作品中一脉相承。
《桃花扇》，是孔尚任隐居石门期间，草成《桃花扇》初稿，康熙三十八年（1699年）最后定稿，费时约20年。《桃花扇》是描写南明兴亡的历史剧。全剧以侯方域、李香君的悲欢离合为主线，展现了明末南京的社会现实。同时也揭露了弘光政权衰亡的原因，歌颂了对国家忠贞不渝的民族英雄和底层百姓，展现了明朝遗民的亡国之痛。《桃花扇》内容宏富，蕴涵深刻。而其基调则是哀悼有明覆亡，颂扬爱国精神，探索人生理想。《桃花扇》成书后，先以抄本流传。付梓刻印后，又有不同版本。尽管观者、读者对其评价有所不同，但其影响却是深远的。
杂剧《大忽雷》。大忽雷是唐代留下的珍贵乐器。同《小忽雷传奇》一样，《大忽雷》也取材于唐人轶闻。《大忽雷》只有二折：买胡琴、碎胡琴。叙演唐代蜀地才子陈子昂，家境富裕，才华出众，特地到京都长安游学观光的故事。剧中情节，基本是以《唐诗纪事》中陈子昂高价买胡琴、却碎胡琴以赠自己诗文而闻名的故事为据，加以渲染，抒发怀才不遇的感慨，线索单一，情节集中，故事完整，主旨明确。
《小忽雷传奇》，叙演唐文宗元和年间，秀才梁厚本文武全才，于上巳节游玩时发生的故事。作者以梁厚本、郑盈盈之间的爱情故事作为线索，有机地穿插了中唐后期元和、太和年间的重大历史事实，如平淮蔡、甘露之变等，在历史事实的基础上加以点染，比较真实地反映了中唐后期朝政腐败、权奸当道、忠良受害、贤士蒙冤的黑暗现实，对祸国殃民的权奸特别是宦官集团进行了有力抨击与鞭挞，塑造了一个奸慝狠毒、飞扬跋扈的宦官头目仇士良的反面形象。
诗词
孔尚任有诗集五部：
一、《鳣堂集》。孔尚任的友人邓汉仪所辑《诗观三集》中，于孔尚任诗前有小传云：“尚任有《鳣堂》《湖海》诗集。”鳣堂，即讲堂。孔尚任于康熙二十四年（1685年）正月二十八日开始为国子监生员讲解经义，次年七月初赶赴淮扬疏浚海口。《鳣堂集》即收录任国子监博士讲经到治河之前所写诗篇。
二、《湖海集》。《四库全书总目提要》卷一百八十四《集部别集类存目》云：“尚任官国子监博士时，随侍郎孙在丰在淮扬疏浚海口。因辑其入淮以后诗文，自编此集，故以湖海为名。”共收诗七卷，文三卷，札三卷。南京图书馆、复旦大学图书馆、曲阜师范大学图书馆藏均有介安堂十三卷本。
三、《岸堂稿》康熙三十三年（1684年），蒋景祈收辑当时京都有名诗人之诗共十三卷，名《辇下和鸣集》。其中，选孔尚任诗61首，为《岸堂稿》一卷。岸堂，为孔尚任于北京海波巷住所书斋名，王士禛书写，尚任因以为号。上海图书馆藏有《辇下和鸣集》康熙刊本。
四、《长留集》。康熙年间《长留集》岱宝楼刊本扉页题为：“曲阜孔东塘、辽海刘在园两先生合刻，岱宝楼梓行。”吴之振序云：“闻孔、刘两公素未谋面，仅以诗调略同，订交水乳。甲午冬，始晤于淮上署斋，促膝三阅月，商榷风雅，欲尽搜近贤传稿，选为《长留集》，用存真诗，而先以所自著者，易手选定，以观旨趣之同。”该集十二卷本收尚任诗999首，始于《湖海集》之后，终于康熙五十六年，即孔尚任殁前一年，前后凡20年。除少数诗篇与《湖海集》之诗有所重复外，凡孔尚任治河还京、京都仕宦、罢官归隐之作，几乎包罗殆尽。《晚晴簃诗汇》卷八十曾论及之。北京大学和南京大学两图书馆藏有残本。
五、《石门集》。孔传铎《安怀堂文集》中，有《东塘石门诗全集序》云：“又癸未至丁酉共若干卷，曰《石门集》，是其归田及游览之所作也。”即孔尚任因罢官而于康熙四十一年回乡后至康熙五十六年去世前的诗作。
