神奇宝贝一直都是以热血中透着温暖、积极向上为主基调的，很少有对死亡有太多描写，因此即使主角和反派被皮卡丘的十万伏特攻击到也不会怎样，而神奇宝贝之间的决斗也都是点到为止，失去战斗能力也只是受伤的程度而已。对神奇宝贝如此，对训练家更是如此，但在小智一行人的一次冒险，差点将小命也给搭进去，这次是真正遭遇了生死危机，甚至可以说是已经死过一次了，到底是怎么回事呢？
故事发生在剧场版《梦幻与波导的勇者路卡利欧》当中，小智一行人在冒险的途中来到了一个古老的城市，这里正在举办波导的勇者亚朗的祭典，每年获得城中神奇宝贝比赛冠军的那个人会获得波导的勇者称号，于是小智弄了一套勇者的行头，一路披荆斩棘在决赛中使用皮卡丘打败了玛狃拉，获得了冠军，还参加了加冕的典礼。
虽然小智他们只是打算参加典礼后隔天就离开，结果小智在会场上听到了一个神秘的声音，紧接着勇者亚朗的神奇宝贝路卡利欧从久远的过去穿越了过来，还感触到小智身上有波导的力量，被当成是将它封印起来的亚朗大人。将一切解释清楚之后，却发生了另一个意外，小智的皮卡丘被突然出现的梦幻带到了世界初始之树中，能使用波导之力的路卡利欧被女王摆脱帮忙寻找，于是一行人便出发了。
在路途中，小智向大家讲述了自己和皮卡丘从一开始不和到后来互相信任的过去，但因为还没有搞清过去的真相，路卡利欧觉得人类是不值得信任的，并表示皮卡丘会因为小智的愚蠢而逃跑。听完这番话怒气正盛的小智上来就冲着路卡利欧扑了上去，但是除了武藏手撕饭匙蛇那样神奇的存在，人类哪能打得过神奇宝贝，果不其然小智不出几回合就被撂倒了。
来到了世界初始之树，小智等人遭遇了传说中的神奇宝贝三神柱的攻击，它们是这里的守护者，慌乱之下几人逃到了世界树内部，结果没想到遭遇了更大的危机，世界树也有类似生物的构造，它身体中的免疫系统将进来的人类当成了细菌，被吞噬掉的人真的会被消灭掉，前有三神柱的攻击，后有免疫系统的追逐，小智等人陷入了最大的危机。
小智派出了神奇宝贝阻挡追赶过来的钢神柱和岩神柱，逃跑的小遥、小胜和小刚却遭遇了“白细胞”的攻击，另一边跟随而来的武藏和小次郎也是如此，他们的身体完全被吞噬掉了，情急之下只能放出精灵球中的神奇宝贝，并和它们含泪告别，看得人心都碎了。
而就在之后的剧情中，虽然和皮卡丘成功团聚了，但小智也被吞噬掉了，皮神在一边哭得稀里哗啦，就连平时爱搞恶作剧的梦幻也看不下去了，原来梦幻和世界树是共生关系，是它将小智等人救了回来，神奇宝贝动画的故事差点就此完结了。但在之前追逐小智等人的过程中，世界树损耗过于巨大濒临毁灭，你好歹是个存在千万年的神物诶，不要这么轻易地就被毁掉好不好？
最后的最后，路卡利欧透过时间之花看到了过去亚朗所做的事情实际上是为了阻止战争牺牲了自己，最后路卡利欧为了贯彻自己的理念，将自己的波导之力注入世界树的心脏，牺牲了自己，追随了主人勇者亚朗，将小智等人以及和世界树共存的梦幻都救了下来。
