顺治十一年三月十八日（1654年5月4日），玄烨生于北京紫禁城景仁宫，是顺治帝的第三子，其母孝康章皇后佟佳氏时为庶妃。
玄烨从五岁开始读书识字，很快显露出勤奋好学的天分。史载玄烨天表英俊，声音洪壮有力。六岁的时候，偕同众兄弟向父皇问安。世祖福临问皇子们最想做什么。皇二子福全说作为一个贤王足矣。唯有玄烨说道希望效法父皇。于是福临十分看重玄烨。
后来，康熙帝曾谈到自己的学习情况，八岁“学庸训诂，询之左右，求得大意而后愉快。日所读者，必使字字成诵，从来不肯自欺。及四子之书既已通贯，乃读尚书，于典谟训诂之中，体会古帝王孜孜求治意。”接着，“读大易，观象玩占，实觉义理悦心”。自此便养成了读书的好习惯，“乐此不疲”，“好学不倦”，每每读书至深夜，而不知倦怠。他十七、八岁时，因读书过劳，至咯血也不肯罢休。他所说的自己的学习情况，并非是自夸之辞。官方档案记载他举凡“帝王政治，圣贤心学，六经要旨，无不融会贯通”，亦非过誉之辞。
治十八年（1661年）正月，玄烨年仅八岁，二十四岁的父亲福临突然病逝。顺治帝生前没有册立太子，顺治十八年（1661年）他临终时接受汤若望的建议，因玄烨出过天花具有免疫力而选其为继承人，以遗诏的形式册立玄烨为皇太子。当年正月初九日（2月8日），玄烨即位于太和殿，时年仅8岁（虚岁），颁诏大赦，并改明年为康熙元年。顺治遗诏同时指派索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四大臣辅政。玄烨八岁丧父，母亲孝康章皇后佟佳氏又在他十岁的时候病
青年康熙朝服像
重。生母重病时，玄烨“朝夕虔侍，亲尝汤药，目不交睫，衣不解带”；十岁丧母，玄烨昼夜守灵，水米不进，哀哭不停。康熙后来回忆说，幼年在“父母膝下，未得一日承欢”。
四辅臣联合辅政的局面并未维持很久，他们之间的矛盾和斗争日益公开而激烈起来。在四人中，逐渐专擅实权的是鳌拜。他平时已表现出居功自傲，盛气凌人，但受“顾命”之初，尚能谨慎从事，履行誓词。然而，不出三年，他就暴露出骄横和专权的野心。他位在最末，不甘人后，处处越位抓权。首先便跟苏克萨哈不相容。康熙六年（1667年）六月，首辅索尼病故。七月初七，14岁的康熙帝正式亲政，在太和殿受贺，大赦天下。但仅十天后，鳌拜即擅杀同为辅政大臣的苏克萨哈，数天后与遏必隆一起进位一等公，实际政局并不受康熙帝直接掌控。
当时，康熙帝经常召集少年侍卫在宫中作“布库”之戏，康熙八年五月十六日（1669年6月14日），他突然命令这些侍卫在鳌拜进见时将其逮捕。大臣商议鳌拜大罪三十条，请求诛其族，康熙帝念鳌拜功劳，赦死罪而拘禁，但诛杀了鳌拜的很多弟侄亲随及党羽，不久鳌拜死于禁所。仅存的另一辅政大臣遏必隆因为长期勾结鳌拜，被削去太师、一等公的爵位。康熙帝由此完全夺回朝廷大权，开始真正亲政的阶段。康熙帝铲除鳌拜之后，甄别官吏，为被鳌拜矫旨处死的苏克萨哈等昭雪，奖励百官上书言事，禁止圈地等弊政，实操朝政大权。
削平三藩
康熙十二年（1673年）三月，以平南王尚可喜请求归老辽东，但请求留其子尚之信继续镇守广东为引线，引发了是否撤藩的激烈争论。最后康熙帝认为“藩镇久握重兵，势成尾大，非国家利”，决定下令“撤藩”。七月，吴三桂假装请旨撤藩，康熙帝同意。同年十一月，吴三桂在云南提出反清复明，杀云南巡抚朱国治。并于次年派将率军进攻湖南，攻陷常德、长沙、岳州、澧州、衡州等地。
康熙帝戎装像（中坐者）
他又派人四出散布檄文。广西将军孙延龄、四川巡抚罗森等许多地方大员纷纷反清。接着，福建耿精忠亦反。在短短数月之内，滇、黔、湘、桂、闽、川六省丢失，一时间清帝国危在旦夕。随后，陕西提督王辅臣、广东尚之信等也相继反叛，叛乱扩大到广东、江西和陕西、甘肃等省。
