诺亚奥特曼被称为奥特曼的保护神，但实际上去光之国只有一次，在那里受了重伤，不得不封印自己的力量，变成普通的奥特曼战士奈克达斯。这段时间到底发生了什么事？诺阿奥特曼是宇宙中第一个变光的巨人，一直被称为实力最强的奥特曼，被称为“来访者”的太空人为了更好地侵略其他星球，根据诺阿奥特曼的样子，黑暗的巨人。
没想到的是，黑暗扎基在邪恶思想的影响下竟然实现了自觉，有了自己独立的意识，从此再也不受别人的控制了。黑暗扎基觉醒后开始对付制造自己的“来访者”，为了保命，来访者引爆了自己的星球而逃，希望梦炸死黑暗扎基，可是没想到它非但美死，反而借助星球大爆炸产生的虫洞阴差阳错的来到了光之国，面对这么多的巨人，它手痒了起来，并开始大肆屠杀奥特曼。
黑暗扎基的实力大家都清楚和诺亚奥特曼差不了多少，所以光之国的奥特曼们岂是它的对手？结果被虐杀了很多，眼看着光之国要就此毁灭。千钧一发之际诺亚奥特曼来了，他与黑暗扎基展开超时空大战，最后毁灭了黑暗扎基的实体，而自己受了重伤，不得不封印自己绝大部分力量，变成了一个普通的奥特曼继续追赶黑暗扎基。
诺亚奥特曼（奈克瑟斯）追赶到了地球，便在此与黑暗扎基周旋，最后回归诺亚之体，终于消灭了黑暗扎基，话说能让诺亚受伤的，也只有它一个。
