第556―558集，冲矢昴登场，真实身份FBI搜查官赤井秀一；公寓火灾后冲矢昴被柯南安排住进工藤家，暗中保护灰原哀。
第562―563集，怪盗基德瞬间移动的魔术。
第570―574集，死罗神事件，柯南第三次恢复身体。
第588―589集，怪盗基德VS最强金库。
第593―594集，鱼儿消失的一角岩事件，冲矢昴开始展示推理能力。
第609―611集，诸伏高明 大和敢助等长野县警官登场。
第614―615集，银行抢劫案；伤疤赤井秀一登场，引起朱蒂注意。
第629―632集，目标篇；伤疤赤井秀一再次登场，实际上是波本假扮，行动试探FBI探员。引起琴酒的注意，准备枪杀水无怜奈和狙击伤疤赤井，被贝尔摩德解释清楚。
第634—636集，白鸟警官与小林老师的恋爱剧情。
第638集，怪盗基德VS四神侦探团。
第667―672集，伦敦篇；柯南第四次恢复，在英国伦敦遇到案件，自称“福尔摩斯的弟子”，并在大本钟下向小兰表白；世良真纯和玛丽前往日本寻找柯南。
第673—674集，灰原哀感受到冲矢昴的组织气息。
第678―679集，怪盗基德的龙马宝物攻防战。
第697―698集，世良真纯登场，转入帝丹高中。
第702―707集，毒恨篇；世良真纯打听工藤新一的事引起柯南注意，将消息告诉服部平次。FBI安德烈卡迈尔见到世良真纯感觉她很像某个人。
第708―709 集，冲矢昴窃听柯南和阿笠博士，得知柯南的真实身份。
第719—720集安室透登场，组织代号：波本； 拜毛利小五郎为师，在侦探所隔壁咖啡厅打工。
第722―726集，夜想篇；安室透和世良真纯 冲矢昴救下柯南，获取小五郎信任。小五郎将电脑密码5563告诉安室透。
第727—728集，灰原哀怀疑冲矢昴是诸星大。
第733—735集，安室透与高木警官已去世的师父伊达航有关系。
第751―752集，灰原哀第二次恢复身体，引起安室透和冲矢昴注意。
第753—756集，列车篇；有希子和贝尔摩德见面，琴酒和伏特加准备炸掉车站，冲矢昴救下世良真纯和灰原哀，安室透身份揭晓，怪盗基德救场，雪莉被报告死亡。
第757—758集，安室透依旧在隔壁咖啡厅打工，并看见了柯南使用麻醉针。从此，安室透开始怀疑柯南身份和“沉睡的小五郎”。
第774―775集，安室透开始展示高超的推理能力。
第776―777集，怪盗基德盗窃赤面人鱼。
第779—780集，小兰回忆自己似乎在以前见过世良，看见世良的背影总是能想起波浪。
第783―784集，“太阁名人”羽田秀吉首次登场。
第786―787集，柯南向朱蒂通风报信，安室透和贝尔摩德一起行动，窃听对话。
第797―800集，怪盗基德VS京极真。
第807―808集，红衣女事件；世良真纯告诉柯南 小兰 园子她还有位二哥，她们是三兄妹并且姓氏不同。
第809集，世良•玛丽首次出现，照片在世良真纯的手机上显示。
第812集，世良真纯告诉柯南 小兰 园子，她曾经去过美国，回国后准备前往二哥那里居住被拒绝，父亲的朋友又提供给她豪华酒店居住；他们前往世良真纯居住的酒店去玩，遇到杀人案，柯南趁机安装窃听器。
第813集，世良•玛丽识破柯南的阴谋，让世良真纯告诉柯南她是“领域外的妹妹”。
第816―817集，柯南向灰原哀通风报信，领妹的事情。
第823―824集，柯南得知安室透的第二个代号“零”；安室透得知楠田陆道可能是开枪自杀，称呼柯南为“隐藏在天真下的魔爪”。
