晚清雍正元年，结束血腥的退位政治，新君主(陈建斌饰)继位，国泰民安，政治清明，但在和平的表象下暗流涌动。
尤其后宫，华妃（蒋欣 饰）与皇后（蔡少芬 饰）分庭抗礼，各方势力裹挟其中，凶险异常。在太后（刘雪华 饰）的主持下，一场盛大的选秀拉开帷幕。以 此为机缘，美丽善良的女孩——大理寺少卿甄远道长女甄嬛（孙俪 饰）意外得到雍正的赏识，从此步入皇宫。在皇后和华妃两方势力的夹击下，甄嬛小心周旋，忍辱负重，命悬一线。她不得不用自己的智慧保护自己，又一次次被卷入残酷的宫闱斗争之中……甄嬛
孙俪饰演 孝圣宪皇后钮祜禄氏
爱新觉罗·胤禛
陈建斌饰演 清世宗雍正帝
皇后
蔡少芬饰演 孝敬宪皇后乌拉娜拉氏
华妃
蒋欣饰演 敦肃皇贵妃年氏
爱新觉罗·允礼
李东学饰演 康熙帝十七子、果亲王、果郡王
皇太后
刘雪华饰演 孝恭仁皇后乌雅氏、雍正帝生母
后宫·甄嬛传第41集
曹贵人因告发华妃罪行有功，被晋封为襄嫔。
端妃告知甄嬛后宫如政局，不可凭一己之力改变；另外还需特别防范襄嫔，也就是从前的曹贵人。
秀女大选的年份已到，未免宫中纷扰，皇帝提议推迟选秀；皇后建议不必大肆选秀，只在功臣家眷中选取四名适龄女子入宫即可，皇帝欣然接受。
新进宫的祺贵人之父与甄嬛父亲同在都察院为官，祺贵人便要求与甄嬛同住，借以博得了皇帝的关注。祺贵人在宫中与华妃狭路相逢并受了气，三番五次地向皇帝挑唆。
甄嬛发现自己宫外屡屡受到华妃宫中内监肃喜的窥探，于是设计一举捣毁华妃势力；眉庄在旁相助，推倒火烛，不惜烧伤自己，告诉皇帝是华妃指使他人纵火，欲烧死居于碎玉轩的祺贵人并加害于甄嬛。
后宫·甄嬛传第42集
皇帝最终下旨赐死华妃，华妃却不愿就死。甄嬛来到冷宫，替华妃送行。她亲口告诉华妃，皇帝和太后当年为了防备年氏一族势力过强，便在华妃专用的欢宜香中添加了大量麝香，致使其终身不孕，并导致甄嬛昔日流产的事实。华妃听闻真相后，绝望中撞墙而死。皇帝为示自己对华妃的厚爱，许她以贵妃名位入葬。
曹贵人得风寒无人照看，太医院奉太后密旨在其药物中下了失神之药，致其噩梦连连，不断梦见华妃来冤魂索命，最终惊惧而死，端妃获圣旨抚养温宜公主。
皇帝决定册封甄嬛为妃，陵容在一旁假装贺喜，被皇帝一同册封为嫔。
后宫·甄嬛传第43集
除掉华妃之后，陵容向皇后说起皇帝称甄嬛为“莞莞”一事，皇后感到甄嬛带来的威胁，心生妒意。
皇后唆使祺贵人让其父瓜尔佳鄂敏在前朝挑拨皇帝与甄父甄远道之间的关系。皇帝本性多疑，在皇后的唆使下，察觉到甄嬛爱读政要史书，内心不悦，有意疏远。
册封礼前，甄嬛发现礼服不妥，便草率地穿着内务府送来的替代礼服前往受礼现场。皇后当场指认甄嬛身上的衣服系已故纯元皇后的旧衣，皇帝更是错认甄嬛为纯元；皇帝被揭破秘密，尴尬恼怒，指责甄嬛冒犯纯元皇后，将其囚禁于碎玉轩，非召不得出。甄嬛始知自己原来一直都是纯元皇后的替身，彻底心碎。眉庄冒死奔走于皇后与太后宫中为其求情，但两宫都不愿意出面干预此事。
后宫·甄嬛传第44集
禁足于碎玉轩的甄嬛伤心欲绝，而此时的碎玉轩犹如冷宫一般。众人备受欺凌，甄嬛因病重晕倒。流朱为替甄嬛求医，强闯碎玉轩大门，却遭到侍卫阻拦；流朱救主心切，绝望之下扑向侍卫手中的刀刃，血流不止，侍卫不得已向皇帝报告实情。