上述诗歌内容丰富多彩。一是同情民生疾苦，抒发“呻吟疾痛之声”（孔尚任：《与田纶霞抚军》）。二是抒发兴亡慨叹，表现民族情绪。三是描写清贫愁苦和仕途坎坷，抒发遭谗蒙冤的抑郁愤懑。四是描画名胜古迹、山川风光，借以抒发心中块垒。总的看来，孔尚任诗主性情，抒发真情实感，对扫除清初拟古主义诗风有一定促进作用。
孔尚任词作甚少。孔昭薰在《阙里孔氏词钞》中录有孔尚任词五首：《鹧鸪天》《西江月》（平山堂怀阮亭）、《绮罗香》《杏花天》《沁园春》（小吟蝉琵琶）。且言孔尚任有《绰约词》，但是世无传本。另外，孔传铎所辑《同调集》中，录有孔尚任词二首：《锦缠道又一体》（水南庄宴集）、《落灯风》。并且指出，词对于孔尚任来说，“非先生所长，落落数阕，姑亦辑成一卷”。
散文
孔尚任的散文，也有一定成就。清人王源《居业堂文集》云：孔尚任“以文章博雅重于朝，羽仪当世，而孜孜好士不倦”。宗定九《湖海集序》云：“今之孔氏，以文章经济相兼者，则唯东塘公。”
序跋。孔尚任的诗文序跋，存33篇。有《花屿堂诗稿序》《酣渔诗序》《碧澜堂诗序》《环翠轩诗选序》《绮青轩集序》《长留集序》《山涛诗集序》《官梅堂诗集序》《古铁斋诗序》《平山堂雅集诗序》《近青堂诗》《古铁斋诗序》等，孔尚任力主抒情言志，以己意为诗，且身体力行,无疑具有反对形式主义的重要意义。
方志。孔尚任一生修过三部方志。
一是《阙里新志》。曲阜市文管会藏有《阙里新志》清刻本，二十四卷。
二是《平阳府志》，是孔尚任罢官之后纂修的地方志。朱士嘉《中国地方志综录》著录：“康熙四十七年《平阳府志》三十六卷，刘修，孔尚任纂。张克嶷跋云：郡伯刘青嶷先生乃起而纂之，事始于丁亥仲秋，脱稿于戊子季春。”孔尚任于康熙四十六年，应平阳知府刘之邀，助其修志。是年腊月，到达平阳，第二年二月，离开平阳回乡。只在平阳住有两个多月，主要是对《平阳府志》修改定稿。
《桃花扇》暖红室刊本（曲阜师范大学图书馆藏）
三是《莱州府志》，是孔尚任帮助莱州知府陈谦修订的一部志书。康熙五十一年春，聘请孔尚任和刘以贵协助纂修。中央党校图书馆藏康熙五十一年（1712年）刊《莱州府志》。
谱牒。孔尚任纂修的家谱是《康熙癸亥重修孔子世家谱》。该谱由孔子六十七代孙衍圣公孔毓圻主持修订。具体编纂，由孔尚任负责。“开修于壬戊之秋，竣事于癸亥之冬”，是从康熙二十一年秋季开修，到康熙二十二年冬天竣工。原刊本藏于孔子奉祠官邸，曲阜市文管会图书馆藏有清刊本《康熙癸亥重修孔子世家谱》，共二十四卷，一函十册。总计26532l字，载籍10987人。
书札。孔尚任一生，交游广泛，往来书札甚多。仅《孔尚任诗文集》中所收“丙寅丁卯存稿”、“戊辰存稿”、“己巳存稿”，亦即从康熙二十五年（1686年）到康熙二十八年（1689年）之间的书札，就有224封之多。今存的这些书札，或悼念友人，或品评人物、书画、诗文，或嗟卑叹穷抒发感慨，或诉说奔波劳碌之苦，或询问亲友近况，内容极为丰富。大都为典雅凝练、简洁情真的文学短文。其《答端梅庵》云：“读赠言，敲掷有声，沉雄无敌，进乎技矣。我固莽男儿，当之气索。”仅只24字，确乎惜墨如金。
其他著述。孔尚任的散文中，还有少量山水游记。其游记并非只是模山范水，而是时而流露出建功立业或以著述传世的志趣。有《西团记》《待漏馆晓莺堂记》《清音亭记》《山依亭记》等。至于他的人物传记，有《木皮散客传》《黄生传》等。
除此之外，孔尚任还有以下作品：
