刀剑神域爱丽丝篇的故事还在继续，本集主要讲述了桐人打败最高祭司A姐之后的故事。在动画片的开头，依然是经费在线的岁月静好，爱丽丝与桐人隐居在小山村里，剑士桐人现在成了一个生活不能自理的废人，爱丽丝寸步不离的照顾桐人，俨然一副老夫老妻的样子。那么桐人为何会变成现在这个样子？爱丽丝又将与桐人何去何从呢？
让我们把视线转向圣会教堂大战，A姐已死，桐人虽然失去了右手，但是凭借顽强的意念试图与现实世界取得联系，就在即将成功的时候，外界的电源被切断，桐人不仅丧失了与外界取得联系的机会，灵魂也因此遭到破坏，具体表现就是失去意识成了植物人，而本集故事的时间线大概就是从这里开始。
桐人与爱丽丝为这个世界做出了很大的贡献，其叛逆精神为懦弱民众争取属于他们的权益，但此时英雄却没有受到应有的对待。桐人怎么也没有想到，优吉欧失去生命也要守护的民众，会在自己重伤的时候恶语相向，把他珍视的剑当作玩物取笑。甚至桐人和爱丽丝没有容身之所，从小到大一直生活卢利特村都不能容忍这两个罪人。
另外值得注意的是，爱丽丝依然没有成为整合骑士之前的记忆，她的记忆随着优吉欧化作了利剑。这样看来爱丽丝原本整合骑士当得好好的，忽然有一天被桐人告知另一个完全不同的自己。虽然这个世界的设定是不能撒谎，但是爱丽丝依然对桐人给予了相当的信任，但当她向自己的父亲说明情况时，父亲却因为罪人的身份不能容忍她，只有妹妹赛鲁卡愿意亲近桐人和爱丽丝。
整合骑士这一边，贝尔库利向活着的骑士们说明了教会目前的情况，在与桐人及优吉欧的战斗中，整合骑士人数减半，最高祭司也就是A姐被杀。因为担忧黑暗领域知道此事，所以贝尔库利提议秘不发丧，不大举追究桐人和爱丽丝的罪责，工作重点放在防范黑暗领域的侵袭上来，整顿可以调动的部队，弥补目前整合骑士的实力。
整合骑士的一系列行动，使爱丽丝和桐人的隐居地点暴露，爱丽丝曾经的伙伴邀请她重回整合骑士，加入到对抗黑暗领域的战斗中来，但是爱丽丝不能抛下桐人，与其参与到战争中，爱丽丝更想让桐人尽快好起来，就在她拒绝了整合骑士邀请的那一晚，黑暗领域似乎采取了侵略行动，而桐人的身体开始剧烈颤抖。
桐人和爱丽丝都是具有强烈反抗精神的角色，桐人的反抗精神不仅成就了优吉欧，也是他在这个世界的唯一理由。桐人第一次潜入UW世界就是为了教会这里的人民学会反抗，桐人凭借自己的力量打败了绝对的支配者A姐，新的挑战还在继续，虽然目前还不知道让他灵魂受损的现实世界发生了什么，但他必然不会继续坐在轮椅上任人欺凌。