庆余年的故事背景从人类大灭绝开始，由于人类互相丢核弹，导致地球陷入毁灭，核辐射充斥在大气层以内，残存的人类文明直接倒退回原始时代。
有一所军事科技博物馆由于身处极地而避免了被摧毁的命运，博物馆内的智能电脑分析了出一个神奇的结果：人类文明的进步只能造成人类的灭绝和大自然的毁灭。
因此为了“保护”人类，这个人工智能博物馆通过馆内残留的高级机器人们寻访世界各地的幸存人类，在教导他们生存的基本技能时，不时的压制人类文明的发展，让人类文明始终停留在封建时代。
这个博物馆在人类文明中被称作神庙，而它派出的机器人使者就成了神庙使者。其中脸上蒙着黑布的少年五竹就是神庙使者中最有风度最帅且存在感最高的机器人，他不仅受神庙驱使，本身也有一定的智能。
人类社会在神庙的刻意控制下一直处于冷兵器农业文明时代，此时大陆上有三个国家：
南庆：军力强大，但是文化相对落后，可以当成我们历史中的秦国。
北齐：文化事业先进，但贵族耽于享乐，因此不思进取，军事上长期被南庆压制。
东夷城：港口城市，因为商业发达而不设置城墙，自由之邦，只有城主而没有国王。
叶轻眉出山，造大宗师
工科女博士叶轻眉穿越到故事所在时代，她进入神庙，带走了机器人中最强的五竹、一些武学秘籍和一把狙击枪。
她利用觊觎神庙秘密来北极探访神庙的肖恩和苦荷大师离开神庙，苦荷因此机缘获得突破，成为大宗师，他扶持北齐皇室，成为北齐守护神，创立天一道。
叶轻眉的志向是推动人类文明的进步，推进科技和民主制度，于是她先选择在东夷城经商，想要通过工商业的发展来促进时代进步，但她发现商业再发达也只能为权贵创造财富，还是得从政治上着手。于是她带着五竹去了当时政局混乱，却民风剽悍、军力强悍的庆国。在东夷城期间，她认识了四顾剑，顺便点化了他，第二位大宗师出现。
四顾剑是大宗师中唯一广收门徒的，因此东夷城剑庐拥有当代最多的九品高手，进一步巩固了东夷城中立的地位。
叶轻眉在庆国认识了当时还是不受宠王族的庆帝，以及庆帝的仆人陈萍萍、奶兄弟范建。三人都倾慕叶轻眉。
这个期间叶轻眉给了庆帝霸道真气功法，但霸道真气修炼见效慢且需要经脉尽断才能升级成王道真气，这让年轻庆帝始终没有能够达到宗师水准。后来的一次远征中庆帝受伤导致经脉尽断，无意间练成王道真气，成为第三位大宗师，陈萍萍在庆帝受伤期间为了保护他而失去双腿，从此以后只能靠轮椅代步。
叶轻眉想要借助庆帝来实现自己的抱负，于是用狙击枪干掉了庆帝的对手助他登基当皇帝，并且用内库的商品赚取财富支撑庆帝坐稳皇位，这个期间庆国鉴（监）察院成立，陈萍萍当仁不让担任院长，按照叶轻眉的设想，这个监察院其实是监察皇帝的，用来制约皇权。
叶轻眉进京都时，京都望族叶家的顶级高手叶流云和五竹打架，被吊打后顿悟，有了成为宗师的资本，也就是第四位大宗师。
因此后来加上庆国皇宫内的洪太监有九品巅峰实力，对外宣称是宗师，世人都知道庆国拥有了两位大宗师，加上军事力量最强，庆国成为当代最强国家。
只是北齐和东夷城都拥有大宗师，北齐国土广阔、东夷城有钱，庆国也暂时做不到一统。
叶轻眉之死
叶轻眉在庆国的一系列改革中因为不被理解深感孤独，于是借种庆帝，怀上了范闲。
此时庆帝已经察觉到叶轻眉开报纸、设立鉴查院、掌控内库，其实是要动摇君主专制。身为腹黑皇帝，他不能忍。
而神庙也发现叶轻眉的出现导致了先进技术的外流，有违它不让人类科技进步的初衷，但碍于五竹的存在，无法直接杀死叶轻眉。神庙使者中五竹最强，虽然其他机器人也仅仅比五竹弱一点点，但神庙使者人数非常有限，死一个少一个，神庙在没把握情况下，也不敢轻易派出使者送人头。
