天地生灵分为人、神、神、妖怪、恶魔、鬼六系。所有的灵魂都在这六界之间穿梭轮回。
新仙界，魔尊重楼与神将飞蓬激烈决斗。此前二人因两界抵触而多次交手，逐渐惺惺相惜。这一次战斗旷日持久，神魔之井没有了守将，以致魔界入侵。神兵来捉拿飞蓬问罪，飞蓬因此分心，佩剑被打落人间，成为蜀山镇妖剑…
千年之后，重楼在渝州的永安当内终于找到飞蓬的转世景天。去蜀山锁妖塔内强行取走被封印的魔剑，希望景天在拥有它后能够再与自己一战，而此举也导致锁妖塔顶坍塌，塔上封印被解除。
而此时的景天早已不是当年的飞蓬将军，几经转世之后，成为永安当的一位伙计，执著于对古物的收藏，并幻想着能够富甲天下。
一天深夜，唐家堡堡主孙女唐雪见为给爷爷修补一只损坏的紫砂壶而闯入景天的住处，因此与景天邂逅。景天为雪见修好了壶，也从此对雪见暗生情愫。地震来袭，景天不慎触碰了雪见身上带的毒蒺藜。为了解毒，二人约唐家堡外竹林相见。而景天到唐家堡时却惊闻雪见已被逐出唐门。无奈之下回到永安当，遇到重楼。故人重逢，重楼感慨昔日飞蓬竟然沦落至此并将魔剑交给了景天。却不知魔剑里藏有古姜国公主龙葵的剑灵，剑灵显圣，景天害怕而逃出永安当，竹林与从唐家堡携五毒兽花楹出逃的雪见相遇。魔剑依然紧随景天不离。
景天与雪见相约同行，大渡口两人遭到大批霹雳堂弟子围攻，危机时刻蜀山派弃徒徐长卿与其未婚妻苗女紫萱赶到将二人救下。
原来，锁妖塔顶坍塌时，正值紫萱设计协助狼妖赤炎逃出锁妖塔，以此达到让徐长卿爱上自己的目的长卿在与赤炎交手时中了火毒，紫萱在为长卿解毒时被蜀山掌门清微误解，长卿因此被逐出门墙。一旁窥视的重楼从此对人界的情爱充溢了好奇，开始了对紫萱的好感。这一次正是长卿与紫萱在前往蓬莱的路上，希望蓬莱掌门商风子出面解释此事。之后长卿独回蜀山。此处剧情与《仙剑奇侠传三外传·问情篇》密切相关）
蓬莱派，由邪剑仙变化的清微正在作乱，被紫萱识破。那是蜀山五位长老将自己的邪念封入锁妖塔，以达到功力大增的目的不想邪念修成一体，成为了邪剑仙，于锁妖塔混乱之际逃出，此刻邪剑仙化作清微道长，欲从商风子口中探知八十年前五长老的旧事。邪剑仙对紫萱下手，重楼出现救下了紫萱，赶走了邪剑仙。为阻止邪剑仙迷惑长卿，紫萱独自前往蜀山，路上被霹雳堂堂主罗如烈捉走。
雪见回到唐家堡看爷爷，却惊闻自己非唐家骨肉。更为惊讶的唐家有人与霹雳堂里应外合，用爷爷的尸身炼毒。雪见气苦而离开，景天找不到雪见，渝州城隍庙独自过夜，遇龙葵鬼魂从魔剑中化出。原来早在春秋时代，姜国在与杨国的交战中落败，姜国太子龙阳为护妹妹龙葵竭力战死，尸身被投入铸剑炉，龙葵也因此投铸剑炉自尽，其室女之血使得炉中魔剑天成。龙葵在千年的幽禁中，出于自保而产生了一体双灵。姜国太子龙阳，同样也是景天轮回中的一世。
还是渝州竹林，景天找到雪见。龙葵的协助下御剑飞行，来到德州的霹雳堂，地牢里救出了紫萱。四人共同前往蜀山阻止邪剑仙，路过安宁村，万玉枝家借宿。万玉枝为丈夫治病被众人误解，因而计划破坏。景天等人追至古藤林方知事情原委，决意抢回土灵珠协助万玉枝救人。古藤林里众人惊遇罗如烈，却不是对手，关健时刻一只叫做精精的猴精冒死偷回土灵珠，临死前将“飞龙探云手”传给了景天。
