大蛇丸黑化分为3个阶段，父母双亡30%，绳树之死60%，他的死亡100%
在火影忍者世界中，大蛇丸一直以来都扮演着“坏蛋”的角色，因为他做过很多让人无法原谅的事情，比如做各种人体试验，克隆实验，细胞移植手术，秽土转生等，这种种行为都是有违人伦的。然而随着剧情的进一步发展，我们却发现，大蛇丸之所以会变成如今这副模样，其实是有阶段性的，一开始他也一个爱着木叶村的忍天才者。
第一阶段，悲惨的身世。大蛇丸的父母在他出生之后就因为战争而死去了，留下他一个人孤独的生活，他的童年其实和鸣人非常相似，可是他比鸣人更加懂事，知道只有变强才能改变命运。所以他从小就很认真的学习忍术，加上天资聪慧，他比一般小孩更加优秀，也被三代目火影宠爱。
然而悲惨的身世却一直影响着他，没有父爱母爱的大蛇丸，从出生起就没有感受过温暖，所以也养成了他孤僻无情的性格，失去父母的影响是深刻的，所以大蛇丸从懂事起就已经开始黑化了，只不过此时他的黑化程度只有30%，还没有很严重。
第二阶段，目睹伙伴死去。成为忍者之后，大蛇丸和纲手，自来也组成了队伍，他们经历过第二次忍者大战，所以见惯了各种生离死别，在这个过程中大蛇丸也一直在思考，为何人类的生命那么脆弱，尤其当纲手的弟弟绳树死去之后，纲手提出了给小队配一个医疗忍者的时候，遭到了高层的反对，心中的疑惑就更深了。
他开始想要去了解，战争对人类到底有什么好处？除了死亡之外，只有无尽的伤痛，所以他慢慢地开始着手做各种研究，一开始还是比较正常的研究，比如研究什么忍术可以更快更好的杀死敌人，这个时候的大蛇丸黑化程度已经攀升到60%了。
第三阶段，纲手的离去。在一次意外中，纲手的恋人加藤断重伤死去，他看着队友趴在恋人的尸体前痛哭流涕，而所有人都束手无策。之后纲手对村子失去希望，于是辞去了职务开始云游四海，而自来也因为纲手的离去也选择了成为一名作家，远离了战场。所以只剩下大蛇丸一人还留在村子当忍者。
可是此时的大蛇丸却完全变了一个人，他终于想明白了，既然人类的生命如此脆弱，那么只要研究出让人不老不死不灭的忍术不就可以避免死亡率吗？所以他开始偷偷地进行大量的活体研究，直到他的事情东窗事发被逐出了木叶，成为了S级通缉犯。这个时候的大蛇丸黑化程度才算是完全的100%。