皇帝闻讯震怒，斥责侍卫失职，命温实初速救甄嬛和流朱；流朱终因伤势过重死去。
甄嬛醒来后意外发现自己怀孕，为保腹中胎儿平安，请求皇后照顾自己身孕，承担一切后果。皇后不愿答应，太后告诫她不可一错再错，更不许她拿乌拉那拉氏家族的荣华富贵开玩笑。甄嬛得知流朱为救自己而死，悲痛万分。
温实初告诉甄嬛，她所使用的舒痕胶中含有大量不易察觉的麝香，这才是导致她当年小产的根本缘由。甄嬛始知陵容恶毒。
后宫·甄嬛传第45集
眉庄获知甄嬛怀孕却仍被禁足，欲以探望，却因宫规森严而不能前往；她嘱咐温实初要替自己照顾好甄嬛。
大臣瓜尔佳鄂敏继续在皇帝面前谗言、诋毁甄嬛父亲甄远道，皇帝心生戒备，最终下旨将甄远道革职收监，其家眷圈禁府中，甄氏败落。太后为甄嬛腹中的龙子考虑，担心她得知家族之事身体不妥，命孙姑姑传信安抚甄嬛。陵容受皇后旨意，派新来的太监小贵子故意将甄父被大臣鄂敏告发革职入狱的消息告诉甄嬛，甄嬛一惊之下动了胎气。事成之后，陵容暗地里派人把小贵子毒死已绝后患。甄父在狱中被人投毒，生命垂危。
甄嬛带孕求见皇帝，皇帝态度冷淡；甄嬛此刻真正知道原来皇帝此前对自己的万般宠爱只因自己的容貌与纯元相似，一时之间痛心无比，受到刺激早产。
后宫·甄嬛传第46集
甄嬛痛苦中早产下一女，取名胧月，皇帝获知兴奋不已。甄嬛内心对皇帝绝望，自请离宫到甘露寺修行以保胧月平安。甄嬛拜托敬妃收养女儿胧月，替自己抚养女儿长大成人。甄嬛毅然离宫，眉庄、温实初为其送行。
甄嬛迁居甘露寺，法号莫愁，入寺后备受欺凌；皇后趁机安插陵容、祺嫔(原来的祺贵人)等人好生伺候皇帝，在宫中大肆扩张势力。眉庄为甄嬛的离去伤心不已。温实初因其御医的特殊身份，获准往来宫中及甘露寺两地之间，暗中保护甄嬛。
果郡王获知甄嬛出宫修行，赶来甘露寺探访，为甄嬛带来女儿胧月的画像，安慰甄嬛思女之情。甄嬛感激。
后宫·甄嬛传第47集
皇后携敬妃等一干嫔妃赴甘露寺进香，甄嬛躲在立柱后不愿相见。甄嬛看到眉庄时过于激动被祺嫔发现。祺嫔故意踩在甄嬛手上，迫使其因疼痛出声而暴露；甄嬛被迫以狼狈落魄之相出来见皇后等人，皇后得意之下，嘱咐祺嫔告诉寺中主持不必善待甄嬛。
眉庄回宫后求太后庇护甄嬛，并自请入住甄嬛的碎玉轩为其守宫，甘受冷落。敬妃抚养胧月尽心，却因无意间在皇帝面前为甄嬛说情遭到斥责；太后眼见皇帝此举，由女及母，担心甄嬛安危，暗中派遣芳若每月定期探望甄嬛。
甄嬛偶遇果郡王生母舒太妃，二人十分投缘。甄嬛欲撮合浣碧与王爷的侍从阿晋相好，浣碧心中早已爱上果郡王，断然拒绝了甄嬛的好意。
眉庄在宫中备受冷落，唯有温实初悉心照顾；眉庄越发爱慕温实初，却发现此人一心只挂念甄嬛一人。
后宫·甄嬛传第48集
果郡王多次向甄嬛暗表情意，均被回绝。
宫中虽然皇后独大，但皇帝仍旧不时牵挂甄嬛，皇后为此颇为头疼。
