光绪六年七月初七，清廷发出谕旨，以急需“老于兵事之大臣以备朝廷之顾问”为由，调远在新疆哈密的左宗棠回京陛见。
清廷之所以在这个时候召左宗棠回京，有内外两因。对外，清廷没有对沙俄一战决雌雄的魄力，主和派担心左宗棠这只雄鹰强硬过头，擅自进击沙俄，因此决定釜底抽薪，为议和铺路；在内，朝中清流认为时局艰危，急需左宗棠这样的重臣入赞枢密，主持大局，为此清流中坚御史邓承修上折说：“观今之大臣志虑忠纯、畅晓戎机、善谋能断者，无如督臣左宗棠”，若“委以军国之大柄，使之内修政事，外揽兵权”，可望“拯今日之急，守宗庙社稷”。
接到这样的谕旨，左宗棠难免有些壮志未酬，但上命难违，只得从命。
面对新疆这一片大好河山，返京之前，左宗棠拿出赤胆忠心，先是致书总理衙门，要求朝廷在和战之间做出决断，即便主和亦不可示弱以取侮。接着，他又召来西北事务及新疆军务的后继者刘锦棠，亲手将钦差大臣的关防交了出去。
想当年，左宗棠为了西北大业，兵分三路，抬棺出征，转眼十几载春秋过去了，到了真要离开的这一天，老迈的左宗棠深深地知道，此去注定是一去不复返了。
他的内心有难舍之情。
西北的百姓更是如此。
《左宗棠年谱》有这样的记载：在西北的每一个城镇，甚至是在最偏远的村庄，在那些日子里，左宗棠的离去都成了人们谈论的唯一话题。所有人都为他的离开而感到不安，因为只有他在这里，人们才会觉得日子是安全可靠的。
到了左宗棠离开兰州的那一天，所有的商铺都歇业了，这个让他们学会去信任、去畏惧、去尊敬的人，赢得了全城百姓的尊重和送别。百姓自发地排成一百多里的长队，当他经过时，每个人都跪在地上，向他虔诚地磕头。
这一幕，让左宗棠老泪纵横······
对于这样的离开，左宗棠其实是早有预料的，对于离开后的归宿，他也是有所安排的。就在这一年的六月，左宗棠曾给京城的好友徐用仪写过一封信，信中谈到了他离开西北后的具体打算——
“窃念时事多艰，义当养疴京寓，不可以乞身归里为自便之谋，陛见后，再肯开阁缺，以闲散长留京师，于心稍安耳。留京不可无住宅，已致函吉田廉访、雩轩方伯于廉项下划二千两汇寄尊处，乞代买住宅一所。拟到京后，再饬儿孙携眷北来，一便侍养，一便就近课读应试也。能如京官住宅款段，即可相安，唯宅旁须有隙地可以畦蔬，庶有生趣，幸留意焉。”
左宗棠说，来京后，他多半是不能告老还乡，回湖南安度晚年的，那就只能在京城买一处宅子养老了。有了这样一处宅子，他可以将家人全部接来，一同生活，儿孙们也可以就近课读应试。至于房子的地段、规模，无须按照一品大员的标准，只要和普通京官住得差不多就行了，唯一特殊的要求就是宅子最好能带一块空地，好拿来种菜。
为此，左宗棠给徐用仪汇去了两千两银子，用来在京城买房。
然而，左宗棠并不了解京城当时的地产行情，区区两千两银子在紫禁城附近根本买不到像样的宅子。左宗棠得知这个情况后，由于再拿不出多余的银两，最后只好打消在京城买房的念头，当起了晚清的“北漂”。
堂堂社稷功臣、封疆大吏，怎会困顿到如此地步呢？
这跟左宗棠的操守有关。
