故事开始了。
1820年前，有个人叫尤弥尔·弗朗茨和‘大地的恶魔’签订了契约，拥有了巨人之力。其死后把巨人之力分了九份。巨人之力，就是能够由凡人变成有功能的巨人的能力。其子民就是艾尔迪亚人，一代代传承着这些能力。艾儿迪亚人有变为无脑巨人和继承巨人之力的躯体，但是不会凭空觉醒。前者需要药物打针，后者需要吃脑。
艾尔迪亚人一边靠着九个巨人的战斗力扩大地盘，一边在扩大地盘的同时和别的民族通婚，通婚的后代有了该民族的血统后，可以被变成无脑巨人加入战斗。凭着九个巨人和无脑巨人，这个民族统打败了原来的‘马来’王朝，建立了自己的王朝艾尔迪亚，高压统治着大陆很长一段时间。后来异族不满其种族统治，离间了艾尔迪亚王朝，九个巨人之力部分被马来人夺取，艾尔迪亚王朝覆灭。九个巨人中最高战力初代巨人王，带领族人远走小岛避难。并且依靠巨人的结晶之力(就是女巨人的那种结晶)建造了三层围墙。所以城墙是巨人所铸，因此墙体剥落会有巨人的脸出现。而一部分艾尔迪亚人被遗弃在原来的领土上，被复兴的马来王国统治和压迫。
插叙一下九个巨人能力的传承。简单来说就是先通过打针成为无脑巨人，然后吃掉拥有巨人之力的人类，主要是吸掉脑髓，从而获得传承巨人之力。每个巨人之力拥有者的寿命从拥有能力算起，只有十三年的时间。如果没有通过吃脑继承，能力携带者死亡后，该巨人之力会随机在这个民族的一个婴儿身上再次出现。为了保持这种巨人之力一直为自己所有，大家严格通过有计划的吃脑来继承巨人之力。
一方面，墙内的初代巨人王立下誓言，不再出城。巨人王的能力有两个，一个是篡改族人的记忆，这个能力通过血脉遗传。另一个就是现在艾伦所拥有的巨人号角之力，指挥无脑巨人。这个能力想拥有就必须吃脑了。但是，同时拥有两个能力的人也会拥有初代王的记忆，知道一切历史真相。其余人记忆都被篡改，只有一百年的历史记忆，以为墙外的人类已经灭亡。这个能力一直在初代王的后裔中代代传承，直到平衡被艾伦的爸爸打破。 巨人初次入侵城墙，艾伦爸爸闯入王的后裔雷伊斯家族家中，以巨人形态吃了初代巨人王的传承者的脑髓，并把大部分王裔灭亡。艾伦父亲吃脑之后（初次吃脑不是吃王裔，而是在墙外，后文会提到）的第十三年大限将至，来不及说清真相，直接给儿子打针，被艾伦吃了。艾伦也失忆了。
另一方面，在墙的外面，马来族人获得了部分巨人之力。并依靠巨人之力和无脑巨人继续统治世界。没有逃走的艾尔迪亚人则被保留下来，化为低等公民，是无脑巨人的来源。这些无脑巨人有的被投入战斗，有的被流放。所谓流放，就是族人被打针，然后从国境线的高墙被踢下，落地之后变成无脑巨人。而前方的尽头就是三座高墙组成的围城。因此，这些无脑巨人既阻碍着艾伦他们的自由和梦想，也在和围墙一起保护整个城市不受异族入侵。
但是随着科技的进步和经济的发展....