康熙帝的对策是坚决打击吴三桂，决不给予妥协讲和的机会；而对其他的叛变者则大开招抚之门，以此来分化敌军，削弱吴三桂的羽翼，从而孤立吴三桂。在这个方针之下，康熙帝把湖南作为军事进攻的重点，命勒尔锦等统领大军至荆州、武昌，正面抵住吴三桂，并进击湖南，又命安亲王岳乐由江西赴长沙，以夹攻湖南。此外，康熙帝又放手重用汉将、汉兵作战。康熙十五年（1676年），陕西王辅臣和福建耿精忠在清军进攻下，先后投降。广东的尚之信也于康熙十六年（1677年）投降。陕、闽、粤以及江西都先后平定。吴三桂局促于湖南一隅之地，外援日削。而清军已由江西进围长沙，其失败之势已成。
康熙十七年（1678年）三月，吴三桂在衡州称帝，国号周，大封诸将。未几即忧愤成疾，于八月病死。吴三桂死后，其部将迎立其孙吴世璠继位，退居云贵。此后，清军先后收复湖南、广西和四川。康熙二十一年（1681年）冬，清军攻破昆明，吴世璠自杀，三藩平定。
统一台湾
康熙二十年（1681年），郑经中风而死，明郑发生政变，年仅12岁的郑克塽继任延平王，大权实际上为冯锡范、刘国轩掌握，郑氏官员向心力开始动摇，负责与清朝谈和的傅为霖甚至愿当内应。福建总督姚启圣认为是进攻台湾的好时机，向康熙帝推荐施琅。
康熙二十二年（1683年），康熙以施琅为福建水师提督，出兵攻台，在澎湖大败刘国轩所率领的郑氏海军，随后明郑纳土归降。康熙二十三年（1684年），清政府在台湾设一府（台湾府）三县，即台湾县（今台南）、凤山县（今高雄）、诸罗县（今嘉义），隶福建省，并在台湾设巡道一员，总兵官一员，副将二员，兵八千。在澎湖设副将一员，兵二千。从而加强了中央对台湾的管辖，促进了台湾经济文化的发展。
驱逐沙俄
清军入关后，沙俄远征军曾多次入侵黑龙江流域，烧杀抢劫，四处蚕食。康熙二十二年（1683年）九月，清廷勒令盘踞在雅克萨等地的沙俄侵略军撤离清领土。沙俄军不予理睬，反而率兵窜至爱珲劫掠，清将萨布素将其击败，并将黑龙江下游沙俄军建立的据点均予焚毁，使雅克萨成为孤城。但沙俄军负隅顽抗。康熙二十四年（1685年）正月二十三日，为了彻底消除沙俄侵略，康熙帝命都统彭春赴爱珲，数日攻克雅克萨城，即行回师，留部分兵力驻守爱珲，另派兵在爱珲、墨尔根（今黑龙江嫩江）屯田，加强黑龙江一带防务。
康熙二十四年（1685年）秋，沙俄卷土重来，再次占领雅克萨城。俄军这一背信弃义的行为引起清政府的极大愤慨。次年初，康熙接到奏报，即下令反击。康熙二十五年（1686年）七月二十四日，清军2000多人进抵雅克萨城下，将城围困起来，勒令沙俄侵略军投降。托尔布津不理。八月，清军开始攻城，托尔布津中弹身亡，改由杯敦代行指挥，继续顽抗。八月二十五日，清军考虑到沙俄侵略者死守雅克萨，必待援兵，且考虑隆冬冰合后，舰船行动、马匹粮秣等不便，于是在雅克萨城的南、北、东三面掘壕围困，在城西河上派战舰巡逻，切断守敌外援。侵略军被围困，战死病死很多，826名俄军，最后只剩66人。雅克萨城旦夕可下，俄国摄政王索菲亚公主急忙向清廷请求撤围，遣使议定边界。清廷答应所请，准许沙俄军残部撤往尼布楚。
雅克萨之战结束后，双方于康熙二十八年（1689年）七月二十四日缔结了《尼布楚条约》，规定以额尔古纳河-格尔必齐河-外兴安岭为中俄两国东段边界，黑龙江以北，外兴安岭以南和乌苏里江以东地区均为清朝领土。
西征漠北
清初，西北方居住
40岁的康熙
