一.角色基础设定
所有的角色，每个人可选的颜色高达12之多，而选择的方式分别是"A、B、C、D、E+A、E+B、E+C、E+D、START+A、START+B、START+C、START+D"。
游戏共登场38名可选择角色，其中33名角色以3人一组的形式组成了11支队伍
主人公队：阿修·克里门 森奥斯瓦尔德 神武
饿狼队：特瑞·博加德 金 达克·金
竞争对手队：伊丽莎白·布兰克托什 堕珑 二阶堂红丸
怒队： 拉尔夫 克拉克 薇普
K'队：K' 马克西马 库拉·戴雅萌多
京&庵队：草薙京 八神庵 矢吹真吾
反极限流队： 马琳 藤堂香澄 如月影二
龙虎队： 坂崎 良坂崎百合 琼
饿狼MOW队： B·珍妮特 狮鹫假面 牙刀
超能力战士队： 麻宫雅典娜 椎拳崇 桃子
特工队： 凡妮莎 布鲁·玛丽 拉蒙
EX角色： 阿迪尔海德·伯恩斯坦 天童凯 翔·疾风 银 邪头
CPU专用角色： 紫苑 祸忌
PS2追加角色： 不知火舞 罗伯特·加西亚 糖胡芦 双叶萤 EX京 比格先生 吉斯·霍华德
阿迪尔海德、天童凯、翔·疾风、银、邪头作为隐藏角色，需要达成相应条件方可选择。
乱入人物条件：前3战结束后，根据前3战的总体表现，决定玩家在第四战会遭遇乱入对手。
隐藏角色
二.场景地图
除了BOSS以及乱入角色，大部分场景舞台采用了基于真实地点进行改编的区域。每一个场景的地点、环境各不相同现。
街机模式中，玩家在选择角色队伍后将随机进行场景分配，而在练习模式与对战模式可进行背景的切换与选择。
场地不可破坏，无其他可交互的场景要素存在。
三.战斗系统
《拳皇XI》仍旧采用了三名角色组队的形式，然而不同于往期三局两胜的形式，改而采用一回合决胜负的方式。但在对战中，随时可交换角色。
地面的可行动状态下输入“A+C”可交换出体力槽靠近角色头像的角色，“B+D”则是体力槽靠近时间框的角色。
地面的特定攻击或技能中可消耗一个技术点进行快速交换（QUICK SHIFT），被交换出的队友需输入指令才会攻击。
地面受创状态中可消耗两个技术点进行救援交换（SAVING SHIFT），被交换出的队友会自动攻击对手。
防御中可消耗两个技术点进行防御取消交换（GUARD CANCEL SHIFT），被交换出的队友在落地前不会作出任何动作亦不会接受指令。