军事技术突飞猛进，如今马来执掌的七大巨人之力在不远的将来也会丧失绝对的优势，今后的时代也会演变为以燃料为背景，国家会以军事力量说话吧。这样一个时代，任谁都无法无视帕拉迪岛地下埋藏的大量化石燃料了。可是，初代巨人王弗里茨王，80年前留下的话依旧萦绕耳畔，“今后若胆敢干涉吾等，吾便趋势墙内千万巨人踏平一切”。马来政府为了早一步应对即将到来的资源争夺时代，派出巨人秘密潜入墙内，不刺激初代巨人王的情况下完成入侵，将始祖巨人，即初代巨人王，夺为己用。
为此，马来政府派出了女巨人阿尼，铠甲巨人莱纳和超大型巨人贝特霍尔德·胡佛。他们都是从艾尔迪亚人手里夺到的巨人之力。结果潜伏进围墙后，他们认出艾伦是能力者，并计划强行带走艾伦。这也是为什么第一部动画一直争夺艾伦。艾伦争夺战分为两部分。首先女巨人主动出击，被识破抓捕后自行封印，藏在地下。其次艾伦随队出墙，企图封堵最外围的玛利亚之墙，结果被铠甲巨人、超大型巨人、猿人巨人埋伏，苦战后击退来犯，而调查兵团全军覆没今生九人，团长埃尔文战死。超大型巨人被抓，被艾伦的好基友阿尔明吃了脑了。只剩下铠甲巨人和猿人巨人回去了。猿人漫画未做具体交代。可变为人形态。属于马来族统治下的巨人武器之一。可以抛石头。通过抛小的石子打死了自由之翼的团长埃尔文。
现在漫画主要讲的是两个民族围绕巨人之力的争夺。
巨人之力被控制主要通过对留在大陆的艾尔迪亚族人洗脑，贬低他们的地位，减少他们的资源。为了生存和自由，他们理所当然的表忠心。控制他们的忠心，然后还是由这些族人继承巨人之力并纳为马来族人自己所用。但是本族人受到的压迫很过分。此时主线转为艾伦父亲，格里沙·耶格尔。格里沙小的时候领着妹妹出去玩，结果自己被打，妹妹被喂狗。父亲的不敢声张让他更加愤怒。成年后加入复兴社企图推翻马来族统治。并与拥有艾尔迪亚皇族血脉的女子成婚，育有一子，即艾伦同父异母的哥哥。由于对儿子教育不当，被亲生儿子告发，复兴团覆灭，所有团员被流放为无脑巨人。而格里沙自己在流放的瞬间被拥有巨人之力的族人救下。这个人年限已到，把巨人之力传给格里沙，并告诉他任务，找回初代巨人之力，解放艾尔迪亚民族。
拥有巨人之力的格里沙被推下高墙，长途跋涉来到了围墙内部，作为医生生活，并组建家庭，生下艾伦。期间抢了初代巨人之力。后经过证实，初代巨人之力没有初代巨人王的血统无法发挥号角之力的作用，这也是为什么艾伦无法指挥无脑巨人。但是如果同时拥有血统和号角能力，又会会被初代巨人王的思想控制，不会去杀戮甚至战争。因此这种号角之力至今无法被触发使用。只有艾伦误打误撞的那一下。
而最引人关注的超强战斗力三笠·阿克曼和兵长利威尔·阿克曼是同属于阿克曼一族，拥有超强的战斗力。两个人暂时没有直接的血缘关系。之前该民族充当王的侍卫。由于是异族，记忆无法被巨人之力篡改，受到墙内王族的忌惮，因而民族受到压迫和驱逐。后面利威尔的舅舅凯尼·阿克曼会登场，讲述利威尔的故事。由于民族收到压迫，兵长的母亲无力自养，做了妓女，怀孕后生下利威尔，并活活饿死在床上。后来舅舅和王达成共识，民族得以逃离压迫，抚养利威尔到可以兵长可以混迹街头就放手了。后来利威尔成了街头一霸，直到被埃尔文团长收服。
而埃尔文团长并非完美无暇。支撑自己的是自己童年的猜想——所有人的记忆被篡改了。为了证实自己的猜想一步步前进。自己说，等他突然意识到的时候，自己已经使用‘为了国家献出心脏’这种谎话把太多人送去了巨人之口，实际不过为了自己能够看见真相而不是为了什么人类。但是到了和三个巨人一战的最后时刻，带领新兵团送死冲锋，放弃了去地下室看艾伦父亲关于这个世界真相的记录。带着遗憾而死。
最后是，围墙内部世界的王不过是傀儡。真正的初代巨人王的后裔化身为一个普通的贵族在生活。现今仅存的一个人是私生女赫里斯塔·兰斯，目前已经通过自由之翼调查团的策划成为了女王。该女是艾伦同期第十名那个小女生。
为了进一步梳理情节，再看一下漫画初期公布的训练兵团104期毕业生前十名：
No.1 三笠·阿克曼。调查兵团。阿克曼一族。
No.2 莱利·布朗。 调查兵团。铠甲巨人。潜伏入巨墙抢夺初代巨人之力。作战失利，已回。
No.3 贝特霍尔德·胡佛。调查兵团。超大巨人。潜伏入巨墙抢夺初代巨人之力。作战失利，被阿尔敏吞掉。
No.4 阿尼.利昂纳德 。宪兵兵团。女巨人。潜伏入巨墙抢夺初代巨人之力。抢夺艾伦独自作战被捕获。封印自己。
No.5 艾伦·耶格尔。调查兵团。父亲夺得初代巨人王的号角之力。继承父亲巨人之力。剩余八年寿命。
No.6 让·基尔斯泰恩 。调查兵团。老和艾伦打嘴仗。看到基友马尔科不明死亡而震撼加入兵团。
No.7 马尔科·波特。训练生。发现三个巨人的真实身份，被阿尼脱掉装置喂了巨人。
No.8 柯尼·史普林格 。调查兵团。
No.9 莎夏·布劳斯 。调查兵团。白薯女。猎人一族。
No.10 赫里斯塔·兰斯。调查兵团。王族后裔。私生女。现已经被运作成为女王