《三生三世枕上书》是《三生三世十里桃花》的延伸，分别描写白凤九和东华帝君的爱情故事。
故事的开始是青丘小帝姬白凤九在山间修行却被妖兽攻击，在危难时刻得东华帝君所救，凤九谨记于心，跟随帝君到九重天，隐去身份为他当仙娥，只为报恩。后东华被锁入十恶莲花镜，凤九化身灵狐救东华。此后，凤九便以灵狐身份相伴东华左右，在得知东华迎娶姬蘅为帝后时，伤心离开。后东华去人间历劫，凤九亦跟随。在凡间的时候，凤九的朋友为保护她而死，她想要寻找传说中的起死回生的频婆果而误入比翼鸟族公主阿兰若的梦境中，经历了阿兰若的坎坷一生。东华历劲千辛万苦救出凤九，也深知了自己对她的感情，但当时他已深受重伤，于是将自己的感情埋于心低，把对她爱写成了枕上之书。本已经不抱希望的凤九最后发现了枕上书，感受到了东华对他的感情，于是决定奔赴战场，战胜强敌，维护世间和平。最终与情人终成眷属。
凤九三世中的三段爱情经历：每一段炼狱的折磨和经历，都让凤九离真爱进了一步。
- 第一世：两人化身为宋玄仁和陈贵人，爱而不得，郁郁而终。
这一世，凤九下凡本是帮助东华帝君历劫，但因为她的插手，导致帝君无法顺利历劫和恢复功力。因此，司命只好让凤九亲自帮帝君经历“爱而不得”之劫。然而，由于叶青缇的出现，让凤九和帝君之间的感情似乎变成了“三角恋”。在大婚之日，白凤九与恩人叶青缇私奔，令宋玄仁痛苦不已，但是凤九更是心如刀割。因为她只有如此，才能帮助帝君早日渡劫。爱而不得的痛，让两个相爱的人最后伤痕累累，宋玄仁也郁郁而终。
凤九在虐帝君的同时，也狠狠的虐了自己。初尝爱情的苦涩，让一个单纯的女孩懂得了爱情里的无奈，以及不得不放手的痛。所以爱情里，可以勇敢去追爱，但受了伤就要放下，不要跟自己过不去。
2.第二世：是阿兰若和沉晔之间的遗憾。
帝君用一半的影子投身梵音谷，以此震撼魔女渺落。而白凤九取一半影子投到梵音谷，是为了找到起死回生的频婆果救恩人。于是两人几乎同时进入阿兰若之梦，重历了阿兰若和沉晔的一生。
这一世，二人不停地错过：先是沉晔因闭关修炼二十年，期间阿兰若成了西海皇子的徒弟，将他忘记；接着，沉晔继承神馆长，息泽神君娶了阿兰若，而他也与橘诺定了亲；最后，沉晔杀了相里阙，以为阿兰若可以继位，却没想到让阿兰若背上了弑君之名，锒铛入狱。
沉晔一心爱着阿兰若，一生都在为她兜兜转转，但是，阿兰若却不知道沉晔爱自己，在经历了多次的阴差阳错后，最终遗憾地错过了彼此。
有人说，世界上最遥远的距离是，我站在你的面前，然而你却不知道我爱你。明明靠的那么近，却不知道彼此的心思，最终错过，错过，就是一生。
3.第三世：东华帝君和凤九之间的倒追。
帝君和凤九的大婚在即，帝君却因为姬蘅，没有参加婚礼。凤九伤心欲绝，找姑姑要来忘情药喝了下去，回到青丘，再也不想见到帝君。得知真相的帝君也是肝肠寸断，苦等凤九想起自己的那一天。幸亏最后心灰意冷的凤九经侍者的点拨，感悟到帝君对自己深沉的感情，在感情上更加坚定，于是奔赴战场，与帝君并肩作战，最终正义战胜了邪恶，两个人也是有情人终成眷属。
这三世的追爱，让凤九变得更加成熟和勇敢，让她在爱情里变得强大起来，让她有能力在爱情里可进可退，也懂得了适时的坚守与放弃，她早已不是那个情窦初开的小女孩。
从《三生三世枕上书》的爱情故事中，我们看到：有勇敢追爱，却爱而不得之痛；有明明相爱，却总是错过的遗憾；还有在爱情的相处中，缺乏交流引发的矛盾。白凤九和东华帝君每一世的虐恋，对当下的年轻人的爱情观都有特别深刻的警醒意义。
1.女孩子主动追求爱情没错，但是一旦受伤，也要勇敢面对。
2.爱情需要经营，矛盾需要沟通。
3.爱情中，独立的人格和共同的理想，才会支持两人走到最后。
总结一下，这部剧让我们当代年轻人懂得了，如果遇到了命中注定的那个人，一定要懂得包容和理解，学会沟通和交流。有爱就要学会珍惜，何苦要经历三生三世的折磨？和喜欢的人在一起一生一世足已，不需要三生三世。