同时叶轻眉在庆国的一系列改革和对庆帝的影响力，让太后、皇后等旧贵族忌惮，欲除之而后快。
至此，杀叶轻眉的组合成立，庆帝幕后统筹，太后皇后一党冲锋在前，神庙外围策应。
庆帝和神庙通过神庙在庆国的分支机构——庆庙——沟通，让神庙派出使者来把五竹调开，五竹不想让神庙使者接近叶轻眉，于是直接去阻击神庙使者，被调虎离山。
同时庆帝组织对北齐的战争，陈萍萍作为检察院院长要承担战前情报工作，离京；范建作为户部一把手要统筹钱粮，离京。
于是皇后党抓住机会，杀掉了叶轻眉，虽然五竹和陈萍萍尽力赶回，也只来得及救下襁褓中的范闲，也就是正篇故事开始处的情节，五竹陈萍萍和范建都认为京城危险，于是五竹带范闲去澹州，交给皇帝的奶妈、范建的母亲照顾。
范闲走后，庆帝率领军队返回庆国都城，以为叶轻眉报仇为理由，将皇后亲族为代表的旧贵族一扫而空，至此完全控制了庆国，庆国军方家族秦家虽然爷参与了杀叶轻眉事件，但隐藏较深，没有暴露。
事后靖王、陈萍萍、范建都怀疑庆帝在叶轻眉之死中扮演的角色，各生异心。而庆帝也不能完全信任监察院，遂命令长公主李云睿替皇家掌管内库、组建只忠于皇室的情报组织。
陈萍萍收容四顾剑的弟弟兼仇人影子进入监察院，收容秦家的仇人荆戈进入检察院，陈萍萍还暗中安排用毒大师费介去教育范闲，准备伺机为叶轻眉报仇。
范建则受皇帝托付组建训练皇家虎卫，这批人里不乏只效忠于范建的力量。
靖王爷怀念叶轻眉，无法原谅庆帝，却无力改变什么，只能假装醉心农桑，在家种地排解忧郁。
神庙在这次合作后发现庆帝这种老封建阴谋家很适合压制人类文明的进步，于是干脆决定和庆帝合作，从此庆帝有了和神庙合作的基础。
范闲进京
范闲在澹州长大，从小练习霸道真气上卷，还在五竹的训练下掌握了一定的物理学武术，和费介学了一手医术、毒术。成年后的范闲被范建以私生子身份接回京都。
范建女儿范若若曾经在澹州和范闲度过一些日子，对范闲非常倾慕，两人一直保持书信往来，范闲回京，范若若非常高兴。范若若此时已经是京城有名的才女，和靖王世子李宏成、叶家小姐叶灵儿都是好友。
叶灵儿在和范闲的切磋中落败，佩服之余拜范闲为师，范闲从她这里学到了叶家的流云散手。
范闲回京后迅速折服范建亲儿子范思哲，两人合伙开书店推广《红楼梦》。
范闲在瞎逛中来到庆庙，偶遇庆帝和鸡腿女神林婉儿。林婉儿是长公主和当朝宰相林若甫的私生子，养在皇宫里，深得皇帝和太后喜爱，获封郡主。
范闲刚好得知林婉儿就是自己的未婚妻，于是经常夜带鸡腿会佳人，顺便把婉儿的病治了一下，两人结婚后，范闲委托自己的老师费介为婉儿治病，费介答应了。
林婉儿是长公主李云睿的女儿，因此她老公范闲按照庆帝的安排将代替李云睿掌管内库，于是长公主和范闲走到了对立面。
李云睿先是假装支持太子其实支持二皇子，但其实她是真的支持太子的，因为她和太子有不伦之恋！而她这么搞完全是因为她爱庆帝，庆帝却爱叶轻眉，于是她多年不受重视想要挑唆庆帝儿子互相坑来报复庆帝……
很混乱吧，总之这个女人能量很大，童年时期范闲遭遇的刺杀就是她撺掇范思哲亲妈搞得，等范闲进了京城，她又安排了一揽子刺杀计划，范闲一一躲过。
范闲因为文学水平高而在庆国出名，于是长公主竟然安排北齐文学大家韩墨庄跑来诬陷范闲是抄袭的，理由是以范闲的年纪不足以作出《登高》这种内涵的诗句，想要抹黑范闲。
可是穿越来的范闲可是拥有《唐诗三百首》的男人，在大殿上一边喝酒一边背诗，随随便便搞出上百首神作，实力打脸韩墨庄，并留下一句：“谁说作诗得有阅历的？”
