《扫黑风暴》中，督导组从麦自立失踪案着手，历时一个月，终于彻底捣毁了绿藤的黑恶势力。这个犯罪团伙以高明远为组织者、领导者，以郑毅红、曹鹏为骨干，以陈建波、曹晓峰、杨冬等21人为成员。
风暴
这股恶势力拉拢腐蚀到王政（中江副省长）、郑树尧（中江高院副院长）、武双岭（绿藤副市长）、吴天德（绿藤市法院院长）、陈波（绿藤法院立案庭庭长）、贺芸（公安局副局长）、宋涛（法医）、董耀（石门区长）、裴伟（专案组成员）、胡笑伟（山南路派出所所长）、齐大力（绿藤第一看守所狱警）、张桐生（看守所厨师）等人。
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最终，高明远数罪并罚、被判处死刑并执行死刑，没收个人全部财产；郑毅红被判处无期徒刑，曹鹏被判处有期徒刑25年……
这股黑恶势力十四年来，作案54起，在麦自立案中致6人死亡，30多人受伤。下面就捋一捋案情，并且揭秘林汉、麦自立、马帅等人的死亡原因。先从孙兴被击毙说起。
孙兴被当场击毙
贺芸五十岁生日那天，孙兴先发个祝福信息，然后手捧鲜花、拎着一盒蛋糕去给母亲祝寿。贺芸很意外，毕竟很长时间没跟儿子见面了。贺芸心神不安地要求孙兴赶快走，孙兴却准备帮母亲吹完生日蜡烛就离开。不巧的是，黄希回来了，黄希看出来小姨是孙兴亲妈这事了。
黄希将孙兴就是高赫的事情，间接告诉林浩。
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林浩找到孙兴，却被孙兴和他的一帮马仔反制。孙兴有些变态，准备用施暴徐英子的手法来对付林浩。后援警力赶到，解救了林浩，正当孙兴无路可逃时，贺芸驾驶警车赶到，载着孙兴逃逸。
被堵截后，贺芸劝说孙兴自首，但是等两人从警车里走出来时，孙逊却持枪劫持着贺芸。
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孙兴准备看看，他死在这里与林浩死在这里，哪一个会让贺芸更难受。
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林浩准备替贺芸当人质，孙兴却朝他开了一枪，准备大家一起死。看到林浩中枪倒地，何勇等人朝孙兴开枪，孙兴被当场击毙。
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贺芸自首，精神恍惚中流下忏悔的眼泪。
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贺芸交代，三十多年前，她还是一名学生时，认识了高明远。在非自愿情况下，高明远致使贺芸怀孕，生下高赫。自此，贺芸没有一天不恨高明远。
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高赫戕害妇女并杀人之后，贺芸和高明远为了保住儿子的命，去找了市法院的吴院长，向其行贿200万。
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通过吴天德，又向审判委员会的专职委员、立案庭的庭长陈波行贿了150万。受贿的两个人就再立案，二审改判高赫为死缓。
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改判第二年，贺芸就给高赫申请了保外就医，让儿子离开监狱，去到父亲高明远身边。高明远通过吴天德向中江高院副院长郑树尧行贿，送了一幅市值600万左右的画。
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郑树尧就在审判委员会上违规提议，让高赫从死缓到有期徒刑二十年。实际上高赫在监狱里呆的时间很短，贺芸和高明远买通看守所人员，谎报高赫有科技发明成果，不断争取到立功减刑。
就这样高赫离开了监狱，整容并变换身份为孙兴。
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有恃无恐的高赫继续为非作歹，直到徐英子姐弟双双殒命，孙兴才被追查到，进而牵扯出一系列罪行。
林汉之死
麦自立是林汉的同学，有一天在大街上认出了高赫，并且看到高赫上了高明远的轿车。麦自立将此事告诉了在警局供职的林汉。林汉查到高赫的死刑判决有问题。
高明远拿出30万给林汉，让他不要再调查此事。林汉拒绝之后，高明远起了杀心，带着杀手老宁将林汉连人带车推进河里，并且伪造现场。高明远事先将30万现金塞进林汉乘坐车辆的后备箱里，老宁把厚厚的冰块塞入车里、以便加速下沉。
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事后，高明远买通法医宋涛，林汉就这样不明不白被害了。
为了踢李成阳出局，贺芸将20万现金放入李成阳的更衣柜，进行栽赃。然后贺芸签字，违规报送李成阳的辞职申请表，时任常务副市长的王政最后签批，李成阳就这样离开了警局。
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麦自立之死
董耀供述，15年前，他在伊华区的土地局工作，是一名普通的技术员。自己副科好几年了，一直没机会转正，在一次酒局上，他结识了高明远。
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在高明远的运作下，董耀很快就从土地局职员到建委项目计划科的科长了，负责项目开发。麦自立是董耀科室里的一个质检员，在村村通工程中，麦自立负责安全监理。
工程质量有问题，麦自立坚决不签字。
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高明远就让董耀和马帅去做麦自立的工作，并给董耀做了除掉麦自立的暗示。
劝说无果后，麦自立是被董耀先下药、然后挥舞大锤捶死的。
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马帅有些倒霉了，当场看傻眼，他本来是要打电话叫救护车的，结果却看到董耀连续锤击麦自立头部，现场溅出不少血。马帅被吓到了，还连带上杀人的罪名。
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董耀和马帅将麦自立的尸体装入麻袋，高明远吩咐陈建波去接活儿，陈建波就将麦自立的尸体偷偷埋在伊河新村安福桥下。当时陈建波只挖了两米，就将麻袋埋入。十四年后，由于下雨沉降，李成阳带人在安福桥下挖了五米深，才将麦自立的尸体找到。
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马帅之死
马帅被何勇盯上之后，高明远担心马帅会泄露十四年前杀人的秘密，就买通了看守所厨师长张桐生，张厨师下毒，导致马帅蓖麻毒素中毒而死。为了掩盖真相，法医宋涛故伎重演、调换了送检的检体，出具马帅死于心梗的尸检报告。
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大江之死
麦自立的尸体埋在安福桥下，这具体的埋尸位置，是陈建波被大江绑架之后、告诉李成阳的。高明远得知陈建波失踪，就吩咐杀手老宁去除掉陈建波。
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李成阳带队去挖桥寻尸，让大江保护陈建波安全。
老宁找到陈建波，就跟大江厮打起来。大江与老宁殊死搏斗，最终大江勒死了老宁，同时老宁扎死了大江，两人同归于尽。
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看到陈建波打算单独开溜，大江临死前勒令陈建波带邢凡一起离开，陈建波只得背起受伤的邢凡一起走，两人被警方解救。
高明远都对陈建波痛下杀手了，陈建波终于认清高明远的凶残，将其知道的一切都供述出来了。
李成阳摆了三杯酒，分别敬师父、大哥、大江，
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这三个跟他最亲的人，都离开他了。
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《扫黑风暴》大结局，绿藤黑恶势力被摧毁。
贺芸给林浩写了道歉信。林浩与黄希结婚了，黄希怀了小宝宝。
李成阳重新穿上警服，小鱼馄饨又开张了。
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看到李成阳进店，于京京笑着说，他原来是警察呀。
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