名侦探柯南里最早出现并且最大的秘密，就是柯南是工藤新一本人这件事，工藤新一因为被黑衣组织灌药，然后身体变小，变成了小孩子。这件事情，因为涉及到尚未揭开的黑衣组织，所有知情的人都会有危险，所以这件事也就成为了柯南一直守护的秘密
阿笠博士
阿笠博士应该是第一个知道这个秘密的人，工藤新一在变小之后，第一个咨询的就是阿笠博士，因为阿笠博士见多识广，并且得到工藤新一的信任，所以成为了第一个知道这个秘密的人
工藤新一被灌药变小以后，就到阿笠博士家，把这件事情告诉了阿笠博士，这个剧情在柯南第一集就出现了，也为后来阿笠博士帮助柯南隐藏这个秘密，并且为柯南制作很多便捷的工具，成为柯南的得力同伴埋下了伏笔。
灰原哀
灰原哀和柯南有着非常相似的经历，之前也是黑衣组织的成员，是一个科学家，但是自己的姐姐却被黑衣组织杀死，为了复仇，灰原哀决定背叛组织，选择吃了和柯南一样的变小药，住在博士的家里，也知道了柯南的秘密，随着剧情的一步步深入，灰原哀也渐渐洗白。
宫野明美
宫野明美在剧情里已经死去了，在临死前，柯南说出了自己的身份，可能是不想让宫野明美留有遗憾吧。不过她已经死了，也不用担心把这个秘密泄漏出去。只是当时柯南也是太心大了，如果宫野明美是黑衣组织的人，知道柯南就是新一以后，那柯南的处境就危险了
贝尔摩德
贝尔摩德也是黑衣组织的一个成员，最厉害的是类似中国武侠小说里的易容术，本身就是一个演员，再加上能够随时换脸，并且智商和枪法都非常厉害，绝对能够天衣无缝的装作任何人，最终还不知道她是正派还是反派，如果是反派，那会是一个很可怕的敌人。
服部平次
服部平次非常聪明，凭借自己的判断，就断定了柯南就是新一的事实，并且靠着自己的推理和口才，逼迫柯南承认，无奈之下，柯南就把事情的真相告诉了服部平次。从此以后服部平次就彻底变成了柯南这边的人，多次在柯南遇到危险的时候，帮助柯南度过难关。