一、《节序同风录》。《四库全书总目提要》卷九十七《史部时令类存目》云：“《节序同风录》无卷数，衍圣公孔昭焕家藏本。是书仿《荆楚岁时记》为之，以十二月为纲，而以佳辰令节分列为目，各载其风俗事宜于下，颇为详备。然人事今古不同，方隅各异，尚任不分其时其地，比而同之，而不著其所出，未免失之肴杂，不足以为典据也。”世无刊本，济宁市文管会藏有清抄本，未断真伪。
二、《会心录》。《阙里文献考》卷三十一《孔氏著述第十一》载：“尚任有《会心录》四卷。”《四库全书总目提要》卷一百三十三《子部杂家类存目》云：“是书杂采古人清言佳事，略如沈括《清夜录》、周密《志雅堂杂抄》之例。自序云：‘不考出处，不次先后，不分体例，间有复写者，亦懒于删。盖林居多暇，姑以寄意而已，非有意于著书也。’”是在隐居石门山期间所写。世无刻本，济宁市文管会藏清抄本，未断真伪。
三、《鲁谚》。与颜修来合作。《曲阜颜氏家藏尺牍》卷四有孔尚任《与颜修来》札云：“《鲁谚》尚未成集，虽小道必有可观。且当六月酷暑之夕，红炬两行，洒汗如雨，亲家赤体秉笔，弟挥汗充副座，漏下三更，采风于臧获仆役之人，亦阙里之胜事也。”
四、《律吕管见》。康熙二十一年（1682年），孔尚任有《与颜修来》札云：“弟放废人，留心四大妙理，颇能证五行之杂。前亲家教我云：“奈天有五心，人有五脏何?”弟细心体会，亦颇能为驳语，暇当缮录，并《律吕管见》一并承教!”《律吕管见》写于是年，正是孔尚任隐居石门山期间所写。未见刻本流传。曲阜师范大学图书馆藏有孔尚任所著《律吕正义》清刻本，对乐理、乐器、祭礼、乐舞等阐述甚详，附图多幅。疑即《律吕管见》一书之异名者。
五、《画林雁塔》。该书以朝代先后记载历代画家小传，极为简略。山东省博物馆藏清抄本，题署：“阙里孔尚任志伊父辑，同社徐显庆、苏眉父，侄孔衍栻石村父校。”
六、《享金簿》。作者述其所藏及经眼之书法、字画、金石彝器等物，凡157则。对该物之来历、特点、价值等，皆有考证。近人邓实、黄宾虹合辑《美术丛书》初集第七辑曾收入《享金簿》，1941年刊出。近人钱启同据《享金簿》摘抄有关玉器记载20则，名之曰《享金簿摘抄》，收入所编《玉说荟刊》中。有1931年排印本。徐振贵主编的《孔尚任全集辑校注评》录有全文，且予简注（齐鲁书社2004年10月版）。
佚文
孔尚任墨迹
序。有康熙癸亥《孔子世家谱》序、陵墓志序、祠庙志序、古迹志序、祠典志序、宗族志序、学校志序、乐舞志序、土田志序、户役志序、著述志序、风俗志序、物产志序、折柳小引、盟鸥草序等。
题。有诗人宗梅岑小像、居易堂文集题后。
跋。有康熙癸亥孔子世家谱跋、孔贞瑄直省缩地歌跋词。
记。有修创栖灵寺记、明大名兵备道副使赠都察院右都御使忠烈朱公专祠记、孔颜曾孟四氏学教授升例碑记、水镜斋记、游东莱景物记。
传。有敕褒节孝朱氏传、敕表节孝陆氏传。
说。有至圣图说。
疏。有乞赐袭封疏稿。
墓志铭。有皇清敕封承德郎户部江南清吏司主事雪谷先生暨元配、路安人合葬墓志铭。
墓表。有授奉政大夫吏部考功司郎中颜公墓表。
信札。有致孔贞璨四封、寄青沟和尚书。
诗。有甲子仲冬圣驾幸鲁恭纪阙里礼成以儒生获侍经筵纪盛排律一章、长安雪后寄怀拙庵大师二首、望大泽山、瑞莲亭太守陈谦招饮、同太守陈谦、郡丞靳治荆过甘观察国璧署内步韵一首、甘观察署中百可亭晚作二首、水镜斋北窗临池晚饮一首等。
佚著。有圣门乐志、续古宫词。
鲁谚。有节序同风录、会心录等。
人际关系
父亲：孔贞璠
妻子：张氏（时间不详~1682年）
儿子：孔衍谱、孔衍志。
遗迹遗存
遗迹
