辛亥革命后，为了反对北洋军阀的统治，孙中山先后引发了第二次革命、护国战争、护法运动等，在这些战争中，位于西北的陕西革命党人发挥着重要作用。
其中陕西靖国军从1917年12月建立到1922年5月失败，先后存在了4年多时间，是孙中山在护法战争中在西北唯一一支可以倚重的力量。护法运动与靖国军建立
1917年春，段祺瑞与黎元洪因中国是否参加第一次世界大战的问题，引发了“府院之争”。这场争端中，陕西督军陈树藩站在段祺瑞一边。5月23日，黎元洪下令免去段祺瑞国务总理职务。依附于段祺瑞的各省督军、省长先后宣布“独立”。5月31日，陕西督军陈树藩通电攻击“国会专制”，宣布陕西将“与皖、鲁、豫采取同一行动，与中央脱离关系”。6月，张勋以调停黎、段矛盾为由，带辫子军入京，强迫黎元洪解散国会，7月1日，拥戴废帝溥仪，复辟帝制。段祺瑞利用张勋驱逐黎元洪的目的达到后，通电各省讨伐张勋，并宣布就任国务总理。段祺瑞再次控制北洋政府后，拒绝恢复《临时约法》，议员纷纷南下广州，召开非常国会，推举孙中山为大元帅，成立中华民国军政府，掀起了护法运动。
在恢复《临时约法》的问题上，陕督陈树藩依附于段祺瑞，与陕西革命党人矛盾越来越尖锐。尤其是陈树藩以护国运动为名攫取陕西都督后，公然称袁世凯“不祹之祖，共戴之尊”，不仅“陕人大哗，吾党同志，尤深恶而痛绝之，驱逐之议遂起矣”。因此，孙中山掀起护法运动后，陕西革命党人焦子静受孙中山的派遣联络陕西革命党人组织护法军。陕西民党人士和青年军人认为，反段必先除陈树藩。9月，焦子静返回陕西，以孙中山授予的“护法军陕西招讨使”名义，策划反段（祺瑞）讨陈（树藩）斗争。
陕西靖国军将领合影
焦子敬到陕西后先拜见了在白水县的高峻。护国战争后，高峻一直在白水处于半独立状态，并与郭坚、曹世英、耿直等保持着联系，他们和陈树藩都有极深的矛盾，愿意和焦子静共谋起事。1917年12月3日（农历十月十九日），高峻在白水以“西北护法军”总司令名义，发出护法通电，发表《讨陈树藩檄文》，传檄渭河南北，声讨陈树藩。白水起义后，陕西各地会党及革命党人纷纷响应。4日，商县龙驹寨驻军王明敏以护法军的名义，占据商县、洛南一带；12月10日，陕西警备军统领耿直发动了西安起义；21日，郭坚在凤翔通电宣告独立，自任陕西护法军西路总司令，通电称“陈树藩阴险成性，鬼蜮为心”，揭露陈树藩各种罪状，“陕人为响应护法已展开倒陈运动，坚在凤翔率领陕西健儿，树立讨陈旗帜，宣告独立。为国锄奸，为民请命”。郭坚独立后，率部到户县，两军会合后开赴周至县。耿直、郭坚召开官佐会议，通过了“护法靖国，讨段倒陈”的通电，决定树立靖国军旗帜。
1918年1月22日，陕西靖国军总司令部成立，郭坚任司令，耿直任副总司令。在西路（西安以西）各县张贴通告，号召民众，共同倒陈。又以私人名义致函曹世英、高峻等协同反陈活动，劝说胡景翼早日脱离陈树藩，站到反陈阵营中来。在郭坚、耿直影响下，1月28日，胡景翼部张义安营宣布起义，接着陕西第一混成旅团长胡景翼在三原以“中华民国军政府陕西靖国军”名义通电全国，宣布脱离陈树藩；曹世英也在渭南宣布独立。