左宗棠为官不像李鸿章，他非但不贪，从不中饱私囊，相反常年将俸禄拿出来补贴军用、捐助好友，离开西北时，他曾跟掌管西师军饷事宜的西安军需局道员沈应奎仔细算过一本账：他所有的积蓄只有三万两银子，胡雪岩采买水雷、鱼雷的款项、捐助兰山书院的一千数百两膏火银、吴柳堂千余两赡家银都要从这三万两中出，此外，湖南老家还有数千两的欠债要还，北行盘川也需要两三千两，剩下的只能勉强应付留京用度，到时候可能连舆夫一项都得砍去。
光绪七年正月二十六日，经过两个多月的长途跋涉，左宗棠终于抵达了京城。恰在这一天，历时半年的中俄改约谈判也落下了帷幕。虽说曾国藩的儿子曾纪泽通过改订的《中俄伊犁条约》为国家争回了一些权益，但论及实质，改订的条约仍然是一个割地、赔款的不平等条约。
凯旋班师，却在京城买不起房。
西北奋战十三载，到头来还是屈辱求和。
左宗棠抵京之日，内心的忧愤可想而知。
这些还仅仅是一个开始。
按理说，创下如此不世之功，左宗棠凯旋抵京时，朝廷应该给他相当的荣耀，相当的礼遇。可现实却是另一番冷漠、腐化、堕落的景象。
当左宗棠抵达崇文门时，居然遭到了守门太监的阻拦。
守门太监告诉左宗棠，按照朝廷惯例，所有任期结束奉召回京的封疆大吏，都要在崇文门交纳一笔银子。
左宗棠问，你要我交多少？
守门太监说，四万两。
听到这个说法，左宗棠火冒三丈，他耿直地质问守门太监，我是奉召入京觐见皇上，要我交钱是何道理？如果非要这笔银子，也该由当今皇上出。
守门太监冷漠地笑笑，随即跟左宗棠打起了冷战。
据说，在崇文门外，左宗棠被守门太监挡了五天，最后还是恭亲王奕䜣暗自掏了八千两进门银子，这场风波才得以平息下去，左宗棠才得以通过崇文门，进入京城。
此事，表面上看是守门太监借慈禧权威为非作歹，实际上，这是朝中的某一种势力以这种方式给左宗棠下马威。
左宗棠是何等聪明之人，此中名堂他自然是明白的。
因此，进城之时，他颇为郁闷地对身边人说了一句，凯旋遭嫉，京城难为！
进城之后，第二天，东宫慈安太后召见了左宗棠，西太后慈禧因为生病，缺席了这次召对。
史书上记载，见到被西北风沙吹了十三年的左宗棠，慈安太后表现出了极为深切的关怀，左宗棠为此内心波澜，最后竟失去镇定，泪水夺眶而出。
那一刻，慈安太后是理解左宗棠的，自征战以来，这位铁血硬汉承受了太多的非议、责难、艰险、不易，他太需要关怀，太需要理解，太需要宽慰了。
但慈安没有将这些表露出来，她只是柔声地问了一句，你的眼睛不好吗？
左宗棠说，是的，老臣的眼睛不好，一路上风沙又加以刺激，因而不禁流泪。
慈安听罢，叫太监将咸丰皇帝戴过的一副墨镜取来，赏赐给了左宗棠。
因为这一副墨镜，左宗棠对慈安太后感念很深，但在无形之中，他也因此得罪了真正掌权的慈禧太后。
这次召对结束后，过了两天，朝廷正式任命左宗棠为军机大臣、总理各国事务衙门大臣，并管理兵部事务，直接参与中枢决策。
左宗棠入职军机，本是想有所作为的，然而，宫廷政治的险恶以及当权派对他的排挤还是大大出乎了他的预料。
就在左宗棠首次被召见后没过几天，宫中突然传出噩耗，皇太后驾崩了。那一时期，慈禧因为病重，所以一开始众人皆以为驾崩的是慈禧，等到确切消息传出，说是慈安驾崩了，众人无不惊讶无比。
