上集咱们说道史文俊府上丫鬟小凤意外被杀，史文俊被捕入狱意外扯出自己通敌叛国的罪名，史文俊无奈之下只能祈求宋慈帮他洗脱冤屈，宋慈接受案件之后抽丝剥茧，将幕后黑手宋慈岳父绳之以法，宋慈岳父入狱后被削为平民最终在回乡路上自杀身亡了。宋慈自此失去了官场上最大的靠山。
自从宋慈岳父死去之后，宋慈一直郁郁寡欢，在官场上也不得寸进，某日在山野密林发现一具白骨，宋慈赶到现场立刻开始现场的勘验，通过白骨宋慈判断死者是名女子，已经死去了近一年多的时间了，死者的衣衫被人剥去，但银簪还在绝对不是谋财，在现场宋慈还发现了一支绣花鞋。
宋慈去白骨周围走访，在这荒郊野岭只有一座寺庙名为明泉寺，还有一个神秘的大庄园，明泉寺的主持并不知道后山的白骨，只是在宋慈走后主持的表情甚是奇怪。而在神秘的庄园外宋慈发现了两个鬼鬼祟祟的人，宋慈想进入神秘庄园，未料却被拒绝了。宋慈通过几番打听之下才知道，原来这如意苑是朝廷命官和商家聚集之地，来往的都是朝廷重臣。
无法进入园内宋慈只能回去继续查看尸体，看有没有新的线索。在英姑的提醒之下宋慈终于发现玉簪和绣花鞋的不同之处，玉簪非常珍贵，绣花鞋却是戏班专用的。宋慈立刻来到戏班让版主取一只绣花鞋看看，版主拿来一只鞋子却和宋慈说带来的证物是一双。
在班主的交代之下，宋慈知道了死者的身份，死者名为绿腰是戏班的戏子，在去年的清明节失踪，但由于戏班女子大都与官家有来往，说不准几时就自己消失了，所以班主并未报官，谁曾想绿腰已经遇害了，宋慈还得知绿腰死前曾去过如意苑唱戏。
第二天宋慈偶遇慧玉公主的驸马梅子林，宋慈跟随梅子林进到如意苑内，却被下人告知这庄园的主人竟然与自己相识。进入如意苑内这就是一个腐化朝廷官员的大染缸，里面各级官员比比皆是，吃喝嫖赌样样齐全，宋慈在这里还看到了戏班的红角小桃红在和礼部侍郎调情。在离开如意苑之后，赵捕头在外等候时看到跟踪小桃红来到如意苑的刑部小吏竹如海，赵捕头说这竹如海有些癞蛤蟆想吃天鹅肉，宋慈却不置可否。
第二天宋慈得知如意苑死了人，立刻到如意苑验尸，在外面却遇到了刑部尚书曹纲，宋慈想要接手案件却被对方百般阻挠，当宋慈看到新上任的临安知府还是吴淼水时，宋慈不禁感叹有些人的确是官场上的小强，怎么也打不死啊。
但这次吴淼水没有阻止宋慈查案，反倒是把宋慈抬高让宋慈身先士卒，宋慈不疑有他便开始查案。宋慈查验尸体得知了两名闯入者是中毒而死，他立刻想起当初发现如意苑时那两个鬼鬼祟祟的人，这如意园内到底藏有怎样的贵重之物，要这些人不顾性命的想要拿到？
宋慈终于见到了如意苑的庄主，正是之前被宋慈弄得丢冠的刁光斗，宋慈走进导致黑衣服死亡的小屋，里面只有八口箱子别无他物，宋慈想要知道箱子里有什么，却见曹纲和吴淼水都对箱子之事缄口不提，宋慈无奈只能离开如意苑。
明泉寺后山再次发现尸体，这次依旧是戏班的戏子，死者名为小桃红是戏班的红角，宋慈立刻问询班主为何有人失踪多日不报官，班主立刻说是竹如海杀死的小桃红，接着戏班的柳青和马车的车夫都先后证明竹如海是最后见到小桃红的人，加之宋慈对竹如海一直印象较为不好，所以他先入后主的认为竹如海觉得小桃红嫌贫爱富，便因爱生恨将其杀害，虽然竹如海一直喊冤枉，但他的确没有证明自己不是凶手的证据，就这样竹如海被打入了死牢。
之后英姑知道了这件案子，竹如海是自己的表弟，英姑相信竹如海不会杀人。英姑仔细阅读卷宗之后发现了其中的蹊跷，小桃红身上为何有鱼腥味和来路不明的水草，小桃红被发现是浑身湿透但被子却是干的，面对种种疑问宋慈也意识到自己可能错判了此案，他来到狱中想要弄清原委，未料竹如海人受不了冤屈在狱中喊冤自杀以示清白了，临死之前竹如海留下血书让宋慈小心如意苑。
