生活在繁华大都市的一家三口，父亲是一名能力出众的设计师，母亲是一名优秀的导游，家里最不让人省心就是正上小学的儿子苏明淡（小名：蛋蛋），蛋蛋一直成绩不好，马上将要面临上初中，全家人都在为一套学区房揪心，因为一套好的学区房代表能上一所好的中学，能上好的中学就意味着一只脚成功的迈入好的大学。可昂贵的房价让他们望而却步，而蛋蛋的成绩更让他们欲哭无泪；除了大声责骂外，儿子更像是扶不起的阿斗。蛋蛋自己的愿望却是想做他爸爸的爸爸，也就是让他爹给他当一回儿子。一天，蛋蛋从同学小美的手里得到一颗愿望种子，那是一颗能够成功许愿的神奇种子。在妈妈出差的当天晚上，夜幕降临后，蛋蛋在花盆里埋下许愿种子-许下他想当爹的愿望，然后就去睡觉，晚上，种子奇迹般的悄悄发了芽。
第二天早上，蛋蛋和爸爸真的互换了灵魂，儿子成了爸爸，爸爸成了儿子。爸爸吓傻了，可蛋蛋心里别提多高兴，父子商量后，只能用现有的身份去应对了，爸爸去上学，儿子去上班，嘀笑皆非的故事就这么开始了，爸爸用社会人的方式去面对考试，用镜子、扔纸条作弊、买矿泉水贿赂老师、在老师面前装大尾巴狼等等，成绩从倒数第十降到倒数第一；蛋蛋替老爸去上班，一门心思全盯在公司的加班休闲食品上，而且他对爸爸的工作也一无所知，爸爸的设计方案演示流产了，公司老板大怒之下解雇了蛋蛋，蛋蛋却很高兴，他拿着爸爸的当月补偿工资，去游乐场大玩一场，去餐馆大吃一顿...，这些事情，都是爸爸以前答应他的没有落实的。
妈妈回来后，发现蛋蛋的成绩更差、买学区房时爸爸的社保已经断供了、结婚照也被摔坏了....，妈妈迁怒于爸爸，可父子俩异口同声说父子互换身体的事，让妈妈怀疑是爸爸和蛋蛋串通的谎言，妈妈伤心的离开了家，要蛋蛋做出选择，蛋蛋只能选择陪爸爸，其实是陪儿子，因为等同“弱智”的爸爸（蛋蛋）,现在更需要照顾。用蛋蛋身份的爸爸决定用他的高智商好好学习，争取不用买学区房来进好中学，用爸爸身份的蛋蛋则用爸爸的大学毕业证重新找工作，在后续的故事里，蛋蛋终于明白到在如今这个社会，没有知识真的是寸步难行；爸爸也明白到，孩子其实有自己的爱好和专长，也需要尊重，而且承诺小孩的事一定要言而有信。最后在许愿种子的帮助下，爸爸和儿子又换回来，父子俩在身份互换期间都深刻感受到对方的不易，获得了一次最好的成长教育。
父母为什么要对孩子严厉？其实是因为父母希望孩子在成长过程中少走一些弯路，少犯他们曾经犯过的错。可事实上，父母说得越多，孩子听进去越少，父母越强调、孩子越忽视，父母越压迫、孩子越反抗。听话的孩子不靠父母，可这些孩子自己却能难遇上，听话的孩子一般都是别人家的孩子。像《父子变形记》的蛋蛋和爸爸，能够通过互换身体从而达到相互理解、相互认可 、相互信任，这只能说明艺术来源生活而高于生活；有时候我在想，要是我能跟儿子互换一下也行，让这小子理解一下当爹的不易，可惜，世上没有这种神奇的种子呀！
父母的焦虑来源于生活，孩子的压力来源于父母，正确引导孩子学习，如何发挥他们的潜在天赋和专长，光用分数和奖状是评判不出来的。多一些深入理解和尊重，平等对待、信任互助，在孩子的成长路上做盏明灯指路，而不是拔苗助长、唯分是举等，这样会不会对孩子的一生更有帮助、更有裨益，这可能是我们这一代父母要思考的问题和做出的选择。
