于是刘锡彤把心一横，决定对小白菜开始用刑。根据《大清会典事例》的规定，用于刑罚的法定刑具有三种：背板、夹棍和拶指，其中用于女性犯人的是背板和拶指两种。背板就是竹制或者木制的板子击打臀部，拶指则是专门用来夹手指的。即使是这种法律规定之内的刑讯手段，也不能是一个弱女子可以承受得了的。小白菜在大堂上几次昏死过去，最终熬不过酷刑招了，作了与杨乃武系因奸情而谋害亲夫葛品连致死的供述。
小白菜作完口供后，已是次日凌晨三更，但刘锡彤此时却没有半分睡意，他想着一鼓作气把案子审完，立即派一王姓书办并带民壮阮德等前往抓捕杨乃武。阮德和书办将杨乃武强行带到县衙。杨乃武半夜三更平白无故被强行带至县衙，窝了一肚子的火。当知县讯问时，他听的是目瞪口呆，这简直荒谬，他也绝不会认下着“欲加之罪”。刘锡彤拿出了小白菜的口供，气得杨乃武浑身哆嗦，不但否认与小白菜因奸谋毒之事，还以粗暴的态度顶撞刘锡彤，怒斥他凭空捏造，这使刘锡彤大为恼火，恨从中来的他想对杨乃武也用刑，但此时杨乃武有举人身份，系天子门生，不能用刑。这让刘锡彤一时没了办法，只好将杨乃武暂时押入大牢。次日，拿着小白菜的供词便呈报杭州知府，要求革去杨乃武的举人身份。杭州知府陈鲁又通过浙江巡抚杨昌浚向朝廷具题。同治皇帝在杨昌浚的具题上亲批：“杨乃武著革去举人，其因谋死本夫情由，著该抚审拟。”
杨乃武得知小白菜的供认说是初五交给其砒霜。于是，托人要求岳母本家亲友为其作证，证明其初五日在南乡除灵立继，初六日才回余杭城内。意在否定小白菜供认的初五日交砒霜的事实。但在葛品连死后第十天，即同治十二年十月二十日，刘锡彤将杨乃武和小白菜及全案卷宗解至杭州府时，杨恭治、吴玉琨、詹善政等人为杨乃武所作的初六日才回余杭城内的公禀却被刘锡彤压下了，没有随卷宗上呈杭州知府。有了“革去举人”御批之后的陈鲁毫无顾忌的对杨乃武用刑，最终，杨乃武熬刑不过，只得承认与小白菜因奸谋毒之事。当陈鲁追问砒霜来源时，杨乃武便编造了从杭州办完中举手续回余杭的途中，在本已熟识的仓前镇爱仁堂药店“钱宝生”处以毒鼠为名购得的。陈鲁得到这一口供，以为案情已经大白，便叫刘锡彤将钱宝生的证词取来。
拿到了杨乃武和小白菜两个人的供词之后，认为铁证如山，可以定罪判刑。同治十二年十一月初六日，杭州知府陈鲁作出判决，以因奸谋杀亲夫罪处小白菜凌迟之刑，以授意谋害他人亲夫处杨乃武斩立决。按照清朝的制度，死刑案件需要逐级审理，以免冤漏。像杨乃武小白菜这种发生在余杭的案子，除了要上交知府审理外，还要上交到浙江按察使司来核准。按察使司是清朝掌管全省刑狱的衙门，相当于现在的省最高人民法院，浙江按察使司审核后，再由巡抚上报给朝廷。浙江按察使蒯贺荪，开始觉得案有可疑。因为杨乃武乃是个举人，他自己也是个举人。他不太相信一个举人会为一个女子而抛弃自己的前程不说，还得赔上自己的性命。于是，他找来刘锡彤，询及本案的经过情况，是否有不正常的情况。这刘锡彤向按察使拍胸脯保证，说此案铁证如山，绝无冤屈。蒯贺荪见此，也就放心了。遂将案件按照杭州知府的意见上报浙江巡抚杨昌浚。在此期间，杨乃武在狱中，书写了关于自己是被屈打成招的申诉材料，由其妻小杨詹氏即詹彩凤向杭州各衙门申诉，但没有引起浙江巡抚及臬司等地方官员的重视。
在同治二十年的十二月二十日，此案第一次结案。此时距离杨乃武小白菜被收押刚刚过去了两个多月，浙江巡抚将此案上报了朝廷，只等朝廷批复之后就对二人执行死刑。杨乃武的家人此时并没有放弃，决定进京上告，但因为没有经验和门路，都察院在接到诉告后，认为杨家人违反律制越级上告，决定不予受理。不过都察院作为最高监察机关，也不是毫无作为，他还是下了一纸公文给浙江巡抚，要他重新复审此案。在那个时候，杨乃武与小白菜这种“通奸谋夫”的案子违背了最基本的三纲五常，属于人伦大案，在当时处罚极重。不仅当事人收到极刑，就连所在州县都要受到牵连加重赋税，最严重的连所在县城的城楼都要削掉几尺。浙江巡抚并不愿意沾手这种案子，于是又将它交由杭州府审理，案子到了始作俑者的手里，自然是毫无结果的，杨乃武与小白菜的案子已经成了“铁案”，几乎没有可能翻案。
