1815年2月底,法老号远洋船的年轻代理船长埃德蒙唐特斯回到了马赛港。
老船长病死在途中,他曾让把船开到一个小岛上去见囚禁中的拿破仑。拿破仑委托唐泰斯带一封密信给在巴黎的亲信。唐泰斯这次回国可以说是春风得意:他已经准备好要和相爱三年的女友梅色苔丝结婚,然后一同前往巴黎。但他没有想到,一场厄运正在等着他。在货船上当会计员的丹格拉尔一心要取代唐泰斯的船长地位,唐泰斯的情敌——弗尔南对他又嫉又恨。结果两个人勾结到一起,弗尔南把唐格拉尔的一张举发唐泰斯是波拿巴眼线的告密条送到了检查局的手中。5月正当唐泰斯举行婚礼之际,他被捕了。审理这个案子的是代理检察官德维尔福,他发现密信的收信人就是自己的父亲。为了确保自己的前途,他宣判唐泰斯为极度危险的政治犯,将其投入了孤岛上的死牢。唐泰斯在死牢里度过了14年的时光。开始的时候他坚信自己的清白,总以为检察官有一天会出现在他面前,宣布他无罪。然而随着时间的推移,他失望了,甚至有了自杀的念头,只有对未婚妻的思念和对老父亲的牵挂支撑着他活下去。有一天,他突然听见有人在近旁挖掘的声音,原来是隔壁牢房的老神父在挖地道,却因为计算错误,地道的出口在唐泰斯的牢房。两人相遇后,老神父帮助他分析了他的遭遇,唐泰斯开始意识到陷害自己的仇人是谁了。在神父的教授下,唐泰斯学会了许多化学,文学,语言,文化知识,并得知了一个秘密:在一个叫作基督山的小岛上埋藏着一笔巨大的财富,得到它,就能拥有无人所及的财富和权力。有一天,老神父病死了。唐泰斯按照老神甫生前最后的愿望:就是叫唐泰斯一定要活着逃出去,唐泰斯随后忍痛将神甫的尸体从地道内搬到自己的牢房里,自己躲进了老神父的裹尸袋并且一动不动,狱卒以为唐泰斯就是老神父,便把其装入尸体的麻袋中,而真正的老神父躺在唐泰斯的牢房,就这样唐泰斯逃出了监狱。唐泰斯用刀划破麻袋,游到了附近的一个小岛上。次日,一只走私船救了他,他很快和同船员们成了朋友。他利用四处游荡的机会,在基督山岛发现了宝藏:一个大柜分隔成3个部分,分别装着古金币,金块,以及钻石、珍珠和宝石。唐泰斯一下就成了一个亿万富翁。他的目标只有一个,那就是报恩和复仇,为此,他要回到社会里去重新获得地位、势力和威望,而在这个世界上只有钱才能使人获得这一切,钱是支配人类最有效和最伟大的力量。此时的唐泰斯已经是一个全新的人了:有渊博的知识、高雅的仪态和无数的财富,深谋远虑,内心充满了仇恨。
在复仇之前,唐泰斯决定先要报恩。法老号的船主是一个忠厚、勇敢而且热情的人。他曾在唐泰斯落难时为他四处奔走,还照顾过唐泰斯的老父亲。后来他破产了,绝望当中,他准备自杀。唐泰斯知道之后,替他还清了债务,送给他女儿一笔优厚的嫁妆,还送给他一艘新的法老号。然后,唐泰斯说:“我已经代天报偿了善人。现在复仇之神授我以他的权力,命我去惩罚恶人!”在报答了曾在他危难之际给过他无私帮助的人之后,唐泰斯开始一步步准备自己的复仇计划了。
通过多方打探,他证实了丹格拉尔、弗尔南和维尔福陷害自己的事实,并得知自己的未婚妻已经同弗尔南结了婚,而自己的老父亲在病中饥饿而死,他的仇恨之火越燃越旺,但他还要为复仇做许多准备工作。8年之后,唐泰斯回到了巴黎。他化名为基度山伯爵,身份是银行家。此时,维尔福是巴黎法院检察官,唐格拉斯成了银行家,弗尔南成了莫瑟夫伯爵及议员,3人都飞黄腾达,地位显赫。
基督山伯爵的目标首先是弗尔南。弗尔南为了谋取一切私利可以说是坏事做尽,此时他更名换姓,过着养尊处优的生活。基督山伯爵早就摸清了他历史,借他人之手在报纸上披露了弗尔南20年代在希腊出卖和杀害了阿里总督的事实,引起了议员们的质询。在听证会上,基督山伯爵收养的阿里总督的女儿海蒂出席作证,揭发了弗尔南在与土耳其人的无耻的交易中,不但把城堡拱手相让,而且把他的恩主杀害,并把恩主的妻子、女儿作为一部分战利品,卖得40万法郎的罪行。审查委员会断定弗尔南多犯了叛逆罪和暴行迫害罪,这使得弗尔南名誉扫地,狼狈不堪。弗尔南本来寄希望于儿子阿尔培同基督山伯爵决斗,以此雪耻,但他的妻子(唐泰斯的未婚妻)早就认出了基度山伯爵就是唐泰斯,她把真相告诉儿子阿尔培。