2月2日，以曹世英为靖国军左翼司令，胡景翼为右翼司令，并发表致孙中山电，痛斥陈树藩，“陕督陈树藩首先附逆，津门、徐州无会不与，甘做倪（嗣冲）段（祺瑞）之螟蛉，实为共和之蟊贼，纵兵殃民，驱民做匪，财政则囊括百万，地方则盗贼四起，秩序既已紊乱，蹂躏日形不堪，数厥罪恶，罄竹难书”。今“高搴义旗，进据三原，陈师河北，直逼西安，为西北特树风声。我与东南遥相策应，为民请命，为法请灵，身以许国”。长期盘踞在山陕蒙甘交界地区的农民武装卢占魁（护法运动兴起后，自称西北靖国军总司令）率部来到三原，参加了靖国军，被编入左翼军。陕西靖国军的班底已经搭建起来，声势日益壮大。
靖国军活动地域包括泾阳、三原、高陵、耀县、富平、白水、澄城等县以及临潼、渭南、蒲城、大荔各县部分地方，即所谓“靖国军自三原起义以来已经半年，占有相当大的区域，形成与敌隔河对峙的局面”。3月5日，陕西靖国军召开全体军官会议，推举西南军阀唐继尧为川、滇、黔、陕四省靖国联军总司令。但此时的陕西靖国军各将领均以总司令名义自居，互不统属，各自为战，互相猜疑，各有所图，步调难以统一，处于群龙无首的状态。
为统一陕西靖国军，胡景翼、曹世英、高峻三股势力最强的部队提议，联袂请求于右任回陕主持靖国军大计，同时派人赴北京请张钫回陕。受胡景翼等人邀请，7月，于右任与张钫先后回到陕西三原。1918年8月8日，于右任、张钫发表通电，分别就任陕西靖国军总司令与副总司令，胡景翼任总指挥。于右任在就职演讲大会上说：“我从上海回到陕西，给大家带来的，既不是金钱，也不是枪炮子弹，而是一腔热血和不怕死、不畏难的革命精神”。靖国军先后发表布告，指出：“军兴以来，阅时半载，吾父老昆弟供亿之繁，流离之惨，及吾军将士戍守之苦，祉口之劳，右任等归途所经，痛彻心骨……督饬各军并地方长官，悉力整顿，勇锐进行，驱除小丑，绥定西陲，以求吾境军民未竟之绪，兼以大慰吾父老昆弟、军将士卒希望和平之心”。总指挥胡景翼布告全军，“兹定于八月八日推戴于右任、张伯英先生为总、副司令，即日开府视事，景翼等立即取消各总司令名号，此后率所部听命指挥……无诈无虞，始终不二”。以抽签方式将靖国军全部人马编为6路，1年后又增加第七路，每路设司令1人，下设若干支队，再下设团、营、连、排等。各路人马与驻地如下：
第一路，司令郭坚，辖5个支队，5000余人，驻凤翔及西府各县；
第二路，司令樊钟秀，辖3个支队，3000余人，驻扎在周至、户县一带；
第三路，司令曹世英，辖3个支队，3000余人，驻高陵、淳化、交口、栎阳；
第四路，司令胡景翼，辖6个支队，6000余人，驻三原、富平、耀县、蒲城等地，是装备最精良的一支；
第五路，司令高峻，辖2个支队，2000余人，驻白水、澄城、合阳、韩城一带；
第六路，司令卢占魁，辖3个支队，3000余人，驻三原、耀县等地，骑兵较多；
第七路，司令王钰，辖3个支队，2000余人，驻乾县一带。
胡景翼
上述7路靖国军，有人马约2.5万人，以三原为中心，主要控制着渭北、西府和陕东部分地区。于右任虽在短时期内设立了司令部，统一了编制，也形成了较为统一的指挥系统。但是各路靖国军仍然有很大的独立性，实际指挥权仍然操纵在各路司令手中，号令仍难一致，各自为政的局面难有根本改变，为靖国军的失败埋下了祸根。
