天主教和东正教都是基督教的分支，1054年大分裂之前，它们分别被称为西方教会和东方教会。罗马帝国虽然不是基督教的发祥地，但是基督教发展的主战场。颇具反讽意味的是，罗马帝国杀死了基督教的创始人耶稣，一直到4世纪初，罗马帝国的屠刀时不时砍向羽翼未丰的基督教。
早期的基督徒处境悲惨，在帝国境内他们是排斥的对象，关于他们的谣言四处流散，比如他们在礼拜时喝血，比如基督徒的聚餐是淫乱大会。一旦帝国境内发生诸如经济危机、内战等灾难，官方就将罪过怪在基督徒头上。尽管如此，善于隐忍的基督徒依然在逐渐壮大。公元1世纪末，基督教在罗马帝国东部站稳了脚跟，在首都罗马也有相当的发展。但发展与阻挠并存，帝国政府一直在迫害基督教，公元3世纪末，迫害达到了顶峰，教堂被摧毁，基督徒被迫向异端朝拜，不服从者惨遭屠戮。
东西罗马帝国版图
4世纪初，被迫害了三个世纪之久的基督徒赢来了春天。此时，罗马帝国陷入皇位争夺战，公元312年，君士坦丁大帝继位，据说在战斗中因为十字架庇佑打了胜仗而皈依了基督教，是第一个信奉基督的罗马皇帝。从此基督教从一个受压迫的穷人宗教变成了富裕的权贵的宗教。380年，基督教正式成为罗马帝国国教。君士坦丁问鼎九五之尊后，为了稳定帝国的东部，于公元330年将都城从罗马迁至博斯普鲁斯海峡边的拜占庭，称之为“新罗马”，这就是君士坦丁堡。罗马帝国就此分为东西两半（东罗马帝国又称拜占庭帝国），随着帝国的分野，以罗马为根据地的西方教会和以君士坦丁堡为总部的东方教会也逐渐分道扬镳。
希腊语是早期基督徒的主要语言，罗马帝国的官方语言是拉丁语，但这并不妨碍说希腊语的基督徒在罗马帝国传教，尽管拉丁语是官方语言，但罗马有大量从东部迁过来的希腊语公民，而帝国的中上阶层也一直尊崇希腊文化，学习希腊语。所以在罗马帝国，拉丁语和希腊语并行不悖。
西方教会使用的是拉丁语，虽然东罗马帝国直到7世纪官方语言依然是拉丁语，但其文化主体是希腊文化，通用语言是希腊语，东方教会也以希腊语为主。西方教会认为，耶稣十二门徒之一的彼得是教会的基石（彼得一词在拉丁语和希腊语中都是“石头”的意思，英语中石油petroleum同源）。他亲自建立教会，是罗马第一任教宗，统领各地教会。但随着历史发展，君士坦丁堡牧首统治的东方教会威望与权力逐渐上升，开始与罗马分庭抗礼。
西罗马帝国频繁遭受西欧的蛮族侵袭。公元410年，西哥特人洗劫罗马。476年，西罗马帝国灭亡后，西方教会并没有随之灭亡，反而是吸收了入侵的蛮族，6世纪至7世纪，他们先后归信罗马教会。8世纪，法兰克王国崛起，公元800年罗马教宗里奥三世为查理曼大帝加冕。
东西罗马帝国分裂后，东西教会之间的罅隙日益增大，但尚未闹到决裂的地步，直到1054年。
因为政治环境变迁，语言隔绝，地理分割，东方教会和西方教会渐行渐远。公元8世纪到9世纪的圣像破坏运动加大了二者的分歧，西方教会始终坚持偶像崇拜，与大搞偶像破坏的拜占庭格格不入。7世纪中期，崛起穆斯林已经占领了三分之二的拜占庭领土。大马士革、安条克、耶路撒冷三大牧首区都被穆斯林夺去。伊斯兰军队曾两次兵临君士坦丁堡城下。拜占庭帝国开始怀疑，上帝是不是站在他们这边。他们发现穆斯林从来不画先知的肖像，《古兰经》确实明确禁止信徒绘制先知肖像，所以，逻辑不大好的拜占庭人觉得，正是因为穆斯林不画神祇肖像，才能战无不胜，屡次击败基督教治下的拜占庭，必须消灭圣像，才能赢回上帝的眷顾。公元726年，拜占庭皇帝利奥三世下令捣毁帝国境内所有圣像。私藏圣像者甚至有性命之虞。此后一百年多里，圣像破坏运动对拜占庭帝国造成了深远影响。公元843年，圣像破坏运动才正式废止。
