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飞行服务队到荒岛进行搜救任务时，无意中发现一副白骨，警方接报后把白骨送到法医部的实验室作详细检查，骸骨专家Dr. Leung凭骨骼证实死者为一名20－25岁的年轻亚洲男性，死亡了大概八到十年了。警方把骸骨资料与失踪人士资料整理，分别约见符合要求的失踪者家属，法医部高级法医钟学心（钟学心 饰）发现最后一个赶来警局的竟是男友方世友（陈展鹏 饰）。
钟学心从没有从方世友口中听说过他有过弟弟及弟弟失踪一事，方世友只好把多年来掩饰的伤痛回忆告知钟学心，原来方世友一直相信弟弟Jay是玩独木舟时失踪，没有可能被埋尸荒岛之上。警方多年前调查此案时也得不到任何结果，因此方世友对弟弟仍在世之事抱有希望。这时，钟学心收到Dr. Leung来电，指出DNA对比结果，骸骨证实是属于阿Jay方世荣，方世友得知后不禁大感愕然。
方世友因为亲弟弟阿Jay的骸骨被发现而到警署再次录口供，方世友道出当年自己和母亲去外国看望妹妹，只有弟弟一个人在香港，弟弟失踪前一天他们还联系过，但回到香港却发现弟弟不见了。据当年警方调查:弟弟阿Jay是和其他三名队友胡启仁（Alex）、张美恩(Michelle)、曾子华(Bowie)一起去划独木舟，但换衣服前张美恩不舒服，胡启仁和曾子华就送她回家，最后只有阿Jay独自一个人去划独木舟，一去就没再回来。当年调查的警察等都在附近一带水域搜救过，证实过阿Jay是出海后失踪的，但方世友实在想不明白阿Jay为何会被谋杀，还埋尸在荒岛上。
法证部高级化验师布国栋（黎耀祥 饰）细看从骸骨附近所搜获的物品，发现有两张已褪色的购物单据，布国栋吩咐游建保尽快以视频比较仪将单据内容复原出来。
阿Jay方世荣的验尸报告完成，钟学心立刻向大家做出解释，众人得悉阿Jay死前曾被人打到下肢瘫痪，而且肋骨被断裂插入肺部，经过了两到三个小时的痛苦与折磨才失血过多死亡。
众人开会分析案情，布国栋凭修复的购物单据，断定发现骸骨的荒岛不是案发第一现场，因为根据购物单上的时间，死者阿Jay在死前曾在南丫岛上出现过。还买了很多零食。凌倩儿(徐子珊 饰)指出当时死者和三个好友是去西贡划独木舟，而南丫岛和西贡距离很远，死者应该划不到南丫岛。李展风(吴卓羲 饰)也提出就算死者去了南丫岛，那他独自一个人为什么要买那么多吃的东西？疑点实在太多。
凌倩儿和李展风一起去找死者的三个队友了解情况，三人所说的和当年录的口供一样，但他们都很好奇为什么阿Jay会死在荒岛上，凌倩儿问他们知不知道有没有朋友在南丫岛上住，三人都说没有。
方世友从凌倩儿口中得知曾在南丫岛有住所的人是Alex胡启仁，就怀疑他是杀死弟弟的凶手。方世友故意到健身中心向Alex和Bowie作试探，更在Alex与Bowie曾子华面前表示有阿Jay的遗物在身上。Bowie偷偷打开方世友的储物柜企图取回阿Jay的遗物时，却被方世友捉个正着，但方世友也没有想到出现的人竟是Bowie曾子华。Bowie向方世友撒谎，两人扭打作一团，Bowie激动地警告方世友自己没有杀人。
警方在郊外发现一断手弃在路边，钟学心检验断手证实是男性断手且断的时间不是很长。从断口来看是被利器齐口割开。布国栋发现路面上没有刹车的痕迹，反而有加速的痕迹，推测司机刻意加大油门从后方撞向死者，右手被指示牌割掉了。众人推测尸体应该就在附近。警方在搜索下，在山坡下发现了Bowie曾子华陈尸在草丛中。
