在大陆会议通过《独立宣言》以后，起草人杰裴逊就辞去了大陆会议代表的职务回到了家乡弗吉尼亚，他回到弗吉尼亚的目的除了要照顾家庭以外，更重要的是他打算为弗吉尼亚制定一部新的、真正能够体现民主的法律。
但杰裴逊在制定了废除长子继承制的《限定继承权法案》和提倡义务教育的《进一步普及知识的法案》后（详情请阅读《独立战争：促民主弗吉尼亚修订新宪法，启民智杰裴逊提倡全民教育》），却在关于政教分离的法案上遭到了殖民地新兴贵族的强烈反对，因为如果实现了政教分离虽然能够保障民主社会的建立，却极大的损害了新兴贵族的利益（详情请阅读前一篇文章《独立战争：除异端清教徒大搞宗教迫害，促民主美利坚立法政教分离》）。
北美殖民地的新兴贵族
1776年的11月，杰裴逊在议会发表演讲，提出了人们组织政府是为了保障自己无法独立保障的权力，而宗教信仰与此无关，是属于个人内心世界的救赎。所以他认为国家支持宗教并赋予教会某种特权是一种愚蠢的行为，其无非是为了借助宗教来控制民众的思想，进而剥夺人民的权力，以达到长久的愚民统治的目的。
“自从基督问世以来，与政府合而为一已经使得无数的无辜信徒遭受迫害，但人们的信仰却并没有统一，反而变得更加分裂。强制信仰的结果就是掌握权力的当权者变成了口是心非的伪君子，而盲目崇拜的信徒则成了没有思想的傻瓜。”
杰裴逊从根本上否定了官方教会存在的合理性，他认为国家根本就不应该对任何一个教会表示支持或反对。因为当一个国家和宗教结合时，必然会产生暴政，也就成为了对自由的威胁；而信徒以纳税的形式来供养教会则又模糊了政府与教会的地位，这对“国家必须是以被治理者的同意而产生”的民主思想是一个巨大的挑战，所以政教必须分离。“只有谬论才需要政府撑腰，真理是能够独自屹立的。”他说道。
政教合一制度是欧洲中世纪以来的传统制度
但当时在议会中支持宗教改革和反对宗教改革的人冲突非常严重。从1776年到1779年，三年多的时间里，弗吉尼亚的每一届议会都对宗教改革的法案进行反复辩论。虽然民众大多数都是新教徒，但在议会中的议员们却是以新教圣公会为主（所谓基督新教是欧洲十六世纪宗教改革中脱离天主教的所有教派的统称，并不是一个统一的教派。在新教中影响力较大的有路德宗、加尔文宗、圣公会、循道宗、浸信会等宗派，在我国俗称的耶稣教就是属于新教），并且他们大多数是贵族出身，这些人是坚定的反对宗教改革者，其中以彭德尔顿为首。这位杰裴逊的好友是他在这次法律体制改革中的最危险的对手，因为彭德尔顿非常善于辩论，又在民众中享有很高的威信，他把杰裴逊起草的《宗教自由法令》斥为“无神论法令”而肆意嘲笑和贬斥。但在议会中主张宗教改革的议员与反对派也是旗鼓相当，他们也清楚人们思想观念的转变是一件非常艰难的事情，要想民众认同与思想自由交织在一起的宗教自由，还得经历经历了非常曲折漫长的道路。
开始于十五世纪的欧洲宗教改革从天主教分离出了基督新教
在支持宗教改革的人当中，有一位年轻的议员詹姆斯.麦迪逊对宗教自由的呼声最高，因此他最终被候补进宗教改革委员会。麦迪逊毕业于普林斯顿大学，他是个又矮又瘦、貌不惊人的小个子，身高只有1.64米，体重更是只有不到90斤，站在那里似乎一阵风就能吹跑。但这个瘦小的年轻人却有着惊人的能量，他自己本是一名国教圣公会的信徒，但在信仰自由方面却是坚定的支持改革派，在议会的辩论中他以丰富的法律知识和雄辩才能而成为了杰裴逊的好朋友，从而开始了两人坚定一生的友谊。
在1776年11月的时候，在正式起草《弗吉尼亚宗教自由法案》之前，杰裴逊就向议会提交了一项免除不信奉国教者纳税供养教会的规定并得到议会的通过，但在普遍停止纳税供养牧师和教士的问题上却始终得不到通过。
美国“宪法之父”——詹姆斯.麦迪逊
到了1779年6月，经过三年多的努力，杰裴逊向议会提交了《弗吉尼亚宗教自由法案》，但由于反对派的阻挠，法案当时并没有通过。