韩墨庄事后向范闲道歉，原来他弟弟就是北齐特务头子肖恩，多年前被陈萍萍抓来庆国关押，长公主要求他诬陷范闲换取弟弟的自由。
范闲的赢得了诗仙名号，长公主又一次失败。但长公主为了放走肖恩，和北齐人勾结抓住了南庆在北齐的特务头子言冰云，为范闲押送肖恩北上埋下了伏笔。
范闲通过五竹知道了叶轻眉留有一个箱子，老一辈们都对这个箱子又好奇又畏惧，于是夜探皇宫偷出了钥匙，发现了母亲叶轻眉留下箱子里是狙击枪和避孕药，也明白了叶轻眉对于庆国的期望。
因为范闲来到京都后的优秀表现，庆帝对这个私生子非常喜爱和信任，事实上赢取林婉儿夺取内库，就是庆帝的安排，他觉得长公主在背后撺掇他几个儿子斗争，越来越不像话了，通过支持范闲来打击长公主。
范建、陈萍萍已经为盼望叶轻眉一手创办的内库可以又她自己儿子掌控，也支持范闲和长公主的斗争。
因此，陈萍萍爱屋及乌的想把检察院交给范闲掌管，范建则完全信任范闲，把他视如己出。
范闲接到了出使北齐的使命，接回庆国在北齐被抓的特务头子言冰云。
言冰云的父亲是完全忠于陈萍萍的，而他本人也是完全陈萍萍留给范闲的好帮手，言冰云在北齐被抓完全是因为长公主的出卖。
北齐方面要求庆国用北齐特务头子肖恩以及北齐小皇帝的爱人司理理交换言冰云，于是范闲押着二人前往北齐。
司理理之前在南庆当间谍，机缘巧合和范闲共度一夜，两人本来就有点暧昧的关系在北上的路上进一步发酵。
去北齐
出使北齐前，范闲正式成为检察院提司，他以鉴查院优秀相声演员王启年为核心组建启年小组，这是一支完全忠于他自己的队伍。而和鉴查院费介的徒弟们搭上线后，范闲带了一堆奇形怪状的毒药心满意足的离开。
和陈萍萍聊天后范闲进一步确认了自己的身份是庆帝之子，范建只是名义上的父亲，并且察觉叶轻眉之死的蹊跷，有意识的，范闲开始培养自己的势力。
范闲在押送肖恩路上遇到了接受苦荷命令来杀肖恩灭口的海棠朵朵，原来当年肖恩和苦荷一起去神庙时，因为最后弹尽粮绝一起吃过人肉，苦荷现在是北齐国师，也不愿意肖恩泄露神庙位置的信息，想要灭口。
范闲武功不及海棠朵朵，虽然在虎卫的护卫下辛苦周旋，还是奈何不了朵朵，于是靠春药暗算朵朵后溜掉了，海棠虽然苦恼于范闲的无耻，但也不可避免的被其无耻和英俊相貌所吸引。
进入上京城之后范闲发现北齐小皇帝因为爱看《红楼梦》而成了自己的粉丝，秀一堆操作之后，范闲和北齐贵族搭上线，承诺掌握内库后和北齐继续做交易，算是给自己安排了一条退路。范闲用肖恩换回言冰云，此后言冰云基本成为范闲的智囊。
离开北齐前，范闲利用北齐名将上杉虎劫狱救肖恩的机会，浑水摸鱼把濒死的肖恩救走，肖恩临死前透露了叶轻眉的来历和神庙的位置。
范闲完成既定任务后继续和海棠搞暧昧，却在走之前被反下了春药，稀里糊涂之下以为自己和司里里春风一度。
但其实他真正睡的人是北齐小皇帝，北齐小皇帝战豆豆是女人，一直女扮男装统治北齐，而司里里名义上是她的妃子，其实和海棠一样，也是北齐小皇帝身份的知情人之一。
下江南
范闲回京后和林婉儿完婚，随后下江南准备整顿接收内库。走之前先处理了一波家务事，安排不愿意和李弘成结婚的妹妹范若若去北齐学医（走的海棠朵朵的关系），安排在京城被带坏利用开妓院的弟弟范思哲去北齐做生意（走的北齐贵族的关系），至此，范家在京城的软肋转移走了。
皇帝秋天时候非要去悬空秒祭祀，过程中遭到连环刺杀，其中武功最高的刺客是陈萍萍安排的影子刺客。
