2017年，我国对现有的军事院校进行了调整改革，调整改革后我多的军队院校共计43所，其中军委直属院校2所，军兵种院校35所，武警部队院校6所。
在军改后的43所军事院校中，有3所军校坐落于南京市。
1.陆军指挥学院
- 中国人民解放军陆军指挥学院，是直属解放军陆军的一所中级指挥院校，担负着全军指挥军官中级培训和研究生培养的任务。
- 学院诞生于1938年11月26日，其前身为彭雪枫领导的新四军游击支队随营学校，历经抗大第四分校、雪枫军政大学、华东雪枫大学、华东军政大学、第三高级步兵学院、总高级步兵学校、南京高级步兵学校、陆军指挥学院、南京陆军指挥学院等发展时期。
- 学院共拥有5个军事学博士学位授权一级学科（战略学、战术学、军队指挥学、军队政治工作学、军事训练学），8个军事学硕士学位授权一级学科（军事思想及军事历史、战略学、战役学、战术学、军队指挥学、军事管理学、军队政治工作学、军事训练学），2个军事硕士专业学位授权领域。合同战术学被列为国家级重点学科。设有4个博士后科研流动站（战略学、战术学、军队指挥学、军队政治工作学）。
2.陆军工程大学
- 陆军工程大学，2017年以解放军理工大学、军械工程学院主体和重庆通信学院、工程兵学院、武汉军械士官学校为基础调整组建，是我军人才培养与科学研究并重、工程技术与作战指挥融合的综合性工程大学。
- 大学各组建单位办学历史可分别追溯至上世纪30至50年代在江西宁都创办的红军无线电训练班、在黑龙江哈尔滨创设的“哈军工”工兵工程系、在山东诸城创建的“军械干部训练队”、在江苏南京创立的“二野军大”和在吉林通化创始的东北民主联军工兵学校。
- 陆军工程大学以陆军通信兵、工程兵、军械装备等领域为基础，辐射陆军工程保障和新型作战力量全领域；以本科高等教育、研究生教育、士官职业技术教育、外军留学生教育为主要培训类型，主要承担陆军通信兵、工程兵、无人机、武器装备保障（步兵、炮兵、防空兵等领域）和部分新兴专业军官培养，以及陆航飞行员、航空机务生长军官本科基础教育等任务。
- 现有国家重点学科6个、军队重点学科7个、省级重点学科12个，拥有14个博士后科研流动站、11个一级学科博士学位授权点、2个二级学科博士学位授权点、19个一级学科硕士学位授权点、4个二级学科硕士学位授权点，以及15个专业学位硕士授权点。多个学科在国家第四轮学科评估中位居全国前列，信息与通信工程、土木工程评估结果为A类;工程学、计算机科学跻身ESI全球前1%顶尖学科排行榜。
3.海军指挥学院
- 海军指挥学院是海军最高学府，主要担负培养海军中高级指挥干部、海军军以上机关参谋及军事学硕士、士研究生的任务。
- 学院的前身是刘伯承元帅任院长的中国人民解放军军事学院海军系，创立于1952年5月16日1957年10月8日，海军系扩建为海军军事学院。1960年10月1日，学院改称为海军学院。1973年，中央军委决定在原海军学院院址组建海军军政干部学校。1978年1月，海军军政干部学校恢复为海军学院。1986年6月9日，改称海军指挥学院至今。
- 1986年开辟了研究生教育，1990年被批准为全国首批军事学硕士学位授予权单位，设置并获得授权点的专业有：军事思想、军事历史、海军战略学、海军战役学、海军合同战术学、海军作战指挥和海军后勤组织指挥。其中海军战役学、海军合同战术学是全军重点建设学科。