安宁村事毕，通过蜀山故道爬上蜀山，揭穿了邪剑仙的阴谋。为封印锁妖塔，清微委托景天等人寻找五颗灵珠。路过唐家堡，雪见在比武场上连胜三场，夺得堡主之位。然而自己为路遗弃婴的身份被当众揭穿在前，景天被暗算中毒在后。幸花楹育成五毒珠，将景天救回。离开唐家堡，来到雷州，龙葵向景天讲自己与龙阳太子的故事，因动作暧昧，雪见吃醋离开，遭群妖围攻，刺史独子云霆将她救下。云霆因体内含雷灵珠而带电，曾经在新婚之夜电死自己的爱妾雨舒，这一次意外发现雪见不怕电，因此有娶雪见为妻的想法。雪见为气景天答应了景天等人夜探刺史府，长卿作法取出了云霆体内的雷灵珠。重楼赶到告诉景天穿过神魔之井，去神界取风灵珠。
来到神界，神树顶层，景天遇见了一直苦恋飞蓬的夕瑶，得到风灵珠。雪见意外发现夕瑶与自己似极，原来昔日飞蓬被贬下界，夕瑶忍不住思念，用神果造出了雪见以追寻飞蓬的转世，因此雪见属六界之外，来历非凡。夕瑶把景天等人送回蜀山，自己也因触范天条而被剥夺形体，只留精神继续滋养神树。用这残留的精神发出细微的声音，希望日后能够时时唤起景天对她回忆（与《仙剑奇侠传三外传·问情篇》密切相关）
经神界一行，清微也知道了镇妖剑是神界之物。紫萱主张入锁妖塔取剑，清微同意。锁妖塔内景天等人打败天妖皇，取回镇妖剑，回到蜀山惊遇邪剑仙。镇妖剑被抢走，雪见与清微被杀死。景天痛苦不堪，带着沉重的心情与紫萱、龙葵前往蛮州继续寻找灵珠。蛮州，景天意外得知了紫萱与徐长卿的三世之恋。曾经，紫萱与长卿前世无缘，后找到转世林业平，生有一女林青儿（巫后）却眼看林业平变老死去。紫萱狠心用灵力将女儿控制住不使其长大，又用水灵珠修炼内丹，只为与长卿厮守。来到古城镇，发现各自中了回魂仙梦”景天在梦中与雪见表白，再次经历失去雪见之痛，回到现实，景天决定去鬼界寻找雪见。
经酆都来到鬼界，鬼差赵无延家里，景天与雪见终于重逢。雪见怀疑景天误解自己，欲投轮回井，被龙葵救回。火鬼殿里众人从火鬼王手中抢回火灵珠，这时雪见身体已被邪剑仙夺去。一直追至冰风谷，龙葵为救景天舍弃了刚刚成型的身体。重楼与花楹的协助下，雪见成功复活，霹雳堂罗如烈在抢夺镇妖剑的过程中被杀死。
为了找水灵珠，景天等人来到安溪的海底城，遇到溪风和水碧。一个是魔界重楼的左右手，另一个是神界的神将，重楼与飞蓬在新仙界决斗时，两人不打不相识，决意私逃，安溪建海底城保护了许多人。如此一来两人行踪暴露，把圣灵珠交给景天后，两人释放全部灵力镇住海底火山，并相约来世相见。离开海底城，听闻剑冢魔炉之火重燃，似与镇妖剑有关，于是又来剑冢，铸剑厅遇邪剑仙。景天被邪剑仙所伤，危在旦夕，龙葵再入铸剑炉，用自己的千年修为救回了景天，并修复了镇妖剑。
回到蜀山，锁妖塔底，众人合力杀死邪剑仙，蜀山四长老将掌门传给长卿后死去。紫萱再也无法改变女娲族宿命，将自己的内丹渡给长卿，助其成仙，随后献出水灵珠，牺牲自己以重新封印锁妖塔。重楼赶到却已无能为力，带走了雪见以逼迫景天与自己一战。新仙界，景天与重楼决斗，终于在招式上胜重楼半式，重楼很欣慰，答应复活龙葵。景天与雪见、龙葵回到渝州开了新安当，也终于实现了自己的富贵梦。