左宗棠得知这个消息，与众人的沉默表现不同，据史书记载，当场他就高嚷了起来，今天早上我还见到慈安太后上朝，说话和平日无二，清朗有力。太后这样突然驾崩肯定有问题！
嚷完，左宗棠开始在院中怒气冲冲地来回走动，仿佛一头雄狮在抗议。恭亲王见事态不妙，赶紧来拉，费了许多工夫，最终才让左宗棠平静下来。
此事很快传到了慈禧的耳朵里。
对于左宗棠，慈禧本是欣赏力挺的，但有了这一次当众的质问，慈禧便不得不重新审视了，此人雄才大略不假，但如此直言不讳，狂妄不可控，留他在中枢，恐怕只会增添矛盾、麻烦，不能为自己真正分忧。
简而言之，此人是国家的雄鹰，断无可能是慈禧的私人鹰犬。
慈禧乃当朝实际的主宰，当左宗棠进了中枢，她尚且有如此警惕的看法，至于那些朝中的当权派，自然更是如此了。
事实上，当左宗棠进京时，正是李鸿章如日中天、权势无两的时候。想当初，这位权臣曾发起一场声势浩大的海防与塞防之争，并断言朝廷出兵西北，将不可能取胜，识时务当放弃新疆。
那一时期，李鸿章不仅向塞防大泼冷水，而且在左宗棠率军出征后，竭尽掣肘之能事。但即便如此，李鸿章也没有坐等来左宗棠的一败涂地，相反左宗棠让他看到了新疆是怎么胜利收复的。
如今，左宗棠雄姿归来，李鸿章之流当然知道，如果不能压制左宗棠向上的势头，接下来迎接他们的就不仅仅是颜面扫地的尴尬了。
搞内斗，李鸿章之流有很深的道行，为了压制左宗棠，他们抓住其性格孤高的“缺点”，很腹黑地玩了一手肆意丑化的把戏。
不妨来看看李鸿章心腹薛福成是怎样丑化左宗棠的？
薛福成对外说——
左宗棠入阁时，骄矜之气，不可向迩。适有折交阁员会议，左每阅一行，则自陈其平回疆之功绩，余则力诋文正（曾国藩）不止。如是者数月，而阅未及半，同列者皆厌之，为藏去其折。
在当时，诸如此类的丑化之辞，一经传播开来，李鸿章之流即有了侮弄攻击的理由，左宗棠身处如此困厄之境，不说有所作为，就是在军机处立足也是愈发地困难。
无奈，在随后的几个月里，左宗棠只好做去修治直隶河道之类的芝麻实事，但即便如此，光绪七年九月初六，朝廷还是将他驱出中枢，外放到了两江。
慈禧御下不逊于清朝任何一帝，将左宗棠外放到两江总督兼办理南洋通商事务大臣任上时，慈禧先是冠冕堂皇地说：“若论公事繁难，两江岂不数倍于此，以尔向来办事认真，威望素著，不得不任此重寄。”言下之意，此番你去两江，并非是受到了排挤，也非我要驱赶你，而是两江重地非你这样的老臣坐镇操持不可。
讲完这些，慈禧又说，你这些年也不容易，手头也没有积蓄，两江乃富庶之地，你去那里，可以过两天好日子。
最后这一句送行的话，慈禧说得很直白，你的功劳我是知道的，到了两江，你尽可以搞些钱，过几天好日子，朝廷是不会干涉的。
听到慈禧这么说，左宗棠无法多言，亦无法抱怨，最终只能苦笑而去。
古往今来都是这样，历经沧桑，心境愁苦的人往往会思念故乡。这一次外放两江，左宗棠即是如此。光绪七年十月十四日，左宗棠离京南下，但他没有立即赴任，而是向朝廷请假，回湖南老家省了一次墓。
在湘阴老家，左宗棠住了七天，之后前往金陵，就任两江总督。
此次外放两江，左宗棠以为没了朝中掣肘，自己可以放手做一些事了，可是到了金陵之地他才发现，李鸿章早已上上下下做了布置，“倒左”势力根本不容他再显威望。
