1815年2月底，法老号远洋船的年轻代理船长埃德蒙唐特斯回到了马赛港。
唐泰斯在死牢里度过了14年的时光。开始的时候他坚信自己的清白，总以为检察官有一天会出现在他面前，宣布他无罪。然而随着时间的推移，他失望了，甚至有了自杀的念头，只有对未婚妻的思念和对老父亲的牵挂支撑着他活下去。有一天，他突然听见有人在近旁挖掘的声音，原来是隔壁牢房的老神父在挖地道，却因为计算错误，地道的出口在唐泰斯的牢房。两人相遇后，老神父帮助他分析了他的遭遇，唐泰斯开始意识到陷害自己的仇人是谁了。在神父的教授下，唐泰斯学会了许多化学，文学，语言，文化知识，并得知了一个秘密：在一个叫作基督山的小岛上埋藏着一笔巨大的财富，得到它，就能拥有无人所及的财富和权力。有一天，老神父病死了。唐泰斯按照老神甫生前最后的愿望：就是叫唐泰斯一定要活着逃出去，唐泰斯随后忍痛将神甫的尸体从地道内搬到自己的牢房里，自己躲进了老神父的裹尸袋并且一动不动，狱卒以为唐泰斯就是老神父，便把其装入尸体的麻袋中，而真正的老神父躺在唐泰斯的牢房，就这样唐泰斯逃出了监狱。唐泰斯用刀划破麻袋，游到了附近的一个小岛上。次日，一只走私船救了他，他很快和同船员们成了朋友。他利用四处游荡的机会，在基督山岛发现了宝藏：一个大柜分隔成3个部分，分别装着古金币，金块，以及钻石、珍珠和宝石。唐泰斯一下就成了一个亿万富翁。他的目标只有一个，那就是报恩和复仇，为此，他要回到社会里去重新获得地位、势力和威望，而在这个世界上只有钱才能使人获得这一切，钱是支配人类最有效和最伟大的力量。此时的唐泰斯已经是一个全新的人了：有渊博的知识、高雅的仪态和无数的财富，深谋远虑，内心充满了仇恨。
在复仇之前，唐泰斯决定先要报恩。法老号的船主是一个忠厚、勇敢而且热情的人。他曾在唐泰斯落难时为他四处奔走，还照顾过唐泰斯的老父亲。后来他破产了，绝望当中，他准备自杀。唐泰斯知道之后，替他还清了债务，送给他女儿一笔优厚的嫁妆，还送给他一艘新的法老号。然后，唐泰斯说：“我已经代天报偿了善人。现在复仇之神授我以他的权力，命我去惩罚恶人！”在报答了曾在他危难之际给过他无私帮助的人之后，唐泰斯开始一步步准备自己的复仇计划了。
通过多方打探，他证实了丹格拉尔、弗尔南和维尔福陷害自己的事实，并得知自己的未婚妻已经同弗尔南结了婚，而自己的老父亲在病中饥饿而死，他的仇恨之火越燃越旺，但他还要为复仇做许多准备工作。8年之后，唐泰斯回到了巴黎。他化名为基度山伯爵，身份是银行家。此时，维尔福是巴黎法院检察官，唐格拉斯成了银行家，弗尔南成了莫瑟夫伯爵及议员，3人都飞黄腾达，地位显赫。
基督山伯爵的目标首先是弗尔南。弗尔南为了谋取一切私利可以说是坏事做尽，此时他更名换姓，过着养尊处优的生活。基督山伯爵早就摸清了他历史，借他人之手在报纸上披露了弗尔南20年代在希腊出卖和杀害了阿里总督的事实，引起了议员们的质询。在听证会上，基督山伯爵收养的阿里总督的女儿海蒂出席作证，揭发了弗尔南在与土耳其人的无耻的交易中，不但把城堡拱手相让，而且把他的恩主杀害，并把恩主的妻子、女儿作为一部分战利品，卖得40万法郎的罪行。审查委员会断定弗尔南多犯了叛逆罪和暴行迫害罪，这使得弗尔南名誉扫地，狼狈不堪。弗尔南本来寄希望于儿子阿尔培同基督山伯爵决斗，以此雪耻，但他的妻子（唐泰斯的未婚妻）早就认出了基度山伯爵就是唐泰斯，她把真相告诉儿子阿尔培。最后儿子阿尔培不顾自己的名声，与基度山伯爵讲和，并决定同母亲一起抛弃沾满了鲜血与耻辱的家产，不辞而别。无奈与盛怒之下，弗尔南只有自己去找基度山伯爵决斗。决斗时，基督山伯爵用很冷淡的口吻嘲讽地说：“您不就是那个在滑铁卢之战前夕开小差逃走的小兵弗尔南吗？您不就是那个在西班牙当法军向导和间谍的弗尔南中尉吗？您不就是那个背叛、出卖并谋害自己恩主的弗尔南中将吗？而这些个弗尔南加起来，不就是现在身为法国贵族议员的您吗？”最后，基度山伯爵说出了自己的真实身份。弗南多失魂落魄地回到家里，正遇上自己的妻子和儿子离家出走——一个去乡下隐居，一个去投军，极度害怕与绝望使得他开枪自杀了。