甘露寺众尼不容甄嬛等人，被众尼姑于病中赶出寺外。果郡王允礼获悉后带阿晋冒着大雪策马赶来相救，将甄嬛送到清凉台休息，甄嬛被彻底感动。温实初牵挂甄嬛，想尽办法前来照顾，却察觉出果郡王对甄嬛有意。甄嬛病重，允礼舍身相救，自己却染了重病；甄嬛病情稳定后找到允礼，两人的情感刚有一丝靠近时，皇帝带着敬妃、女儿胧月突然来到清凉台探望允礼；甄嬛躲在屏风后看到女儿时百感交集，断然拒绝允礼的一切好意。浣碧殷勤照顾得病的果郡王，表露爱慕之意，甄嬛病好后立即离开果郡王住处。
后宫·甄嬛传第49集
皇帝在铲除年氏一族及其党羽后，开始着手处置年氏同党，自己的舅舅隆科多。隆科多乃是母亲皇太后昔日的旧情人，皇帝始终认为此事让自己颜面无存，决心将其铲除。
太后虽然不同意皇帝的做法，但身为母后，她必须要保护儿子的江山社稷。为了成全儿子，不忍昔日情人被自己的儿子赐死，也为保皇族声誉，亲自密访隆科多，骗其喝下毒酒，亲手毒死爱人，但事后太后因此事伤心不已。
温实初发现甄嬛与果郡王二人相恋，深受打击。太后因隆科多一事病重卧床不起，皇帝却不予探望，只有眉庄天天在太后身边悉心照顾。
后宫·甄嬛传第50集
陵容在宫中少了很多对手，为讨好皇帝使尽浑身解数，导致皇帝纵欲过度高烧不退，太后知晓后大怒。
果郡王入宫侍疾，发现皇帝病中呼唤甄嬛昵称，深受触动，惶恐不安。
皇后发觉陵容已不似从前那么容易掌控，竭力用祺嫔制衡陵容。
允礼、甄嬛二人携手北游，于山中撞见一遭毒蛇咬伤中毒的男子；甄嬛机智救助了该男子，通过男子的言语及手部特征等断定此人擅长拉弓射箭，应该是位准葛尔人。男子仰慕甄嬛的聪明伶俐，对其印象深刻。
皇帝病愈后对后宫旧人失去了兴致，前往圆明园百骏园闲逛时，偶遇驯马女叶澜依，即刻被其桀骜不驯的独特气质所吸引，欲将其带回后宫。
后宫·甄嬛传第51集
凌云峰禅房中，甄嬛终于决定和相爱的果郡王在一起，二人许下终身之约。
皇帝新宠叶氏入宫后即封为答应，此举违背祖制，引起后宫其他众嫔妃的不满。皇后无意间得知齐妃对儿子三阿哥的前途野心勃勃，于是欲除掉齐妃。
皇后暗中点拨齐妃小心皇上新宠叶氏，齐妃明白皇后用意，认为叶氏得宠有孕，必将影响自己儿子的前途。齐妃命太医配好九寒汤送给叶氏服用，叶氏明知有诈，毅然喝下汤药导致腹痛。皇帝得知叶氏从此失去生育能力后震怒，命人彻查究竟。
种种证据指向齐妃，齐妃百口莫辩，只得向皇后哭诉求情，此举正中皇后的圈套，皇后告诉齐妃她已不会赢得皇帝欢心以及“子凭母贵”的道理，齐妃眼见儿子与皇后亲热的情景，深知自己的罪行会连累儿子前途。齐妃托付皇后照顾皇长子弘时，绝望自杀。
后宫·甄嬛传第52集
皇帝及众人以为齐妃系畏罪自杀，死后无封。皇后收养皇长子弘时。
眉庄同情叶氏遭遇前来拜访，得知叶氏根本不爱皇帝，无意得宠。除去了齐妃，皇后在后宫的地位更加牢固，到处是自己的势力。太后看在眼里内心焦急，找来皇后对其进行教诲，岂料皇后如今已是羽翼丰满，言语中不断冲撞太后。
叶氏因九寒汤一事受屈，皇帝晋升其为宁贵人，但叶氏根本不在乎这些称谓。御花园中，叶澜依巧遇果郡王，欣喜不已，并对其吐露心声，说出自己将永念允礼昔日救命之恩，希望来日报答。果郡王让叶氏自己珍重。
果郡王允礼奉皇帝旨意出巡滇藏，与甄嬛相约回来后两人以假死药出逃。眉庄暗地探访甄嬛，告诉甄嬛其父在外一直被果郡王派人暗中保护着；但果郡王刚赴滇藏，甄父便传来病危的消息。