比起此前的舆论丑化，群起而攻之，这一回“倒左”，李鸿章将落脚点放在了打击、压制左宗棠僚属、故交上，意在剪除左宗棠羽翼，造成其大势已去的局面。
首当其冲，遭受灭顶之灾的便是左宗棠最有力的一条臂膀，晚清红顶商人胡雪岩。当年，胡雪岩为左宗棠新疆用兵筹借款项时，与汇丰洋行有约定，在海关不能按时支付新疆之役借款本息的情况下，胡雪岩的阜康钱庄作为担保，必须代为垫付。李鸿章心腹盛宣怀通过掌控的电报系统探知胡雪岩的巨量资金积压在蚕丝上后，李鸿章随即授意上海道邵友濂，压下八十万两本应转交胡雪岩的款银。此时的胡雪岩，虽然头寸紧张，但为了遵守合约，最后还是使出全力从全国各地的阜康钱庄调集了八十万两现银，先行交给了洋人。李鸿章得到这个消息，立即通过大户发动了针对阜康的挤兑狂潮。可怜那胡雪岩，昔日富甲天下的商业帝国一夜之间土崩瓦解，本人也含恨而亡。
在当时，除了胡雪岩成了李鸿章“倒左”的牺牲品，还有许多左宗棠的老部下也都跟着倒了霉。
周崇傅，追随左宗棠在西北担任镇迪道道员时，因为作风简朴、清廉，一日三餐通常只有炊饼、凉水，当地百姓都叫他“炊饼道员”。左宗棠就任两江总督后，专门调周崇傅来整顿两江盐务。周崇傅上任后，革除各种弊政，打击贪官污吏，一年就上缴盐税二百多万两。但就是这样一个在肥差上不捞钱，只知励精图治的清廉能吏，最后却被李鸿章的人排挤到难以容身，不得不离职回家的地步。
王嘉敏，曾任浙江粮台、闽浙粮台、湖北陕甘后路粮台，是左宗棠非常信任的人，论操守、才干，更是当时官场中难得的人物。但左宗棠在两江总督任上，两次推荐他担任道员，论官衔，王嘉敏是布政使衔，已属于高阶低用，结果都遭到了吏部驳回。左宗棠气愤不过，一再力争，清廷这才勉强同意王嘉敏署理该职，但强调了一点，此种情况下不为例。
台湾道刘璈，是左宗棠的老部下，后来竟被罗织罪名，和他的儿子一道，发配到宁古塔，最终被迫害致死。
李鸿章暗自操控的这些打压之举，对左宗棠造成的影响是相当恶劣的。对于晚清三杰曾国藩、左宗棠、李鸿章，无论是当时还是后世，大家都有一个评判标准，那就是他们手下出了多少督抚、多少提镇。在这个方面，曾国藩门生遍天下，李鸿章青出于蓝而胜于蓝，唯独左宗棠孤零零的一个，为此大家都说左宗棠性格蛮霸，不容僚属，一辈子只知自己为官，不愿栽培提拔属下。其实，这是官场“倒左”形成的错觉，不是左宗棠不惜才不爱才，而是他不屑经营官场，不愿陷入黑暗龌龊的官场缠斗罢了。如果换个角度，一句话就能还左宗棠一个公道，左公身边的确未出多少封疆大吏，但他带领不知名的手下所创造的历史功绩并不比曾李二人差，这笔帐该怎么算呢？
因为在两江的官场处境依旧十分艰难，左宗棠在任期间，大事还是难为，但左宗棠有骡子的倔强性格与实干精神，据《左宗棠全集》记载，“莅事以来，以治水、行盐为功课，而精神所注则在海防。”
在晚清的庙堂之上，论脊梁之硬，论眼光之宏，论胸怀之广，左宗棠当属第一人。昔日，他是塞防的倡导者，但这并没有妨碍他真切地关注海防，他对权争不感兴趣，此一时彼一时，他始终服从的是国家的国防战略需要。
