军舰鸟飞行时能关闭一半大脑，让一边的脑休息，偶尔还会让左右脑同时处于休息状态。令人吃惊的是，它们睡着时并不会迷失飞行方向感，但它们一天中飞行时的睡眠时间并不长，平均约42分钟。
军舰鸟一般栖息在海岸边树林中，主要以鱼、软体动物和水母为生。它白天常在海面上巡飞遨游，窥伺水中食物。一旦发现海面有鱼出现，就迅速从天而降，准确无误地抓获水中的猎物。
军舰鸟羽毛没有油，不能沾水，否则就会淹死，因此它们亲自动手捕捉食物，只能是少量捕一些靠近水面的鱼，大部分是凭着高超的飞行技能，从空中截夺其它鸟捕的鱼。
军舰鸟也不是从不到陆地上生活，同时也是食腐鸟和一般的食肉鸟，经常捕捉小海龟和其他小鸟。它们还很讲卫生，每次吃完东西，都会降落在海面上清洗一下。雄军舰鸟繁殖期间，它的喉囊会变成鲜艳的绯红色，并且膨胀起来。雌鸟产下一枚蛋后，雄鸟的喉囊才慢慢瘪下去，颜色也变回暗红色。
军舰鸟虽然极善飞翔。翅膀很大，但它们的身体较小，腿又短又细。它们不能象鹈鹕，鸬鹚那样潜入水中捕鱼，因为它们细弱的腿很难使它从水面上直接起飞。因此，军舰鸟在自己捕食时，只能吃些漂在水面上的水母，软体动物甲壳类和一些小鱼及死鱼，很难吃到水下的大鱼。
于是，在长期的演化过程中，军舰鸟变成鸟中海盗，它们依靠掠夺食物来弥补自己取食能力的缺陷。军舰鸟每到夜晚必定回到陆地或海岛上栖息。它们休息时，一般都落在高耸的岩石上或树顶上，始终保持跟地面有一定的距离，以便以后能顺利起飞。军舰鸟在游泳时，也只是聚集在离岸不远的海面上。
军舰鸟喜欢群居。栖息时，大群的军舰鸟挤在一起，显得十分拥挤。而且其他海鸟，如鲣鸟、海鸥等也常聚集在军舰鸟周围栖息。这些白天受到军舰鸟欺负、掠夺的海鸟，到了夜晚却和军舰鸟同宿，自然界的事情有时简直不可思议。
