研究所中依旧分为人类和僵尸两个阵营，但与第一章地图“地狱之路”不同的是，人类与僵尸之间扮演的角色进行了转换，僵尸来占领指定区域，而人类负责防守。
相比人类，CSOL2对指挥官进行了更多的改善，添加了2个全新僵尸：
加农僵尸，拥有可观的生命力，使用A键或G键选择目标可变身为远程攻击形态，普通攻击将轰炸指定区域，特殊攻击将投掷烟雾弹。，拥有非常可观的远程轰炸能力。
僵尸工程师，矮小的身材拥有较快的移动能力，攻击动作十分呆萌，且被击杀后会产生小范围的爆炸效果。
此外，我们还优化了指挥官的强化界面(F3)，新添加了“强化控制网络”和“扩大病毒容器”选项，前者用于提升可建造僵尸的人口，后者则可以提高僵尸病毒的存储量。
而另一个僵尸指挥官的福利在于，在新地图研究所中，系统会定时刷新一波强化僵尸，这将有效帮助你度过由于前期人口不足或僵尸病毒不够用所带来的“空档期”，为你的胜利增添筹码。
全新地图狂乱研究所对人类及僵尸指挥官而言都将是一次全新的体验与挑战。人类需要在狭隘且结构复杂的地形中坚守阵地，而僵尸指挥官则拥有更多的可选项，需要顾及到许多新的问题，且定时刷新的僵尸对双方而言也是一个不稳定因素的存在，对战局的正确判断将极大影响胜负天平的走向。
【全新战斗技能系统 战斗力UP!】
新版本中，战斗技能系统“强化研究所”将成为CSOL2一个全新的玩法。你可以在 大厅>>>个人信息中>>>强化研究所中进行设置，人类及僵尸均有自己的特殊战斗技能。
人类战斗技能研究界面：
技能说明：
强健筋骨，隔离区/指挥官模式中体力;
赏金猎人，爆头击杀时获得的金钱增加;
精打细算，隔离区/指挥官模式升级所需的金钱减少;
僵尸耐性，受到普通僵尸的攻击伤害减免;
机枪猎手，主武器连射速度增加;
弹药强化，主武器伤害增加;
饮血战士，命中时恢复造成伤害值的一定体力。
僵尸战斗技能研究界面：
技能说明：
钢铁基因，普通僵尸体力增加，普通僵尸攻击力增加;
毒性加剧，远程僵尸生产数量增加;远程僵尸攻击距离增加
爆炸极限，爆炸僵尸伤害增加;爆炸僵尸爆炸范围增加;
高效病毒，巨型僵尸生产费用减少;
巨型科学，巨型僵尸占用人口减少;
时间巫术，所有僵尸生产时间减少;
病毒晚宴，病毒点数上限增加;
僵尸巢穴，指挥官人口单位最大值增加;
钢化皮肤，僵尸强化费用减少。
在隔离区模式中游戏可增长人类的研究经验值，在僵尸指挥官模式中游戏可同时增长人类和僵尸的研究经验值。研究等级提升后可获得技能点，随着研究等级的提高，你可以解锁更多的战斗技能。(最多可携带3个战斗技能进行战斗，战斗技能仅适用于隔离区及僵尸指挥官)