基督山伯爵的最大的仇人唐格拉尔。在法军入侵西班牙时靠供应军需品发了横财，他的银行可以支配几百万法郎的资产。基督山伯爵为了取得唐格拉尔的信任，拿出欧洲大银行家的3封信在唐格拉尔那里开了3个可以“无限透支”的帐户，慑服了唐格拉尔。之后他收买了电报局的雇员，发了一份虚报军情的电报，诱使唐格拉尔出售债券，折损了一笔巨款。基督山伯爵于是将一个逃犯——维尔福和唐格拉尔夫人的私生子贝尼台多打扮成意大利亲王的儿子，介绍给唐格拉尔。为了避免银行的倒闭，唐格拉尔将女儿嫁给了“亲王之子”。在婚礼上，宪兵逮捕了这个逃犯，让唐格拉尔出了大丑。在无奈之下，唐格拉尔窃取了济贫机构的505万法郎逃往意大利。途中，他落在了基督山伯爵的强盗朋友的手上。他们先把他饿得半死，然后以10万法郎的高价向他出售一顿饭，直到把他的505万法郎全部都榨光。唐格拉尔被迫为自己所犯的罪行忏悔。此时基督山伯爵出现了，向他公开了身份，说：“我就是那个被你出卖和污蔑的人。我的未婚妻被迫改嫁，我的父亲被你害得饿死。我本来也应该让你死于饥饿，但我饶恕你。”唐格拉尔听后大叫一声，倒在地上缩成一团。随后，基度山伯爵给了他5万法郎让他自谋生路。唐格拉尔饱受折磨和惊吓，他的头发全白了。
基督山伯爵第三个仇人维尔福，他决定用更残忍的手段全面摧毁维尔福的一切。他先买下了维尔福以前的一所处所，在这里维尔福曾企图残忍地活埋自己和唐格拉尔夫人的私生子。然后他巧妙地将二人引到这里，并点出了两人当年的丑事。结果，唐格拉尔夫人当场晕倒，维尔福不得不靠在墙上喘息。经过一番较量，维尔福对基度山伯爵的身份发生了怀疑。他让警局派人找到了基督山伯爵的两个密友询问，但这两个密友都是基督山伯爵一个人扮演的，自然他一无所获。此时，基督山伯爵注意到了维尔福家庭内部的一个破绽：维尔福的后妻企图让自己的孩子独自继承遗产。于是他假装无意之中透露给了她一个毒药配方，后者利用这种毒药毒死了维尔福的前岳夫和前岳母、老仆人，并阴谋毒死前妻的孩子凡兰蒂。由于唐泰斯的恩人的儿子爱凡兰蒂的关系，基督山伯爵对后者暗中保护，并让她暗中观察到了继母下毒的过程。之后，基度山伯爵将这个孩子用强力麻醉剂将她麻醉，做出假死的现象，并将她的“尸体”送到了基督山岛上。维尔福在悲痛只要为女儿报仇，即向他的妻子发出了死亡的命令。在审理那个险些成了唐格拉尔女婿的逃犯杀人案中，检察官就是维尔福。在基度山伯爵的授意下，逃犯当众说出了自己的身世。维尔福知道已落到一个复仇之神的手里，被迫承认“无须证据，这个青年人所说的话都是真的……从此刻起，我悉听下任检察官的发落。”这时，维尔福的脸色像死人一样苍白，牙齿像一个发寒热的人那样格格的打抖。他仓皇地回到家里，想在这里寻找一处避风港，但他发现妻子因为罪行败露已经服毒身死，并毒死了自己心爱的儿子。此时，伯爵出现了，表明了自己的身份。巨大的打击之下，维尔福疯了。
而在巴黎，他也遇到了老恩人的儿子——马克西米利安，伯爵对他十分爱护，并与他和他的家人成为了最好的朋友。当伯爵命死神在维尔福家中游荡时，却意外地发现维尔福的女儿与马克西相爱，他巧施妙计使瓦朗蒂娜假死。而马克西利安却不明真相，悲痛地想要自杀，伯爵无奈承认了自己的身份，阻止了他。最终有情人终成眷属，马克西利安与瓦朗蒂娜接受了伯爵的礼物，走到了一起。
基督山伯爵大仇已报，他深深地感谢上帝。在他看来，他所做的一切都是秉承上帝的旨意。他说：“现在我的工作完成了，我的使命终止了。巴黎，告别了！”于是，同收养的阿里总督的女儿海蒂远走高飞了。