此人是四顾剑的弟弟，但全家都被四顾剑杀掉，自己溜出来后在检察院做陈萍萍的影子，这次刺杀本意是试探庆帝的虚实，以及让范闲成功护驾进一步获取庆帝的信任，陈萍萍已经决定要对抗庆帝，但不想连累范闲，借此和范闲割裂。
结果在追杀影子过程中范闲霸道真气溢出，被影子失手刺中，差点挂掉，多亏范若若帮范闲进行外科手术，这时有铺垫范若若的手非常稳，其实是五竹训练她玩狙击枪的结果。范闲虽然保住了性命，但霸道真气撑破了经脉，没法动武了。
护驾成功的范闲受到庆帝的赞赏，赐给他七个虎卫保护他的安全，这批虎卫的首领叫高达。此时长公主为了保住内库，不停安排人去杀范闲，都被检察院和庆帝派给范闲的虎卫阻止了。
范闲下江南收内库，带着三皇子一起，三皇子其实排行老四（老三是太子），是范闲养母姐妹的孩子，算是自己人，之前和范思哲一起开妓院，惊世骇俗，于是庆帝让范闲做他老师，带着一起下江南教育一下。
随行的还有从北齐来的海棠朵朵，北齐皇帝想要和内库做生意，让海棠来监督以保证北齐皇室的经济利益，二人暧昧进一步升级。
苦荷甚至让海棠带来了天一道的心法，以帮助范闲恢复武功，苦荷的念头很简单，上一辈四大宗师都是和叶轻眉有渊源的人，那么叶轻眉的儿子估计也有类似功效，就把海棠派来了。
范闲借用叶家老掌柜轻松摆平闹事的内库管事，顺便在江南地区搞事情，建立钱庄，通过金融手段掌握江南乃至庆国的经济命脉，将自己的影响力深深根植在苏州为核心的江南地区。
自此，江南和内库成了范闲的个人所有，范闲一方面和北齐做生意，一方面拉庆国贵族下水，里外通吃。
在江南期间，范闲凭借海棠朵朵带来的天一道心法恢复了武功，也基本上解决了霸道真气的副作用，但没有能够突破王道真气，依然是九品上水平。
江南任务告一段落，范闲顺道去澹州探望奶奶，在回京城的路上，范闲不断遭遇刺杀，并且遇到被四顾剑派来投效的四顾剑关门弟子王十三郎，四顾剑的想法和苦荷差不多，让最有天赋的弟子来和范闲搞好关系，万一不小心也大宗师了呢……
范闲让王十三郎杀掉了主持刺杀自己的“小箭兄”，这个小箭正是征北大都督燕小乙独子，猛士王十三郎也不告暗杀，直接明刀明强冲杀进运营干掉了小箭，真猛士也！
燕小乙是长公主的人，本来就和范闲不对付，到这一步更是不死不休了。
即将到京城的路上，范闲车队遭到军用弓弩袭击，范闲和影子奋力反击杀光袭击者，但随行人员损失惨重，这件事范闲发现是庆国军方大佬秦家指示的，原来秦家也是当年杀死叶轻眉的势力之一，只是隐藏较好，秦家被陈萍萍巧妙暗示，以为庆帝和范闲知道了当年叶轻眉之死有自家参与，要报复秦家，所以秦家也倒向了长公主一方。
而陈萍萍给秦家机会刺杀范闲，这也是悬空秒刺杀后，陈萍萍第二次要和范闲割裂。
回京
范闲回京后又是一堆瓜。
他通过蛛丝马迹发现北齐小皇帝是女人，发现长公主表面支持二皇子，但实际支持的是太子，并且和太子有不伦关系。
范闲巧妙安排让庆帝知道这个事儿，庆帝知道后愤怒无比，把长公主贬出京城，太子发配南诏国，想让他在路上病死。
范闲取得了和长公主在京都斗争的初步胜利，但是他不愿意太子因此而死，想继续浑水摸鱼，因此他派人保住了去南诏的太子性命。
叶灵儿和二皇子结婚，于是在外人看来，叶家成了二皇子一党的人。叶家表面上也上了长公主一派的贼船。
范闲的侍妾思思怀孕了（电视剧中没有这个人），费介弄出了治林婉儿的药，但是只要在服药期间林婉儿没法有孩子，返现准备先暂时搁置要孩子的事儿，过完年继续下江南整顿内库。
范闲再下江南，继续整顿内库位朝廷创收，顺便摧毁了江南第一世家明家，江南完全纳入掌控。
