【砂原篇】
你闭关数年，再回到世间却发现人间已是沧海桑田。张小凡告诉你，这几年中爆发了正魔大战，名为四灵血阵的妖邪阵法现世，不少青云弟子和鬼王弟子都因此阵狂化力竭而亡。所幸小凡以诛仙剑阵破除，危机暂时解除，而这一切都与三百年前诛仙会盟一战中伏龙鼎被鬼王所夺有关。眼下天界已步步紧逼，人间也找到了能与天界一战的方法，天时地利人和，正是发起第二次诛仙会盟的好时机。
要获得更强大的力量须得寻到天书完本，辅以鲲神的巨量灵气加强修为。张小凡决定和你一同前往砂原寻找天书完本。只是刚到砂原，你们便被卷入了逐日城和砂匪的争斗之中……
【龙原篇】
从砂原有惊无险地拿到天书后，张小凡便独自闭关参悟。
游历了一段时间后，曾书书找到你，他告诉你雪琪一行人在百灵族人的带领下，已经前往龙原寻找唤醒鲲神的“钥匙”——希声笛。只是数月过去，这些会盟精英音讯全无。
你与曾书书、李洵一同前往龙原寻找雪琪的踪迹，未曾想到，看起来温文尔雅，热心帮助你们的南部妖兽，竟然是以人类灵气为食，陷害雪琪的罪魁祸首。幸得师父空青子和北部妖兽的帮助，你救出了他们。
也是在北部妖兽的帮助下，你与师父一同寻到了希声笛的下落。
师父为执行会盟的秘密任务，带走了希声笛。但是师姐却突然现身，她告诉你，师父早已背叛了人间，成为了天界的走狗……
【西荒篇】
龙原一别已是数月，空青子自那日起便没了踪迹，会盟内部也因江妤的一番话逐渐流传起了风言风语，皆是对空青子的质疑之声，只是真相如何也只能等空青子回来再作判断。
一波未平一波又起，河阳出现了一些受到阴气侵袭的病人，吃了各路药材也不见好转，你为此前去寻求巫族的援助。
在白羊巫师的指引下，众人来到了西荒，在此处遇到了同样被阴气侵袭的燕虹和程枫儿。经历一番救治燕虹才得以恢复神智，而程枫儿阴气入体至深，须即刻回到焚香谷调养。与燕虹二人告别后，你正欲采集治疗阴气的草药以备不时之需，却与此地的羬巫发生冲突，被带到栖灵谷决断。两边争执不休，羬巫长老决议前往祝融神殿，由此地的“仙师”主持公道。
可这位“仙师”不是别人，正是消失数月的空青子！而这祝融神殿也正是西荒阴气泄露的源头，空青子、羬族、祝融神殿...他们到底有着怎样的联系？这里又藏着怎样的秘密？
【南土篇】
师父、师姐、吟风岛.....曾经那些温馨快乐的回忆，一夜之间，化为泡影。本以为师父空青子现身，一切终于能真相大白，谣言不攻自破，可没想到师父终究是背叛了人间。而师叔林虚行更是以命相阻化作了云阳珠中的一缕灵体。
西荒一役，你身受重伤。在师姐江妤的安排下你前往南土疗伤。南土此地水草萋萋，暖风和煦，但这里生活的人们却有着一种诡异的祥和。亲友离世的第二天又会出现新的“亲友”，大家好像在按照某种既定的模式活着，空有血肉没有魂灵。你正奇怪时，师姐将一切的真相娓娓道来，原来把南土变成如今模样的罪魁祸首，正是师父空青子！而引发南土人们异变的，竟然是四灵阵……