靖国军与陈树藩战争
1918年年初，陕西靖国军成立后，宣布讨伐陈树藩，使陈氏陷入革命党护法倒陈的洪流之中。2月初，靖国军开始攻打省城西安，右翼军以张义安由兴平渡渭河经周至、户县，“连获胜利，逼近省城”；消息传至三原，左翼军各将领攻占省城，“为根本上之解决”。曹世英、郭坚、高峻等渡过渭河到达新筑镇，在灞桥、十里铺、广台庙、水腰、草滩一线与陈树藩军作战，战线达50余里。陈树藩为解决陕西危局以自保，以省长为诱饵请河南刘镇华率镇嵩军入陕围剿靖国军。刘镇华率部入陕后，3月23日被陈氏任命为陕西省长。在陈树藩与镇嵩军的夹击下，3月27日，撤出西安。靖国军进攻西安失败，退回渭北。靖国军失去省西地区后，集中在渭北地区。
陈树藩
陈树藩欲挟西安之胜一举消灭靖国军。4月下旬，陈树藩与刘镇华联合渡渭，分东西两路进攻靖国军，陈树藩亲率张鸿远、陈世珏、曹位康及镇嵩军的大部分，由渭南渡渭河，与固市镇姜宏谋、同州王飞虎和蒲城李天佐进攻靖国军郭坚、高峻部，令刘世珑、白乙人（有书做白弋人）等西出咸阳、礼泉，直逼三原、淳化，“遥为声援”。陈树藩渡河后，在交战中，姜宏谋被靖国军右翼击溃；郭坚率部退至大荔县羌白镇，双方激战3日，“陈军官兵死伤甚众，而城未能下”。卢占魁率部解围，陈军解围。随后，双方在关山一线形成对峙。在陈树藩渡渭时，曹世英、高峻部即驻防界坊，胡景翼部岳维峻、董振五、邓宝珊、李云龙等同时到达关山西南炮张、查理、相桥各处驻扎；陈树藩指挥部设在关山附近的张家店，军队布防于官底、傅马村、赵村、冉村等处，与靖国军各成子午线相对峙，相距不过20里。4月16日，关山之战开始，陈树藩军进攻界坊靖国军，双方激战四天，因岳维峻等援军到来，陈树藩见不能取胜，镇嵩军又伤亡惨重，不得不撤退，靖国军取得关山之战的胜利。同时，陈树藩部刘世珑率军队由礼泉渡泾河，声言要取泾阳，胡景翼亲率军由三原驰援，刘世珑不战而退。
通过上述一系列作战，陈树藩的大包围计划失败了，靖国军在渭北站稳了脚跟。6月上旬，陈树藩集中兵力围攻在羌白的郭坚，企图消灭靖国军一部。郭坚孤军奋战四十余日，7月下旬因杨虎城攻下兴市镇，郭坚才趁雨夜突围。但郭坚在未与其他靖国军将领商议的情形下，便向关西进发，谋图在凤翔发展。究其原因：第一，郭坚从羌白突围后，在大荔建立根据地原计划已经落空。当时靖国军中，胡景翼、高峻、卢占魁等军有自己的地盘，而郭坚没有，影响到他的粮饷和兵源。第二，云南靖国军叶峑部正在通过四川与川甘边界向陕西进援，“沪上驻议员又来函，言广东军政府接济陕军枪弹，由援军转交，凤（翔）宝（鸡）为南军必经之路，皆欲早日接头，优先领取”。第三，时值鸦片成熟季节，陈树藩强迫农民在这里大量种植鸦片，郭坚“占地既少，饷项常缺”，郭坚新出重围，“思与陈征收此项税款”。于是，郭坚经耀县之南，绕道礼泉占领乾县后，即分兵四出，先后攻占扶风、武功、岐山、兴平和眉县。郭坚在西府各县攻城略地，民不聊生，使靖国军声誉大降；也给北洋政府和各路军阀以“剿匪”为名出师陕西，绞杀靖国军落下了口实。
陕西成为南北争夺的战场
陕西靖国军总司令于右任