布国栋搜集尸体表面证物，发现死者上衣拉链刮到了车身油漆，推测撞人的是一辆银蓝色轿车，这时钟学心想到方世友之前和她说起与Bowie曾子华打过一架的事，而方世友的车也是银蓝色，心中不禁惊讶万分。
Cindy王彩凤得知丈夫Bowie曾子华惨死伤心不已，Cindy将Bowie欲匆匆离开香港一事告知警方，更指Bowie曾提及遭方世友打伤。过来Bowie接了通电话就匆匆忙忙出去了，她等了一晚都没等到他回来。
方世友涉嫌谋杀Bowie而被扣留调查，方世友冷静把试探Alex及Bowie的经过清楚地说出，更直言案发时间他一个人独自驾车散心，没有人证明。而车之所以有刮痕是因为自己开车时车轮胎打滑不小心撞上了防护栏。目前，方世友嫌疑最大，警方只能暂时拘留他。
案情分析会上，所有的证据都指向方世友，钟学心将方世友曾遇交通意外一事告诉众人。布国栋说一定回去交通意外现场查证。经过发证的搜证和检验，布国栋终成功为方世友洗脱嫌疑，令方世友大表感激。布国栋决定再次检验死者遗物，而凌倩儿和李展风也针对Alex胡启仁再作深入调查，发现Alex曾在Bowie死前致电给他。
胡启仁的太太Michelle张美恩得悉Alex曾致电Bowie，即鼓励他主动向凌倩儿说出真相，Alex指Bowie因要匆匆离港，所以致电向他借钱。
Cindy到银行保险箱领取Bowie的遗物时，竟无意中发现Bowie收藏了一个攀岩运动的冠军奖座，Cindy独自坐在餐厅想起Bowie有恐高症，觉得这个奖座不可能是Bowie的，这时，方世友突然出现，方世友更指杀死阿Jay与Bowie的凶手可能是同一人Alex，Alex是大男子主义的性格，在团队中总是充当领袖的角色，但他现在不来见她，明显是心虚，更主动留下联络方法。Cindy在家楼下见到了Alex，想起方世友的话，就试着告诉他Bowie的遗物里有一个攀登冠军奖座，Alex看到奖座脸色大变，非常惊恐。Cindy赶紧回到家给方世友留言，说Alex很有问题，希望和他见一面。
法证在阿Jay的遗物中发现一个独木舟协会的钥匙扣，经检验是Bowie曾子华的。而大家分析当年杀人埋尸一个人做不来，所以最有嫌疑的就是Alex胡启仁。这时，方世友打电话给凌倩儿，说突然收到Cindy的留言说Alex很有问题，但这时因要照顾心脏病发的母亲而迟了回覆，可惜再回复时却发现已无法再联络上Cindy了。
凌倩儿、李展风和方世友一起来到Cindy王彩凤家，发现她已经吊死在家中吊扇上。李展风在死者电脑里发现了遗书，屋内也没有被搜掠的痕迹，钟学心在现场对尸体作初步检验，证实死者是窒息死亡，奇怪的是死者的颈部竟有两条深浅不同的勒痕重叠了，需要再作详细研究。
众人开会分析案情，法证在案发现场发现一张用过的保鲜纸，应该包过一个物件超过十年，在保鲜纸上附有棕色的物质，经检验是阿Jay方世荣的血迹。怀疑这就是当年杀死方世荣的凶器。蒋卓君(陈茵微 饰)从Cindy王彩凤的电脑上套取的指纹残缺不全，怀疑是有人带着手套打字，钟学心的验尸结果表明，王彩凤是被人勒死后再吊起来的，所以颈部有两条深浅不同的勒痕。而真正勒死死者的是一条柔软的布带。综上所述，凌倩儿确定Cindy王彩凤是被人谋杀不是自杀。法证通过复原保鲜纸包着的物件得出一件模拟物体，很像一个奖座。
李展风根据大家提供的线索和同事到一家专门制作奖座的店里调查，两人从店老板口中得知奖座很有可能是水晶胶材质，并发现了「香港学界攀石学会」制作的奖座和模拟物件非常相似，后经调查得知Alex胡启仁曾获得过1994年全港攀石中学组冠军，而曾子华一直留着这个奖座，胡启仁现在才知道，所以为了取回奖座，就先后杀了曾子华和王彩凤。警方决定逮捕Alex胡启仁。
