在商战战争中，卢比在香波利群岛被大熊驱散，红宝石排成九蛇岛。那里是女儿国，遇到了女帝，索隆排在鹰眼边，娜美排在小公道上，乌索普排在波音列岛上，乔巴排在鸟和人的岛屿上，草药所在的地方，罗宾。然后这时露比知道艾斯将被处决，便向女帝求助。正好女帝爱上了红宝石(保护红宝石)，在监狱里杀了七进，帮助小丑巴基、Mr.3、索冯Mr.2、Mr.1、EVAKOP、闪电。
但是艾斯已经被送走，路飞再去追。小冯因为帮路飞牺牲了，因为从推进城出来需要经过正义之门，但是正义之门不会为海盗开，所以他留在推进城，用果实能力模仿典狱长，打开门。在处刑台上海军元帅佛之战国说出了艾斯的真实身份是海贼王哥尔·D·罗杰的儿子，众人为之震惊。
此时，由四皇“白胡子”爱德华·纽盖特特率领新世界四十七艘海贼舰队入侵海军本部，准备迎救艾斯。于是白胡子海贼团加上四十三个新世界海贼团便与海军本部加上王下七武海开战，随着小奥兹·Jr拚死开出开出一条新路。
路飞一行人从天而降一条血路，白胡子海贼团瞬即攻入内湾，为此海军打算对艾斯提早行刑，此时路飞与推进城内241名犯人即时赶到，并与白胡子联手拯救艾斯。路飞在一众逃狱者、白胡子海贼团及“海贼女帝”波雅·汉库克等人的掩护下企图营救哥哥艾斯，却仍屡次受到海军及王下七武海猛烈的攻击和阻挠。汉库克将艾斯手铐的钥匙交给路飞，路飞朝着艾斯奔去，而鹰眼拿着黑刀挡在了路飞的面前，并不断斩击路飞。后路飞得到白胡子海贼团第五队队长花剑比斯塔的掩护，战国宣布关闭转播，此时战桃丸带着大量PX熊机器人登场。
斯库亚德突袭白胡子“人形兵器”不断攻击海贼，伤亡惨重。突然，新世界船长史库亚德突然袭击白胡子，一刀贯穿了他的身体。原来他被赤犬所骗，以为白胡子和战国有协议，海军只攻击新世界船长一伙，对白胡子海贼团不出手，放他们离开。而史库亚多和艾斯有仇，因为罗杰灭了他以前的海贼团，他怪白胡子没有说出艾斯的身世，这才袭击白胡子。
海军本部大将青雉冻住最后的影像电传虫，转播中断。白胡子以震震果实能力击碎青雉制造的冰块，留下了海贼们逃脱的后路，白胡子并非出卖“儿子”那种人。他说了句：“要跟随我的抛弃性命跟随我吧”，然后高高跳起拿着大刀向海军奔去，后发动震动被三大将拦下。路飞跳上邢台也被三大将拦下。海军欲行刑，却意外地被克洛克达尔阻止。
白胡子海贼团第一队队长马尔科欲飞上行刑台救下艾斯，被路飞的爷爷蒙奇·D·卡普一拳揍下。白胡子伤势越来越重，又被赤犬盯上，血流不止。马尔科手上被海军中将鬼蜘蛛拷上海楼石手铐。 路飞使用霸王色霸气的瞬间，海军本部大将黄猿乘机以激光贯穿马尔科的身体。乔兹身体被青雉完全冰冻，右手臂似乎已经断开。
身受重伤及体力严重透支的他再次央求 安布里奥·伊万科夫为他注入“亢奋贺尔蒙”，然后在众人的掩护下再次冲往处刑台，并在此间展现了霸王色霸气。
最终，他打倒了挺身而出的海军中将爷爷蒙奇·D·卡普及挡住战国元帅的攻击，在Mr.3的协助下成功解放了艾斯。艾斯正式参，与路飞联手对抗海兵，而白胡子决定用尽自己最后的力量，掩护所有旗下海贼撤退。独自一人在一个只剩半边的岛对海军众人，其他被下达撤退命令的海贼都在另一半边的岛上。白胡子海贼团正要逃亡之际海军本部大将赤犬出现并出言挑衅艾斯。艾斯愤而攻击赤犬，却反被赤犬的岩浆给烧伤。最后赤犬一拳袭向路飞，艾斯挺身挡住攻击惨遭赤犬贯穿身体。（此刻艾斯要死了）
艾斯靠在路飞身上，白胡子旗下的船医前去抢救艾斯，但艾斯拒绝了治疗，并出口感谢路飞和前来营救他的所有人，随后在路飞怀里含笑而逝。路飞受到艾斯逝世的影响而精神崩溃，此时黑胡子带着推进城四名传说中的囚犯突然出现于海军本部。
白胡子见到黑胡子后，便毫不留情的向他攻击，但最后在黑胡子海贼团的全体攻击下，白胡子说出one piece是真的存在的，然后以站着的姿态死亡，黑胡子趁势向前利用果实能力夺取白胡子的震震果实能力，而成为能够使用两种果实能力的能力者，同时黑胡子向世人宣布他将取代白胡子成为这个世界的霸主。白胡子发怒，给予赤犬重创，赤犬烧掉了白胡子半边脸。
赤犬重新站起追杀路飞，甚平抱着路飞想逃到海上，海水却被青雉冻住。赤犬以熔岩之拳贯穿了甚平的身体，幸好甚平躲过要害。此时，克洛克达尔出现相救，将二人吹飞到空中，却被巴基接住。赤犬紧追不舍，却被白胡子海贼团下船拦住，即将一战。这时，海水里冒出一艘潜水艇，特罗法尔加·罗出现并要巴基将路飞交给他，说他是个医生。
海军元帅佛之战国亲自和黑胡子交战，而后在四皇‘红发’香克斯出现，在其调解下，战国元帅决定收兵，这场自大海贼时代开始以来最大的战役就此闭幕。
这就是顶上战争的全部经过，最终以艾斯死亡而结束。
虽然顶上战争已经过去了很长时间，然而那场大战对于很多人来说至今历历在目，谁也不会忘记这场让大海贼时代加速前进的战斗。虽然最终结果，是白胡子海贼团惨败，艾斯战死。结果已经没有任何改变的余地，但中间却留给海米们只有无数的遗憾。
关于那一战，四皇白胡子注定是回不来的。因为这是在《海贼王》的新时代，显然已经容不下这个旧人，因而这是白胡子的宿命。正如同战国、卡普在那一战之后也纷纷退休一样！然而，艾斯是个十足的新人，他本没有就此离开的理由！对于艾斯，卡普是把他当亲孙子看待的，在卡普的回忆中，他是要求艾斯叫他爷爷的。
可是，艾斯没有，他至始至终都将卡普称为“老头”！无论是在推进城监狱之中，还是在这顶上战争的高台之上。艾斯呢？他也在哭，但更多的恐怕还是因为白胡子，而不是因为自己。
作为海贼王的“最强海兵”，当卡普出现在艾斯另一边的那一刻，战国就露出了紧张的神色，当他看到艾斯和卡普对话的情景，更是直接威胁“到这个时候你要是还做什么，我绝对饶不了你”。由此可见，卡普当时的内心有多么的纠结，如果艾斯真的喊一句“爷爷”，卡普恐怕真的就出手了。那么，顶上战争又会变成什么样子？