然而，此时的杨家人又遇到了一个转机。在中国古代的官场上，有两种很重要的人际关系，一个是同乡，一个是同年。同乡就是来自同一州县，同年则更为亲密即同年参加科举考试。失去了举人身份的杨乃武还有“同年”的关系网，恰恰是这个关系网，把杨乃武与当时红极一时的“红顶商人”胡雪岩拉上了关系，为杨乃武的翻案提供了最后一线希望。杨乃武案发时，胡雪岩正在杭州筹办胡庆余堂中药店，他有一个幕友名叫吴以同，刚好与杨乃武是同科的举人，他与杨乃武相交颇深，觉得此案必有冤案。他将杨乃武的情况说给胡雪岩听，急公好义的胡雪岩打算出手相助。刚好此时，胡雪岩为丁忧期满回京述职的浙江籍官员夏同善饯行，他有意让吴以同作陪，在席间趁机说了杨乃武一案的经过，夏同善大为震惊，当即答应会鼎力相助。
同治十三年七月，杨乃武之妻詹彩凤随带其娘家帮工姚士法，携带杨乃武的呈控材料去北京，向步军统领衙门递交了这一材料。步军统领衙门将杨乃武的申诉情况上奏皇上，摆在了同治皇帝与慈禧太后的案头。当然此时的慈禧对此事并没有很是在意，只是简单的下了谕旨，将此案交浙江巡抚杨昌浚督同臬司亲提严讯。而这个杨昌浚文化水平并不高，官做得也不怎么样，杨乃武家里人这样反反复复的闹，他也早就心里厌烦了。但慈禧下了旨总不能不办，于是为了表示公正，他还特地招来了一些与此案毫不相干的官员重申此案。
杨昌浚并未亲提严讯，而是将此案交给刚到任的湖州知府锡光以及绍兴知府龚嘉俊、富阳知县许嘉德、黄岩知县陈宝善共同审理此案。湖州知府锡光参与几次审理后，即找了个借口不再参与审理，不知原因何在。后来主要由龚太守审理此案。杨乃武与小白菜见换了主审官，便满怀希望的开始翻供，诉说着自己的冤屈，可是就在此时一个噩耗传来——同治皇帝驾崩了。这一来，就没人再搭理这桩案件，就被一拖再拖了。
1875年正月，年仅四岁的光绪皇帝即位。原本新皇帝的即位照例可以大赦天下，但杨乃武与小白菜因审而未结，且案情重大，悖逆人伦，因而不在特赦之列。但此时这个单纯的刑事案件已经走向了另一个方向。
慈禧太后像
就在老佛爷忙着新皇登基，垂帘听政，都快忘记这个“风化案”的时候，又一封为杨乃武小白菜翻案的奏折被递了上来。与之前不同的是，在这封奏折上矛头直至浙江巡抚杨昌浚，奏折中请求弹劾杨昌浚。因为慈禧下令重审的时候，刚好是皇位交替这样的敏感时期，浙江巡抚杨昌浚等人觉得不会有人在此时关注一个小小的案子，于是便堂而皇之的拖延起来。然而对于一直都在关注此案的夏同善来说，杨昌浚等人拖延的态度让他无法接受甚至觉得愤怒。夏同善于是多方进行游说，终于说动了以为浙江籍的御史给慈禧上了一份弹劾的奏折，大意是指浙江巡抚杨昌浚有意拖延杨乃武与小白菜的案子，属于心怀不轨，想欺君罔上。因为杨乃武所在的浙江省是科举大省，在清朝的进士里面浙江人占了很大比重，当时如中了进士有两条路，一是外放地方当官，另一种是入翰林院做京官。如此一来，京官之中，浙江人的势力非常大，夏同善就是利用这样的现状，甚至联系起来一个庞大的同乡加同年的力量。