8世纪后期，查理大帝统一了德国、法国和意大利北部。此时已经皈依罗马教会的查理派遣传教士向斯拉夫人传教。但拜占庭帝国不想看到临近的斯拉夫人变成罗马的信徒，想让他们归信东方教会。公元862年，拜占庭帝国皇帝米海尔三世派遣会斯拉夫语的西里尔和美多德去斯拉夫地区传教。但斯拉夫地区只有斯拉夫语，没有文字，西里尔和美多德以希腊字母为蓝本，创造了新的文字，便于传教，这就是西里尔字母，俄罗斯、保加利亚、塞尔维亚等国现在使用的便是西里尔文字。
1054年的大分裂是东西教会矛盾的终极体现，东西教会分裂成了天主教和东正教两支。拜占庭帝国被灭后，东正教北上，在俄罗斯和斯拉夫地区找到了归宿。
在基督教诞生的头一千年里，基督教始终致力于保持一个教会，尽管时常产生分歧，但始终没有决裂。
“和子说”是东西教会纷争的重要一环：圣灵是由圣父而出，或是由圣父和圣子而出？东方教会和西方教会共同信奉的《尼西亚信经》中说圣灵由圣父而出，但查理大帝在9世纪时，在其中添加了“和圣子”，变成了：圣灵由圣父和圣子而出。这句话在接下来的数个世纪里，引发了东西教会间的诸多矛盾。东方教会认为，修改信经内容是极大的亵渎。
除了教义上的矛盾，东方教会和西方教会在宗教仪式、罗马主教的地位等方面也存在诸多差异。矛盾在11世纪初年达到顶点，皈依了天主教的诺曼人侵扰了意大利南部，强迫那里的东方教会教堂采用拉丁仪式，为了报复，君士坦丁堡牧首米恰尔一世则禁了城内的拉丁宗教仪式。为此，罗马教宗派遣特使枢机主教宏伯特前往君士坦丁堡，与东方教会就二者分歧商谈。但矛盾已经到了不可调和的地步，双方剑拔弩张。
1054年7月16日，在圣索菲亚大教堂的一次礼拜仪式上，宏伯特宣布将君士坦丁堡牧首逐出教籍，牧首还以颜色，也宣布开除罗马教宗。东西方教会分裂成西方的天主教和东方的东正教，史称“大分裂”。其实这并不是基督教第一次分裂。公元431年第三次大公会议，第一次分裂，聂斯脱利派遭逐，创立了亚述教会教会。公元451年第四次大公会议，亚历山大港和安条克被判绝罚，基督教第二次分裂，形成东方正统教会。
君士坦丁堡的圣索菲亚大教堂是东正教教堂，被穆斯林攻破后沦为清真寺
大分裂之后，拜占庭帝国式微，东方的穆斯林再度扣关，拜占庭被迫向西方的天主教求救。1095年，教宗乌尔班二世发起了第一次十字军东征。这本该是东西教会联合起来，共同对抗外敌，修复裂痕的绝佳契机，但天主教并不只是东征异教徒。1204年春，君士坦丁堡被攻陷，这座千年古城被洗劫了，凶手不是穆斯林，而是第四次东征的十字军。尽管57年后，东正教夺回了君士坦丁堡，但经此一役，天主教与东正教和解无望。此后，拜占庭帝国也一蹶不振，1453年，奥斯曼土耳其入侵君士坦丁堡，灭了拜占庭。东正教的象征圣索菲亚大教堂，沦为清真寺。五大牧首区（罗马、君士坦丁堡、亚历山大港、安条克、耶路撒冷）中有四个沦陷于穆斯林之手，只剩罗马一棵独苗。
但拜占庭的覆灭并不是东正教的终结。在故国沦陷后，一部分东正教教徒负重北上，来到西里尔和美多德曾经传教的斯拉夫地区。曾经依傍于拜占庭帝国的权贵宗教再一次深入地下，在苦寒之境隐忍待发。很快，他们又傍上了权贵。
1472年，莫斯科公国的伊凡三世迎娶了末代拜占庭皇帝的侄女，将拜占庭的双头鹰标志纳为己用，并称自己为“沙皇”（罗马帝国皇帝凯撒之意）。用神学家迪尔梅德·麦卡洛克的话说，“第一个罗马，被野蛮人占领，沦为罗马天主教异端，第二个罗马（即君士坦丁堡）陷入穆斯林之手，而俄罗斯正教会承袭了第三个罗马的称号。”尽管俄罗斯正教源自拜占庭帝国的东正教，但带有鲜明的俄罗斯特色。如今，东正教在俄罗斯及巴尔干地区追随者众，在全球也有超过1.5亿信众。
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