于右任出任陕西靖国军总司令后，靖国军声势大振，陕西变成南方革命党人与北洋政府争夺的重点对象。于右任认为“中国革命大业，北方极关重要。将先经略西北，为党集力与南方护法之师相应，且为他日北方革命力量之储备”。因此，应陕西革命党人呼吁和陕西在护法运动中的重要地位，南方军政府决定派军援陕。1918年9月底，唐继尧在重庆召集“联军会议”。11月2日，靖国军联军总司令唐继尧发表通电：“援陕各路军队，除叶（荃）、姚（以介）直隶本部外，其余统归熊总司令克武就近指挥”。11月8日，云南靖国军第八军军长叶峑率五六千人与张钫、郭坚在凤翔会师；18日，熊克武率四川靖国军援陕，占领宁强、勉县等地，其他如鄂军王安澜部两旅驻镇安，河南王天纵1旅驻平利。11月21日，南方军政府任命于右任为陕西督军，任命张钫督办陕西军务。
随着靖国军声势壮大，周边省份北洋派系也开始惊慌起来。于右任出任陕西靖国军总司令后，甘肃督军张广建密电北京政府“恳请加厚援师，迅赴秦，免致燎原”。四川督军刘存厚建议组成汉南军事联合临时办公处，指挥进入陕南的川军。面对陕西与外来靖国军的压力，陈树藩遂向北洋政府段祺瑞求援。陕西战局越来越混乱，一些地方军阀打着援陕的旗号，进入陕西，攻城略地。11月至12月，北洋政府以奉军师长许兰洲为援陕总司令，直军旅长张锡元为副司令，率领奉直军2万余入陕，张锡元驻防陕东渭南，许兰洲则绕至兴平驻防；川军刘存厚、钟体道先后占领陕南勉县、褒城、城固、石泉、镇巴、紫阳等县；山西援陕晋军也渡过黄河，占领韩城、合阳；湖北督军王占元派张联升第17混成旅进入平利、镇安等地；甘肃陇东镇守使陆洪涛率1万余占领长武、彬县、陇县；陕南镇守使管金聚的北洋第15旅让出汉中后，进占宝鸡。形成了8省（河北、河南、奉系、山西、陕西、四川、甘肃、湖北）联军围剿靖国军的局面。因此，陕西成为当时南北双方角力的主战场。
“失一胡来一井”之靖国军
在各种势力进入陕西时，靖国军发生了巨大的变故。1918年9月，驻固市镇的陈树藩部姜宏谋假意说愿意投诚靖国军，姜原系胡景翼的旧部，而且交情颇深。17日，靖国军总指挥胡景翼信以为真，单独到固市镇与其商谈，结果被姜宏谋扣留，拘押至西安。胡景翼写信给岳维峻等靖国军将领，鼓励各将领坚持到底：“翼判决死刑之日，即靖国军生死存亡之日。诸人若能坚持到底，本军有总、副司令统帅，愿诸将士服从命令，即翼死亦甘心。若为翼而作妇人乞怜状，则翼必自戕死，死亦难瞑目矣。以后诸君当以军事为重，勿以翼为念。翼决不丧诸人德，而使世界后世唾骂也。翼当骂贼而死，不欲为降将军也”。
胡景翼被陈树藩拘押后，并没有动摇靖国军倒陈决心。陈树藩决定让长期被扣留在西安的陕西辛亥革命元老井勿幕前往靖国军做“调停人”，与靖国军言和，并约束胡景翼旧部。井勿幕到靖国军之后，绝口不提“言和”之事，顺势做了靖国军的总指挥。于是，靖国军有“失一胡来一井不减靖国军力量”之说。
井勿幕
井勿幕接受总指挥后，一方面，决定展开大规模的军事行动，扫荡西路，以连川、滇，集兵兴平、武功、周至、眉县以攻西安。另一方面，因靖国军成分复杂，多自由行动，如郭坚、樊钟秀等“很难就范，不易掌握”，只有第三、四路可随时指挥。井勿幕决定对不听指挥的部队进行整顿，遂调动第四路和第六路部分军队对先投靠郭坚后又叛变的贾福堂进行围剿。郭坚自知军队纪律松懈，且井勿幕必不能容忍。11月23日，受郭坚指使其部下李栋才刺杀了井勿幕，割其首级，投靠了陈树藩。井勿幕之死，既是靖国军巨大的损失，也是西北国民革命的巨大损失，从此，陕西靖国军开始走向了衰败。