凌倩儿和李展风赶到健身中心逮捕胡启仁，Alex否认杀害Cindy王彩凤和Bowie曾子华。凌倩儿突然收到新的线报，说有人看到王彩凤被杀时张美恩拉窗帘，之后将要拘捕的疑犯由Alex胡启仁变成了他的太太Michelle张美恩。Michelle张美恩被带走时突然身体不舒服，Alex胡启仁见到非常担心。警局里，凌倩儿向Michelle张美恩多番盘问，但Michelle张美恩只是装无辜不作回答，更要求有律师在旁才接受问话。凌倩儿和李展风被Michelle张美恩耍得团团转不录口供，此时Alex胡启仁竟和律师一起到警局自首，称所有一切与张美恩无关，三名死者都是他杀的。令众人大为吃惊。
警方带Alex胡启仁回王彩凤案发现场重演杀人经过。钟学心从Alex胡启仁的说话中发现疑点重重，而布国栋更指出疑凶并非Alex胡启仁而是另有其人。但胡启仁仍然坚持一切都是自己一个人干的，是自己威胁张美恩拉窗帘的，并且告诉众人张美恩怀孕了，她和孩子不能有事。
众人在一起聊案情，方世友心理学分析胡启仁和张美恩，外表越柔弱的女人可能内心越强大，张美恩应该是一个出色的大女子主义，她工于心计，善于利用自己柔弱的一面反过来控制男人。而且她如果真的怀孕了为什么还在健身房做剧烈运动，众人对张美恩的怀孕持怀疑态度。
Michelle张美恩得悉Alex胡启仁自首后一点不关心自己老公，只是要求警察赶紧释放自己，凌倩儿谈话时觉得Michelle张美恩有身孕要小心，想要派同事陪她去医院检查，但张美恩拒绝了。此时张美恩原形毕露再不是柔弱的小女人样子，这时一名警察进来谎称胡启仁自杀死了，张美恩竟一点都不关心，反而觉得他罪有应得，笨的要死。
而此时审讯室的一切胡启仁都在隔离看的一清二楚，没想到自己的老婆竟是这样的人，而钟学心和布国栋也告诉他老婆有可能没有怀孕，不能再纵容她了，劝他说出真相。
最终胡启仁说出了所有真相，并指正张美恩杀死了Cindy王彩凤。原来十年前四个人一起去南丫岛划独木舟，胡启仁意外发现阿Jay想要侵犯张美恩(其实是张美恩诬陷阿Jay)，一怒之下杀了阿Jay，Bowie曾子华目睹了一切但迫于胡启仁的威吓便和他一起用游艇把阿Jay运到荒岛埋了，还把Bowie曾子华的钥匙扣扔在了尸体旁边托他下水。本来这件事一直没被发现，直到最近方世友找他们试探，曾子华非常慌张想要离开香港，还威胁胡启仁有他的把柄，让他给自己一百万，胡启仁在张美恩的教唆下开车撞死了曾子华，而后销毁了车。
之后，Cindy王彩凤拿出了当年杀死阿Jay的奖座，胡启仁开始慌张，于是张美恩便到王彩凤家用衣服上的腰带勒死了王彩凤抢回了奖座，还装可怜和胡启仁一起把现场布置成了自杀。凌倩儿说其实张美恩一直都是把胡启仁当成了杀人工具，一直装可怜利用他，但张美恩并不知悔改还觉得男人一到关键时刻还要靠女人，胡启仁喜欢自己，一切都是他心甘情愿做的，阿Jay和Bowie也都是他杀的。
当胡启仁与张美恩在警局相见时，张美恩再没有往日的温柔，对胡启仁出卖自己非常生气，还说自己不爱这样的老公，让胡启仁滚开。胡启仁看着这样的张美恩非常伤心，不知道为什么自己的老婆竟是这样的人。方世友追问张美恩自己弟弟阿Jay当年是不是真的想侵犯她，张美恩的回答还了阿Jay一个清白，也让众人觉得这个女人真的非常的恐怖。
此案完结！
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