现在网络上各种宝可梦（神奇宝贝）的山寨手游，有的只是借用了神奇宝贝的名字，实质上只是卡牌游戏套了个壳而已，有些为了规避版权风险，把神奇宝贝改了奇怪的名字，在原有的造型上加了各种进化形态、特殊形态，但这些都不被官方承认的，其实有三只名为黑暗神奇宝贝的系列，是出自于神奇宝贝官方其他系列游戏中的，它们虽然没有在本篇中登场，但是被承认的！
第一只是黑暗超梦，出自口袋铁拳的游戏中，在设定中超梦为了拯救少女，被黑暗共鸣石附身，于是变成了这样一副全身通体黑色的造型，只有尾巴和肩膀等很少的地方有着金色的配色，给人一种看着就感觉很可怕的样子。实际上超梦本来的造型设计就让人有点毛骨悚然的感觉，当时的设计理念就来自于克隆生物、外星人等等，只不过我们现在看超梦已经看习惯了，如今再看就感觉没什么了，反而还会觉得很帅。
黑暗超梦在口袋铁拳中的表现非常不错，深受粉丝玩家的喜爱，而且因为这是一个格斗游戏，黑暗超梦在游戏中的招式也都非常华丽。毕竟这种不在本篇中登场的特殊形态在设计和表现上肯定是要考虑再三的，总体来说黑暗超梦被设计得真的相当不错了。
第二只是黑暗洛奇亚，出自游戏《宝可梦XD 暗之旋风 黑暗洛奇亚》，游戏标题挺长，从标题就可以看出来，这款游戏主打的就是黑暗洛奇亚这只精灵的噱头。设定上是说洛奇亚被阴影队捕捉到了，他们将其封闭了心灵，于是洛奇亚就变成通体黑色的样子，最后是玩家控制的主角把洛奇亚救了出来并将其净化。
第三只是黑暗帝牙卢卡，出自于《时/暗/空之探险队》系列，是游戏中的反派角色，从外表上看上去，黑暗帝牙卢卡的造型和原本的样子其实是一样的，只是在身子上原本的淡蓝色纹路变成了橙色的纹路，故事中讲的是因为时间停滞导致帝牙卢卡失去了理智，于是变成了黑暗形态，为了保护自己而暴走。
实际上黑暗帝牙卢卡在动画《宝可梦不可思议的迷宫 空之探险队 围绕时间与黑暗最后的冒险》这部特别篇动画中邓昌国，该动画是为了纪念空之探险队的发售。这三只黑暗神兽都给它们赋予了更多的神秘色彩，算是神奇宝贝的一种特殊形态，希望神奇宝贝tv动画中有朝一日也会有类似的黑暗设定。