南北议和与划界而治
南方护法运动开始后，北京政府段祺瑞主张“武力统一”，以冯国璋为首的皖系军阀则主张和平解决南北争端，而且与西南军阀一直保持着联系，一心想促成南北议和。南北议和对广州军政府中西南军阀陆荣廷、唐继尧颇有吸引力，开始与北方主和派遥相呼应。1918年5月20日，非常国会将大元帅制改为七总裁制，孙中山离开广州，护法运动失败。12月2日，日本、英国、美国、法国、意大利驻华公使与驻广州领事分别向北洋政府和军政府递交照会，要求双方停战议和。北方推举朱启钤为总代表，南方派唐绍仪为总代表，1919年2月20日，双方开始在上海租届内召开议和会议。
会议开幕的第二天，讨论的主要议题是陕西停战的问题，南方总代表唐绍仪与北方总代表朱启钤在辩论会上唇枪舌战。朱启钤认为：“陕西党派甚为纷杂，剿办土匪，已非一日。当时并无明了护法军，而土匪遍地，该省长告急请兵”，故陕西“不在停战区域范围之内”。陕西“既有土匪，政府当即有剿办之事”。唐绍仪指出：“查国防军、奉军、甘军本各有统辖，各有防守地点，何以对于陕西则联合各军从事攻击，此事实难索解……请令许兰洲退出原驻处，并撤换陈树藩以解决陕民困苦”。陕西靖国军“所谓土匪系北方单独之主张，南方始终未有承认。如卢（占魁）、郭（坚）二人均系李根源、陈树藩所任命，今日忽指为土匪，于道理上说不过去”。正因为北洋政府认为陕西靖国军为“匪”，北洋政府一面在上海召开议和会议，一面指示对靖国军进行围剿。“陕西靖国军药弹缺乏，良将凋零，不竞之势，早为北京政府悉。故当南北停战，和会成组，段派犹坚持陕西应列为剿匪区域之说”。故各路北洋政府军队先后参战，战火蔓延到整个陕西。
在北洋政府军压力下，靖国军节节退败，周至、眉县、岐山相继丢失，靖国军败退至凤翔。3月3日，为了表示议和的诚意，北洋政府总统徐世昌命令陕西停战。但陈树藩继续向靖国军发动军事进攻，声称“我陈树藩不知道什么叫做政府命令，什么叫做和议”。陈树藩对靖国军发动了全面攻击，命令（1）张锡元与靖国军在相桥激战；（2）陈树藩部将刘世珑与靖国军在兴市镇大战；（3）甘军与奉军围攻乾县靖国军。在奉军许兰洲部的攻击下，靖国军第二路樊钟秀、第一路郭坚与许兰洲签订“局部义和”，被许兰洲改编为第一、第二支队。第六路卢占魁拒绝改编，退至耀县。乾县靖国军守军王钰、郭英夫“以弹丸之地，与二十倍以上之敌兵血战数月之久，其战争之激烈”，为靖国军起事以来所仅有。因靖国军在西路地盘尽失，坚守乾县意义不大，王钰等奉命撤回三原。靖国军在渭河以南和西部地区几乎全部丢失，逐渐收缩在以三原为中心的狭小地带，面临着严峻的形势。陈树藩派信使高德卿见靖国军总司令于右任，想趁机收编靖国军。条件是：“（一）于（右任）认陈（树藩）为陕督；（二）于将靖国军全部交陈，由陈编制；（三）陈向中央代于谋位置”。于右任当面怒斥：“余之来陕为救陕，岂为自谋？陈何人，敢发此狂言！”