范闲顺道去调查泉州水师时，发现泉州水师是自己母亲一手创立，现在虽然被秦家控制，但水师里不乏忠于自己的人。
以下是本书的真正高潮
庆帝的大东山神操作
事件背景：
结束江南任务的范闲再次回澹州探望祖母，却发现庆帝也在，原来庆帝要祭祀位于大东山的庆庙，顺路探望奶妈范老太太。
庆帝让范闲负责自己此行的安全。注意，这时没有人知道庆帝的大宗师身份，大家都以为庆帝只是个牛逼的军事家而已，身边的洪太监才是大宗师。
庆帝以自己为诱饵，北齐、东夷城、庆国太子、二皇子、长公主、秦家等人，都觉得这是个杀庆帝的机会。
大东山事件攻击方阵容：
大宗师：
- 北齐国师苦荷与东夷城守护神四顾剑（为了祖国杀庆帝）
- 叶流云（我是庆帝安排的卧底嘿嘿嘿）
北齐军方：
- 最强指挥官上杉虎（为了国家利益杀庆帝）
南庆军方：
- 叶家（作为二皇子的代表，但其实也是庆帝安插的卧底）
- 秦家（以为庆帝要清算当年杀叶轻眉事件，自保）
- 燕小乙和征北大营5000士兵。（受长公主吩咐，顺便杀范闲为儿子报仇）
- 泉州水师部分舰队（秦家驱使）
- 陈萍萍刻意让监察院保持了沉默（试探以及想借大宗师手杀死庆帝为叶轻眉报仇）
大东山事件防守方阵容：
- 范闲和王十三郎率领的鉴查院刺客群、启年小组；
- 范建训练的皇家虎卫；
- 大内高手洪太监；
事件经过：
庆帝带着洪太监和一众文武百官登上大东山，还没来得及装逼，立刻就被燕小乙的五千士兵包围，指挥他们的是北齐名将上杉虎，但这批人只负责围困而不负责杀人。
虽然鉴查院人员在王十三郎（这哥们是全心全意跟着范闲的）的带领下和范建训练的虎卫奋力抵挡，但四顾剑忽然出场，一剑杀上百虎卫，王十三郎重伤没死，王启年和高达因为长期受到范闲猥琐流影响，在眼看无法抵挡四顾剑后开溜。
苦荷、四顾剑和叶流云到达山顶，庆帝身边只有洪太监，三个宗师打一个，感觉庆帝死定了。
庆帝继续装逼，让范闲带着圣旨回京城稳住大局，这边不用管。范闲临走吩咐五竹叔保住庆帝性命，自己跳崖（从小的训练就是为了这一天），开始一路被燕小乙追杀的回京之路，燕小乙知道庆帝在大宗师围攻下必死，于是专心追杀范闲。
这时五竹出现在山上，原来因为大东山辐射强（当年核爆炸发源地），所以五竹一般受伤都在这边疗伤，之前五竹为了帮范闲杀神庙派来的使者，受了点伤，正好在这里养身，庆帝算准了五竹在才敢这么皮。
但虽然五竹按照范闲的要求会保护庆帝，场上依然是三打二，庆帝方还是劣势。
此时洪太监释放出宗师气势，大家动手。叶流云临阵倒戈，反手攻击苦荷和四顾剑，而之前一直被集火的洪太监，其实是个幌子，他一直表现出来那么强的气势是借了庆帝的内力，庆帝到这个时候还在装逼，说什么老洪很抱歉，你得保护我不能放手一战之类……
其实庆帝才是隐藏最深的大宗师，洪太监被宗师夹击烟消云散的同时，庆帝出手。
庆帝先是王道一拳轰掉四顾剑半边身体，随后面对防御森严的苦荷，一指渡半湖，把海量真气点进苦荷体内，把他经脉“撑炸”了。
帝王心术，宗师境界，本书大BOSS庆帝完全体正式登场。
苦荷开溜，没了半边身体的四顾剑被徒弟王十三郎背着逃回了东夷城。
事件影响：
- 苦荷和四顾剑重伤，基本是回家等死状态，庆国一统天下的最大障碍——敌对大宗师——没有了。
- 庆帝一直防着两个老兄弟，为了保护庆帝，范建训练的虎卫和陈萍萍执掌的鉴查院武力部门，基本消耗殆尽。庆帝进一步削弱了两个老兄弟，巩固自己的地位。甚至庆帝知道泉州水师有范闲的人，这一下顺便把泉州水师也拖进来，掌握在自己手里了。