左宗棠任职两江兼顾南洋期间，因法国殖民者的侵入，西南边陲的局势日趋紧张，南洋各港口也处在危险之中，那时候，左宗棠的身体已经很糟糕了，左眼已经完全失明，右眼流汁不止，但即便如此，他还是不断地巡视长江各港口、炮台，努力布置防务。
在长江门户白茅沙口，左宗棠曾对将士们说：“能破彼船坚炮利诡谋，老命固无足惜，或者四十余年之恶气藉此一吐。自此凶威顿挫，不敢动辄挟制要求，乃所愿也。”
同行的兵部尚书，受命巡阅长江水师的彭玉麟，听到这一番话，大受感动，当场亦表示：“如此断送老命，亦可值得。”
光绪九年四月十三日，刘永福率领黑旗军在河内附近的纸桥大战法国殖民者，阵斩法军统领李威利，西南边陲的局势陡然吃紧。
眼见局势紧急，清廷随即发出谕旨，命请假回籍葬母的李鸿章迅速前往广东“督办越南事宜”，并节制广东、广西、云南三省防军。但李鸿章因为心存求和之念，竟公然拒绝赶赴前敌。
与此形成鲜明对照的是，左宗棠立即表示要亲率大军“一往国之，为西南数十百年之计，以尽南洋大臣之职”，甚至说“衰朽余生，以孤注了结，亦所愿也。”
说下这一番豪言壮语后，左宗棠随即命令部将王德榜回湖南招募士兵，组成恪靖定边军，开赴越南。
可惜，因为清廷缺乏力战的决心，地方将领又多是贪生怕死之辈，在越南战场，黑旗军和恪靖定边军虽然奋勇抗敌，但终究是缺乏有效支援且兵力有限的孤军。
听闻战局急剧恶化，左宗棠眼疾更重，整个人病倒了。朝中主和派为消除左宗棠主战之声，趁机批假四个月，由曾国藩的九弟曾国荃署理两江总督。
历史充满了戏剧性。
就在左宗棠正式向曾国荃交卸篆务的当天，慈禧太后在京城突然发动”政变“，恭亲王奕䜣下课，醇亲王奕譞上位，主持朝中大局，此一政变史称”甲申易枢“。
醇亲王奕譞，表面上是主战派，但实际上，主战只是他暗斗恭亲王的一种手段。上位之后，他立即祭出了左右逢源的两手，一方面，他授意李鸿章继续与法国殖民者媾和，另一方面，他将左宗棠再次调入京城。
调左宗棠再次入京，表面上是主战派在朝中抬了头，实际上，这又是釜底抽薪。左宗棠一走，恪靖定边军顿失两江支援，处境更加艰难。
无奈，左宗棠在北上之时，紧急安排当时正在湖南的旧部、原浙江提督黄少春在原籍招募五营士兵，开赴广西，增援王德榜。
光绪十年五月二十日，左宗棠抵达北京，清廷命令：”左宗棠着仍在军机大臣上行走。“并称：”该大学士卓著勋绩，年逾七旬，著加恩毋庸常川入职。遇有紧要事件，预备咨询，并著管理神机营事务。“
重入军机，左宗棠仍是一贯的做派，孤傲强硬，霸气侧漏，其间，他屡次上书，高声疾呼，”中国不能永远屈服于洋人，与其赔款，不如拿赔款作战费“。
当时，朝中当权者对左宗棠的看法比较矛盾，一方面，当局势恶化到一定程度时，朝廷需要左宗棠这样的主战派来增添信心；另一方面，主和是朝中的主要暗流，因此当权者又担心左宗棠成为局势恶化的推动者。
这两种心理缠绕到一起，呈现出来的结果就相当的微妙了。
据沈传经、刘泱泱合著的《左宗棠传论》披露，再次入职军机后，短短两个来月，左宗棠受到的申饬、处分竟达到了三次之多。
第一次就是左宗棠调动黄少春。朝廷先是申饬左宗棠举措不当，接着就令其交回印封，并剥夺了他对旧部黄少春军的调度指挥权，实际上就是将他与越南战场隔离了。