1919年3月，议和会议决定推举张瑞玑到陕西划界，以停止陕西战事。张瑞玑与陕西革命党人郭希仁有较好的关系，靖国军曾对张瑞玑抱有一定希望。3月18日，张瑞玑到达陕西，开始划界工作。张瑞玑在西安受到陈树藩隆重招待和拉拢，“陈树藩谩骂靖国军，他也跟上学舌，谩骂不已”。张瑞玑在陕期间，陕西战事正酣，但张氏在给北京政府、广州军政府的电文中说“陕省双方军队刻俱停战”，接着在给总统府、国务院等的电报说：“陕省军匪不分，近来土匪蜂起，如北山曹老九（世英）借名靖国，占据滋扰，三秦人民疾首痛心”。张氏的电报，一方面是想说明陈树藩已经执行了停战决定，没有向靖国军发动军事进攻；一方面，又为陈树藩围攻靖国军找借口，言外之意陈树藩是在剿匪而不是攻打靖国军。
张氏完全是一个拉偏架的心态，导致陕西战事蔓延。靖国军总司令电诘张氏入陕多日，“划界不划，监视不视，退兵不退，通报不通”。在划界时陕西作战双方各执一端，靖国军要求以1918年11月16日界线为准，陈树藩与北洋军要求以1919年2月13日界线为准。4月，陕西划界结束。因靖国军已经处于劣势，最终以1919年2月13日双方界线为准，靖国军所辖地区职能限于三原、泾阳、高陵、富平、白水、蒲城、澄城、同官等8县的全部或一部分以及渭南县的渭河以北地区，使靖国军处于不利地位。
倒陈运动与直系势力入陕
陕西连年战祸不断，引起了民众的反战情绪。陕西旅京会痛陈树藩带来的灾难，“自陕西变乱以来，聚兵日众，供给日繁，正供不充。乃行加捐，加捐不已，复借外债。益以军队有法外之诛求，土匪有架票之搜括，虽殷富之区，恐亦民不聊生，况疮痍未复之陕西乎？”陕西留日同乡会上南北代表书，提出3项要求：（一）罢免陈树藩；（二）撤退停战令下后入陕各客军；（三）严惩违反停战命令各将领。一些旅京陕籍学生掀起了“驱陈”运动，人们相见“均以驱陈救陕为谈论中心”，并成立“三秦公民救陕会”，呼吁北洋政府“早日撤换陈树藩，以苏民困而慰陕人之期望”。
1920年7月，直皖战争对陕西政局发生了较大的影响。首先，直皖战争爆发后，靖国军召集各路高级军官会议，决定渡河攻打西安。陈树藩采取措施缓和与靖国军的矛盾，释放了拘押近2年的靖国军将领胡景翼，“倡导地方自治，想通过陕人治陕以自固”。同时又拉拢于右任，许于以陕西省长职位，遭到拒绝。于右任、张钫发表通电，“表示护法及驱逐陈氏之决心”。于右任、张钫、胡景翼、曹世英、岳维峻、高峻、王珪等靖国军将领发表宣言，坚持护法，不与陈树藩讲和。第二，皖系战败，段祺瑞下台，陈树藩失去了靠山。北洋政府一方面削弱陈树藩的权力，另一方面加剧北洋各路援军与陈树藩之间的矛盾。10月，北京政府撤换陈树藩被媒体透露，为了自保，陈树藩设立新兵招募所，以边防为名大量招募新兵，做应对准备，以求自保。
1921年5月10日，北京政府确定直系、奉系势力范围，陕西省由直系管辖，议定阎相文为陕西督军。25日，徐世昌任命直系第二十师师长阎相文为陕西督军，陈树藩为祥威将军，“迅速来京”。陈氏表面表示“将军权及军队交出，将其所带兵队一律发往陕西西路、南路两路屯田”。但他私下做战争准备，“调兵遣将，益见忙碌”，潼关、华阴、临潼一带路上军队络绎于途；宣布西安戒严，“城中巡骑密布，昼夜不息”，空气骤然紧张起来。