后宫·甄嬛传第53集
甄嬛明白此举应为瓜尔佳氏所为，恨自己不能出力，眉庄劝甄嬛自保为先。
果郡王逾期未归，甄嬛发现自己有了身孕，欣喜之际却从温实初口中得知允礼已惨死他乡的噩耗。甄嬛有孕，求死不得，为保住腹中允礼的孩子，为复仇雪恨，甄嬛决意设计回宫。
槿汐为促成甄嬛回宫，甘愿自我牺牲，入宫找到皇帝身边大太监苏培盛，作其“对食”妻子；苏培盛深受感动，答应助甄嬛一臂之力。
苏培盛以为太后祈福为由，请皇帝入甘露寺进香，皇帝欣然前往。甄嬛费尽心机获得皇帝的注目，加之皇帝本就对其余情未了，两人迅速复合，甄嬛在寺中侍寝。
后宫·甄嬛传第54集
皇帝回宫后，隐瞒与甄嬛私会的消息。不久，甄嬛称自己怀孕；苏培盛请来温实初亲自为其把脉，温实初明白甄嬛回宫复仇的用意，知道相劝也是无果，只能鼎力相助。皇帝得知甄嬛怀孕，意欲接甄嬛回宫。皇后听到甄嬛有孕的消息感到震惊，悔恨自己一时大意，让甄嬛钻了空子。
为防止甄嬛回宫，皇后亲手策划了一系列好戏给别人看：先是进香香柱断裂不止，然后自己佯装失足落水，另一边安插他人候机在太后寿康宫里点火，闹得宫里是非不断。陵容候机在皇帝旁边煽风点火，并请来钦天监正使，以天象不详之名暗示甄嬛怀孕有不祥之兆，皇帝决定暂缓甄嬛回宫一事。
四阿哥弘历汤中被人下了毒，嬷嬷误食后惨死，恰巧让眉庄碰上，把弘历带到太后跟前。
后宫·甄嬛传第55集
太后明白此举必是皇后所为，于是召来皇帝、皇后，以弘历之遭遇点醒皇帝，促成甄嬛回宫一事以平衡后宫势力，皇后几欲阻拦未果。
甄嬛去探望允礼生母舒太妃，告知自己怀了允礼骨肉，设计回宫是为了给允礼报仇。
甄嬛回宫前，皇后得知消息情知无法阻拦，特意怂恿皇帝大兴土木迎接甄嬛回宫，引得前朝言官非议，内外反对。为使甄嬛顺利回宫，皇帝决定为甄嬛改姓钮祜禄氏，封为熹妃，并称其为皇四子弘历的生母，甄嬛这才得以回宫。
果郡王逃出准葛尔生还，回宫拜见皇帝，却被皇帝指派去甘露寺接回新妃。果郡王与甄嬛重逢，大感命运弄人。甄嬛见不能回头，依旧狠心决定回宫。
后宫·甄嬛传第56集
果郡王力求一生保护甄嬛周全。甄嬛于甘露寺洗去从前困苦，由果郡王亲自接回宫中。
甄嬛回宫后极尽荣宠，住进奢侈的“永寿宫”中。四阿哥弘历依附之余更孝顺讨好甄嬛，甄嬛也以生母之份格外疼爱弘历，彼此各取所需。安陵容蓄意讨好，甄嬛不动声色，一一应对。甄嬛偶见叶澜依，感其特立独行，同时知道她身份卑微，被人陷害致不能生育。
皇后见甄嬛与从前大不相同，要除掉她更为困难，便挑拨甄嬛女儿胧月的养母敬妃与甄嬛的关系。
甄嬛母女相聚，胧月因故不认生母，甄嬛大感伤心，深怨皇帝。甄嬛与眉庄闲聊宫中事，才知人事大变。太后传旨召见二人。甄嬛精心设计，言语间承受住了太后的责问，重赢太后欢心。甄嬛在眉庄的陪同下返回宫中，途径储秀宫时，险些从轿中跌落。
后宫·甄嬛传第57集
孕期的甄嬛险些从轿上跌落，眉庄拼死相护；甄嬛发觉所经之路上的六棱石被人换成了长满青苔的鹅卵石，心知遭人算计，却不知到底是储秀宫的祺嫔还是欣贵人所为。甄嬛于是告知皇帝不适，皇帝大怒，命苏培盛彻查此事。