- 庆国内部的反对势力全部现身，长公主、太子、二皇子、秦家、燕小乙再没有回头路。
事件后续：
范闲在大东山返回京城途中，用狙击枪干掉了一直追杀他的燕小乙，至此书中远程第一高手殒命，范闲再也不用担心被弓箭射杀了。
由于大东山一战消息封锁，长公主、太子、二皇子以及秦家、叶家按照计划起兵造反，性情耿直的带兵皇子大皇子和范闲守住京城拼死抵抗。本来太子这边军力占优势，但叶家作为卧底忽然反水，范闲和大皇子大败叛军，此时正好庆帝没死的消息传回，叛军土崩瓦解。
太子、二皇子、长公主、秦家全数身死灯灭，退出历史舞台，可怜的叶灵儿成了寡妇，而李弘成因为早早被范闲打发去边疆，没有受到牵连。。
范闲顺便混乱中把太后给毒死了，算是为叶轻眉报仇。
庆帝和范闲在这次事件中都发现了陈萍萍的反常举动，范闲劝陈萍萍收手，陈萍萍继续装冷酷，和范闲割裂。
大东山事件结束
东夷城的归属
庆帝安全回京之后，开始怀疑陈萍萍背叛自己，但是庆帝对陈萍萍确实有真感情，让范闲担任检察院院长，言冰云接任提司，范闲为了让庆帝放过陈萍萍，迅速掌控了鉴查院，让陈萍萍扮演无害残疾老人。
此时四顾剑即将死亡消息传来，东夷城的独立地位将不保，只能选择倒向南庆或者北齐，于是两国都派出使节去东夷城，争取东夷城的归附。
南庆派出的是范闲，北齐是小皇帝亲自出马。两人在谈判期间旧情复燃，在四顾剑剑庐滚床单成就达成。
事后北齐小皇帝怀孕，对外宣称是司里里怀孕了，生出个闺女儿取名红豆饭。
四顾剑虎瘦雄风在，他精确的判断出以范闲的个性，知道当初叶轻眉死的真相会和庆帝翻脸，于是不顾东夷城城主和剑庐弟子们的反对，杀光了亲北齐派的东夷城城主一家。
四顾剑把自己武学的核心知识点教给了范闲，演示乐什么叫做意志超过身体的剑法，临死前将东夷城和自己的弟子们全部交付给范闲，至此，范闲身边拥有了十多位九品上高手，团队武力值达到巅峰。
四顾剑死后，东夷城名义上归属南庆，但实际上又成了范闲的私产，范闲将东夷城托付给大皇子，大皇子的母亲当年就是东夷城女奴，对庆帝的无情手段心冷后，决定和范闲合作，于是大皇子驻兵东夷城。
陈萍萍之死
范闲在大东山事件之后就成为鉴查院院长，他将陈萍萍的权力剥夺，其实是希望庆帝网开一面，放陈萍萍一条生路。
但范闲在东夷城期间，庆帝得知了陈萍萍在所有事件中扮演的不光彩角色，他虽然对陈萍萍的背叛感到愤怒，但多年的老仆人他也有些不忍，并且他没弄懂陈萍萍背叛自己的动机是什么，于是他要求已经在退休返乡路上的陈萍萍回宫解释。
大东山上逃命的王启年一直在院长身边，这老小子不仅相声造诣出众，轻功也不俗，当年号称检察院双翼之一，眼见陈萍萍被带走，老王头直奔东夷城找范闲求救。
陈萍萍回到京都，阻止了准备造反救他的监察院众人，并且吩咐言冰云要忍，无论发生什么要保障监察院力量不受损。
陈萍萍直接陈述了当年叶轻眉之死的真相，以及庆帝背叛叶轻眉的事实，庆帝恼羞成怒，更无法理解这个阉人竟然会为了女人背叛自己这个天下最强者，暴怒之下的庆帝想杀陈萍萍，却被陈萍萍用藏在轮椅扶手上的霰弹枪打伤，这正是当年叶轻眉为残疾后的陈萍萍专门设计的防身武器。
庆帝是大宗师，不可能轻易死掉，虽然受了重伤，他依然宣布把陈萍萍凌迟处死。随后从北齐学医归来的范若若进宫，为庆帝进行外科手术取出霰弹枪的弹片。
范闲得知消息后快马从东夷城赶回，一路换马、杀城门守卫，冲到刑场时陈萍萍却已经只剩最后一口气了，临死前陈萍萍问范闲，叶轻眉留下的箱子里到底装着什么，范闲回答，是一把枪。
