海军抓住了海贼王的儿子艾斯，以白胡子（艾斯的干爹）为首的海贼团，为了营救自己的干儿子艾斯向世界政府发动战争。顶上战争正式打响。而这次战争出现了许多实力强劲的人物，主要分三个方面：世界政府、海军、王下七武海；以白胡子、路飞、罗为首的海贼；以龙、伊万科夫为首的革命军。
海军三大将：黄猿、赤犬、青雉
路飞、小丑巴基、克洛克达尔等人在七武海甚平、女帝的帮助之下从海军监狱里逃了出来，开始所有海军包括监狱狱长麦哲伦都不相信正义之门会为这些逃犯打开，由于Mr2变身成为狱长的样子向监狱推进城下达了开门的命令，才有了路飞等人成功脱离海军的追捕前往海军总部去解救艾斯。
白胡子爱德华·纽盖特率领47支海贼团队伍入侵海军总部，船只全部是经海贼王哥尔D罗杰的副船长雷利镀的膜，从海底深处潜到海军底部直接上浮到海军基地。海军打算对艾斯提早行刑，此时路飞与推进城内241名犯人即时赶到，并与白胡子联手拯救艾斯。路飞在一众逃狱者、白胡子海贼团及“海贼女帝”波雅·汉库克等人的掩护下企图营救哥哥艾斯，却仍屡次受到海军及王下七武海猛烈的攻击和阻挠。汉库克将艾斯手铐的钥匙交给路飞，路飞朝着艾斯奔去，而鹰眼拿着黑刀挡在了路飞的面前，并不断斩击路飞。
白胡子站在海军总部前的图片
世界船长史库亚德突然袭击白胡子，一刀贯穿了他的身体，原因是他误会了白胡子，而且之前白胡子没有告诉他艾斯的身世。白胡子海贼团第一队队长马尔科欲飞上行刑台救下艾斯，被路飞的爷爷蒙奇·D·卡普一拳揍下。白胡子伤势越来越重，又被赤犬盯上，血流不止。马尔科手上被海军中将鬼蜘蛛拷上海楼石手铐 路飞使用霸王色霸气的瞬间，海军本部大将黄猿乘机以激光贯穿马尔科的身体。乔兹身体被青雉完全冰冻，右臂也受到重伤。
白胡子海贼团第一队队长不死鸟马尔科
革命军这边，以伊娃科夫、闪电等人为代表开始和七武海以及海军展开战斗，伊万科夫借助自己超级荷尔蒙的能力帮助马尔科恢复体力，这才使得他又重新展现出霸王色霸气，将中将卡普（路飞的爷爷）以及海军元帅战国击退，在Mr3的协助下成功解救了艾斯。
路飞与伊万科夫
白胡子本身年事已高外加身体状况不好，现在受伤之后更是体力不支，白胡子决定用尽自己最后的力量，掩护所有旗下海贼撤退。独自一人在一个只剩半边的岛对海军众人，白胡子海贼团正要逃亡之际，海军本部大将赤犬出现并出言挑衅艾斯。艾斯愤而攻击赤犬，却反被赤犬的岩浆给烧伤。最后赤犬一拳袭向路飞，艾斯挺身替路飞挡住攻击惨遭赤犬贯穿身体。艾斯靠在路飞身上，白胡子旗下的船医前去抢救艾斯，但艾斯拒绝了治疗，因为他知道再怎么治疗也是无济于事了，并出口感谢路飞和前来营救他的所有人，随后在路飞怀里含笑而逝。
艾斯替路飞挡住了赤犬的攻击
铁拳卡普让战国拉着自己，因为他怕自己控制不住将赤犬打死。此时白胡子也特别愤怒，他眼睁睁德看着自己的干儿子被赤犬贯穿身体却无能为力，见到黑胡子后，毫不留情的向他攻击，但最后在黑胡子海贼团的全体攻击下，白胡子以站着的姿态死亡，黑胡子趁势向前利用果实能力夺取白胡子的震震果实能力，而成为能够使用两种果实能力的能力者，同时黑胡子向世人宣布他将取代白胡子成为这个世界的霸主。
卡普与艾斯
这时，海水里冒出一艘潜水艇，特罗法尔加·罗出现并要巴基将精神受到重创的路飞交给他，说他是个医生。
罗
海军元帅佛之战国亲自和黑胡子交战，而后在四皇‘红发’香克斯出现，在其调解下，战国元帅决定收兵，这场自大海贼时代开始以来最大的战役就此闭幕。
