天启元年(1621年)春，后金大举入侵，明军在浑河血战中，仍然无法抵抗地战败，沈阳、辽阳相继沦陷，后金占领了辽东的大部分地区。这时，马文龙在鞍山的100多名亲属被胡锦军杀害。
而辽东巡抚王化贞招募勇士，前往后金后方活动，毛文龙于是应募，被实授练兵游击。于七月初，率197名死士出发，深入敌后，先收复了长山岛、广鹿岛、石城岛、鹿岛等二千余里沿海岛屿，擒绑后金守岛军官胡可宾、任光先、何国用等人。七月十四日抵镇江城下，暗通镇江中军陈良策为内应，率一百余人夜袭之，擒努尔哈赤妻弟佟养真及其子佟丰年、其侄佟松年等，随派陈忠等袭双山，擒斩后金游击缪一真等，史称“镇江大捷”。此战后，宽奠、汤站、险山等城堡相继归降毛文龙，“牛酒迎劳者，不下数十万余。”，全辽震动，后金大恐。这是一直失败的明军第一次胜利，扭转了一溃千里之局面，其意义重大。兵部左侍郎王在晋评价说：“自清、抚失陷以来，费千百万金钱，萃十数万兵力，不能擒其一贼。此一捷也，真为空谷之音，闻之而喜可知也。
朝廷大喜，毛文龙此次一战成名。朝廷对其寄予厚望，在崇祯二年升毛文龙为总兵、都督，赐尚方剑、玺书，毛文龙在辽河以东创立东江镇，主要根据地在皮岛，建立了敌后根据地。附近辽民纷纷归附，史记辽民来投者日众，前后数十万口。在这期间他一边苦心经营东江镇，一段不断骚扰后金后方。在后金治下的辽民重新燃起对故国的希望，暗地里将情报汇报给毛文龙，供给东江军粮草。整个后金政权不稳，致使努尔哈赤寝食难安。努尔哈赤此时也越来越疯狂，不断屠杀汉人，蒙古各部也开始纷纷动摇，而毛文龙建立的东江镇不断扩大，明朝的局势一片大好。
其中《兵法》：‘计险厄远近，上将之道。’凭鸭绿之险，居隔江之近，文龙得其所矣。奴欲长驱而肘腋之间有虿毒焉，奴一动而毒发，屡攻之而不能去其毒，其天意留之以制奴之死命者乎？……奴之畏文龙甚也！
正是由于毛文龙在敌后，才致使后金不敢大举进攻明朝，而后金一直视毛文龙为大患，几次都想消灭他，但是毛文龙根据地在海外，而不能如愿。袁崇焕擅自将毛文龙杀死后，后金欣喜异常，弹冠相庆，史载“清主大喜，置酒高会。此后后金得以腾出全力进攻明朝。
袁崇焕假传崇祯的圣旨杀毛文龙时，毛文龙没有反抗而是说到 孤处天涯,为国效命,曲直生死,唯君命是从。 臣左都督,挂将军印领尚方宝剑,总兵皮岛毛文龙泣血上疏。
