医学乃章氏家学，“太炎先生正是从家庭熏陶，到逐渐自好，从莫能辩其条理，到反复勤求实践，从医国，到医人。从整个传统文化入手，到抉取西方科学义理，从而溶汇中外，左右采获，终于见医经之本。在医学研究道路上迈出了坚实的步伐。”
细读章太炎晚年一系列医事论著，可以发现，他在给章次公的信中评价惠汤本氏的《皇汉医学》时，提出的“融会中西，更造新医”之语，给我们提供了解读其晚年医事活动的钥匙。
循着这一总的思路，我们可以明确地看到，章太炎晚年之所以把很多精力花在医事论著上，就是要通过表达对中西医论争的意见，阐明中国医学在世界各种医学体系中立足之“极”，来表达自己对中国文化的信心，并勾画中国文化在西方文化冲击下的自处之道。
为此，他一反当时流行于医界的所谓“世世进化”的中国医学史图景，从“学”的层面，立足于中国医学自身发展源流来叙述中国医学自我发展的道路，同时批评中西不两立的医学发展思维，从“术”的层面积极寻找中国医学与西方医学并立发展、互相融会的空间。
此外，还在众说纷纭的中西医论争中，眼光独到的拈出“疗效”标准，果断地为中西医的比较找到了统一的“硬道理”，也巧妙地为中西医的并存互惠找到了可能。
章氏如此建构中国医学史，其意图是要通过把仲景以及《伤寒论》树立为中国医学史上的高峰，批驳当时渐渐在中医学界萌生的所谓中医在历朝历代“世世进化”的直线进化观，提出中国医学自有其不同于西方医学的发展道路。既然如此，在中医存亡发展问题上，就应该抱定以我为主的立场，从中国医学自身发展源流与模式考虑问题，而不必斤斤计较于中西医的长短之争。为此，章太炎呼吁对中国医学进行全盘梳理，摸清自己的家底，站稳自己的脚跟。
到了晚年,他对于中西医学的基本观点则是,“中医之胜于西医者，大抵伤寒为独甚，温病热病本在五种伤寒之中。其治之则各有法,而非叶天士辈,专务甘寒者所能废也。脏腑锢病,则西医愈于中医,以其察识明白,非若中医之悬揣也。固有西医所不能治而中医能治之者,仆尝于肺病、里水二证,实验其然。”
纵观中华民族之文化，其历史之悠久，内容之广博，积淀之深厚，成就之辉煌，较之世界诸国，极为鲜见！而属于中国文化一部分的中医，无疑是中华文化太空中最耀眼的一颗明星！
中医至少有四五千年的历史，是聪明勤劳的中国人民经过一代代与疾病的反复斗争中形成的一种养生治病的独特文化，这种文化至东汉末年达到了高峰，其杰出代表人物当属建安三神医：华元化、董君异、张仲景！前二人医著均未传世，惟有张仲景先生的《伤寒杂病论》，虽历经战乱，最终得以保全，广为流传，仲景也因此获得了医圣的盛名而流芳百世、傲视千古！明代伤寒学家方有执先生说：“昔人论医，谓前乎仲景有法无方，后乎仲景有方无论，惟仲景此书，方法具备！”当代经方大师胡希恕先生说：“《伤寒论》吸收前人经验，又据作者多年临床所得，总结出了疾病发生变化的一般规律，并据此规律制定了一系列治疗疾病的通治方法与方剂！实非别书之可比！”国学大师、著名中医学家章太炎先生也赞扬道：“中医之胜于西医者，大抵以《伤寒论》为独甚！”甚至日本经方家大冢敬节先生亦赞叹道：“《伤寒论》是世界上最高的论述治疗学的古典医著！”足见仲景之书为中医的巅峰之作，其地位可谓前不见古人，后不见来者！
一种文化的存在必然要经历产生、发展、完善、辉煌四个阶段，且进入辉煌阶段便是达到了巅峰，物极必反，必然又会走向衰落，并很难再出现第二个高峰。譬如，中国的诗歌，源于春秋时期孔子整理的民间歌谣《诗经》，至屈原、宋玉有所发展，到曹植、陶渊明、谢灵运等人逐渐完善，至唐朝李白、杜甫、白居易诸人达到巅峰，此时经典诗歌如雨后春笋般层出不穷，诗人骚客遍及大江南北！唐朝之后，虽不乏诗人名士，但终未有胜及李、杜二人者。所以诗必唐朝！再如小说，起于魏晋南北朝的笔记小说（如《世说新语》），至唐宋分别出现爱情传奇（如《莺莺传》、《李娃传》等）、话本小说（如《错斩崔宁》、《碾玉观音》）而进一步发展，到明朝罗贯中、吴承恩、冯梦龙等人已臻完善，至清代曹雪芹的《红楼梦》的问世，标志着中国小说达到了最高峰，至今鲜有作品能出其右者！正如张爱玲女士所言：“中国的小说，起了个大早，赶了个晚集！”
中医亦不例外，仲景之后诸多医家，虽纷纷著书立言，且大多创立自己独特的诊病疗疾、组方遣药的理论体系，如刘完素的寒凉派、朱丹溪的滋阴说、叶天士、吴鞠通等人的温病学说，及近世郑钦安、吴佩衡等人的火神派等等，但大都未能摆脱仲景之学的影响与启发，其成就更远不及仲圣，否则医圣之美称将有他们取而代之，哪里还轮到仲景呢？正如当代名医、经方临床大家岳美中先生说：“法崇仲圣思常沛，医学长沙自有真！”就是当下，仲景理论及其方药对临床仍有巨大意义，依然被许多中医所津津乐道，叹为观止！因此，学生以为，我们切不可妄谈创新，否则无异于揠苗助长，等到禾枯苗干时，悔却晚矣！其实我们能够保住先圣的临床精髓已属艰难，又何谈创新超越！？正如当代善写诗歌之人，无论其多么出类拔萃，又怎能与李白、杜甫比肩较量呢？当然，如果有人临床功力已臻化境，且能创造出比《伤寒杂病论》更卓越的作品来，那我们便具备创新发展的资格了，那么中医发展的第二个高峰已为时不远，真希望有这么一天！