第二次所弥漫出的政治味道很阴沉。曾国藩的儿子曾纪泽回国之后遭到压制，左宗棠看不惯，于是站出来为曾纪泽说话，要求朝廷重用曾氏干才，结果，朝廷不仅驳回了左宗棠的推荐，而且毫不客气地进行了申饬。
第三次最为恶劣，足可见左宗棠在中枢难以立足的艰难处境。光绪帝寿诞，朝廷大员咸往乾清宫叩贺，左宗棠因老病行动不便，未往参拜。朝中倾轧者抓住这个”可笑“的把柄，群起而攻之，先给左宗棠扣上了大不敬的帽子，跟着又对左宗棠生平进行了大肆贬低。此事激起了许多人的愤怒，但清廷最终还是将此事“交部议处”。次日，部议结果就出炉了，罚左宗棠俸禄一年。
然而，在左宗棠屡遭申饬的时候，西南局势的发展却一再证明了左宗棠的战略判断，洋人贪婪狡诈，唯有一战，才是征途。
据说，随着法国殖民者进犯马尾，左宗棠在朝堂上再次铿锵有力地喊出那句著名的豪言：“中国不能永远屈服于洋人，与其赔款，不如拿赔款作战费”，慈禧听罢，最终含泪同意了左宗棠的意见，并于光绪十年七月初六，正式对法宣战。
鉴于福建在中法战争中的形势，福建水师和福建船政遭到重创，光绪十年七月十八日，清廷发布上谕：“大学士左宗棠，着授为钦差大臣，督办福建军务；福州将军穆图善、漕运总督杨昌浚，均着帮办军务。”
此时的左宗棠已经是七十三岁高龄的老人了，但其威风不减当年。有目击者回忆：“当其入城时，凛凛威风，前面但见旗帜飘扬，上大书‘恪靖侯左’，中间则队伍排列两行，个个肩荷洋枪，步伐整齐。”
然而，晚清的朝廷终究是没有骨气，也没有气力的，慈禧、醇亲王将左宗棠派往福建，归根结底只是想利用左宗棠的威信，安定福建地方民心，战与和的实际运作大权，则还是握在李鸿章这一派的手里。
在福建，见到昔日自己苦心经营的福州船政已毁于一旦，见到战局的糜烂，七十三岁的左宗棠内心很痛苦，却又无能为力。
在生命的最后一段时光里，他用尽全力写下了一批奏折，内容尽是关于船政、海防的。
光绪十一年七月二十五日，左宗棠在福州行辕含恨病逝，逝去之前，他给清廷给后世留下了一份耐人寻味的遗折——
”伏念臣以一介书生，蒙文宗显皇帝特达之知，屡奉三朝，累承重寄，内参枢密，外总师干，虽马革裹尸，亦复何恨！而越事和战，中国强弱一大关键也。臣督师南下，迄未大伸挞伐，张我国威，怀恨生平，不能瞑目！渥蒙皇太后、皇上恩礼之隆，叩辞阙廷，甫及一载，竟无由再觐天颜，犬马之报，犹待来生。禽乌之鸣，哀则将死！
方今西域初安，东洋思逞，欧洲各国，环视眈眈。若不并力补牢，先期求艾，再有衅隙，愈弱愈甚，振奋愈难，求之今日而不可得！伏愿皇太后、皇上于诸臣中海军之议，速赐乾断。凡铁路、矿务、船炮各政，及早举行，以策富强之效。
然居心为万事之本，尤愿皇上益勤典学，无怠万机，日近正人，广纳谠论。移不急之费，以充军食；节有用之财，以济时艰。上下一心，实事求是。臣虽死之日，犹生之年。“
据说，左宗棠病逝那天，福州下起了暴雨，一声霹雷响起后，东南角城墙顿时撕裂一个几丈宽的大口子，而城下的百姓却安然无恙，无一人丧命。目睹此景，当地百姓皆悲痛感叹，此乃天意，毁我长城······