第832—836集，绯色篇；赤井秀一假死计划暴露；安室透真实姓名降谷零，日本公安卧底身份揭晓，开始调查楠田陆道自杀的手枪；朱蒂、卡迈尔得知赤井秀一还活着，水无怜奈发来短信组织二号人物朗姆开始行动。贝尔摩德是boss的某种特殊关系。（日本公安加入与黑衣组织的对决）
第838―839集，羽田秀吉再次登场，知道大哥赤井秀一没死。世良真纯不知道羽田秀吉是著名将棋手，世良真纯和领妹都以为赤井秀一死了。
第845—846集，柯南得知朗姆的外形特征，有只眼睛因事故换成了义眼。
第865―867集，大和敢助的左眼受伤，疑似朗姆；黑田兵卫在长野县登场。
第868集，安室透的调查，被琴酒盯上。
第891―892集，苏格兰登场在回忆，成为赤井秀一和安室透的怨恨；柯南得知世良真纯是赤井秀一妹妹。
第904―905集，羽田秀吉输掉比赛，和女朋友通话中提到自己义兄羽田浩司。灰原哀听到这个名字，想起组织死亡名单也有羽田浩司，把这件事告诉了柯南。
第916―917集，柯南和灰原哀 冲矢昴开始在网上调查羽田浩司案，破解暗号得知嫌疑人是浅香和组织二号人物朗姆，资产家阿曼达和羽田浩司一起死去，浅香是她的保镖；冲矢昴告诉柯南，羽案是让他加入FBI的重要案子，和他父亲有关。
第918―919集，柯南继续调查羽田浩司案，小五郎 世良真纯和领妹也有调查。琴酒盯上沉睡的小五郎。
第921―922集，苏格兰自杀原因揭晓，柯南和冲矢昴来演唱会调查羽田浩司案，降谷零和贝尔摩德也来调查。
剧场版20，纯黑篇；库拉索前往公安内部找卧底名单，得知赤井秀一还活着被狙击轮胎，失忆流落东都水族馆；风见警官登场；组织成员司陶特 阿夸维特 威士莲被杀，柯南和赤井秀一救下降谷零和水无怜奈；最后，赤井秀一和降谷零 柯南吊打琴酒直升机，库拉索牺牲。
第933―934集，世良真纯开始向柯南一点点的暗示。
第936―937集，涟漪篇；柯南终于想起来，十年前在英国海滩边玩见过世良一家；柯南得知领妹是世良母亲“玛丽”，“太阁名人”羽田秀吉是世良二哥；十年前的赤井秀一准备前往美国加入FBI，提及赤井武务。
第940―941集，大冈红叶与伊织无我首次登场；大冈红叶自称是服部平次的未婚妻。
第944―945集，帝丹小学新老师若狭留美登场，开始一步步试探柯南。
第949―950集，胁田兼则登场，刻意接近小五郎，还有一个义眼，十分诡异。
第951―952集，若狭留美武力拯救侦探团，上了新闻。引起胁田兼则的注意，她俩似乎认识。难不成是传说中的朗姆和浅香。
第964―965集，黑田兵卫也在调查羽田浩司案，并和若狭留美见面。若狭留美似乎见过黑田兵卫。
剧场版22零的执行人，揭晓黑田兵卫是降谷零上级。
第971―972集，剑道大赛；冲田总司首次登场，撩小兰引起柯南不满；大冈红叶和伊织无我第二次登场。
第980―981集，柯南获得灰原哀信任，风见警官第一次在TV版登场。
第982―985集，柯南第五次恢复，参加京都修学旅行遇上案件，破解案件后和小兰亲吻，开始正式交往。世良和领妹也开始行动。
第998―999，修学篇；工藤新一出现在清水寺暴露，引起轰动。最后，工藤优作和有希子回国帮忙解围，并解开羽田浩司案的真正暗号，乌丸。柯南推理出乌丸莲耶，疑似组织大boss。有希子和工藤优作开始留在日本帮助柯南。朗姆盯上工藤新一，让降谷零搜集情报。