上集说到，琴子逃出皇宫，结果在半路遇到了唐安。之后他们结伴到了巴蜀，去寻找刘宣。而莫娘和吕福也日久生情，俩人决定要一起吃长生不老药，做一对永远的神仙眷侣。于是他们也来到了巴蜀，并碰巧遇到了琴子和刘宣。果然不是冤家不聚头啊。
琴子喜欢刘宣，而项云爱上了缇萦，俩人在聊天的时候，顿时觉得同病相怜，惺惺相惜。而此时的莫娘，也找到了朝君，并准备跟她认错，重续师徒之情。
但朝君对莫娘当日的背叛耿耿于怀，再加上看到莫娘现在变得如此年轻貌美，她对莫娘就更加怨恨了。于是俩人动手打了起来。
之后莫娘恳求朝君，告诉自己长生不老药的下落，但敏锐的朝君察觉到，莫娘是为了心上人找药，所以坚决不肯说出药的下落。最后俩人互相点了穴，动弹不得。
恰好刘宣前来寻求缇萦的解药，他夹在俩人之间谁也不帮，并出手保护了朝君。朝君感动了，于是拿出解药。而就在缇萦服下解药的时候，莫娘出现将她抓走了。原来莫娘是想用缇萦当人质，换回被项云抓走的吕福。
缇萦提醒莫娘，要小心吕福的接近是另有目的的。可陷入爱情的莫娘却执迷不悟，爱情果然是盲目的！莫娘在跟缇萦接触的过程中，意外发现缇萦的父亲，正是当年救自己一命的淳于意，于是在和刘宣交换吕福后就放走了缇萦。
吕福得救后，一直追问莫娘关于长生药的下落。这时莫娘想起缇萦对自己的提醒，她正在纠结要不要相信吕福时，吕福再三表示自己对她的真心。
于是莫娘放下了心里的戒备，告诉吕福千万不要背叛自己。而此时的吕福，却在夜深人静的时候独自外出，并将消息告诉密探。
没想到莫娘尾随其后，发现了吕福还在为吕后效力，她便假意告诉吕福，自己是真心爱他的，并在和吕福相拥的时候，一刀将他杀死了。这就是一日夫妻，一刀就没吗？
莫娘杀了吕福的消息，传到了吕后那儿。为了防止莫娘破坏骊山的研究基地，吕后立刻派人加强防备。而此时在骊山的淳于意，正在拼凑龟壳的过程中，越来越接近成功。
但他担心自己研究成功以后，刑善性命不保，于是主动要放了刑善。刑善被淳于意的诚信和真挚感动了，便将藏在自己身上的最后一片龟壳给了他。
而此时莫娘也前来营救刑善，想要救出他，弥补自己对朝君的亏欠。莫娘还劝淳于意不要对长生药执迷不悟，她救出刑善后，觉得自己已无牵挂，便自刎身亡了。
另一边，刘湘带着兵闯入项云的地盘。但此时的项云，早已布下天罗地网，准备将刘湘一网打尽。他将自己对琴子的爱，化作对刘湘的恨，决心要为琴子出头，还答应要保护好琴子。
刘湘果不其然中了埋伏，死伤惨重。为了达到目的，他竟然草菅人命，这引起了士兵的不满。终究还是强龙压不过地头蛇，刘湘带领的所有士兵都死了，而他也中了炸药的埋伏，身受重伤。正在此时，刘宣也出现了。
兄弟俩经历这么多事情后，久别重逢却是仇人。刘宣质问刘湘的所作所为，但刘湘却不知悔改。俩人交手时，刘宣技高一筹，而刘湘一边假意求饶，一边要暗算刘宣。幸好刘宣早有防备，而琴子也及时出现，将刘湘一剑毙命了。
之后刘宣和缇萦赶到骊山，此时得到刑善帮助的淳于意，也顺利地研制出了长生不老药。没想到在看药的时候，却伤到了双眼，导致双目失明。
而吕后得到药后，迫不及待地将药一饮而尽。正当她以为自己能长生不老，永葆青春美丽时，却发现自己虽然恢复了美丽的容貌，却无法说话了，也动弹不得，成为了一个美丽的植物人！
自是恶人自有天收！朝君和刑善分隔百年后，终于相遇了。而唐安和珠儿结婚了，缇萦和刘宣也生了几个孩子，项云和琴子最终喜结连理。
至此，江湖上再也没有长生不老药，有的只是一对对令人羡慕的神医侠侣。世界上本就没有什么长生不老药，只要拥有一颗善良勇敢的心，就能将善意永久地流传下来。
自此，一部可歌可泣，惊心动魄的神医侠侣落下帷幕，那么接下来大家还想看什么经典好剧呢？欢迎在评论区留言。