温实初得知眉庄为救甄嬛手腕受伤，赶来救治时无意表露爱意，眉庄欣喜害羞。
祺嫔分外嫉恨甄嬛，和欣贵人一起假意登门拜访；甄嬛无意间发现祺嫔不能怀孕的秘密——她身上戴着的一串麝香珠乃是皇后所赐。
欣贵人向甄嬛示好，依附甄嬛。甄嬛昔日的侍女佩儿被祺嫔毒打，甄嬛将计就计，命佩儿暗查祺嫔和欣贵人。陵容偶遇甄嬛，带着含有麝香的香囊接近甄嬛，意图使其小产，讨好之余不忘挑拨甄嬛与祺嫔的关系。
祺嫔装病邀宠，惹得皇帝不快。甄嬛巧罚祺嫔，赢得太后赞许，在宫中树立了威望。祺嫔有苦难言，暗恨甄嬛。
后宫·甄嬛传第58集
皇帝探望祺嫔，却发现她责打宫女；欣贵人频频暗示，皇帝终于动怒冷落祺嫔，降祺嫔为贵人。
祺贵人到皇后面前诉苦，反被皇后责骂；祺贵人憎恨陵容的讥讽，皇后一党开始内斗。
皇帝命苏培盛请来钦天监副使季惟生观看天象，季惟生以“危月燕冲月”之不祥之兆暗示安陵容的命理不祥，与太后等人相冲，需以静修为宜。皇帝深信不疑，决定远离陵容，并晋升季惟生掌管钦天监正使一职。
太后深感皇帝身边少贤妃，力劝眉庄侍寝。眉庄心中不愿，太后为使事成，令皇帝去看望眉庄，并让孙姑姑拿给眉庄一壶暖情酒，必要时服下。眉庄暗召温实初前来哄其喝下暖情酒，二人相好。
皇帝因星象一事刻意疏远陵容。眉庄告诉温实初自己有了他的孩子，并恳求实初保住自己和孩子的命。
后宫·甄嬛传第59集
眉庄假意丢了镯子偶遇皇帝，重得恩幸。眉庄屡被宠幸，一朝声称有孕，太后大喜。眉庄有孕后身份尊贵，陵容为赢取太后好感百般讨好眉庄，更意图通过眉庄接近皇帝；眉庄假意见她，过后便称不适，众人更以为陵容不祥。
皇后见甄嬛临产、眉庄有孕，自己更势单力薄，索性假称头风发作，对后宫诸事不闻不问。
敬妃因过于疼爱胧月，对甄嬛回宫后亲近胧月的举动心存妒忌。皇帝为使甄嬛开怀，一意孤行令胧月回到甄嬛身边，反而使胧月更加不愿接近生母，敬妃疼惜不已，为留住胧月在身边，只得向皇后求助。皇后看中敬妃心思，趁机挑拨离间。
苏培盛与槿汐“对食”之事被敬妃揭发，二人被重责罚入慎刑司受苦。甄嬛力保二人未果，不便出面再求，只得请端妃出面相助，救出槿汐。
后宫·甄嬛传第60集
温实初发觉甄嬛所怀乃双生子，认为其腹大之事已可掩饰过去。甄嬛请求皇帝先不要说出双生子之事。甄嬛腹大逾于常人，后宫流言顿起，皇后借他人之口暗示皇帝甄嬛腹中胎儿来历不明，但甄嬛早已料到皇后这一手，皇帝未与理睬，反而斥责了皇后。甄嬛则借机分清敌我，借皇帝之手大肆铲除异己。槿汐因被揭破与苏培盛之事大受打击，甄嬛极力劝解，槿汐终于振作。
中秋家宴即将到来，甄嬛得知果郡王即将从盛京归来，悲喜难言。中秋宴席上，浣碧打扮得格外夺目，以期得到果郡王注目。甄嬛身体不适，提出去外面走走，与果郡王私下相见，甄嬛故意态度冷淡。叶澜依尾随在后，暗中听到二人对话，认为是甄嬛辜负了果郡王，因而憎恨甄嬛。
回宫路上甄嬛被叶澜依暗算，以猫扑向其肚腹。甄嬛受惊吓难产，艰难之下痛苦诞下龙凤胎。皇帝喜获一双儿女，即刻下旨：永寿宫熹妃(甄嬛)晋熹贵妃，于皇子满月之日同册嘉礼；熹贵妃出月后赐协理六宫之权。皇帝为龙子赐名弘曕，公主赐名灵犀。
