嘉靖四十四年（1565），户部云南司主事海瑞上了一道名垂千古的《治安疏》，历数嘉靖皇帝的种种罪行，把嘉靖皇帝说得一无是处。奇怪的是，向来严苛薄情的嘉靖帝却没有杀了海瑞。
至于嘉靖为何不杀海瑞，历来有多种说法，大致有三：
一是海瑞的名声。海瑞官职不高，却有清正刚直之名，素有“海青天”之称，深得百姓的爱戴；
二是嘉靖欣赏海瑞。说嘉靖临终前曾对裕王说，海瑞是国之利器，将来有大用；
三是认为嘉靖维护自己的形象。嘉靖如果杀了海瑞，虽可解一时之气，但罪同桀纣，而放了海瑞，则可以成就自己虚怀纳谏、宽宏大量的气量。
也有人认为嘉靖之所以对海瑞网开一面，与徐阶、高拱、张居正等人求情有关。种种原因都有一定的道理，但御史认为这并不是嘉靖放过海瑞的根本原因。
如果了解嘉靖帝的性格，就知道他向来都是独断专行，杀人无数。一场大礼议，百官遭到廷杖，死于杖下的那些官员又何尝不是忠臣，又何尝不是直谏。再如被嘉靖所杀的杨继盛、沈炼等，难道都是奸臣吗？所以说嘉靖做事，是很少考虑到自己名声的。至于说众臣求情更是无稽之谈，普天之下除了几个替嘉靖炼丹的道士，他几时听过人劝？
显然以上的说法都站不住脚，嘉靖之所以不杀海瑞，其实答案还在海瑞写的《治安疏》中。御史仔细看过这份奏疏，洋洋洒洒三千多字中蕴含了海瑞的大智慧。
海瑞的奏疏，开篇即把嘉靖帝比作西汉名君汉文帝，说：“昔日汉文帝贤主也，贾谊犹痛哭流涕而言”。海瑞这是将自己比作贾谊，然后笔锋一转，给嘉靖帝也下了个结论：“陛下天资英断，过汉文远甚”。说嘉靖皇帝比汉文帝要强很多。
在这个大前提下，海瑞才进入主题，说得有些话确实是很难听的。比如“一意修真，竭民脂膏，滥兴土木”、“二十余年不视朝，法纪松弛”、“二王不相见，人以为薄于父子”等等。
从海瑞的性格来看，他上这道奏疏，应该不是为了邀名，而是想警醒嘉靖。他首先就确定了一个思路：皇上比汉文帝远甚，但却没有做下汉文帝那般的功绩。并把问题的原因归结为是“臣子之过”。他说：“陛下误举之，而诸侯误顺之，无一人肯为陛下正言者，谄之甚也”。
海瑞在奏疏中还提到一件重要的事：斋醮求道长生。他说：“且陛下之误多矣，其大端在于斋醮。斋醮所以求长生也。”这件事算是说到了嘉靖帝的痛处。但是海瑞说得有道理“自古圣贤垂训，修身立命曰‘顺受其正’，未闻有所谓长生之说”。尧舜禹汤，历朝历代的明君，有哪一个是长生不老的呢？
这一年已是嘉靖执政的第四十四个年头，炼丹炼了几十年，身体反而每况愈下，这一点嘉靖自己是很有感慨的。所以他认为海瑞的说法虽然尖锐，但却是有道理的。
嘉靖皇帝应该算是明代诸帝中最有天分的一个，人很聪明，驾驭臣僚也很有一套，就是没把心思用在朝政上，而且又好面子，自信不凡。可是，一旦摸透了嘉靖的性格，就知道只要给他个台阶下，他都是愿意改正的。
海瑞在奏疏中说得话难听，可也不能说是痛骂嘉靖，还是给足了他面子，将嘉靖比作尧舜禹汤，说只要皇上振作起来，则“天下何忧不治”？说起来海瑞也有点睁眼说瞎话的成分，嘉靖执政几十年来，其实并没有什么政绩。他之所以这样恭维嘉靖，无非就是想给自己留条后路。
海瑞在上这道奏疏时，已经给自己准备了棺材，告别了妻子，遣散了家佣。可海瑞心中是坚定认为，这道奏疏是不足以致命的，这就是海瑞的过人之处，敢于触怒龙颜，却也是很讲究策略的。
假如海瑞在奏疏中，没有把嘉靖比作尧舜，说他远甚汉文帝，给他一个台阶下，而是一味地揭短痛骂，那么结果可想而知。以嘉靖的性格，海瑞当天就会被以大不敬之罪，被处于极刑。