科学技术日报记者刘志伟
通讯员熊奇
12月30日,世界上第一个“万种生物基因组计划”(P10K)正式公布。这是10,000 Genomes项目(P10K),目的是绘制10,000种具有代表性的生物基因组图谱,建立大规模的生物遗传资源数据库。
万种原生生物基因组计划发布 吴言摄
原生生物是生物五界(植物界、真菌界、动物界、原生生物界和原核生物界)之一,主要是由单细胞真核生物组成的一大类群,包括单细胞真核藻类和原生动物等,已描述的物种数超过6万种,未知种类难以估量。
据介绍,原生生物分布极为广泛,只要有水的地方,就有原生生物存在。原生生物是水生态系统重要组分,其中的藻类贡献了地球上近50%的光合行为,也是水产动物和人类的优良饵料和营养品,另外,部分甲藻和硅藻“疯长”会造成河流和海洋有毒藻华,带来严重环境问题。
同时,很多原生生物是人、畜禽和水产动物的重要致病性寄生虫,如造成人疟疾的疟原虫、昏睡病的锥虫、鸡球虫病的球虫,造成鱼白点病的小瓜虫等。
目前,在基础生物学研究方面,一些原生生物作为模式生物做出了重要贡献。例如在嗜热四膜虫中发现的核酶以及端粒和端粒酶分别获得了1989年和2009年诺贝尔奖。然而,已公开发表了基因组数据的原生生物仅400余种。
中科院水生生物研究所副所长殷站介绍,我国原生生物学研究始于上世纪20年代,中科院水生所作为我国原生生物学(原生动物学和藻类学)发源地,在王家楫院士、饶钦止先生、倪达书先生、黎尚豪院士和沈韫芬院士等一代代科学家带领下,一直引领着我国原生生物学相关研究领域发展。
目前,水生所拥有一支在国内外有重要影响的原生生物学研究团队,建有保藏了2500余种株真核藻类和近600种株原生动物的国家藻类和原生动物种质库(National Culture Collection of Algae and Protozoa),近年来,依托原生生物基因组测序和生物信息分析平台,水生所已完成500余种原生生物的基因组测序。
“万种原生生物基因组计划”标识
该计划将依托各发起单位保藏的3000多种株真核藻类和原生动物种质资源,通过持续的样品采集和宏基因组数据挖掘,在未来3年(2020—2022年)完成约一万种原生生物的基因组测序和分析,将包括原生生物全部26个门/类,覆盖超过85%的纲、60%的目和30%的科属。
开展“万种原生生物基因组计划”,有助于理解生物多样性形成机制、多细胞生物/有性生殖的起源与演化等重大基础生命科学问题,促进国家科技资源共享服务平台信息互联互通,推动与生态环境保护、营养健康和疾病防治相关原生生物种质传资源的挖掘与应用实践。
值得注意的是,该计划以开放联盟模式运行,国内外有兴趣的研究团队均可加入。
据悉,该计划由中科院水生所联合西藏大学、河南农业大学、中国农科院兰州兽医研究所、中科院北京基因组研究所和华中科技大学等单位共同发起。
来源:科技日报 文中图片由作者提供
编辑:刘义阳
审核:管晶晶