《南少林三十六房》（nanshaolin）是由袁祥仁执导，徐达初、郭俊立、朱可欣编剧，袁咏仪、吴京、张铁林等主演的古装武侠剧，由福建世纪长龙影视文化发展公司出品。
《南少林三十六房》讲的是，弘历受雍正之命暗访倭寇内应，弘历途中遇吕四娘袭击。吕四娘父亲吕留良当年被雍正所杀，吕四娘女扮男装陆弘十找到当年父亲好友“易神医”曹太虚杀弘历的故事。
吴京 饰 方世玉。 配音 张震。
袁咏仪 饰 吕四娘。配音 徐晓青。
张铁林 饰 雍正。 配音 陆揆。
宋妍 饰 卓灵。 配音 纪元。
郭小安 饰 玄真。 配音 齐杰。
郭伟 饰 宫本键二。
周仲 饰 云修。
孙蛟龙 饰 董海川。
故事始于圆明园。深夜，一个宫女在太医掩护下，偷袭雍正寝宫，使雍正暴死，人头丢了，下葬用金头代替。乾隆继位，多方追查刺杀雍正之人。雍正文字狱最大冤主吕留良家族唯一活口吕四娘被认为是割走雍正头之人。
吕四娘逃脱后被独臂神尼收为徒弟习武，长大后本事甚为了得。乾隆严命“雍正无头案”不漏半点风声，秘命四大侍卫南下追捕吕四娘。领头者为伊尔根。吕四娘正和曹太虚在南方某小城，行医卖艺。
雍正晚年崇尚金石之术，曹太虚是皇上身边方士。乾隆志在必得，派特使快马加鞭传旨南少林，要派人暗中密查吕四娘和曹太虚下落，追回雍正人头。特使找南少林老主持玄通大师，将皇上龙牌交与他，行事不得有误。
南少林正热火朝天准备三十六房主持竞选，竞选意义非同一般：谁当三十六房主持，就成南少林武功第一，也就是半个中国武功第一。最有实力者方世玉与云明。
特使提议最后胜出者持龙牌抓人。按比武规则，世玉和云明对决必有死伤，也延误圣命。玄通宣布，二人比试点到为止，谁胜出谁就凭龙牌执行朝廷任务。云明自知稍逊世玉，想在最后比试中陷害世玉，以夺得主持之位。
面临变动，他顺水推舟，比试中败世玉手下。想趁机会，在世玉追查吕四娘行踪途中杀世玉，栽赃给吕四娘。这样他可稳坐三十六房主持之位。方世玉邀请两位老朋友——“江湖老千”卓灵和“神偷”赵大宏一起踏上征程。
世玉的恩师、三十六房的创始人三德和尚早已被逐出南少林，得知世玉接受朝廷指派任务出行的消息后，悄悄跟随世玉一行，暗中相助。泉州知府温荣玉绰号“玉老虎”，与云明勾结，欲在途中加害方世玉。
原来他与云明都知晓世玉身上的一个秘密，那便是刺在他背上的一张“藏宝图”。明朝正德年间，倭寇在南少林寺后山埋下了一批珍宝，价值连城。悉知此事的三德和尚将藏宝的地图刻在世玉的后背上，没有留下任何副本。
所以杀了世玉，云明可得主持之位，玉老虎可拿着人皮地图起获珍宝。一举两得的事情，唯有联手胜算最大。云明和玉老虎想从世玉身边的亲密朋友下手，于是设计欲买通卓灵和赵大宏。
卓灵和赵大宏知道宝藏图，却瞒着世玉，打自己的算盘，三德和尚此次跟随世玉的主要目的也是为了保护宝藏图不落人他人之手。其实他并非真正被逐出少林，而是由玄通大师暗中安排在寺外接应南少林，并保护这批珍宝。
世玉乔装打扮，和卓灵、赵大宏寻访吕四娘，三德暗中帮助发现吕四娘和曹太虚行踪。吕四娘被世玉盖世气质征服，芳心萌动。世玉也对吕四娘有好感，并和卓灵分析吕四娘可能是被人陷害。
卓灵见世玉偏袒女杀手，大为吃醋。伊尔根领头的四大侍卫也找到吕四娘。他发现南少林弟子搅和此事中，发现世玉手中有皇上御赐龙牌，令他无法下手。才明白皇上让四大侍卫和和尚一明一暗，追查人头，殊路同归。
因此，伊尔根怕世玉抢他的头功，他要在追捕吕四娘途中还想同时杀死世玉，独揽此功。但他万万想不到，行将方世玉灭口之际，吕四娘在关键时刻救了世玉一命。
云明和玉老虎也追踪宝藏图至此。赵大宏和卓灵与云明和玉老虎斗智斗勇，保护世玉同时隐瞒对那些珍宝的野心，所以也累也麻烦也快乐，神偷赵大宏差点被云明陷害，中毒后昏迷不醒，卓灵为救大宏更被云明推下悬崖。
四方纠葛时，乾隆首次南巡来到海宁。他正是为着雍正无头案而来。他清楚吕四娘的能耐，为了更快解决这个案子，他分别召见世玉和伊尔根，下重赏，答应谁要是完成任务，就会得到黄金万两和世袭四品官职。
吕四娘和曹太虚也赶到海宁，行刺乾隆，终因乾隆也武功高强而未能成功。曹太虚牺牲，吕四娘负伤而逃。世玉也暗中掩护了吕四娘，阻挡了追杀的侍卫。世玉又为四娘疗伤，还上了那次四娘救他一命的人情。
这件事情很快被敏锐的伊尔根发现，报告皇上。乾隆大怒，立命闽浙总督全力抓捕二人。世玉只好撇下自己的好朋友，与吕四娘一起出逃。在出逃过程中，吕四娘对世玉说出了自己刺杀雍正的前因后果。
世玉要她考虑江山社稷和平、百姓安宁稳定的重要，劝她自首。吕四娘不听世玉劝告，两人矛盾顿生，边吵架边闹别扭边逃跑。在共患难的途中，吕四娘不可救药地爱上了世玉……
最后四娘声明只是为了世玉的安危才去朝廷投案自首。但被乾隆收押以后，吕四娘却得知皇上并没有信守诺言放过世玉，反而也将世玉押入大牢。吕四娘怒不可遏，越狱逃出并劫狱救出世玉，两人约定一起去广东。
乾隆十分恼怒，找南少林兴师问罪，限定时日抓两人，取玄通大师的首级。屡次扑空杀不了世玉的云明逮此机会，将玄通囚禁，自命为南少林主持，将玄通交给皇上。皇上怀疑云明所作所为。玄通点拨下，乾隆弄清来龙去脉。
他恢复玄通主持位置，表示如果案子不结，不抓到世玉四娘，就灭南少林！云明仓皇出逃，去找世玉拼命，三德和尚在保护世玉中被云明的暗器毒伤，命不过三天。云明被救人心急的吕四娘就地解决，一命呜呼。
三德将所有秘密和阴谋对世玉和盘托出，世玉遵照师傅遗嘱，让吕四娘将宝藏图绘下，通过玄通大师献给皇上，保住南少林。同时交玄通大师一封信，说要永远离开南少林，和吕四娘去广东山林海畔生活。