回过头来，审理此案的关键人物浙江巡抚杨昌浚却是个湖南人。杨乃武身为举人竟然遭遇了这样的冤案，这使得几乎所有的浙江籍官员都很同情杨乃武，也对杨昌浚感到愤怒。这个案子发酵成了关乎浙江人官员脸面的案子，弹劾的奏章一递上去，在京的很多京官群起响应，逼得杨昌浚不得不上书自辩。慈禧为了平息愤怒，决定命新任的浙江学政胡瑞澜位钦差大臣复审，全权处理此案。胡官居学政，虽通学术，却不谙刑名，难以胜任，且是杨昌浚手底下的官，上任后，受到杨昌浚的各种“劝说”和利诱。也未能推翻原判。慈禧这样做，有种说法是为了能省钱，就近指派即将去浙江上任的胡润澜，就可节省亲差大臣的一笔不小的出京费用。可见，慈禧并没有因为这件案子的发酵而重视起来。
此时的杨乃武听说钦差大臣竟然是胡润澜时，百感交集。他在狱中绝望的写下一副对联：举人变犯人斯文扫地，学台充邢台乃武归天。
光绪元年十月十八日，又一封奏折被递到了慈禧的手上，这封奏折来自户部给事中边宝泉，揭发了胡润澜与杨昌浚素来较好，胡瑞澜办理此案时，“外示严厉中存偏袒，有官官相护的嫌疑。”他同时指出，胡润澜本身是学政官，没有办理过刑事案件，所以抓不住重点。其次，胡润澜是浙江学政，他的考评升迁都是巡抚杨昌浚说的算的。因此希望表示公正，此案能交由刑部从头审理。此时距离胡瑞澜的结案报告提交给朝廷刚刚过去十五天。
此时这个案子发展到如今，已经与当事人的冤屈没有太大关系了，俨然成为官场上的帮派斗争，为了增加自己这边的胜算，夏同善找到了一个很有力的帮手，此人就是时任刑部侍郎的翁同龢。当这个案子再一次出现在慈禧太后的案头时，慈禧已经很明白了，现在它已经不是简简单单的风化案，已经是涉及到浙江官场的弹劾案。老佛爷此时已经有了自己另外的考量，这个案子可以解决她的一个心腹大患——湘军。
曾国藩
湘军在平定了太平天国以后，就牢牢地控制着江浙一带，成为了慈禧的心腹大患。江浙作为赋税重地，朝廷绝不会容许湘军继续一方做大。慈禧曾经想过通过替换两江总督的方式夺曾国藩的权，但没想到，同治九年七月，她钦点的两江总督马新贻在南京光天化日之下遇刺，也就是著名的“刺马案”。这让慈禧的计划落了空，也让她身为恼火，尽管不久之后曾国藩去世，但江浙地方权力仍然长期把握在湘军一系手中。即便是慈禧的懿旨有时候也往往力所不能及。而杨乃武与小白菜案中的主审官杨昌浚，恰恰是湘军在江浙的代表人物。此案涉及的大小官员几乎都是湘军的人。想要翻案，其实就等于跟湘军过不去。
慈禧此时的考量有两个方面。一个是当时的清朝依然内忧外患，因此还要依靠湘军来平定战乱，如果将此案交由刑部，湘军的人一定会觉得朝廷在针对他们。另一方面，假如此时真是冤案，就可以借此从湘军手里夺回江浙的权力，巩固她的中央集权。这时的慈禧内心无比纠结，在慎之又慎左右权衡之后，觉得还没到跟湘军撕破脸的时候，并没有同意复审。但她同时同意了将此案的案卷交给刑部看看是否有可疑之处，标出之后再交给胡润澜进一步查明详情。
在刑部接到案卷后不久，夏同善召集了在京任职的浙江官员为杨乃武翻案，在他们看来，如果杨乃武的案子不能昭雪，整个浙江官员都将很有没有面子。在夏同善的召集下，十八位浙江籍官员联名写了一封呈词，要求朝廷将此案交给刑部审理并昭示天下，“以示释群疑”，“此案如不平反，则浙江将无艺人肯读书上进矣。”慈禧感觉到，此时正是教训湘军的良机，于是当即同意将此案交由刑部审理。
刑部接下此案后，便调集本案的有关证人及杨乃武和小白菜进京。由于当时本案的主要证人钱坦已死，刑部也无法依据证人的证词和人犯的口供定案。虽然在审理时发现杨乃武和小白菜都受过酷刑，与杨昌浚具题、胡瑞澜上奏中所说的并无刑讯一节显有不符，且杨乃武和小白菜也都推翻了原先因奸谋毒的供述，但刑部认为仅凭这些也难以定案。在审问进京人证的过程中，刑部官员发现余杭县令刘锡彤所勘验的葛品连中毒身死的尸体勘验结论值得怀疑。于是经请得旨意，将葛品连的尸棺运至北京，重新勘验葛品连的死因。光绪二年十二月九日，刑部在北京海会寺开棺验尸。