的蒙古分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。漠北喀尔喀蒙古内部又分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部，漠西厄鲁特蒙古内部又分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四部。清军入关之前，漠南蒙古就已归附大清，喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古各部，也与清政府关系密切。
康熙年间，准噶尔在领袖噶尔丹的统治下，势力强盛。康熙二十六年（1687年）底，沙俄参加中俄边界谈判的全权代表戈洛文，在伊尔库茨克专门接见了噶尔丹的代表，策动噶尔丹进攻喀尔喀蒙古，噶尔丹本来就与喀尔喀三部中的土谢图汗部有矛盾，遂掀起对喀尔喀的战争。
康熙二十七年（1688年），噶尔丹亲率骑兵三万自伊犁东进，越过杭爱山，进攻喀尔喀，很快占领整个喀尔喀地区。土谢图汗察珲多尔济与哲布尊丹巴一世决定投清，于是喀尔喀三部数十万分路南奔，逃往漠南乌珠穆沁一带，向清廷告急，请求保护。康熙一面把他们安置在科尔沁放牧，一面责令噶尔丹罢兵西归。但噶尔丹气焰嚣张，置之不理，反而率兵乘势南下，深入乌珠穆沁境内。对于噶尔丹的猖狂南犯，康熙一面下令就地征集兵马，严行防堵，一面调兵遣将，准备北上迎击，先后在乌兰布通和昭莫多大破准噶尔。康熙三十六年（1698年）二月，康熙鉴于噶尔丹拒不投降，再次下诏亲征。噶尔丹在众叛亲离的情况下死去。至此康熙时期讨伐噶尔丹之战始告结束，漠北喀尔喀地区纳入清朝版图。
噶尔丹死后，策妄阿拉布坦便成为准噶尔部的统治者。随着他的统治地位的巩固和地盘的不断扩大，又萌生向东扩张的野心。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，不断袭击清军据守的科布多、巴里坤、哈密等军事重镇，并派兵侵入西藏。由于康熙及时派兵进藏协同藏军围剿，才将准噶尔势力赶出西藏。
九子夺嫡
康熙十四年（1675年），康熙立时年两岁的二阿哥胤礽为皇太子，日后皇太子变得骄纵与蛮横并结党营私。康熙四十二年（1703年）康熙杀索额图，父子关系趋于紧张。康熙四十七年（1708年），在木兰围场的布尔哈苏行宫，康熙皇帝以皇太子胤礽“不法祖德，不遵朕训，惟肆恶虐众，暴戾淫乱”的理由，宣布废除太子。之后众多阿哥开始了对于皇位的觊觎。
大阿哥胤褆是庶长子，一向不被康熙喜欢，自知无望。
1699年康熙皇帝读书像（45岁）
向康熙提议立八阿哥胤禩，理由是“术士张明德尝相允祀必大贵”，又说要替父杀掉胤礽，让康熙极为寒心，严加训斥，同时对胤禩严加提防。这时三阿哥胤祉揭发大阿哥搞魇镇加害胤礽之事，康熙将大阿哥囚禁。康熙厌恶胤禩勾结胤褆，也将其关押，后又释放。
康熙四十八年（1709年）三月，恢复胤礽太子地位。康熙五十年（1711年）末被告与刑部尚书齐世武、步军统领托合齐、兵部尚书耿额结党营私。康熙五十一年（1712年）九月再次下诏废太子。从此废太子一直被圈禁到死。三阿哥胤祉见此乱局，主动退出竞争。
胤礽再度被废后，八阿哥胤禩转而支持十四阿哥胤祯（四阿哥同母弟，后改名允禵），九阿哥胤禟、十阿哥胤俄附庸八阿哥。十三阿哥胤祥附庸四阿哥胤禛。胤禛在太子首次被废后，敢于为胤礽说好话，属太 子 党。胤礽二度被废之后，胤禛看到胤礽绝无复立之可能，开始结党营私，窥视储位。这时形成了以胤禛为首的四爷党和以胤禩为首的八爷党两大势力。
晚年病逝
康熙六十一年十一月十三日（1722年12月20日），康熙帝玄烨崩于北京畅春园清溪书屋，终年68岁，在位61年零10月。当时八爷党支持的十四阿哥胤祯远在西北，四阿哥胤禛留京。康熙近臣步军统领隆科多宣布康熙遗嘱，命胤禛继承皇位，是为雍正皇帝，为康熙帝上庙号圣祖，谥号合天弘运文武睿哲恭俭宽裕孝敬诚信功德大成仁皇帝，葬于景陵。