老太监骄傲的一笑：“枪，那玩意，我也有。”
陈萍萍死。（泪目）
范闲刑场哀嚎，远处观刑的庆帝眯眼，他低估了范闲对于陈萍萍和叶轻眉的感情，只是宣布禁足范闲。
事后庆帝其实一直盼着范闲悲伤过后进宫向他解释，他觉得自己的儿子不会为了早死的母亲和一个老太监与自己决裂，但发现范闲似乎知道了当年的真相，于是庆帝一点点取消了范闲的官职和荣誉头衔。
范闲责怪言冰云身为检察院提司没有能过阻止陈萍萍赴死，言冰云其实是受了陈萍萍密令，要在范闲发疯时忍辱负重保住鉴查院。鉴查院的人只对老院长忠心，此时都觉得言冰云时叛徒。
父子开战
陈萍萍之死让范闲彻底清醒，尽管他这些年竭力避免正面和庆帝作对，但其实他对叶轻眉的死早有怀疑，也防备着庆帝，因此他抓内库，平江南，联北齐，收东夷，都是为了增加自己和庆帝开战后的筹码。
陈萍萍之死让范闲无法再扮演忠臣孝子。
庆帝为了打击范闲，要范若若嫁给贺宗纬（就是故事开篇礼部尚书之子的跟班，这人跟着庆帝混了），范闲立马通知爱慕若若多年的李弘成赶回京城，每天持刀站在范若若的医馆门口，贺宗纬也无可奈何。庆帝深觉自己对不起靖王爷，也就没有为难李弘成。
庆帝借审查户部名义准备对范建下手，范建淡淡定让庆帝的人查账，却发现老狐狸范建早就通过做账把户部亏空捆绑到了全国各部门去，如果真要动户部，则整个朝廷都会被牵连。
庆帝又想动内库，范闲却早就让范建把内库核心技术转移到了秘密地点十家村，这里有内库核心工厂、叶家老掌柜技术骨干以及忠于范家的部分虎卫。
范闲进一步对庆帝示威。
范闲知道贺宗纬敢打自己妹妹主意，直接把贺宗纬毒死了。
庆帝忍无可忍，准备不惜一切干掉范闲，但范闲表示江南开的钱庄现在发挥着国家银行的作用，他已经掌握了庆国的经济命脉，庆帝真不顾一切他也宁可鱼死网破。
庆帝不愿意庆国大乱，范闲也不愿意亲人受伤害，于是两人决定把斗争局限在两人之间。
首次对决庆帝
范闲自己带着剑进皇宫和庆帝单挑，其实一路安排了一堆支援。
两人在庆帝纪念叶轻眉的小楼彻底撕破脸，范闲此时身兼霸道真气、天一道功法、四顾剑法和流云散手以及五竹的物理学武术精髓，已经是九品巅峰的顶级高手了。
但是遇上庆帝爸爸，范闲毫无还手之力，被吊起来打，庆帝一路追杀，还把范闲提前安排埋伏的海棠朵朵、王十三郎、影子全部吊打。
宗师以下最强的几个人，围殴也无法对庆帝造成伤害，所有人都重伤，几乎无力杀出皇宫，庆帝的杀气已经近在咫尺。
狙击枪响了，开枪的是隐藏在远处的范若若。
庆帝中枪，又是重伤不死，他再也不敢离开皇宫，只能放任范闲等人离去。范若若随后淡定的藏好狙击枪，进宫为皇帝疗伤。
庆帝将范若若软禁在宫里，却也没有为难范闲妻子林婉儿，此时林婉儿已经有孩子了，于是奇怪的状况发生了，范闲虽然变成了反贼，林婉儿却依然经常带着孩子进宫看望庆帝舅舅。
本来会动摇庆国江山的内乱，最终变成了庆帝和范闲两个人之间的斗争。
范闲和海棠等人受伤无力躲避叶家这一代领头人叶重率领的追杀，为了掩护范闲东夷城的九品高手牺牲惨重，最终言冰云出马，用家里的密室救了范闲一行。
造访神庙
范闲重伤后和海棠朵朵以及王十三郎撤往北齐，庆帝受伤延缓了庆国统一天下的路子，也给范闲等人争取了时间，考虑到庆帝的战无不胜，范闲决定出发前往神庙去寻找失踪的五竹，五竹曾经失忆，说要前往神庙去找回记忆。
之后范闲送别了叶流云和费介（两人涉及太多皇室秘密，害怕被秋后算账，开溜了），这两人结伴乘船出海，准备躲开这些是非了。
至此五竹和庆帝是唯二存在世间的大宗师级别高手了。
