，实行残酷的“转营”，即轮流送到军营中去，一个女子每一日一夜要受二十余男子的凌辱，情况还要经常报告朱棣，有被摧残至死的，朱棣就下圣谕将尸体喂狗吃了。
但是，对于这件事情，许多人都并不相信，都保持怀疑的态度。因为朱棣登基之后，对这件事进行了封锁，所以，这件事最终并没有留下什么明确的记载。永乐时期的官方历史掩盖了建文的年号而人为地把明太祖的统治时期延长了4年，即从洪武32年延长到洪武35年（1399年—1402年）：这个时期曾经被历史学家称之为”革除”时期。
公元一五七四年，当时年仅十二岁的明神宗曾经向朝中宰相问及过关于朱允文的去向，但是，最后得知这件事并没有被记载到国史上。而根据民间流传的说法，说当时建文帝在危难之际，剃掉了自己的头发，从皇宫里的小路出宫，之后便一直在四处游历，没有人知道他最后究竟去到了哪里。
如今，随着对建文帝去向的不断深入研究，对于历史资料的不断更新，有愈来愈多的人认为当时建文帝并没有在大火中被烧死，而是秘密的逃出了宫。
那么，现在就有一个问题了，当时朱棣厚葬的到底是谁呢？
有人相信，当时躺在棺椁中的，其实是马皇后。因为宫人们在废墟中找到的那具遗体已经被大火烧的都认不出来了，所以，也没有办法准确的分辨此人到底是不是建文帝。并且在翻阅了历史资料后发现，其中并没有马皇后的安葬纪录。
并且，在明后期的时候，居然没有一个人知道建文帝的陵墓在哪里，从这也可以看出，当时的百姓并不认为建文帝是真正的死了。其实，不光是百姓，就连永乐帝自己也不确定，当时下葬的人，究竟是不是自己的侄子。但是，虽然他心中有怀疑，却并没有影响葬礼的举行，因为他知道，只有这样做，才可以让百姓信服，自己才可以顺利的登上王位。
甚至在万历《钱塘县志·纪制》记载：“东明寺在安溪大遮山前，建文君为僧至此，有遗像“。相传朱允炆遁迹至此，时旭日始旦，题曰东明。自归国后，方知为帝。今范其遗像。有手植牡丹，色白如银“。明代嘉靖年间《留青日札摘抄》、清代康熙年间《湖堧杂记》中也都有记载。并且在东明寺大雄宝殿内殿柱上刻有如下对联：
僧为帝，帝亦为僧，一再传，衣钵相授，留偈而化；
叔负侄，侄不负叔，三百载，江山依旧，到老皆空。
谷应泰对于朱允文的下落，曾有过详细的记载，并且，记载内容详尽，很具有信服力。他觉得朱允文其实并没有自焚而亡，而是在那些对他忠心耿耿的朝臣保护之下，从很少有人知晓的密道中偷偷逃走了。
究竟这位皇帝是自焚而亡了呢，还是从密道逃出了王城呢。对此，历史学者们都有自己不同的观点，所以，直到现在对于这件事并没有明确的定论。当时在《明史》编撰的时候，那些负责的史官们也对此都持有不同的意见。甚至含糊其辞，说道：“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中“。
其中有一位名叫徐嘉炎的史官就认为，朱允文并不是真的如宫中所说的那样，死在了自己放的那把大火之中，而是偷偷的逃出了王城，他躲过了众人的耳目，最后隐于山林之中。
其实在《恭闵帝本纪》曾对此有过记载，其内容大概是：王宫中起了火，帝王也因此下落不明。从这里就可以看出，那个时候其实并没有一个人可以拿出实质性的证据来证明自己就是正确的。
还有一个疑点就是，在当时王城沦陷之后，年仅七岁的大王子下落不明。朱允文共有两位皇子，大皇子七岁，二皇子两岁。在朱棣登基之后，二皇子就被幽禁在了广安宫，并且之后度过了长达五十五年的幽禁生活。因为幽禁的时间太长，以至于在他被释放出来的时候，连牛羊都无法分辨。
但是，大皇子却一直都没有被找到，既然儿子都可以逃脱，那没有理由他自己却无法逃出。并且，在城破之前，还有长达三年的时间让他来准备此次的逃亡。
