李沧东在《密阳》中，没有将其最为擅长的、前作《薄荷糖》与《绿洲》共同的主题——现代社会对于主体的异化——一以贯之延续下来加以探讨，反将关注点转向宗教信仰问题。实际上这个问题李沧东在《绿洲》中曾做过初步的探讨，但它在那部影片中似乎不构成问题：薛景求用疯癫与反道德来隔绝宗教的净化与救赎，结局就是以失败者的姿态取得了胜利。宗教对于一个已经彻底游离于（或者说超脱于）主流社会之外、又再没有什么可以失去的边缘人物来说，不会起到任何的救赎效果，宗教的沟通技术对于“疯子”来说没有作用。
在《绿洲》中信仰问题只能作为一个增强影片复杂度与现实感的点缀，无法被扩大开来。若是要将这个问题扩大开来谈，那需要构造崭新的人物与剧情，我想《密阳》就是这样诞生的。李沧东用一个“正常人”，用一个接连失去丈夫与儿子的女人，来深入去讨论宗教信仰的问题。或者更确切说应该是，用一个女子对宗教“质疑—接受—反对”这一整个过程，试图去说明这样一件事情：基督教的信仰无法被功利性地用于解决个体在世的实际痛楚。
与李沧东前两部作品一样，这部电影有一个爱情的明线。但与前两者不同的是，这个明线与影片所探讨的主题不存在有类似内容与本质的那种关联。在《薄荷糖》中，薛景求由真爱的破灭走向生命的毁灭的过程是一个现实社会令至个体纯真个性一步步发生“无意识畸变”的过程；在《绿洲》中，薛景求与文素利的畸形爱恋映照用精神疾病（薛）与身体疾病（文）的结合反抗功利社会的纯粹的爱恋的主题；而《密阳》中的爱情，它能否被称为爱情这件事本身都值得商榷，存在的只不过是一种单向的追求关系（宋康浩对于全度妍），且非常具有现实色彩。爱情不再成为导演用来批判现代社会的故事表象，而是与全度妍的失子之痛一起，成为宗教的信仰与救赎问题的故事表象。
全度妍不会像《绿洲》中的薛景求一样对宗教望都不望一眼，因为对于薛景求来说，宗教信仰是阻碍他走向幸福的一个障碍，必然不能去理会它；而对全度妍来说，宗教信仰是她摆脱失子之痛的一根救命稻草，需要紧紧抓住。可以看到的是在影片中，基督教只是全度妍的一剂精神上的止痛药。实际上，全度妍对上帝的信仰带有很强的功利性，她的上帝是一个自我的上帝，而非他者的上帝；是一个私人的上帝，而非博爱的上帝。她试图对于儿子的杀人凶手的救赎，可以被看作是一种通过救赎他者而进行的自我救赎，而非以上帝信仰传达者身份所进行的对于世人的救赎活动。当她的这种救赎的权力被上帝所夺走，由杀人凶手的面部平静的表情与言语所体现出来之时，她对基督教的这种表面上的信仰便露出了真面目，信仰必然要以彻底的失败而告终。“在我还没有原谅他之前，上帝怎么就可以原谅了他呢？”在这里，上帝仍然处在全度妍之下的地位。
可以看出李沧东在影片中反对的倒不是真正的宗教的信仰与救赎问题，而是那些借着宗教的信仰与救赎，来进行自我麻痹与自我欺骗的行为。全度妍在影片的后半段对这种带有虚假成分的宗教信仰发起了攻击，这种攻击以破坏社会秩序与自我虐待的方式交替进行：用大拍桌子的方式打破教堂的宁静，用“都是假的，笑是假的，爱情是假的”的歌曲揶揄众人以上帝名义进行的自我催眠，用身体的诱惑揭下牧师伪善的嘴脸。
没有看错的话全度妍最后是从精神病院中走出来的，这里又可以清楚地看到《绿洲》与《薄荷糖》的某些蛛丝马迹，一个“不正常的人”的形象：他是《薄荷糖》早期那个多愁善感的未能“入世”的小青年薛景求；是《绿洲》中那个没有能够适应社会规范的“疯子”薛景求；而在《密阳》中，是那个与有着所谓“宗教信仰”的基督教小众群体的“大众”由接受走向反抗的全度妍。
至于宋康浩对于全度妍的不懈的追求，可以把他看成为一个接近不惑的单身老男人的最后的壮举，可以看作是粗鄙草根对于破碎美玉的向往。宋康浩的这种追求没有因为全度妍对其数次的拒绝而停止，反而是，愈挫愈勇，从一而终，矢志不渝。在影片的最后一幕，宋康浩拿起镜子，帮全度妍观看镜中的自己以便修剪头发，镜头慢慢向左侧移动，转向地上一道阴暗的阳光，李沧东是不是想用这个结尾告诉我们：原来阳光之所以是秘密的，并不是由于里面藏有上帝的身影，而是由于其光芒的微弱，它就像宋康浩口中的密阳这个地方一样，平平常常，没有特别的地方。正因为是过于平常的，所以反而是隐秘不为人所注意的。那种隐秘、卑贱而又微弱的希望之光。