6月12日，以陕西全体军官名义致电北京政府，称陕境安危以陈树藩去留为转移，“请北京政府收回成命，否则取必要手段，相当对付，惟力是视，不知其他”。陈氏积极备战，在西安、咸阳、蓝田、乾县等军事要地布置防御，以抵抗直军入陕。7月初，阎相文指挥直军第20师、吴新田的第7师和冯玉祥的第16混成旅分别从潼关和荆紫关进入陕西。因有事先援助陈树藩的直军张锡元做内应，阎相文、冯玉祥军很快进入关中，当直军逼近西安时，陈树藩率部逃离西安到眉县等地，受到了冯玉祥和胡景翼的夹击，部将刘世珑投降冯玉祥，李纪才被胡景翼收编，张金印弃军而逃。陈树藩在关中的军队土崩瓦解，自己率少部分军队逃往汉中，结束了在陕西长达5年的统治。
靖国军的末路
直军入陕时，靖国军实力已经大不如从前了，原第一路郭坚投靠了许兰洲，直军入陕后，郭坚被冯玉祥设计捕杀，彻底瓦解；第二路樊钟秀随许兰洲东进河南（直皖战争爆发后，奉军许兰洲部调至观音堂以阻止陈树藩出关助皖）；第六路卢占魁部与滇军叶峑合并，返回云南途经四川时被打散了。只有曹世英的第三路、高峻的第五路、岳维峻的第四路仍坚持在渭北地区，人马不足2万。
陈树藩被推翻后，靖国军内部发生了争执。一种意见以胡景翼为代表，主张接受直军改编，“树藩既败，直军阎相文入关，景翼与桐溪计所从，桐溪主张受北命，借此出关，以张吾军”。9月19日至21日，胡景翼在三原召开渭北15县国民代表大会，讨论陕西善后事宜，胡景翼提议“先从取消靖国军入手，已得大众赞成”，完全通过，9月25日，胡景翼发表取消靖国军名义通电。11月14日，胡景翼在三原召开军事会议，参加会议的有刘治洲、田玉洁、岳维峻、冯毓东、邓宝珊、李纪才等靖国军将领，宣布取消总司令部，“众皆默认”。16日，胡景翼派遣其卫队长进攻总司令部，“将部中印信文籍枪械抢掠一空”。胡景翼投直后，被冯玉祥收编为陕西陆军暂编第1师，胡任师长，“所有枪支案卷等件，均交胡师长景翼点收，似此情形，不出二月，渭北各县，即无靖国军旗帜矣”。此次改编，标志着陕西靖国军的失败。
一种以于右任为代表，坚决要把靖国军旗帜打下去，但靖国军权力掌握在胡景翼手中，他暗中指示断绝接济总司令部的每日伙食，于右任不得不离开总司令部，退居三原西关民治小学。11月18日，又避难于淳化县方里镇，此处为靖国军第3路第2支队驻地。靖国军被直军改编后，吴佩孚曾聘请于右任为高等军事顾问，并兼任陕西屯垦督办，“于始终未就”。以杨虎城为代表的小部分人支持于右任，表示继续打靖国军旗帜。1922年3月22日，杨虎城将于右任迎至武功，重新设立靖国军司令部，任命杨虎城为第3路司令。3月26日，杨虎城截获了甘肃陆洪涛的军火，步枪1000余支，子弹60万发，装备有了较大改善。4月，第一次直奉战争爆发后，冯玉祥引军出关，杨虎城趁机发动对直军的进攻，双方在武功以东大王店激战20余日，因寡不敌众，难以支持，转移至凤翔。为保存西北革命的种子，于右任与杨虎城决定：护送于右任由甘肃南部经四川到广州向孙中山请示办法；杨虎城率部转移到陕北，依托井勿幕的兄长井岳秀部“保存实力，以待后命”。年底，靖国军余部接受井岳秀改编，编制陕北步兵团，分驻三边、延安、延长、延川等处，杨虎城寄居榆林，成为靖国军硕果仅存的遗脉。
