蛋白质数据银行(Protein Data Bank,简称PDB)是全球最大的蛋白质和大分子结构数据库。自1971年建立以来,PDB已经成为生物大分子结构研究的宝库,为生物学、生物制药、材料科学和医药研究领域等带来了重要的贡献。
PDB数据库的作用加入PDB数据库的分子结构文件包含了生物结构的许多重要领域,包括蛋白质、核酸、碳水化合物和核酸蛋白配对等。PDB还收录了大量药物、酶和毒素的结构信息,这些信息对于药物的研发和毒理学的研究都是非常重要的。此外,PDB数据库中的结构数据可以用于生物信息学和计算生物学的实验。
除了以上提到的作用,PDB数据库还有其它的应用,如:
帮助科学家更深入了解蛋白质的折叠机制和结构特点;
作为药物发现过程中重要的一步,为药物研发人员提供依据;
促进学术界和工业界之间的信息共享,推动科学成果与实际应用之间的桥梁。
PDB数据库的发展历程1971年,PDB数据库成立,此时数据库中仅有7个输入文件。此后,PDB数据库的规模增长迅速,1974年发表了首个蛋白质3D结构的数据文章。1994年,PDB与日本化学文摘社(CCP4)合作建设了PDB的欧洲分部。1998年,PDB的United States Department of Energy分部获得IBM提供的AS/400计算机设备计算和存储数据。2003年,PDB数据库与国际原子能机构的结构数据库BIRD合并,在一起运营并吸引其他数据库加入。2006年,PDB新增了红藻、蓝藻和绿藻的基因组管理工具。2008年,PDB数据库补充了分子动力学模拟数据,这样科学家们可以查看分子在时间内的多个快照。今天,PDB数据库是全球最大的蛋白质和大分子结构数据库之一,全球研究机构和科学家都可以在网站上免费查询、浏览和下载PDB数据。
总结PDB数据库是全球最大的蛋白质和大分子结构数据库之一,为生物学、生物制药、材料科学和医药研究领域等带来了重要的贡献。加入PDB数据库中的结构数据对于药物的研发和毒理学的研究都是非常重要的,并且还可以帮助科学家更深入了解蛋白质的折叠机制和结构特点。从PDB数据库的历史中可以看出,这个数据库已经成为生物大分子结构研究的宝库,并将以这个发展趋势继续发展。