看着冤死的竹如海宋慈内心十分彷徨，原来这位自己一直不喜欢的后生，一直在和自己一样调查如意苑，第二天宋慈再次来到明泉寺后山，看到一个和尚将豆腐放进冰凉的泉水里保鲜，宋慈还在河边发现了小桃红死时身上的水草，宋慈顿时明白了什么。宋慈请来了染布坊的工人，工人告诉他小桃红的衣服是新的，因为在水里浸泡所以褪色，这件衣服褪色的程度可以看出，至少在水中浸泡了四五天时间了，宋慈瞬间明白案件的来龙去脉。
这时刁光斗突然来访，原来他已经知道了宋慈错判冤案导致竹如海自杀，刁光斗想以此要挟宋慈与自己同流合污，宋慈自然是不肯的，于是刁光斗一计不成又生一计，他说宋慈错判冤案应该学自己的父亲以命抵命，这一计直接命中了宋慈的命门，一生视名节如生命的宋慈此刻立马想到了以死谢罪，刁光斗走后宋慈立马想要服毒自杀，幸亏英姑和赵捕头及时赶到，在英姑的细心开导之下，宋慈终于意识到自己三番两次都是中了刁光斗的毒计。
宋慈立马身缚绳索向皇上请罪，皇上知道宋慈一心只为国家自然不顾众大臣反对赦免了宋慈，并且下令让宋慈一定查清此案。宋慈领命之后立刻重新调查，通过再次对案件的解读，宋慈的指导了柳青和车夫都做了假证，车夫已经被人残忍杀害了，柳青却意外被赵捕头救了下来，而宋慈调查的种种线索都指向了慧玉公主的驸马梅子青。
宋慈去码头假扮挑夫，得知了梅子林负责的粮草运输里面存在猫腻，宋慈终于了解了一切的来龙去脉。又过了几日曹纲也吴淼水等一众大臣，前来打探宋慈案子进展到底如何，吴淼水讽刺宋慈错判案件导致人冤死，宋慈听后不置可否，然后将案件微微道来，宋慈说小桃红死于5月19日，她死后有人将他的尸体放在泉水中冰镇，以至于宋慈会错判死亡时间，而5月19日之后所有人看到的小桃红都是柳青假扮，说着叫赵捕头带出他救下的柳青。
然后宋慈又说小桃红死前被一顶轿子接走，轿子的去向是驸马府。众官员一听此事可能涉及到驸马，都纷纷提出告辞，案情一旦牵扯皇亲国戚就不是小事了，就当曹纲和冯大人劝宋慈不要往下追究的时候，公主带着驸马前来自首，驸马对于自己的罪行供认不讳，但宋慈详细的询问之下，却得知案子没有这么简单。
宋慈带着一众人再次来到了如意苑，得知梅子林前去自首后，刁光斗还能稳坐钓鱼台，看得出来此人也算是个人物。宋慈说梅子林并非杀害小桃红的凶手，早在竹如海和小桃红追查如意苑开始，刁光斗便想除掉两人，只不过驸马的出现让刁光斗想出了一石二鸟的计策，梅子林爱马如命却胆小不敢收下刁光斗的馈赠，于是刁光斗就假意请梅子林喝酒，其实在梅子林的酒中下了春药，小桃红早已刁光斗派人强暴，然后将喝了春药的梅子林与小桃红关在一屋，梅子林药劲发作想要对小桃红于行不轨，小桃红奋力反抗梅子林失手将她杀害。
刁光斗大声拍手称赞说宋慈断案丝毫不差，但你依然对付不了我，我手中有这八口箱子就立于不败之地，这里面全是大臣们作奸犯科的证据，说完刁光斗一一读起了里面的内容，宋慈听完后勃然大怒，要将箱子带走，刁光斗只是咳簌几声屋外的曹纲和冯大人便进来阻止，幸亏英姑及时赶到带来了皇上的手谕，宋慈才将这八口箱子带到了金銮殿之上。
皇上对宋慈的办案结果非常满意，但当宋慈一点点念着箱子里的证据时，皇上知道这件事绝对查不下去，如果真的查整个大宋朝的官员全部都要涉及，其中还不乏皇宫内院的丑闻，皇帝最后一把火烧掉了八口箱子的证物，满朝大臣心中压着的大山轰然倒塌，宋慈却对朝廷失望至极。刁光斗失去了八口箱子的庇护，被朝中大臣活活打死在了如意苑，宋慈也辞官回乡再也不问朝廷事物。
一代大宋提刑官的传奇到此画上了句号，但是宋慈的洗冤集录却流传了下来，这部《洗冤集录》是有史纪录以来最早的法医著作，他为后人在法医学上开辟出了新的思路，也是法医类专著的鼻祖。宋慈的一生是失败的，但最为法医宋慈绝对是古代法医学的开山人物。到这里大宋提刑官也全剧终了，感谢大家一直的支持和鼓励，接下来会有新剧，希望大家继续关注。
