火影后期情节有很多不合理之处。特别是关于第二代火影的死亡、第二代火影的死亡，我们从丹去世前的回忆、第四次参桂大战期间金阁银阁的介绍中了解到，这是一个非常后期的故事。
当年初代火影死后，二代火影成为木叶的领袖，这个时候第一次忍界大战爆发，二代火影带着木叶抵御外敌，但由于军力不够强大而节节败退，不得不跟选择云隐村结盟，共同抗敌。
在结盟现场，金角银角突然带队偷袭，在场的二代雷影和二代火影都受到了攻击，其中二代雷影下落不明但不久后就宣告身亡，二代火影则带着自己的六个护卫逃离了现场。
在逃亡过程中，二代火影指定了猿飞成为三代火影，随后孤身一人诱敌，把金角银角带到了其他地方，让六个手下得以逃脱，自己却被杀死。
不合理之处就在于，二代火影的实力太强了，他有一万种方法可以活下去、可以反杀！绝不是金角银角可以杀得掉的！
首先从结果来看，二代火影是被“杀死”而不是被金角银角用葫芦“封印”，证据是二代火影后来被大蛇丸秽土转生过，如果他当年被葫芦封印，灵魂不在冥界，是无法被转生的。
因此可以推理出，当年那一战中，金角银角并未使用他们得意的几个神器对付二代，而是纯粹用实力把二代杀掉了。
那么问题来了：仅凭金角银角，他们凭什么可以杀掉一个禁术大师？
二代火影会飞雷神，就算金角银角有九尾之力，二代只用飞雷神就完全可以应付甚至获得胜利。退一万步说，就算正面敌不过金角银角，二代总可以拖延时间后用飞雷神跑路吧？
除此之外，二代火影还会秽土转生，他是秽土转生的发明者，随身带几个强大忍者的DNA不过分吧？关键时刻转生出几个已经死去的前辈高人，难道还打不过金角银角？
再说了，其实二代根本不需要单独诱敌，他有飞雷神、互乘起爆符、秽土转生，在结盟会场被偷袭只是因为出乎意料之外。离开会场后，他完全可以带着六个护卫整备完毕原地反打，等着金角银角来决战。
别忘了他的护卫里有正值壮年的全能忍者猿飞、宇智波一族的天才宇智波镜，其他四人也非等闲之辈，他们得实力加上二代火影的众多禁术，凭什么打不过金角银角和一堆杂兵？
可事实却是，二代火影被杀死了……
只能说，岸本本来就没有想过好好安排这段剧情，关于二代火影之死的回忆，其实只是用来侧面衬出团藏猿飞、金角银角剧情的工具而已，因此合理性方面实在不够完善。