孔尚任曲阜故居。孔尚任家有宅院四处，其一在曲阜城里五马祠街路北。青砖灰瓦瓦房，一进三出院落，“客厅后，绿竹可爱”（孔尚任：《木皮散客传》），距孔府、孔庙仅半里之地，是谓孔尚任祖父所居之地。他在清康熙二十三年（1684年）之前，除曾在石门山隐居著书4年之外，也经常住于此处。所住房舍，已不存，遗址处已为旅舍。其二，在苗孔村，位于曲阜城西二里处。《乾隆曲阜县志》卷五十一《古迹二》载：“长松亭在苗孔村。明孔贞璠别墅中，有长松一株，作亭临之。”又，孔尚任《阙里新志》卷六《名胜》四《居停》八亦载“长松亭，在城西苗孔村内，明孝义先生孔贞璠别业也。有古松一株，本高数丈，怪藤修竹掩映池馆，芍药半亩，槿蓠一带中有长松亭，为文人觞咏之所”。亭、树均已不存，遗址处已为工厂。其三，在曲阜东南20里处的湖上村，村东头路南。原为孔子五十五代孙孔克中任曲阜令时所买，瓦房独院。旧房已经翻修，尚有北房四间，厢房六间。已为孔尚任十世孙孔庆霖所住。其四，在曲阜城北24里外尚庄，孔克中所置。旧院处盖有新房，为孔尚任后人所住。
孔尚任江苏泰州旧居，坐落于泰州凤城河桃园景区内的陈庵，又名藏经禅院。原址在泰州东门大街文天祥祠对面。庵是明代陈氏侫佛的一所家庵，当年非常显赫。孔尚任出仕泰州治水，始荣后哀，落魄中寓居陈氏家庵，在此完成《桃花扇》稿。
海柏胡同
此外，原有孔尚任北京旧居，位于北京市宣武区东北部海波（柏）胡同。据记载：孔尚任故居位于宣武门外海柏胡同。清代文学家朱彝尊曾在该院的古藤书屋居住6年。朱归故里后，孔尚任在此寓居。清代诗人王士祯为孔居题名“岸堂”。原建筑已拆除。
石门草堂
石门草堂。即石门山孤云草堂，是孔尚任隐居读书著述之处。石门山在曲阜城东北50里处。史称少昊氏都于曲阜，葬于云阳，故此山古称云山。因山有二峰对峙，状如石门，又名石门山。山多洞壑，以及清泉佳木，风景优美，故迹甚多。相传古之晨门吏曾经于此隐居。唐人张叔明也曾卜宅其麓。诗圣杜甫于此访问过张氏，写有《访张氏隐居诗》《与刘九法曹郑瑕丘石门宴集诗》。诗仙李白也曾游过此山，写有《鲁城东石门送杜甫诗》。山上还有孔子学《易》之处，子路宿于石门之处等名胜古迹。康熙十七年（1678年）九月十二日，孔尚任约集族弟孔莓垣、孔敬思同游石门山，为其景色吸引，便洒酒为盟，决定于此隐居。山有小鲁峰、玉笋峰、虎峰、摩青峰、涵峰等十四峰。其中，山之右侧主峰，名为涵峰，海拔406米，青翠耸削，石面孤悬，犹如巨掌，昔人读书之屋正是建此巨石之上，但已破旧不堪。于是，孔尚任将此书屋重新修葺，建成孤云草堂三间，安置木榻布帘，茗碗炉香，隐居读书。孔尚任于此住有4年之久。此后，孤云草堂日渐倾颓。曲阜解放时，已只剩断墙败瓦。
孔尚任墓
孔尚任墓。孔尚任于康熙五十七年（1718年）正月上元前，卒于家，葬于曲阜孔林内环林道北侧。墓高约3米，直径约6米。墓两侧各有古柞一棵。其子孔衍谱、孔衍志为其墓前立碑一幢。石碑高3.6米，宽0.93米，雕龙碑头上书“大清”二字，碑文为“奉直大夫户部广东清吏司员外郎东塘先生之墓”，由“赐进士出身诰受奉直大夫，原任巡抚山东等处地方督理营田、兼理军务督察院右副都御史年家眷侄陈世倌拜题”，下署“雍正十三年岁次乙卯四月谷旦”，均为楷书。碑前设石供案。
遗存
由于孔尚任逝后家道衰落等原因，与其有关的文物保存下来的并不多，主要有小忽雷等。