《宗教自由法案》包括三部分，序言、执行条款和结语。但序言的内容就占了整个法案的四分之三内容，杰裴逊在其中宣告了人类思想神圣不可侵犯，其涉及范围不仅仅是宗教，还包括超越宗教的、更广泛的思想活动。
在序言中杰裴逊写道：“上帝既然给予人类以思想自由，那么用政府法令的形式来限制人们的思想本身就是对上帝的亵渎；而在政教合一中政府强迫人们出钱支持他所信仰的教派只是虚假的宗教而已；如果允许政府官员把他们的权力伸进信仰的领域里面，最后的结果就是断送全部的宗教自由。”
杰裴逊起草的《弗吉尼亚宗教自由法案》
而在法案的执行条款中，只有三项内容短短一百多个字：任何人都不得被迫参加或支持宗教礼拜、场所或传道职位；任何人不得因其宗教见解或信仰，在肉体或财产上受到强制、拘束、干扰、负担或其他损害；任何人都有自由宣讲并进行辩论以维护他在宗教问题上的见解，而这种行为，在任何情况下都不得削弱、扩大或影响其公民权利。
在这个法案的结尾，杰裴逊斩钉截铁的声明：“我们在这里主张的权利，都是人类的天赋权利，今后如果有任何法令废除本法案或缩小其权利，都将是对天赋权利的侵犯。”
但是直到1785年，接手宗教改革派领导地位的麦迪逊写下了《反对宗教摊派的请愿书和抗议书》，明确指出对于真正的宗教，如果需要政府用税收来维持其运转，那就是“亵渎歪曲拯救世人的事业”。而此时由于革命浪潮高涨、支持宗教改革的力量开始占据上风，麦迪逊趁机再次向弗吉尼亚议会推出《宗教自由法案》，并很快得到通过。
而在此前的1784年，杰裴逊已经离开弗吉尼亚被邦联国会作为驻法大使派往法国了。麦迪逊马上将这个喜讯写信告诉了他，杰裴逊在大洋彼岸接到信件后也是高兴万分，将法案的抄本分送给在巴黎的各国使节。随着这些使节的传播，《宗教自由法案》在欧洲受到了特别的重视和欢迎，并被译成多种文字送进各国宫廷，为推进欧洲的宗教改革起到了极大的作用。可以这么说，《宗教自由法案》使得人们被禁锢了许多个世纪的心灵得到了解放，从此人类理性的旗帜终于被树立起来了。
今天的我们可能对此感到很奇怪：宗教信仰自由不是一件天经地义的事情么？为什么杰裴逊对此事是如此的重视呢？
其实这种想法是一个错误，要知道信仰自由虽然在今天是每个人的基本权利，但在两三百年前刚从黑暗的中世纪中走出来的欧洲民众可不这么认为，他们是决不允许有人怀疑上帝的存在。而之前的宗教改革只是对《圣经》的不同解读而已，如今杰裴逊跳出了宗教的范畴，将信仰与人们的自由与权利结合起来，所谓的“天赋人权”就是以上帝的名义允许人们有怀疑上帝的权力，而这个权利是上帝所赐予且不可剥夺的。
有点绕口是不是？其实简单地说就是一句话：人权是天生的，谁也无权剥夺。
“上帝”手持《圣经》：赐予人类反对他的权利
在当今世界，人权是所有民主国家的共识。如果一个政府告诉你所有的一切都是统治者所赐予的，没有统治者就没有民众的自由与权利，那么你就可以断定这是不折不扣的谎言。
这是杰裴逊的光荣，也是人类社会走向新时代的光荣。宗教自由问题本质上是思想自由问题。从1776年开始，杰裴逊在弗吉尼亚的八年中，为制定弗吉尼亚的宪法付出了极大的精力，他把他所制定的撤销限定继承权、废除长子继承制、普及知识法案、确立宗教自由看作是建立一个新的社会制度的四大支柱，是“要形成一个足以根除古老的或未来贵族的制度，为建立一个真正的共和制政府奠定基础”。
到了1791年，美国制宪会议在政教分离的社会基本奠定的情况下，在批准的《权利法案》（1791年宪法修正案）第一条明确规定：“国会不得制定关于下列事项的法律：建立宗教或禁止宗教自由。”这是杰裴逊为美国的建立所奉献的重要贡献之一。
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