最后儿子阿尔培不顾自己的名声,与基度山伯爵讲和,并决定同母亲一起抛弃沾满了鲜血与耻辱的家产,不辞而别。无奈与盛怒之下,弗尔南只有自己去找基度山伯爵决斗。决斗时,基督山伯爵用很冷淡的口吻嘲讽地说:“您不就是那个在滑铁卢之战前夕开小差逃走的小兵弗尔南吗?您不就是那个在西班牙当法军向导和间谍的弗尔南中尉吗?您不就是那个背叛、出卖并谋害自己恩主的弗尔南中将吗?而这些个弗尔南加起来,不就是现在身为法国贵族议员的您吗?”最后,基度山伯爵说出了自己的真实身份。弗南多失魂落魄地回到家里,正遇上自己的妻子和儿子离家出走——一个去乡下隐居,一个去投军,极度害怕与绝望使得他开枪自杀了。
基督山伯爵的最大的仇人唐格拉尔。在法军入侵西班牙时靠供应军需品发了横财,他的银行可以支配几百万法郎的资产。基督山伯爵为了取得唐格拉尔的信任,拿出欧洲大银行家的3封信在唐格拉尔那里开了3个可以“无限透支”的帐户,慑服了唐格拉尔。之后他收买了电报局的雇员,发了一份虚报军情的电报,诱使唐格拉尔出售债券,折损了一笔巨款。基督山伯爵于是将一个逃犯——维尔福和唐格拉尔夫人的私生子贝尼台多打扮成意大利亲王的儿子,介绍给唐格拉尔。为了避免银行的倒闭,唐格拉尔将女儿嫁给了“亲王之子”。在婚礼上,宪兵逮捕了这个逃犯,让唐格拉尔出了大丑。在无奈之下,唐格拉尔窃取了济贫机构的505万法郎逃往意大利。途中,他落在了基督山伯爵的强盗朋友的手上。他们先把他饿得半死,然后以10万法郎的高价向他出售一顿饭,直到把他的505万法郎全部都榨光。唐格拉尔被迫为自己所犯的罪行忏悔。此时基督山伯爵出现了,向他公开了身份,说:“我就是那个被你出卖和污蔑的人。我的未婚妻被迫改嫁,我的父亲被你害得饿死。我本来也应该让你死于饥饿,但我饶恕你。”唐格拉尔听后大叫一声,倒在地上缩成一团。随后,基度山伯爵给了他5万法郎让他自谋生路。唐格拉尔饱受折磨和惊吓,他的头发全白了。
基督山伯爵第三个仇人维尔福,他决定用更残忍的手段全面摧毁维尔福的一切。他先买下了维尔福以前的一所处所,在这里维尔福曾企图残忍地活埋自己和唐格拉尔夫人的私生子。然后他巧妙地将二人引到这里,并点出了两人当年的丑事。结果,唐格拉尔夫人当场晕倒,维尔福不得不靠在墙上喘息。经过一番较量,维尔福对基度山伯爵的身份发生了怀疑。他让警局派人找到了基督山伯爵的两个密友询问,但这两个密友都是基督山伯爵一个人扮演的,自然他一无所获。此时,基督山伯爵注意到了维尔福家庭内部的一个破绽:维尔福的后妻企图让自己的孩子独自继承遗产。于是他假装无意之中透露给了她一个毒药配方,后者利用这种毒药毒死了维尔福的前岳夫和前岳母、老仆人,并阴谋毒死前妻的孩子凡兰蒂。由于唐泰斯的恩人的儿子爱凡兰蒂的关系,基督山伯爵对后者暗中保护,并让她暗中观察到了继母下毒的过程。之后,基度山伯爵将这个孩子用强力麻醉剂将她麻醉,做出假死的现象,并将她的“尸体”送到了基督山岛上。维尔福在悲痛只要为女儿报仇,即向他的妻子发出了死亡的命令。在审理那个险些成了唐格拉尔女婿的逃犯杀人案中,检察官就是维尔福。在基度山伯爵的授意下,逃犯当众说出了自己的身世。维尔福知道已落到一个复仇之神的手里,被迫承认“无须证据,这个青年人所说的话都是真的……从此刻起,我悉听下任检察官的发落。”这时,维尔福的脸色像死人一样苍白,牙齿像一个发寒热的人那样格格的打抖。他仓皇地回到家里,想在这里寻找一处避风港,但他发现妻子因为罪行败露已经服毒身死,并毒死了自己心爱的儿子。此时,伯爵出现了,表明了自己的身份。巨大的打击之下,维尔福疯了。
而在巴黎,他也遇到了老恩人的儿子——马克西米利安,伯爵对他十分爱护,并与他和他的家人成为了最好的朋友。当伯爵命死神在维尔福家中游荡时,却意外地发现维尔福的女儿与马克西相爱,他巧施妙计使瓦朗蒂娜假死。而马克西利安却不明真相,悲痛地想要自杀,伯爵无奈承认了自己的身份,阻止了他。最终有情人终成眷属,马克西利安与瓦朗蒂娜接受了伯爵的礼物,走到了一起。
基督山伯爵大仇已报,他深深地感谢上帝。在他看来,他所做的一切都是秉承上帝的旨意。他说:“现在我的工作完成了,我的使命终止了。巴黎,告别了!”于是,同收养的阿里总督的女儿海蒂远走高飞了。