小忽雷。孔尚任遗存的文物中，最主要的是唐代乐器小忽雷。这原是唐人韩于建中二年（781年）制成，献于唐德宗李适，因而保存在内府的。唐元和九年（814年），发生了李训、郑注之乱，小忽雷流落民间。清康熙三十年（1691年），孔尚任在京都从一举子手中购得此器，并作有《咏小忽雷》绝句二首，镌于小忽雷牙轸之上，且因此写有《小忽雷传奇》。孔尚任去世之后，小忽雷落入太守孔泗源手中。桂馥（1736—1805）《小忽雷记》云：“民部既殁，其子携以入都，遗于道左。王观察斗南得之，赠孔太守泗源。”记中所说孔泗源得到小忽雷，不详何年，当是孔尚任逝世后数十年之事了。
尔后，小忽雷辗转传入刘燕庭之手。《小忽雷传奇》后附《刘燕庭农部自记》云：“唐小忽雷……后归长白继莲龛方伯，携至秣陵。余访之，未获睹也。时方伯辄许相赠，旋又移节桂林。盖三年于兹矣。今夏，函致，赠余媵以岸堂传奇一册，余属南叔拓其形，装池为帧，并补原叙一通于帧端，且以诗志之，属同好和焉。时嘉庆庚辰七月中元日也。东武刘喜海燕庭父书于都门黄华坊嘉荫簃。”由此可知，刘燕庭是清嘉庆二十五年（1820年）得到小忽雷的，距孔尚任逝世已经102年了。“其后，燕庭嫁女于华阳卓氏，用作妆奁。宣统二年，刘葱石（世珩）连器带谱，从卓家购得，拿精校刻出，编为暖红室传奇汇刻之第二十四种。”（梁启超：《桃花扇著者略历及其他著作》）可知刘世珩得到小忽雷是在1910年，距孔尚任逝世已经将近200年了。
小忽雷存于故宫博物院古乐器部，为国家一级文物。状如琵琶，长0.65米，龙头瓠体，木色紫黝，坚如金石。龙首凤臆，腹蒙蟒皮。两弦穿其下，各入龙口，一珠中含。项下刻有“小忽雷”三篆字，项后刻有正书“臣手制恭献建中辛酉春”十一字。龙首之下，有二牙轸，镌有尚任二诗，一曰：“古塞春风远，空营夜月高。将军多少恨?须是问檀槽。”一曰：“中丞唐女部，手底旧双弦。内府歌筵罢，凄凉九百年。”弹之，其声忽忽如雷。
大忽雷，也存于故宫博物院，与小忽雷一样，为国家一级文物。
其他遗存
孔尚任去世之后，家道愈加衰落，因而遗存文物甚少。最宝贵的是刻印《桃花扇》的木制原版，足有十拉车之多，以及旧书两箱，可惜二十世纪六、七十年代被视为“四旧”烧掉。存者有：
一是康熙三十六年七月十九日封赠孔尚任及其妻秦氏诏书，存济宁市文物局。
二是康熙三十六年七月十九日封赠孔尚任父母诏书，存济宁市文物局。
三是孔尚任遗墨：孔尚任手书《会心录》、孔尚任手书张继诗、孔尚任手书大痴山水题字、孔尚任手书《明大名兵备道朱公专祠记》、孔尚任手书《评志操》批语。（以上存济宁文物局）、孔尚任手书《孔贞选墓碑》（现存曲阜孔林）、孔尚任手书《孔贞綋墓碑》（存曲阜孔林）
四是尚任用过的一方砚台，一个笔筒，一张大理石桌，一个手抄《八卦册》，存济宁市文物局。
孔尚任纪念展览
新中国成立后，对孔尚任隐居读书著述之处孤云草堂石门山进行封山育林予以保护。改革开放以来，石门山中水雪洞、蟠龙洞、石门月霁等二十四景，泉清林葱，已成为旅游胜地。1992年国家林业部定为国家级森林公园。“孤云草堂”也已在原址重新修复，并建有“孔尚任展览室”，展有孔尚任塑像、孔尚任著述、孔尚任研究资料等。
此外，江苏省泰州市在建设凤城河风景区时，为纪念孔尚任编著《桃花扇》，复建了孔尚任在泰州的旧居陈庵，命名为桃园景区。
孔尚任邮票
2015年4月4日，中国国家邮政总局发行《中国古代文学家（四）》邮票，其中第5枚为孔尚任。
人物争议
清康熙三十九年（1700年）三月初，孔尚任任户部广东清吏司员外郎。三月中旬，被罢官。关于孔尚任的罢官原因，后世学者看法不一：有人认为因《桃花扇》的思想内容为清廷所忌而惹祸；有人认为被诬卷入了贪污案件而去职。