由于此案影响很大，所以前来观看开棺验尸的人非常多。经当时京城最有名望的仵作荀义、连顺喝报，验得葛品连周身大小骨殖均呈黄白色，确属无毒因病而死。在场的刘锡彤以及原验仵作沈祥也都不得不认可了这一鉴定结论，此时审案现场欢声雷动。刑部官员还讯问刘锡彤、沈祥原验情况，两人承认，原验时，试毒银针并未按要求用皂角水反复擦洗，不符合朝廷规定的检验要求；沈祥向刘锡彤只报服毒而死，却未报何毒致死，等等。据此可见，杨乃武和小白菜确系冤枉。他们原来所作“因奸谋毒”的有罪供述显然均为虚假。
几天之后所有的涉案人员都被带进了刑部大堂重新审理，案情的始末经过也就一点点的水落石出。历时三年，经过七神七次误判的疑案至此终于大白于天下。在牢中遭受了三年折磨的杨乃武与小白菜感觉的终于可以沉冤得雪，但此时他们的命运已经与本身冤屈无关了，这些都掌握在几股强大的势力手中。
案子到了结案阶段才真正是到了高潮，此后这个案子的发展就已经跟这两个人毫无关联了。随着案情的明朗，朝中几大党派势力的争斗就愈发公开化了，这个案子已经彻底成为老佛爷手中平衡权力的棋子，也成了党派斗争的场地。以翁同龢、夏同善为首的“朝议派”都是浙江江苏人，主张对浙江承审官员严惩不贷以正视听，他们大多是在京任职的文臣谏官。以湖南湖北大臣为首的“实力派”大多掌握地方实权，主张刑部的审验不足为凭，应该维持杨昌浚等人的原判。“实力派”这边的为首人物并不是两湖官员，而是作为地方大佬的代表人物贵州平远人，时任四川总督的丁宝桢，他认为刑部办案糊涂，葛品连已经被埋在地下三年，身上当然验不出毒。
慈禧太后清楚，现在她谁都不能偏袒，于是只能将此事继续拖延下去。然而就在此时，又上来了一封奏折，来自于朝议派的都察院御史王昕，奏折中语气尖锐，对于杨昌浚、胡润澜等人他用了这样的词语，“罗织无辜，锻炼成狱”。更为关键的一句话是，“两宫皇太后垂帘听政，皇上冲龄践祚，大政未及亲裁。”这个意思就是说，杨昌浚、胡润澜等人的胆大妄为归结为欺负慈禧和慈安孤儿寡母。这两句话说道了慈禧的心坎上，决定要拿这件事好好地敲打敲打湘军了。
出狱后的杨乃武与小白菜
光绪三年二月十六日，革去了刘锡彤知县之职。其他相关审理官员也各自因审理不利而遭受处罚。杨昌浚、胡瑞澜、陈鲁等皆被革职，刘锡彤则被从重处罚，发往黑龙江效力赎罪，且不准收赎。沈祥被判杖八十并徒刑二年，沈彩泉被判杖一百并流二千里。至此20多个红顶子落地，所有经手过此案的浙江官员几乎无一幸免。杨乃武、小白菜冤屈被洗刷，却仍然有罪，两人虽无通奸，但杨乃武却有同食教经，不知避嫌，并且在伸冤诉状中诬陷旁人以脱罪，被处杖一百，被革除的举人身份也不予恢复。小白菜也因诵经读诗，不守妇道招致物议，被处杖八十。光绪三年二月底，北京城寒风凛冽，身心都备受折磨的杨乃武与小白菜终于走出了大牢重获自由。杨乃武此时已经被官司拖累的倾家荡产，小白菜也成了实实在在的孤家寡人。杨乃武回到余杭后，曾去上海《申报》做过事，不久仍回余杭，以种桑养蚕度日。于民国三年（1914年）病故，享年74岁。小白菜回到余杭后，终因亲友无故，衣食无着，真的入庵做了尼姑，法名慧定。小白菜于民国十九年（1930年）圆寂，享年75岁。
老佛爷的这次翻案却并不是想“依法治国”，杨乃武与小白菜这两个名字对于慈禧来说，只不过是翻了一件轰动全国的冤案，得了名声，还顺手收拾了一直的眼中钉湘军，从他们手里那回了浙江一省的实际权力，他们两个人仅仅是老佛爷手中争取权力的棋子，仅此而已。悲剧的是，在那个时代，当权力大于法理的时候，法律就成了当权者拿在手中为了夺权而用的工具。
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