范闲早年从肖恩的描述中得知神庙位于北极，于是和王十三郎以及海棠朵朵带着一堆哈士奇和雪橇就一路向北了，经历了千难万险，终于来到了神庙。
三人进入神庙，范闲从神庙的全息投影讲解员口中了解到了背景故事中的信息，明白了这个世界的起源。
而神庙在这些年对世俗世界的干扰中已经耗尽了机器人使者，本身也只剩玩特效和嘴炮的电脑了。
随后三人在神庙中发现了已经被神庙清空记忆的五竹，五竹遵循神庙的指示要杀死三人，尤其是范闲（神庙知道范闲和叶轻眉一样是“天命者”，会导致人类科技进步，最终造成人类灭亡）。
三人无力阻挡五竹，海棠朵朵和王十三郎眼见范闲要被五竹杀死，于是破釜沉舟进入神庙一通打砸，无意中破坏了神庙的电脑，神庙死机。
五竹进入迷茫状态，虽然不认识范闲，但过往的经历在他的脑海中留有印象，自然而然对范闲感到亲近。
最终，五竹背起范闲，就像当年从京都背着范闲前往澹州一样，四人从已经一片空荡的神庙一起回到了京都。
再战庆帝
回到京都后范闲养好了伤势，随着修炼更进一步愈发强大。
五竹则在熟悉的环境和熟悉的人中渐渐想起了叶轻眉，想起了庆帝。
于是五竹单枪匹马，直闯皇宫。
五竹击败叶重，闪过《英雄》同款羽箭齐射，直面整个禁军。
然后竹帅一路从宫门口杀到庆帝面前，一个人干掉了所有禁军。
铁钎都磨秃了，五竹也在混战中断了一条腿，庆帝这才发现五竹的血是金色的（科学才是第一生产力）。
五竹和庆帝得对决基本就是我捅你一钎子，你打我一拳头，五竹被击倒不能动弹，庆帝也被戳的血流不止；庆帝终于处于晋升大宗师以来最弱的阶段。
这时候更进一步的范闲出手，他没有再搞花里胡哨的小阴招，就是刚，毕竟庆帝还在流血。两人打的难解难分时，范若若一枪打断了庆帝的一条手臂，但是范若若也暴露了身型，庆帝冲过去，捏住了若若的咽喉。
庆帝已经重伤，霸道真气虽然威力无穷，但当主人伤重时，霸道真气也会反噬主人，因此庆帝知道自己过不去这关了。但他依然有能力临死一击，辣范闲和范若若陪葬，继位的还是他的儿子，依然会继承他的志向。
“朕没有败，只是快死了。”
但是看着范闲擦拭嘴角血迹的动作几乎和自己一模一样，庆帝还是心软了，他把最后一击留给了五竹，只为看一下五竹脸上黑布下究竟是什么。
很煞风景的……五竹眼里射出了彩虹般的镭射光。
庆帝被镭射光射穿后，眼里流露出不屑。
原来如此，又是如此，不过如此。
残破身体终于无法压制霸道真气，爆炸而死。
人人都爱叶轻眉
庆帝死后，他的贴身太监从暗处走出来，给了范闲一个小盒子。
盒子里是三尺白绫和一封信。
原来当年太后看叶轻眉不爽，就让人赐白绫给叶轻眉，叶轻眉一脸懵逼让五竹当晚就把这个白绫送回到太后床前。
太后肯定是吓的不行。
叶轻眉把这个事儿当成笑话写了封信给庆帝，就是如今盒子中这一封。
原来叶轻眉给庆帝的信从来都是讨论政治、经济的事儿，很少闲扯，只有这一封信，口吻轻松，聊的事情也不严肃，庆帝这么多年始终珍藏。
范闲翻过信纸，才发现背面是庆帝写下的四个字：
“朕没有错”
大宗师、帝王、权臣、特务头子、和尚、武痴、闲散王爷……老一辈烟消云散
但人人都爱叶轻眉
后记
范闲和家人去了西湖居住，宗师绝迹之后，范闲本人掌握着天下最强的九品上力量，成为了新的核武器。
庆国继位皇帝是四皇子，范闲的学生；
北齐皇帝是范闲的女人；
东夷城王十三郎是范闲的好友。
世界和平了。
五竹在大东山利用和辐射自我修复，只要这个世界的辐射不消失，他应该不会死。
范闲在西湖处等他团聚。
范若若准备走遍天下行医，李宏成跟着她一起了。
完