九寨沟的水之所以是蓝色的，主要是因为瑞利散射效应的缘故。九寨沟的湖水是蓝绿色的，说明会中中短波长的散射大于长波长，而之所以在九寨沟湖水中表现的尤为突出，是因为九寨沟的植物郁闭度高、水循环条件顺畅等原因，这样湖水就会极为洁净透明。
气候
九寨沟海拔约3000米，属高原湿润气候。九寨沟春天气温较低变化较大，平均气温多在9-18℃之间，4月天气前有冻土及残雪；九寨夏天气温回升较快且稳定。平均气温在19-22℃，夜晚较凉宜备薄毛衣；秋天天高气爽气候宜人，气温多在7-18℃，昼夜温差较大，特别是10月后的深秋。10月下旬后有冻土出现；冬季较寒冷、气温多在0℃左右。中心地带的诺日朗，年均温7.3℃。九寨沟降雨少（年降雨量不足600mm）而集中，7-8月是典型的雨季。
九寨沟自然保护区地势南高北低，山谷深切，高差悬殊，区北缘九寨沟口海拔仅2000米，中部峰岭均在4000米以上，南缘达4500米以上，主沟长30多公里。峰顶和两侧山峰基本终年积雪。
九寨沟地处青藏高原向四川盆地过渡地带，地质背景复杂，碳酸盐分布广泛，褶皱断裂发育，新构造运动强烈，地壳抬升幅度大，多种营力交错复合，造就了多种多样的地貌，发育了大规模喀斯特作用的钙华沉积，以植物喀斯特钙华沉积为主导，形成九寨沟艳丽典雅的群湖，奔泻湍急的溪流，飞珠溅玉的瀑群，古穆幽深的林莽，连绵起伏的雪峰。